Loading article…
| テント5B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 識別子 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| エイリアス | TENT5B、配列類似性46メンバーBを持つファミリー、末端ヌクレオチジルトランスフェラーゼ5B、FAM46B、FAM46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 外部ID | MGI : 2140500; HomoloGene : 24928; GeneCards : TENT5B; OMA :TENT5B - オルソログ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ウィキデータ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
タンパク質FAM46Bは、配列類似性46のメンバーBを持つファミリーとしても知られ、ヒトではFAM46B遺伝子によってコードされるタンパク質です。[5] FAM46Bには、機能が不明なタンパク質ドメインDUF1693が1つ含まれています。[6]酵母ツーハイブリッドスクリーニングにより、FAM46Bと物理的に相互作用する3つのタンパク質が特定されています。これらは、ATX1、PEPP2（RHOXF2によってコードされる）、およびDAZAP2です。[7] [8]
遺伝子
概要
FAM46B は、FAM46B をコードする遺伝子に最もよく使われる名前です。別名 MGC16491 および RP11-344H11 も同じ遺伝子を表すために使われてきました。[7] FAM46B は、特定の遺伝子座 1p36.11 にある染色体 1 の短腕の DNA のアンチセンス鎖に位置する 7,283 塩基対の遺伝子です。アンチセンス鎖上にあるため、 FAM46Bが転写される方向は、染色体に沿ったヌクレオチドの標準的な番号付けとは逆になります。FAM46Bは塩基 27,339,333 から始まり、27,331,522 で終わります。
ジェノマティックスによるエルドラドプログラムは、プロモーター領域が27,339,962塩基から27,338,935塩基に及ぶ1028塩基長であると予測している。[9]
エクソン構造とスプライスバリアント
FAM46B遺伝子には2つのエクソンが含まれており、どちらもFAM46Bタンパク質に含まれています。FAM46B mRNAの選択的スプライシングがないことを示す主要なタンパク質アイソフォームが1つあります。[10]
相同性
パラログ
FAM46Bにはホモサピエンスにおいて3つのパラログ、FAM46A、FAM46C、FAM46Dが存在する。[7] FAM46の4つのメンバーの多重配列アライメントは、特にC末端に向かって高いレベルの保存性を示している。4つのパラログすべてで保存されているアミノ酸は、FAM46ファミリーの中核を構成する残基を示している。
オルソログ
FAM46Bは動物の共通祖先に存在し、真核生物にのみ見られる。FAM46Bの厳密な相同遺伝子は昆虫や脊椎動物などの比較的狭い範囲の動物にのみ見られるが、FAM46パラログの相同遺伝子はより広範囲の種で特定されている。脊椎動物では、FAM46Bは魚類、両生類、哺乳類で高度に保存されている。FAM46Bが特定されている一般的なモデル生物は、Danio rerio、Xenopus tropicalis、Mus musculusである。FAM46Bの厳密な相同遺伝子は爬虫類や鳥類には見られないが、FAM46AとFAM46Cの相同遺伝子はAnolis carolinensisに見られ、FAM46Cの相同遺伝子はGallus gallusなどの鳥類に見られる。[6]
遠縁の相同遺伝子
FAM46Bの遠縁相同遺伝子はショウジョウバエやCaenorhabditis elegansなどの線虫に存在します。植物、原生生物、真菌にはFAM46Bの相同遺伝子は存在しません。[11]
系統発生
FAM46Bの系統樹は、標準的な系統樹を反映しています。予想どおり、哺乳類は一緒にグループ化されており、霊長類が最も密集しています。ショウジョウバエや線虫などのより遠い相同遺伝子は左側にあり、遺伝子配列間の差異が大きいことを示しています。
タンパク質
FAM46B の機能はまだ解明されていません。以下の情報はバイオインフォマティクス解析と予測に基づいています。
特性/特徴
ヒト型のFAM46Bは425個のアミノ酸残基を含み、等電点は8.093、[12]、分子量は46,888ダルトンである。[7] FAM46Bは細胞質に存在すると予測される可溶性タンパク質である。 [13] [14]
ドメインとモチーフ
