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| ポテブ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 識別子 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| エイリアス | POTEB、A26B1、CT104.5、POTE-15、POTE15、POTE アンキリン ドメイン ファミリー メンバー B、POTEB2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 外部ID | オミム：608912;ホモロジーン: 136720;ジーンカード：POTEB; OMA :POTEB - オルソログ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| ウィキデータ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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POTEアンキリンドメインファミリー、メンバーBは、ヒトにおいてPOTEB遺伝子によってコードされるタンパク質である。[3]（前立腺、卵巣、精巣ではアンキリンドメインファミリーメンバーBが発現している）。5つのアンキリンドメインを介してタンパク質間相互作用の媒介に関与している可能性が最も高い。 [4] POTEBは細胞内シグナル伝達を助ける可能性が最も高いが、分泌タンパク質や核タンパク質である可能性は低い。[4] POTEBの機能は、17の潜在的なリン酸化部位を介して制御される可能性がある。 [5]現在、POTEBに核局在シグナルがあることを示唆する証拠はない。[6]
遺伝子
POTEBはヒトの第15染色体の15q11.2に位置し、逆DNA鎖から転写される。POTEBはPOTEB3やPOTE15としても知られる。[7] POTEB遺伝子は47,547塩基対の長さで、11のエクソンから構成される。[7]
mRNA
POTEB遺伝子は転写されて4つのmRNAを生成する可能性があります。しかし、11個のエクソンすべてを持つこれらのmRNAのうち1つだけがPOTEBタンパク質に翻訳されます。[8]他の3つの転写物はタンパク質をコードしません。
タンパク質
POTEBタンパク質は544個のアミノ酸から構成され、バイオインフォマティクス解析によると分子量は61.7 kDaである。等電点は5.68である。[9]最も一般的なアミノ酸はロイシンとグルタミン酸で、それぞれタンパク質の11%と10.3%を占める。[9]しかし、これはヒトタンパク質では正常である。POTEBはおそらく細胞質タンパク質であり[10]、タンパク質の全長にわたって存在する17個のセリン、スレオニン、チロシンでリン酸化されているが[5]、タンパク質のC末端に集中している。その二次構造は主に5つのらせん状のアンキリン反復ドメインで、TALHLモチーフを含む。タンパク質にはN末端近くにミリストイル化部位が1つある。 [11]
表現
POTEBは、ヒトの前立腺、卵巣、精巣で高レベルで発現しています。しかし、胚性幹細胞、鼻咽頭領域、乳房組織では低レベルで発現していることを示す証拠もあります。[12] [13]胚性幹細胞では、分化によってPOTEBの発現がオフになる可能性が高いのに対し、乳がんでは、トリプルネガティブ細胞ではPOTEBの発現が見られないことがわかっており、がん活性化経路での役割を示唆しています。[13]
いくつかの研究では、POTEBプローブを使用してヒトの脳におけるPOTEBの発現を研究しました。しかし、POTEBの発現が顕著な領域は、運動機能と一部の認知機能を担う小脳皮質のみです。[14]
表現の規制
POTEBの発現は、Eボックス結合因子とクルッペル様転写因子、および核因子κB（NF-κB）転写因子によって制御されている可能性が高い。[15]
POTEBの発現は、転写因子がプレmRNAのイントロン1に結合することで制御され、翻訳されない短縮型mRNAの生成につながる可能性がある。あるいは、POTEBの発現は、開始コドンに近いステムループの形成によってダウンレギュレーションされる可能性がある。 [16] POTEBには、POTEBの機能と安定性を制御するのに役立つ可能性の あるユビキチン化部位は知られていない。
関数
POTEBは、5つのアンキリンドメインを介してタンパク質間相互作用の媒介に関与している可能性が高い。 [4] POTEBは細胞内シグナル伝達を補助している可能性が高いが、核局在シグナルを含む可能性は低いため、分泌タンパク質や核タンパク質である可能性は低い[4] 。 [6] POTEBの機能は、アンキリンドメインが他のタンパク質とどのように相互作用するかを決定する17の潜在的なリン酸化部位[5]を介して制御される可能性が高い。 [17]
