オキサロバクター・アリフォルミゲネス

オキサロバクター・アリフォルミゲネス
科学的分類
ドメイン：	細菌
門:	シュードモナドタ
クラス：	ベータプロテオバクテリア
注文：	バークホルデリア目
家族：	オキサロバクター科
属:	オキサロバクター
種：	オオアリフォルミゲネス
二名法名
	オキサロバクター・アリフォルミゲネス; チミエルら、2022
タイプ株
	オキサロバクター・アリフォルミゲネスVa3 T

オキサロバクター・アリイフォルミゲネスは、グラム陰性、非胞子形成、シュウ酸分解嫌気性細菌であり、最初にヒトの糞便サンプルから分離されました。 [ ^1]O. アリイフォルミゲネスはシュウ酸を主な炭素源として消費しますが、インドール生成および硫酸塩と硝酸塩の還元は陰性です。^[2]細胞は桿体状ですが、時折湾曲しており、鞭毛を持ちません。^[2]

O. aliiformigenes はヒトの消化管に存在し、通常はヒトの糞便から分離されます。O . aliiformigenesは、シュウ酸を主な炭素源として利用し、シュウ酸の吸収を防ぐという独自の能力があるため、シュウ酸カルシウム腎結石症や原発性高シュウ酸尿症を軽減する役割を果たすと考えられています。^[3]^[4]

分類

Oxalobacter aliiformigenes は、脂肪酸プロファイル、16S リボソーム RNA配列、oxc (オキサリル-CoA 脱炭酸酵素) 遺伝子とfrc (フォルミル-CoA トランスフェラーゼ) 遺伝子に特異的な DNA プローブに基づいて、当初はOxalobacter formigenesのサブグループであると考えられていました。^[1]^[5]^[6]^[7]しかし、全ゲノムが配列決定され、平均ヌクレオチド同一性計算、デジタル DNA-DNA ハイブリダイゼーション、系統樹解析に基づいて、O. aliiformigenes は異なる種であると判断されました。^[2]

抗生物質耐性と感受性

オキサロバクター・アリフォルミゲネスは、アモキシシリン、アンピシリン、セフトリアキソン、セファレキシン、ストレプトマイシン、バンコマイシンに対して試験管内耐性を示し、クラリスロマイシン、クリンダマイシン、シプロフロキサシン、ドキシサイクリン、ゲンタマイシン、テトラサイクリンに対して試験管内感受性を示す。^[3]^[8]

ゲノム

O. aliiformigenesのゲノムは2.2～2.4 Mbの配列が解読されており、G+C含有量は50.9～51.5%である。^[2] ゲノム中に存在するベータラクタマーゼ遺伝子は、ベータラクタム系抗生物質に対する耐性をもたらす可能性がある。^[2]

文化の成長

O. aliiformigenes はCO ₂ -重炭酸緩衝シュウ酸培地で生育し、通常は嫌気性ハンゲートチューブまたは嫌気性チャンバーで培養されます。^[9]シュウ酸は 20～100 mM（必要な細胞密度に応じて）で補充され、細菌は 37 °C で 24～72 時間培養されます。^[2]^[9]酢酸は培養に必要ですが、それだけでは成長をサポートしません。細菌は pH 7.0～2.0 の範囲で十分に成長できます。^[3]胆汁酸塩の濃度が高いと成長が阻害されますが、低濃度では耐えられます。^[3]この種はある程度の酸素レベルに耐えることができますが、細胞数は減少します。^[3]

細菌は嫌気性ロールチューブを使用して分離されます。嫌気性ロールチューブは不透明なシュウ酸寒天培地で満たされたフンゲートチューブで、オキサロバクターの培養が成功するとクリアランスゾーンが表示されます。^[9]

