ミニモチーフマイナー

ミニモチーフマイナー
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説明	データベースの拡張とコンセンサス配列からの誤検出予測の大幅な削減の改善。
接触
研究室	サングテヴァル・ラジャセカランとマーティン・R・シラー
著者	Mi、Tian、Merlin Jerlin Camilus、Deverasetty Sandeep、Gryk Michael R、Bill Travis J、Brooks Andrew W、Lee Logan Y、Rathnayake Viraj、Ross Christian A、Sargeant David P、Strong Christy L、Watts Paula、Rajasekaran Sanguthevar、Schiller Martin R
主な引用	ミ、ティアン、マーリン・ジャーリン・カミルス、デヴェラセッティ・サンディープ、グリク・マイケル・R、ビル・トラビス・J、ブルックス・アンドリュー・W、リー・ローガン・Y、ラトナヤケ・ビラジ、ロス・クリスチャン・A、サージェント・デイビッド・P、ストロング・クリスティ・L、ワッツ・ポーラ、ラジャセカラン・サングテヴァル、シラー・マーティン・R (2012)
発売日	2011
アクセス
Webサイト	http://mnm.engr.uconn.edu http://minimotifminer.org

Minimotif Miner は、あらゆるタンパク質のミニモチーフを識別するために設計されたプログラムとデータベースです。^[2]^[3]^[4] ミニモチーフは、少なくとも 1 つのタンパク質で機能することが知られている、短く連続したペプチド配列です。ミニモチーフは、配列モチーフ、短い線状モチーフ、または SLiM とも呼ばれます。これらは通常、1 つの二次構造要素に制限され、長さは 15 アミノ酸未満です。

説明

機能は、別の高分子または小さな化合物に結合する結合モチーフ、ミニモチーフの共有結合修飾を誘発するモチーフ、またはミニモチーフを含むタンパク質のタンパク質輸送に関与するモチーフである可能性があります。Minimotif Miner の基本的な前提は、短いペプチド配列が 1 つのタンパク質で機能することがわかっている場合、別のクエリタンパク質で同様の機能を持つ可能性があるということです。MnM 3.0 データベースの現在のリリースには約 300,000 個のミニモチーフが含まれており、Web サイトで検索できます。

Minimotif Miner を使用する科学者にとって興味深いワークフローが 2 つあります。1) Minimotif Miner にクエリタンパク質を入力すると、タンパク質クエリシーケンスとシーケンスパターンが一致するミニモチーフシーケンスと関数のリストを含むテーブルが返されます。これらは、タンパク質クエリで潜在的な新しい関数を提供します。2)一塩基多型(SNP) の表示機能を使用すると、dbSNP からの SNP がシーケンスウィンドウにマップされます。ユーザーは任意の SNP セットを選択し、SNP または突然変異によって導入または除去されたミニモチーフを特定できます。これは、生物多様性の生成に関与するミニモチーフや、病気に関連する可能性のあるミニモチーフを特定するのに役立ちます。

MnM の典型的な結果では、タンパク質クエリに対して 50 を超える新しいミニモチーフが予測されます。このタイプの分析の主な制限は、短いミニモチーフの低い配列複雑度により、配列がタンパク質内でランダムな偶然で発生し、予測された機能が含まれているためではないという偽陽性予測が生成されることにあります。MnM 3.0 では、偽陽性予測を大幅に削減できる高度なヒューリスティックとフィルターのライブラリが導入されています。これらのフィルターは、ミニモチーフの複雑度、タンパク質表面の位置、分子プロセス、細胞プロセス、タンパク質間相互作用、および遺伝子相互作用を使用します。最近、これらすべてのヒューリスティックを 1 つの複合フィルターに統合しました。これにより、感度と特異性の両方を評価したパフォーマンスベンチマークスタディで測定された高精度のミニモチーフ予測によって、この問題の解決に向けて大きく前進しました。

