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| ZGRF1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| エイリアス | ZGRF1、C4orf21、ジンクフィンガーGRF型含有1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 外部ID | MGI : 1918893; HomoloGene : 34708; GeneCards : ZGRF1; OMA :ZGRF1 - オルソログ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タンパク質ZGRF1は、 ヒトにおいてC4orf21としても知られるZGRF1遺伝子によってコード化されたタンパク質であり、分子量は236.6 kDaである。 [5] ZGRF1遺伝子産物は細胞核に局在し、相同組み換えを刺激することでDNA修復を促進する。[6]この遺伝子はほとんどのヒト組織で比較的低い発現を示し、化学物質依存の状況では発現が増加する。ZGRF1はほぼすべての真核生物と相同性がある。このタンパク質の機能ドメインは、一連のヘリカーゼ、特にAAA_12およびAAA_11ドメインにリンクしている。
遺伝子
遺伝子全体の長さは 97,663塩基対で、未処理のmRNAの長さは 6,740ヌクレオチドです。2104アミノ酸のタンパク質をコードする 28 個のエクソンで構成されています。C4orf21 には 12 個のスプライス バリアントが存在します。
軌跡
ZGRF1 は、LARP7 遺伝子の近くの 4q25 位置の 4 番目の染色体にあります。マイナス鎖にエンコードされています。
相同性と進化
相同ドメイン
ZGRF1 には、DUF2439 ドメイン (機能が不明なドメイン)、zf-GRF ドメイン、AAA_11 および AAA_12 ドメイン (さまざまな細胞活動に関連する ATPase) が含まれています。DUF ドメインは、テロメアの維持と減数分裂の分離に関与しています。AAA_11 と AAA_12 には、接合伝達タンパク質に関与する P ループ モチーフが含まれています。他のヘリカーゼ ドメインも c4orf21 オルソログに存在します。
パラログ
ヒトには、c4orf21 の C 末端の 1612 番目のアミノ酸の後の領域を含むATP依存性ヘリカーゼと相同性のある、中程度に関連するタンパク質が 9 つあります。これらのタンパク質の大部分は RNA ヘリカーゼ ファミリーに属します。タンパク質の大きな N 末端部分に相同性のあるタンパク質は知られていません。
オルソログ
c4orf21 遺伝子の完全な相同遺伝子は哺乳類に存在します。遺伝子の C 末端部分を含むヘリカーゼ ドメインは真核生物全体で保存されています。
タンパク質
一次配列
ZGRF1は236.6 kDaです。
翻訳後修飾
ZGRF1 は、Y38、S137、S140、S325、および S864 の位置で リン酸化部位を実験的に決定しました。
二次構造
TMHMM サーバーでは、ヘリカーゼ コアの前のタンパク質の C 末端に 1 つのループを持つ弱い膜貫通ドメインが予測されます。このドメインには膜の外側の両端が含まれます。
三次ドメインと四次構造
ZGRF1 はパラログである Upf1と関連した構造を持っています。これらの構造は亜鉛イオンと mRNA を結合する能力を持っています。
機能と生化学
ZGRF1は5'から3'へのDNAヘリカーゼであり、相同組み換えによるDNA修復を刺激してゲノムの安定性を促進します。[6]具体的には、ZGRF1は、マイトマイシンCやカンプトテシンなどの薬剤によって誘発される複製阻害DNA損傷の修復を促進します。機構的には、ZGRF1はRAD51リコンビナーゼと物理的に相互作用し、RAD51-RAD54による鎖交換を刺激します。
ZGRF1はDUF2439ドメインにおいてSaccharomyces cerevisiae Mte1 [7] [8] [9]およびSchizosaccharomyces pombe Dbl2 [10] [11]と相同性を有しており、これらは組換えDNA修復において同様の役割を果たしている。
ZGRF1遺伝子のヘリカーゼコアに対するヒトパラログは、翻訳、転写、ナンセンス依存mRNA分解、RNA分解、miRNA処理、RISCアセンブリ、およびpre-mRNAスプライシングに関連している。[12]これらのパラログは、SPF1 RNAヘリカーゼモチーフの下で動作する。[13]
パラログであり、RNA ヘリカーゼであると考えられる Mov10 は、RNA 誘導サイレンシング複合体(RISC) による RNA 媒介遺伝子サイレンシングに必要です。また、RISC による miRNA 媒介翻訳抑制と miRNA 媒介相補 mRNA 切断の両方、およびヒト肝炎デルタウイルス (HDV) の RNA 指向転写と複製にも必要です。Mov10 は、RNA 依存性HDV RNA 転写の開始部位を示すゲノム ヘアピン構造から派生した小さなキャップ付き HDV RNA と相互作用します。
表現
c4orf21の発現は他のタンパク質と比較して比較的低い。c4orf21の発現は造血系およびリンパ系の組織における平均発現と比較してわずかに高く、脳でも平均を上回っている。肝臓、咽頭、皮膚組織では平均より低い。[14]
転写因子の相互作用
ZGRF1 の転写開始部位は、ATF、CREB 、 deltaCREB 、E2F、および E2F-1転写因子結合部位と最もよく一致します。
相互作用するタンパク質
C4orf21は、AQR、 DNA2、IGHMBP2、LOC91431、SETXパラログとの予測されるタンパク質相互作用を示す。[15]
臨床的意義
さまざまなGEOプロファイルを調べたところ、肝炎やその他の肝臓疾患に関連するものが多くありました。最も相関性が高かったのは、肝移植の失敗に関する研究でした。[16] [ 17] ZGRF1は、ニコチン依存症患者では非喫煙者の対照群と比較して有意に発現が増加していました。[17] [18]
ZGRF1のパラログは、HIV-1の 複製を複数の段階で阻害することがわかった。Mov10は、RNAを介した遺伝子サイレンシング、転写、転写制御の生物学的プロセスに関与しており、ATPとRNAの結合を介して加水分解酵素とヘリカーゼ活性を有する。 [19]
参考文献
- ^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000138658 – Ensembl、2017 年 5 月
- ^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000051278 – Ensembl、2017 年 5 月
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- ^ 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
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外部リンク
- UCSC ゲノム ブラウザのヒト ZGRF1 ゲノムの位置と ZGRF1 遺伝子の詳細ページ。
さらに読む
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