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| ベータコロナウイルス | |
|---|---|
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| マウスコロナウイルス（MHV）ウイルス粒子の 電子顕微鏡写真、概略構造、ゲノム | |
ウイルスの分類 
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| (ランク外): | ウイルス |
| 領域: | リボビリア |
| 王国： | オルタナウイルス科 |
| 門: | ピスビリコタ |
| クラス： | ピソニビリセテス |
| 注文： | ニドウイルス目 |
| 家族： | コロナウイルス科 |
| 亜科: | オルソコロナウイルス |
| 属: | ベータコロナウイルス |
| 亜属と種 | |
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テキストを参照 | |
ベータコロナウイルス（β-CoVsまたはBeta-CoVs）は、コロナウイルスの4つの属（アルファ、ベータ、ガンマ、デルタ）のうちの1つです。メンバーウイルスは、ヒトを含む哺乳類に感染するエンベロープを持つプラス鎖RNAウイルスです。ベータコロナウイルスの自然宿主はコウモリとげっ歯類です。げっ歯類は亜属エンベコウイルスの宿主であり、他の亜属の宿主です。 [1]
コロナウイルス属はそれぞれ異なるウイルス系統から構成されており、ベータコロナウイルス属にはA、B、C、Dの4つの系統が含まれます。古い文献では、この属は「グループ2コロナウイルス」とも呼ばれています。この属は、ニドウイルス目、コロナウイルス科、オルソコロナウイルス亜科に属します。
ヒトに関して臨床的に最も重要なベータコロナウイルスは、系統AのOC43とHKU1 （風邪の原因となる）、系統BのSARS-CoV-1とSARS-CoV-2 （それぞれSARSとCOVID-19の原因）[2]、系統CのMERS-CoV （ MERSの原因）である。MERS-CoVは、系統Cに属するベータコロナウイルスの中で、ヒトに感染することが知られている最初のものである。[3] [4]
語源
「ベータコロナウイルス」という名前は、古代ギリシャ語のβῆτα（bē̂ta 、「ギリシャ語アルファベットの2番目の文字」）と、冠を意味するκορώνη（korṓnē、「花輪、冠」）に由来しており、電子顕微鏡で観察すると太陽コロナに似た表面突起が見られることからきている。この形態は、ウイルスのスパイク（S）ペプロマーによって作られる。ペプロマーはウイルスの表面に分布し、宿主指向性を決定するタンパク質である。ニドウイルス目は、ラテン語の「巣」を意味するnidusにちなんで名付けられている。これは、この目が感染中に3'末端にネストされたサブゲノムmRNAのセットを生成することに由来している。[5]
構造
スパイクタンパク質の構造はいくつか解明されている。アルファおよびベータコロナウイルスのスパイクタンパク質の受容体結合ドメインは、InterPro : IPR018548としてカタログ化されている。[6]タイプ1融合マシンであるスパイクタンパク質は、三量体（PDB : 3jcl, 6acg ）に組み立てられ、そのコア構造はパラミクソウイルスF（融合）タンパク質のものと似ている。[7]受容体の使用はあまり保存されておらず、たとえばサルベコウイルスの中では、SARSを含む亜系統のみがACE2受容体を共有している。
エンベコウイルス亜属のウイルスは、ヘマグルチニンエステラーゼ（HE）（P15776 ）と呼ばれるより短い（8nm）スパイク状のタンパク質を追加している点で、属内の他のウイルスと異なります。これは、インフルエンザCウイルスから獲得されたと考えられています。[5] [8]
ゲノム
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コロナウイルスのゲノムサイズは大きく、26～32キロベースに及びます。β-CoVゲノムの全体構造は他のCoVと似ており、ORF1abレプリカーゼポリタンパク質（rep、pp1ab）が他の要素の前にあります。このポリタンパク質は16個の非構造タンパク質に切断されます（SARS rep、P0C6X7のUniProt注釈を参照）。
2013年5月現在、GenBankではα-（グループ1）、β-（グループ2）、γ-（グループ3）、δ-（グループ4）CoVの完全ゲノム46個を公開している。[9]
組み換え