FAM46Bには、機能不明ドメイン1693（DUF1693）という1つのドメインのみが含まれています。DUF1693はヌクレオチジルトランスフェラーゼスーパーファミリーの一部として同定されており、4つの線虫プリオン様タンパク質を含んでいますが、正確な機能は不明です。[15] SAPSタンパク質分析では、アミノ酸組成、内部反復、電荷クラスター、または周期性に基づいて、異常なタンパク質特性を予測することはできません。[16]
翻訳後修飾
FAM46Bにはシグナルペプチド切断部位、[17] グリコホスファチジルイノシトール（GPI）アンカー、または膜貫通領域は含まれていないと予測されています。シグナルペプチドが存在しないことは、FAM46Bが細胞質に位置するという予測を裏付けています。
ExPASyのツールは、リン酸化部位、O結合型糖化部位、およびN結合型糖化部位を予測するために使用されました。FAM46Bの2つの部位はN結合型糖化の潜在的な部位として予測されていますが、FAM46Bにはシグナルペプチドがないため、 N結合型糖化が起こる小胞体の腔には入りません。5つの部位がO結合型糖化の可能性のある部位として特定されました。[18]これらは、以下の概念翻訳セクションでマークされています。
FAM46Bで予測される最も一般的な翻訳後修飾はリン酸化です。プログラムNetPhos 2.0は23のリン酸化部位を予測します。予測されるリン酸化の大部分はセリン残基（14）で予測されていますが、スレオニンで6つ、チロシンで3つ予測されています。[19]これらはタンパク質配列内で密集する傾向があります。ヒト、マウス、ゼブラフィッシュで予測されるリン酸化部位を比較すると、3種すべてがほぼ同じ数と分布のリン酸化部位（セリン、スレオニン、チロシン）を持っていることがわかります。
二次構造
FAM46Bの正確な構造は特徴付けられていません。 二次構造の予測には、Biology Workbench [20]で利用可能な予測プログラム、例えばGOR4、PELE、CHOFASなどが使用されました。Biology Workbenchのプログラムで得られた結果は、 Phyre2 [21]を使用して得られた結果と比較されました。 これらのプログラムは予測的であり、異なるアルゴリズムに依存しているため、それぞれわずかに異なる出力を提供します。プログラム間のコンセンサスでは、FAM46Bには主にアルファヘリックスとランダムコイルが含まれていることが示唆されています。FAM46Bには存在はしますが、ベータシートを形成すると事前に予測されたいくつかの小さなセクションのみが含まれているようです。PELEとPHYRE2の二次構造予測の注釈付き結果を下の図に示します。
概念翻訳
表現
発現はさまざまな方法で評価できます。発現配列タグと GEO プロファイルはどちらも、特定の組織タイプに存在する遺伝子の転写産物の数と、遺伝子転写産物全体に対する相対値を示します。マイクロアレイも遺伝子発現の定量化に役立ちます。タンパク質in situ ハイブリダイゼーションは、プローブをタンパク質に直接融合できるため、mRNA または cDNA ベースの方法よりも正確な発現測定方法です。
入手可能なマイクロアレイデータによると、FAM46Bは舌で高度に発現している（組織の平均遺伝子発現の10倍以上のレベル）。[22]舌以外では、FAM46Bはほとんどの組織で均一に発現しているようだ。健康な組織での遺伝子発現に加えて、ESTデータは健康状態による遺伝子発現も強調している。皮膚がんや神経膠腫の場合、FAM46Bの発現が上昇しているようだ。[23]
相互作用するタンパク質
制御配列に結合する転写因子
FAM46Bのプロモーター領域に結合する可能性のある転写因子のリストを予測するために、GenomatixのEl Doradoプログラムが使用されました。多数のZinc Finger転写因子部位、いくつかのEボックス結合因子、およびTWISTホモログに加えて、多数のE2F部位が予測されています。結合部位はプロモーター領域内で均等に分布しているわけではありません。結合部位の最大のクラスターはプロモーターの塩基177付近にあり、これはFAM46Bの転写開始から約600塩基対上流にあります。[9]下の画像は、El Doradoによって特定されたアンチセンス鎖上の上位20の一致について選択された転写因子結合部位を示しています。
確認されたタンパク質間相互作用と臨床的意義の可能性
酵母ツーハイブリッドスクリーニングでは、 FAM46BがATXN1によってコードされるアタキシン-1タンパク質と物理的に相互作用することが示されている。[8] ATXN1の正確な機能は不明であるが、タンパク質産生、特に転写の調節に関与していると考えられている。FAM46BはATXN1と物理的に相互作用するため、FAM46Bはタンパク質産生の調節と転写の調節にも役割を果たしている可能性がある。[24]
FAM46Bと物理的に相互作用することが示されている2番目のタンパク質はDAZAP2で、プロリンを多く含む脳発現タンパク質です。[8]上記のATXN1に関する情報と組み合わせると、FAM46Bは脳特異的タンパク質と相互作用するようです。酵母ツーハイブリッドスクリーニングによってFAM46Bの物理的相互作用物質として特定された3番目のタンパク質はPEPP2で、[8]ペアのようなホメオボックスタンパク質です。この相互作用が有意である場合、FAM46BとPEPP2の相互作用は発達と形態形成に役割を果たす可能性があります。
