メロプス

MEROPSはペプチダーゼ（プロテアーゼ、プロテイナーゼ、タンパク質分解酵素とも呼ばれる）とその阻害剤のオンラインデータベースです。^[2]ペプチダーゼの分類体系は1993年にRawlings & Barrettによって発表され、^[3]タンパク質阻害剤の分類体系は2004年にRawlingsらによって発表されました。 ^[4]最新バージョンのMEROPS 12.4は、2021年10月下旬にリリースされました。^[5]

この分類は、三次構造レベルと一次構造レベルの類似性に基づいています。比較は、反応に直接関与する配列部分に限定されます。ペプチダーゼの場合は活性部位、タンパク質阻害剤の場合は反応部位が含まれます。分類は階層的であり、配列はファミリーにまとめられ、ファミリーはクランにまとめられます。各ペプチダーゼ、ファミリー、クランには固有の識別子があります。

ペプチダーゼのファミリーは、アミノ酸配列の比較によって構築されます。ファミリーは、十分に特徴付けられたペプチダーゼまたは阻害剤の配列であるタイプ例を中心に組み立てられます。ファミリー内の他のすべての配列は、ファミリータイプ例と直接関連しているか、またはファミリーのメンバーであることがすでに示されている 1 つ以上の配列を含む推移的な関係を通じて関連している必要があります。通常、FastAまたはBlastP を使用して配列の関係を確立し、期待値が 0.001 以下であれば統計的に有意であると見なされます。HMMERまたは psi-blast 検索は、ファミリーと関連の薄い配列を追加するために使用されます。各ファミリーは、含まれるペプチダーゼの触媒タイプを表す文字と、それに続く任意の一意の番号で識別されます。

いくつかのファミリーは、ファミリー内での非常に古い分岐の証拠によりサブファミリーに分割されています。分岐は、100 アミノ酸残基あたり 150 を超える認められた点突然変異に相当します。

3 次元構造の類似性は、多くのファミリーが他のファミリーと共通の祖先を共有しているという証拠を裏付けています。このようなファミリーのグループを表すために「クラン」が使用されます。クランは、よく特徴付けられたペプチダーゼまたは阻害剤の構造であるタイプ例を中心に組み立てられます。ファミリー メンバーの3 次構造がクラン タイプ例の 3 次構造と関連していることが示されれば、ファミリーはクランに含まれます。通常、DALIはクランのメンバーシップを確立するために使用され、z スコアが 6.00標準偏差単位以上であれば統計的に有意であると見なされます。ペプチダーゼの場合、3 次構造が存在しない場合にファミリーが関連していることを示す他の証拠には、配列内の触媒残基の順序が同じであることが含まれます。

各ファミリー、クラン、ペプチダーゼ、阻害剤には固有の識別子があります。識別子の説明と例を以下の表に示します。

• タンパク質分解マップ
• TopFIND は、プロテアーゼ、その切断部位特異性、基質、阻害剤、およびその活性に起因するタンパク質末端を網羅した科学データベースです。
• タンパク質スーパーファミリー
• PA氏族
• 触媒三位一体

• MEROPS データベース 2006 年 11 月 14 日にWayback Machineにアーカイブされました