遺伝子組み換えは、2つ以上のウイルスゲノムが同じ宿主細胞内に存在する場合に発生する可能性があります。ヒトコブラクダのベータコロナウイルスHKU23は、アフリカのラクダの個体群の中で遺伝的多様性を示しています。[10] この多様性に貢献しているのは、過去にエンベコウイルス亜属の近縁のベータコロナウイルス間で起こったいくつかの組み換えイベントです。[10] また、ベータコロナウイルスであるヒトSARS-CoVは、いくつかの異なる動物グループに宿主されていた祖先コロナウイルス間の複雑な組み換えの歴史を持っているようです。[11] [12]
病因
アルファコロナウイルスとベータコロナウイルスは主にコウモリに感染しますが、人間、ラクダ、げっ歯類などの他の種にも感染します。[13] [14] [15]人間に流行を引き起こしたベータコロナウイルスは、一般的に発熱と呼吸器症状を引き起こします。具体的には、
- SARSを引き起こすSARS-CoV。
- MERS を引き起こすMERS-CoV。
- SARS-CoV-2、COVID-19 を引き起こす。
分類
ベータコロナウイルス属（グループ2コロナウイルス）には、伝統的に4つの亜属または系統（A、B、C、D）が認められてきました。[5] 4つの系統はギリシャ文字または数字で命名されてきました。[9] 5番目の亜属であるヒベコウイルスは、最近追加されました。[16]メンバーの亜属と種は次のとおりです。[17]
エンベコウイルス(系統A)
中国 ネズミコロナウイルス HKU24
ヒトコロナウイルス HKU1
マウスコロナウイルス
サルベコウイルス(系統B)
重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（SARSr-CoVまたはSARS-CoV）
- 重症急性呼吸器症候群コロナウイルス（SARS-CoVまたはSARS-CoV-1）
- 重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2（SARS-CoV-2）
- コウモリ SARS 様コロナウイルス WIV1 (コウモリ SL-CoV-WIV1)
- コウモリコロナウイルスRaTG13
メルベコウイルス(系統C)
ハリネズミコロナウイルス 1
中東呼吸器症候群関連コロナウイルス (MERS-CoV)
アブラコウモリコロナウイルス HKU5
チロニクテリスコウモリコロナウイルス HKU4
ノベコウイルス(系統D)
エイドロン コウモリ コロナウイルス C704
ルゼッタス コウモリ コロナウイルス GCCDC1
ルゼッタス コウモリ コロナウイルス HKU9
ヒベコウイルス
参照
参考文献
- ^ Wartecki, Adrian; Rzymski, Piotr (2020年6月). 「コロナウイルスと水環境および廃水との関連について」.水. 12 (6): 1598. doi : 10.3390/w12061598 .
- ^ 「SARS様ベータコロナウイルスの系統発生」nextstrain . 2020年1月18日閲覧。
- ^ ProMED. MERS-CoV–東地中海（06）（http://www.promedmail.org/）
- ^ Memish, ZA; Zumla, AI; Al-Hakeem, RF; Al-Rabeeah, AA; Stephens, GM (2013). 「中東呼吸器症候群コロナウイルス感染症の家族クラスター」。ニュー イングランド医学ジャーナル。368 （26）：2487–94。doi：10.1056 / NEJMoa1303729。PMID 23718156。
- ^ abc ウー、パトリック CY;黄、宜。ラウ、スザンナ KP;ユエン、クォクヨン (2010-08-24)。 「コロナウイルスのゲノミクスとバイオインフォマティクス分析」。ウイルス。2 (8): 1804–20 .土井: 10.3390/v2081803。PMC 3185738。PMID 21994708。
- ^ 黄、C; Qi、J;ルー、G;王Q;ユアン、Y;呉、Y;張、Y;ヤン、J; GF、ガオ（2016年11月1日）。 「コウモリ由来コロナウイルスHKU9スパイクタンパク質の推定上の受容体結合ドメイン：ベータコロナウイルス受容体結合モチーフの進化」。生化学。55 (43): 5977–88 .土井: 10.1021/acs.biochem.6b00790。PMC 7075523。PMID 27696819。
- ^ Walls, Alexandra C.; Tortorici, M. Alejandra; Bosch, Berend-Jan; Frenz, Brandon; Rottier, Peter JM; DiMaio, Frank; Rey, Félix A.; Veesler, David (2016年2月8日). 「コロナウイルススパイク糖タンパク質三量体のクライオ電子顕微鏡構造」. Nature . 531 (7592): 114– 117. Bibcode : 2016Natur.531..114W. doi :10.1038/nature16988. PMC 5018210. PMID 26855426.