タンパク質間相互作用
POTEBと他のヒトタンパク質との相互作用を確認する研究は発表されていない。しかし、POTEBとα1-B糖タンパク質、APOBEC1補完因子、α2-マクログロブリンとの相互作用を示唆する未発表データがある。[18]このデータはアフィニティー捕捉質量分析法に基づいている。
臨床的意義
POTEBの発現は、他のタイプの乳がん細胞と比較すると、トリプルネガティブ乳がん細胞では低いか完全に減少しています。[13]これは、POTEBががんを抑制する細胞内シグナル伝達経路、または細胞の正常な成長と分裂を制御する経路に関与していることを示唆しています。
相同性
パラログ
POTEBにはヒトにおいて8つの予測パラログ（タンパク質配列による）があり、ほとんどのパラログは異なるヒト染色体上に位置しています。[19] [20]この多数のパラログは、複数の重複イベントから生じたと推測されています。[10]
オルソログ
POTEBの相同遺伝子は、哺乳類、鳥類、爬虫類、両生類、魚類、さらにはイソギンチャクや海洋多毛類などの無脊椎動物にも見つかっている。[19]これらの相同遺伝子は、主にアンキリン反復配列の存在によりPOTEBと類似しており、アンキリンドメインを含むタンパク質が何百万年にもわたって保存されてきたことを示唆している。POTEBの相同遺伝子は、植物、単細胞真核生物、細菌、古細菌では見つかっていない。[19]
参考文献
- ^ abc ENSG00000288347 GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000233917, ENSG00000288347 – Ensembl、2017 年 5 月
- ^ 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
- ^ 「Entrez Gene: POTE アンキリンドメインファミリー、メンバー B」 。2012年 11 月 26 日閲覧。
- ^ abcd Mosavi LK、 Cammett TJ 、Desrosiers DC、Peng ZY (2004 年 6 月) 。 「タンパク質認識 のための分子構造としてのアンキリンリピート」。タンパク質科学。13 (6): 1435–48。doi :10.1110/ps.03554604。PMC 2279977。PMID 15152081。
- ^ abc 「NetPhos 3.1 Server」。www.cbs.dtu.dk 。 2017年5月6日閲覧。
- ^ ab "SignalP 4.1 Server". www.cbs.dtu.dk . 2017年5月6日閲覧。
- ^ ab データベース、GeneCards ヒト遺伝子。「POTEB 遺伝子 - GeneCards | POTEB タンパク質 | POTEB 抗体」。www.genecards.org。2017年 5 月 6 日閲覧。
- ^ 「染色体15: 21,846,329-21,877,703 - 詳細な領域 - ホモサピエンス - Ensemblゲノムブラウザ88」。useast.ensembl.org 。 2017年5月6日閲覧。
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- ^ ab Hahn Y、Bera TK、 Pastan IH、Lee B (2006 年 2 月)。「重複と大規模なリモデリングにより、アンキリンリピートとコイルドコイルドメインを含むタンパク質をコードする POTE ファミリー遺伝子が形成された」。Gene . 366 (2): 238–45. doi :10.1016/j.gene.2005.07.045. PMID 16364570。
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- ^ Bera TK、Huynh N、Maeda H、Sathyanarayana BK、Lee B、Pastan I (2004 年 8 月)。「5 つの POTE パラログとそのスプライスバリアントはヒト前立腺で発現し、異なる長さのタンパク質をエンコードします」。Gene . 337 : 45–53. doi :10.1016/j.gene.2004.05.009. PMID 15276201 。
- ^ 「TimeTree :: The Timescale of Life」www.timetree.org . 2017年5月7日閲覧。