参照

ELM リソース

参考文献

^ Mi, Tian; Merlin Jerlin Camilus; Deverasetty Sandeep; Gryk Michael R; Bill Travis J; Brooks Andrew W; Lee Logan Y; Rathnayake Viraj; Ross Christian A; Sargeant David P; Strong Christy L; Watts Paula; Rajasekaran Sanguthevar; Schiller Martin R (2012 年 1 月)。「Minimotif Miner 3.0: データベースの拡張とコンセンサス配列からの偽陽性予測の大幅な削減」。Nucleic Acids Res . 40 ( 1)。イギリス: D252–60。doi :10.1093/ nar /gkr1189。PMC 3245078。PMID 22146221。
^ Schiller, Martin R. (2007). 「Minimotif Miner: タンパク質の機能、疾患、遺伝的多様性を調査するための計算ツール」Current Protocols in Protein Science 48 : 2.12.1–2.12.14. doi :10.1002/0471140864.ps0212s48. ISBN 978-0-471-14086-3. PMID 18429315. S2CID 10406520.
^ Rajasekaran, Sanguthevar; Balla, Sudha; Gradie, Patrick; Gryk, Michael R.; Kadaveru, Krishna; Kundeti, Vamsi; MacIejewski, Mark W.; Mi, Tian; et al. (2009). 「Minimotif miner 2nd release: a database and web system for motif search」. Nucleic Acids Research . 37 (データベース号): D185–90. doi :10.1093/nar/gkn865. PMC 2686579. PMID 18978024 .
^ Balla, Sudha; Thapar, Vishal; Verma, Snigda; Luong, ThaiBinh; Faghri, Tanaz; Huang, Chun-Hsi; Rajasekaran, Sanguthevar; del Campo, Jacob J; Shinn, Jessica H; Mohler, William A; Maciejewski, Mark W; Gryk, Michael R; Piccirillo, Bryan; Schiller, Stanley R; Schiller, Martin R (2006). 「Minimotif Miner、タンパク質機能の調査ツール」。Nature Methods。3 ( 3 ): 175–177. doi :10.1038/nmeth856. PMID 16489333. S2CID 15571142.

さらに読む

Vyas, Jay; Nowling, Ronald J.; MacIejewski, Mark W.; Rajasekaran, Sanguthevar; Gryk, Michael R.; Schiller, Martin R. (2009). 「Minimotif Semantics バージョン 1 の提案構文」. BMC Genomics . 10 :360. doi : 10.1186/1471-2164-10-360 . PMC 2733157. PMID 19656396 .
Vyas, Jay; Nowling, Ronald J.; Meusburger, Thomas; Sargeant, David; Kadaveru, Krishna; Gryk, Michael R.; Kundeti, Vamsi; Rajasekaran, Sanguthevar; Schiller, Martin R. (2010). 「MimoSA: ミニモチーフ注釈システム」. BMC Bioinformatics . 11 : 328. doi : 10.1186/1471-2105-11-328 . PMC 2905367. PMID 20565705 .
Kadaveru, Krishna; Vyas, Jay; Schiller, Martin R. (2008). 「ウイルス感染とヒト疾患 - ミニモチーフからの洞察」. Frontiers in Bioscience . 13 (13): 6455–71. doi :10.2741/3166. PMC 2628544. PMID 18508672 .

外部リンク

ミニモティフマイナー3.0
ミニモティフマイナー
Minimotif Miner クエリエンジン
バイオツールキット.com

[pmid22146221-1] Mi, Tian; Merlin Jerlin Camilus; Deverasetty Sandeep; Gryk Michael R; Bill Travis J; Brooks Andrew W; Lee Logan Y; Rathnayake Viraj; Ross Christian A; Sargeant David P; Strong Christy L; Watts Paula; Rajasekaran Sanguthevar; Schiller Martin R (2012 年 1 月)。「Minimotif Miner 3.0: データベースの拡張とコンセンサス配列からの偽陽性予測の大幅な削減」。Nucleic Acids Res . 40 ( 1)。イギリス: D252–60。doi :10.1093/ nar /gkr1189。PMC 3245078。PMID 22146221。

[2] Schiller, Martin R. (2007). 「Minimotif Miner: タンパク質の機能、疾患、遺伝的多様性を調査するための計算ツール」Current Protocols in Protein Science 48 : 2.12.1–2.12.14. doi :10.1002/0471140864.ps0212s48. ISBN 978-0-471-14086-3. PMID 18429315. S2CID 10406520.

[3] Rajasekaran, Sanguthevar; Balla, Sudha; Gradie, Patrick; Gryk, Michael R.; Kadaveru, Krishna; Kundeti, Vamsi; MacIejewski, Mark W.; Mi, Tian; et al. (2009). 「Minimotif miner 2nd release: a database and web system for motif search」. Nucleic Acids Research . 37 (データベース号): D185–90. doi :10.1093/nar/gkn865. PMC 2686579. PMID 18978024 .

[4] Balla, Sudha; Thapar, Vishal; Verma, Snigda; Luong, ThaiBinh; Faghri, Tanaz; Huang, Chun-Hsi; Rajasekaran, Sanguthevar; del Campo, Jacob J; Shinn, Jessica H; Mohler, William A; Maciejewski, Mark W; Gryk, Michael R; Piccirillo, Bryan; Schiller, Stanley R; Schiller, Martin R (2006). 「Minimotif Miner、タンパク質機能の調査ツール」。Nature Methods。3 ( 3 ): 175–177. doi :10.1038/nmeth856. PMID 16489333. S2CID 15571142.