真核生物線形モチーフリソース

エルム
コンテンツ
説明	真核生物の線状モチーフ。
接触
著者	ホルガー・ディンケル; トビー・ギブソン
主な引用	ディンケルら（2012）
発売日	2011
アクセス
Webサイト	エルム

真核生物線形モチーフ（ELM）リソースは、真核生物タンパク質の短い線形モチーフ（SLiM）を調査するための計算生物学リソース（欧州分子生物学研究所（EMBL）で開発）です。^[2]^{[3]これは現在、}注釈が付けられ、実験的に検証された線形モチーフインスタンスを含む線形モチーフクラスの最大のコレクションです。

線形モチーフは、正規表現ルールを使用してパターンとして指定されます。これらの表現は、タンパク質配列内の推定モチーフインスタンスを検出する ELM 予測パイプラインで使用されます。予測力を向上させるために、コンテキストベースのルールと論理フィルターが開発され、誤検出の一致数を減らすために適用されています。

2010年時点で、ELMには146の異なるモチーフが含まれており、タンパク質内の実験的に決定された1300以上のインスタンスに注釈が付けられています。^[3] ELMサーバーの現在のバージョンでは、細胞コンパートメント、系統発生、球状ドメイン衝突（SMART / Pfamデータベースを使用）、構造によるフィルタリングが提供されています。^[4]さらに、既知のELMインスタンスと、ELMインスタンスシーケンスに類似したシーケンス内の位置的に保存された一致の両方が識別され、表示されます。

参照

参考文献

^ ディンケル、ホルガー;マイケル・スシャマ。ウェザリット・ロバート・J;デイビー・ノーマン・E;ヴァン・ローイ・キム。アルテンベルク・ブリギッテ。トエド・グリシャ;ウヤル・ボラ。ザイラー・マルクス。バッド・エイダン。ジョディッケ・リサ。ダメルト・マルセルA;シュレーダー・クリスチャン。ハマー・マリア。シュミット・トビアス;ジェール・ピーター。マクギガン・キャロライン。ディメッカ・マグダレナ。チカ・クラウディア。幸運のカチャ。アレグラ経由。チャトル・アリヤモントリ・アンドリュー;ハスラム・ナイル。グレブネフ・グレブ;エドワーズ・リチャード・J;シュタインメッツミシェル・O;マイゼルバッハ・ハイケ。ディエラ・フランチェスカ。ギブソントビー J (2012 年 1 月)。「ELM - 真核生物の線状モチーフのデータベース」。核酸研究。40 (D1): D242 ～ D251。doi :10.1093/nar/gkr1064. PMC 3245074. PMID 22110040 .
^ Puntervoll P、Linding R、Gemünd C、他 (2003 年 7 月)。「ELM サーバー: モジュール型真核生物タンパク質の短い機能部位を調査するための新しいリソース」。Nucleic Acids Res . 31 (13): 3625–30. doi :10.1093/nar/gkg545. PMC 168952 . PMID 12824381。
^ ab Gould CM、Diella F、Via A、et al. (2010 年 1 月)。「ELM : 2010 年真核生物線状モチーフリソースの現状」。Nucleic Acids Res . 38 (データベース号) : D167–80。doi :10.1093/ nar /gkp1016。PMC 2808914。PMID 19920119。
^ Via A、Gould CM、Gemünd C 、 Gibson TJ、Helmer - Citterich M (2009)。「真核生物線形モチーフリソースの構造フィルター」。BMC Bioinformatics。10 : 351。doi : 10.1186 / 1471-2105-10-351。PMC 2774702。PMID 19852836。

外部リンク

ELMホームページ

[pmid22110040-1] ディンケル、ホルガー;マイケル・スシャマ。ウェザリット・ロバート・J;デイビー・ノーマン・E;ヴァン・ローイ・キム。アルテンベルク・ブリギッテ。トエド・グリシャ;ウヤル・ボラ。ザイラー・マルクス。バッド・エイダン。ジョディッケ・リサ。ダメルト・マルセルA;シュレーダー・クリスチャン。ハマー・マリア。シュミット・トビアス;ジェール・ピーター。マクギガン・キャロライン。ディメッカ・マグダレナ。チカ・クラウディア。幸運のカチャ。アレグラ経由。チャトル・アリヤモントリ・アンドリュー;ハスラム・ナイル。グレブネフ・グレブ;エドワーズ・リチャード・J;シュタインメッツミシェル・O;マイゼルバッハ・ハイケ。ディエラ・フランチェスカ。ギブソントビー J (2012 年 1 月)。「ELM - 真核生物の線状モチーフのデータベース」。核酸研究。40 (D1): D242 ～ D251。doi :10.1093/nar/gkr1064. PMC 3245074. PMID 22110040 .

[pmid12824381-2] Puntervoll P、Linding R、Gemünd C、他 (2003 年 7 月)。「ELM サーバー: モジュール型真核生物タンパク質の短い機能部位を調査するための新しいリソース」。Nucleic Acids Res . 31 (13): 3625–30. doi :10.1093/nar/gkg545. PMC 168952 . PMID 12824381。

[pmid19920119-3] Gould CM、Diella F、Via A、et al. (2010 年 1 月)。「ELM : 2010 年真核生物線状モチーフリソースの現状」。Nucleic Acids Res . 38 (データベース号) : D167–80。doi :10.1093/ nar /gkp1016。PMC 2808914。PMID 19920119。

[pmid19852836-4] ^ Via A、Gould CM、Gemünd C 、 Gibson TJ、Helmer - Citterich M (2009)。「真核生物線形モチーフリソースの構造フィルター」。BMC Bioinformatics。10 : 351。doi : 10.1186 / 1471-2105-10-351。PMC 2774702。PMID 19852836。