しかし、タンパク質の相互作用はまだ十分に理解されていません。すべてのプログラムが相互作用するタンパク質を同じように特定したわけではありません。たとえば、STRING は ATXN-1 を FAM46B との強力な相互作用パートナーとして特定しましたが、PEPP2 やDAZAP2 は特定しませんでした。STRING からの予測ネットワークは、隣の画像に示されています。
参考文献
- ^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000158246 – Ensembl、2017 年 5 月
- ^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000046694 – Ensembl、2017 年 5 月
- ^ 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
- ^ 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
- ^ 「NCBI遺伝子：配列類似性46のFAM46Bファミリー、メンバーB」。2013年4月23日閲覧。
- ^ ab "NCBI BLAST".国立医学図書館. 国立生物工学情報センター. 2013年5月11日閲覧。
- ^ abcd 「配列類似性46のファミリー、メンバーB」。2013年4月23日閲覧。
- ^ abcd 「FAM46B 相互作用概要」。BioGRID。Tyers Lab。2013年5月 11 日閲覧。
- ^ ab 「注釈と分析」。El Dorado。Genomatix。2021年12月2日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2013年5月4日閲覧。
- ^ 「配列類似性46を持つホモサピエンスファミリー、メンバーB（FAM46B）、mRNA」 。 2013年4月23日閲覧。
- ^ 「配列類似性46のファミリー、メンバーB」。2013年4月23日閲覧。
- ^ 「Big-PI」。IMP Bioinformatics。2020年7月21日時点のオリジナルよりアーカイブ。2013年5月11日閲覧。
- ^ “SOSUI予測”。2004年3月20日時点のオリジナルよりアーカイブ。2013年5月4日閲覧。
- ^ 「PSORT II」 。 2013年5月4日閲覧。
- ^ 「NCB保存ドメイン：DUF1693スーパーファミリー」 。 2013年4月23日閲覧。
- ^ Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (1992 年 3 月). 「タンパク質配列の統計解析のための方法とアルゴリズム」. Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 89 (6): 2002– 6. Bibcode :1992PNAS...89.2002B. doi : 10.1073 /pnas.89.6.2002 . PMC 48584. PMID 1549558.
- ^ Petersen TN, Brunak S, von Heijne G, Nielsen H (2011). 「SignalP 4.0: シグナルペプチドと膜貫通領域の識別」Nat. Methods . 8 (10): 785–6 . doi : 10.1038/nmeth.1701 . PMID 21959131.
- ^ 「NetOGlyc」。CBS予測サーバー。 2013年5月11日閲覧。
- ^ 「NetPhos」。CBS予測サーバー。 2013年5月11日閲覧。
- ^ 「GOR4、CHOFAS、PELE」。タンパク質ツール。サンディエゴスーパーコンピュータセンター。 2013年5月12日閲覧。[永久リンク切れ ]
- ^ Kelley LA、Sternberg MJ (2009)。「Web 上でのタンパク質構造予測: Phyre サーバーを使用したケーススタディ」(PDF)。Nat Protoc。4 ( 3 ): 363– 71。doi : 10.1038 /nprot.2009.2。hdl : 10044 / 1 / 18157。PMID 19247286。S2CID 12497300。
- ^ 「SymAtlas Expression FAM46B」。BioGPS。スクリプス研究所。 2013年5月12日閲覧。
- ^ 「UniGene Data、FAM46B」。EST プロファイル。国立生物工学情報センター。2013 年5 月 12 日閲覧。
- ^ 「ATXN1 - アタキシン1」。遺伝学ホームリファレンス、国立医学図書館。 2013年5月11日閲覧。