エストニアの公用語はエストニア語で、ウラル語族のフィン・ウゴル語派に属し、フィンランド語と関連があります。隣接するロシア語とラトビア語とは関連性がなく、両言語はインド・ヨーロッパ語族(より具体的には、それぞれ東スラヴ語派とバルト語派)に属します。
ヴォロ語はウラル語族のフィン・ウゴル語派に属する言語です。かつてはエストニア語の南エストニア方言群の方言とみなされていましたが、現在では独自の標準語を持ち、エストニアの固有地域言語として公式に認められることを目指しています。
セト語はウラル語族のフィン・ウゴル語派に属する言語です。南エストニア語(ヴォロ語、タルトゥ語、ムルギ語とともに)またはヴォロ語の方言とみなされることもありますが、言語学者の中には、セト語とヴォロ語を共通語であるヴォロ・セト語の方言とみなしたり、セト語を独立した言語とみなしたりする人もいます。セト語は、現在の標準エストニア語よりも中世エストニア語に近く、リーロ民謡などの強い歴史的伝統を持っています。セト人(setokõsõq)は主にエストニア南東部のロシアとの国境付近のセトマー地方に居住し、主に東方正教徒です。一方、ヴォロ人(võrokõsõq)は伝統的にルター派で、歴史的なヴォル郡に住んでいます。


ロシア語は、エストニア国内で圧倒的に多く話されている少数言語です。エストニアにはロシア語話者が多数居住する町もあれば、エストニア語話者が少数派である町もあります(特に北東部、例えばナルヴァなど)。
歴史的に見ると、少なくともリヴォニア戦争以来、エストニアにはウクライナ人が居住していたが、その痕跡はほとんど記録されていない。しかし、タルトゥ大学はウクライナの文化史において重要な位置を占めており、19世紀には多くのウクライナ人学生が留学し、ウクライナ人学生団体「グロマダ」もタルトゥで活動していた。ソ連時代の産業移民によってさらに多くのウクライナ人がエストニアに渡来したが、その多くはロシア語を話す。現在エストニアでウクライナ語を話す人のほとんどは、2014年のロシアによるウクライナ侵攻後にエストニアに渡来したウクライナ人である。エストニアの学校でウクライナ語を教える試みが短期間行われたことがあり、ウクライナ語の日曜学校も短期間運営されていた。エストニアにはウクライナ語の新聞はなく、ウクライナ語の辞書や教育関連書籍も出版されていない。
ポーランド語がエストニアで広く使われたのは、ポーランド・リトアニア共和国がエストニア南部を統治していた比較的短い期間だけであり、その時期には行政言語としても使われていました。現在に至るまで、エストニアには常に少数のポーランド人が住んでいます。19世紀には、ポーランド人学者がロシア支配下のポーランドよりもタルトゥ大学でより自由な環境にあったため、ポーランドの著名な文化人がタルトゥで学んだこともあり、ポーランド語を話す人の数はやや増加しました。戦間期には、農業労働者や鉱山労働者もエストニアに移住し、エストニアのカトリック教会にもポーランド人信徒のコミュニティが形成され、ポーランドのボーイスカウト運動の地元支部(ハルツァーズ)もエストニア北東部で活動を開始しました。現在、エストニアではポーランド語はほとんど知られておらず、タルトゥ大学でわずかに教えられているだけで、数冊の会話集が出版されているに過ぎません。しかしながら、エストニアのカトリック教会では今でも時折ポーランド語での礼拝が行われており、個々のウェブサイトがポーランド語のメディアチャネルとして機能している。
バルト・ドイツ人(ドイツ語: Deutsch-Balten、またはBaltendeutsche)は、主にバルト海東岸(現在のエストニアとラトビア)に居住していたドイツ系住民である。バルト・ドイツ人の人口は、総人口の10%を超えることはなかった。[ 3 ]彼らは数世紀にわたり、その地域の社会、商業、政治、文化のエリート層を形成した。また、彼らの中には、特にサンクトペテルブルクにおいて、ロシア帝国の軍事および民間生活で高い地位に就いた者もいた。
バルト三国におけるドイツ人の歴史と存在は、1939年末のモロトフ=リッベントロップ協定の締結とそれに続くナチス・ソ連による住民移送によって突然終焉を迎えた。この時、バルト三国のドイツ人のほぼ全員がドイツ政府によってヴァルテラントとダンツィヒ=西プロイセンに再定住させられた。現在、エストニアにはドイツからの一時滞在者を除けば、ドイツ人はごくわずかしか住んでいない。ドイツ語はエストニア人の間で3番目に人気のある外国語である。
エストニア系スウェーデン人は、スウェーデン語を話す少数民族で、伝統的に現在のエストニア西部および北部の沿岸地域や島々に居住している。これらの地域(アイボランドとして知られる)へのエストニア系スウェーデン人の継続的な定住は、13世紀から14世紀に遡り、スウェーデン語を話す祖先が現在のスウェーデンとフィンランドからエストニアにやって来た。第二次世界大戦中、エストニアのスウェーデン語を話す少数民族のほぼ全員がスウェーデンに逃れ、現在エストニアに永住しているのは、残留を選んだごく少数の人々の末裔のみである。
エストニア手話(ESL、エストニア語:Eesti viipekeel)は、エストニアの国語手話です。1998年には、聴覚障害者1,600人、難聴者20,000人のうち、手話話者は約4,500人でした。[ 4 ]タリンとパルヌの都市では、聴覚障害のあるエストニア人の間で広く使われています。タリンの聴覚障害のあるロシア系エストニア人はロシア手話を使用し、タリン以外のロシア人はロシア語とエストニア語のピジン手話を使用する傾向があり、バイリンガルの場合もあります。形成期には、エストニア手話はロシア語とフィンランド語の手話の影響を受けていました。たとえば、「蝶」を表すESLの手話は、「鳥」を表すフィンランド語の手話から発展しました。いくつかの方言があり、その中で最も古いのはパルヌ方言です。
ロマ語は、エストニアのロマ民族によって話されている。
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