参考文献

^ ab Allison MJ、Dawson KA、 Mayberry WR、Foss JG (1985 年 2 月)。「Oxalobacter formigenes gen. nov.、sp. nov.: 胃腸管に生息するシュウ酸分解嫌気性菌」。Archives of Microbiology。141 ( 1 ) : 1–7。doi :10.1007/BF00446731。PMID 3994481。S2CID 10709172。
^ abcdef Chmiel, John A.; Carr, Charles; Stuivenberg, Gerrit A.; Venema, Robertson; Chanyi, Ryan M.; Al, Kait F.; Giguere, Daniel; Say, Henry; Akouris, Polycronis P.; Domínguez Romero, Sergio Ari; Kwong, Aaron; Tai, Vera; Koval, Susan F.; Razvi, Hassan; Bjazevic, Jennifer (2022-12-21). 「古いグループ分けに対する新たな視点：Oxalobacter formigenes のゲノムと表現型の多様性、およびシュウ酸カルシウム結石予防への影響」。Frontiers in Microbiology . 13 : 1011102. doi : 10.3389/fmicb.2022.1011102 . ISSN 1664-302X. PMC 9812493. PMID 36620050 .
^ abcde Duncan, Sylvia H.; Richardson, Anthony J.; Kaul, Poonam; Holmes, Ross P.; Allison, Milton J.; Stewart, Colin S. (2002). 「Oxalobacter formigenes とヒトの健康におけるその潜在的役割」.応用環境微生物学. 68 (8): 3841–3847. doi :10.1128/AEM.68.8.3841-3847.2002. ISSN 0099-2240. PMC 124017. PMID 12147479 .
^ Allison, Milton J.; Cook, Herbert M.; Milne, David B.; Gallagher, Sandra; Clayman, Ralph V. (1986年3月). 「ヒトの消化管細菌によるシュウ酸の分解」. The Journal of Nutrition . 116 (3): 455–460. doi : 10.1093/jn/116.3.455 .
^ Jensen, NS; Allison, MJ (1994)。「 Oxalobacter formigenes種における嫌気性シュウ酸分解細菌の多様性に関する研究、要約 I-12」。1994年アメリカ微生物学会第 94 回総会要旨。ワシントン DC、米国: アメリカ微生物学会。p. 255。
^ Sidhu, H; Allison, M ; Peck, AB (1997). 「オリゴヌクレオチドプローブとプライマーを使用したOxalobacter formigenes株の同定と分類」。Journal of Clinical Microbiology。35 ( 2): 350–353。doi : 10.1128 / jcm.35.2.350-353.1997。ISSN 0095-1137。PMC 229578。PMID 9003594。
^ Garrity, George M.; Bell, Julia A.; Lilburn, Timothy (2005), Brenner, Don J.; Krieg, Noel R.; Staley, James T. (eds.)、「Class II. Betaproteobacteria class. nov.」、Bergey's Manual® of Systematic Bacteriology、ボストン、MA: Springer US、pp. 575–922、doi :10.1007/978-0-387-29298-4_2、ISBN 978-0-387-24145-6、2022-11-10取得
^ ランゲ JN、ウッド KD、ウォン H、オットー R、ムファリジ PW、ナイト J、他。 (2012 年 6 月)。「一般的に処方される抗生物質に対するヒトのオキサロバクター・フォルミジェネス株の感受性」。泌尿器科。79 (6): 1286–1289。土井：10.1016/j.urology.2011.11.017。PMC 3569510。PMID 22656407。
^ abc Daniel, Steven L.; Moradi, Luke; Paiste, Henry; Wood, Kyle D.; Assimos, Dean G.; Holmes, Ross P.; Nazzal, Lama; Hatch, Marguerite; Knight, John (2021-08-26). Julia Pettinari, M. (ed.). 「40 Years of Oxalobacter formigenes, a Gutsy Oxalate-Degrading Specialist」.応用環境微生物学. 87 (18). doi :10.1128/AEM.00544-21. ISSN 0099-2240. PMC 8388816 . PMID 34190610.