- ^ バッカーズ、マーク JG;ラング、イーフェイ。フェイツマ、ルーリス・J.フルスウィット、ルーベン JG;プート、ステファニー AH デ;ブリート、アルノ LW バン。マージン、イリーナ。グルート・マイネス、ヨランダDFデ;クッペフェルト、フランク・J・M・バン。ランゲライス、マルティン A.ホイジンガ、エリック G. (2017-03-08)。 「ベータコロナウイルスのヒトへの適応には、血球凝集素エステラーゼレクチン活性の進行性喪失が関与していた」。細胞宿主と微生物。21 (3): 356–366。土井: 10.1016/j.chom.2017.02.008。ISSN 1931-3128。PMC 7104930。PMID 28279346。
- ^ ab Cotten, Matthew; Lam, Tommy T.; Watson, Simon J.; Palser, Anne L.; Petrova, Velislava; Grant, Paul; Pybus, Oliver G.; Rambaut, Andrew; Guan, Yi; Pillay, Deenan; Kellam, Paul; Nastouli, Eleni (2013-05-19). 「新規ヒトベータコロナウイルスのフルゲノムディープシーケンシングと系統解析」.新興感染症. 19 (5): 736–42B. doi :10.3201/eid1905.130057. PMC 3647518. PMID 23693015 .
- ^ ab アフリカのラクダにおけるヒトコブラクダコロナウイルス HKU23 の多様性により、エンベコウイルス亜属の近縁ベータコロナウイルス間で複数の組み換えイベントが明らかになった。So RTY 他 J Virol. 2019. PMID 31534035
- ^ Stanhope MJ、 Brown JR、Amrine-Madsen H. ヌクレオチド配列の進化解析によるSARS-CoVの組み換え履歴の証拠。Infect Genet Evol。2004年3月;4(1):15-9。PMID 15019585
- ^ Zhang XW、Yap YL、Danchin A. SARS関連コロナウイルスの組み換え起源の仮説の検証。Arch Virol. 2005年1月;150(1):1-20。Epub 2004年10月11日 。PMID 15480857
- ^ Woo, PC; Wang, M.; Lau, SK; Xu, H.; Poon, RW; Guo, R.; Wong, BH; Gao, K.; Tsoi, HW; Huang, Y.; Li, KS; Lam, CS; Chan, KH; Zheng, BJ; Yuen, KY (2007). 「3つの新規グループ2cおよびグループ2dコロナウイルスの12ゲノムの比較分析により、独自のグループおよびサブグループの特徴が明らかになる」。Journal of Virology . 81 (4): 1574– 85. doi :10.1128/JVI.02182-06. PMC 1797546. PMID 17121802 .
- ^ ラウ、サウスカロライナ州;うーん、PC。そう、CC。ファン、RY;黄、Y.ワン、M。グオ、R.ラム、CS;アラスカ州ツァン;ライ、KK;チャン、KH;チェ、XY;鄭、BJ;ケンタッキー州ユエン（2012）。 「家ウサギからの新規ベータコロナウイルスサブグループAコロナウイルス、ウサギコロナウイルスHKU14の分離と特性評価」。ウイルス学ジャーナル。86 (10): 5481–96 .土井:10.1128/JVI.06927-11。PMC 3347282。PMID 22398294。
- ^ 張、魏;鄭暁荘。アグワンダ、バーナード。オメー、シーラ。趙、櫂。リコティ、ジャクリーン。王寧。チェン、ジン;李、北。ヤン・シンロウ。マニ、シャイレンドラ。ンゲイワ、キサジュマ。朱、燕。胡、ベン。オニュク、サムソン・オモンディ。ヤン、ビン。アンダーソン、ダニエル E.ワン、リンファ。周、彭。シー・ジェンリー（2019年10月24日） 「ケニアのラクダにおけるMERS-CoVおよびHKU8関連CoV同時感染の血清学的証拠」。新たな微生物と感染症。8 (1): 1528– 1534. doi :10.1080/22221751.2019.1679610. PMC 6818114. PMID 31645223 .
- ^ Wong, Antonio CP; Li, Xin; Lau, Susanna KP; Woo, Patrick CY (2019). 「コウモリコロナウイルスの世界的疫学」.ウイルス. 11 (2): 174. doi : 10.3390/v11020174 . PMC 6409556 . PMID 30791586.
- ^ 「ウイルス分類：2019年リリース」。talk.ictvonline.org。国際ウイルス分類委員会。 2020年6月20日閲覧。
外部リンク
- コロナウイルス
- ウイルスゾーン: ベータコロナウイルス
- ウイルス病原体データベースおよび分析リソース (ViPR): コロナウイルス科