外部リンク

NCBI 分類ブラウザ
https://www.atcc.org/products/tsd-348
https://www.dsmz.de/collection/catalogue/details/culture/DSM-115068

[Allison_1985-1] Allison MJ、Dawson KA、 Mayberry WR、Foss JG (1985 年 2 月)。「Oxalobacter formigenes gen. nov.、sp. nov.: 胃腸管に生息するシュウ酸分解嫌気性菌」。Archives of Microbiology。141 ( 1 ) : 1–7。doi :10.1007/BF00446731。PMID 3994481。S2CID 10709172。

[:1-2] Chmiel, John A.; Carr, Charles; Stuivenberg, Gerrit A.; Venema, Robertson; Chanyi, Ryan M.; Al, Kait F.; Giguere, Daniel; Say, Henry; Akouris, Polycronis P.; Domínguez Romero, Sergio Ari; Kwong, Aaron; Tai, Vera; Koval, Susan F.; Razvi, Hassan; Bjazevic, Jennifer (2022-12-21). 「古いグループ分けに対する新たな視点：Oxalobacter formigenes のゲノムと表現型の多様性、およびシュウ酸カルシウム結石予防への影響」。Frontiers in Microbiology . 13 : 1011102. doi : 10.3389/fmicb.2022.1011102 . ISSN 1664-302X. PMC 9812493. PMID 36620050 .

[:2-3] Duncan, Sylvia H.; Richardson, Anthony J.; Kaul, Poonam; Holmes, Ross P.; Allison, Milton J.; Stewart, Colin S. (2002). 「Oxalobacter formigenes とヒトの健康におけるその潜在的役割」.応用環境微生物学. 68 (8): 3841–3847. doi :10.1128/AEM.68.8.3841-3847.2002. ISSN 0099-2240. PMC 124017. PMID 12147479 .

[4] Allison, Milton J.; Cook, Herbert M.; Milne, David B.; Gallagher, Sandra; Clayman, Ralph V. (1986年3月). 「ヒトの消化管細菌によるシュウ酸の分解」. The Journal of Nutrition . 116 (3): 455–460. doi : 10.1093/jn/116.3.455 .

[5] ^ Jensen, NS; Allison, MJ (1994)。「 Oxalobacter formigenes種における嫌気性シュウ酸分解細菌の多様性に関する研究、要約 I-12」。1994年アメリカ微生物学会第 94 回総会要旨。ワシントン DC、米国: アメリカ微生物学会。p. 255。

[:0-6] ^ Sidhu, H; Allison, M ; Peck, AB (1997). 「オリゴヌクレオチドプローブとプライマーを使用したOxalobacter formigenes株の同定と分類」。Journal of Clinical Microbiology。35 ( 2): 350–353。doi : 10.1128 / jcm.35.2.350-353.1997。ISSN 0095-1137。PMC 229578。PMID 9003594。

[7] Garrity, George M.; Bell, Julia A.; Lilburn, Timothy (2005), Brenner, Don J.; Krieg, Noel R.; Staley, James T. (eds.)、「Class II. Betaproteobacteria class. nov.」、Bergey's Manual® of Systematic Bacteriology、ボストン、MA: Springer US、pp. 575–922、doi :10.1007/978-0-387-29298-4_2、ISBN 978-0-387-24145-6、2022-11-10取得

[Lange_2012-8] ランゲ JN、ウッド KD、ウォン H、オットー R、ムファリジ PW、ナイト J、他。 (2012 年 6 月)。「一般的に処方される抗生物質に対するヒトのオキサロバクター・フォルミジェネス株の感受性」。泌尿器科。79 (6): 1286–1289。土井：10.1016/j.urology.2011.11.017。PMC 3569510。PMID 22656407。

[:3-9] Daniel, Steven L.; Moradi, Luke; Paiste, Henry; Wood, Kyle D.; Assimos, Dean G.; Holmes, Ross P.; Nazzal, Lama; Hatch, Marguerite; Knight, John (2021-08-26). Julia Pettinari, M. (ed.). 「40 Years of Oxalobacter formigenes, a Gutsy Oxalate-Degrading Specialist」.応用環境微生物学. 87 (18). doi :10.1128/AEM.00544-21. ISSN 0099-2240. PMC 8388816 . PMID 34190610.