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明治時代（1868～1912年）まで、神宮寺は仏教寺院と神道神社が一体となった礼拝所であり、どちらも地元の神を祀っていた。[ 1 ]これらの複合施設は、神社の隣に寺院を建立し、その神の業の問題を解決しようとしたことから始まった。当時、神々も業の影響を受けると考えられており、そのため仏教だけが提供できる救済を必要としていた。神宮寺は奈良時代（710～794年）に初めて出現し、1868年の神仏分離法に従って破壊されるまで、1000年以上にわたって一般的であった。青岸渡寺は熊野三山神社の複合施設の一部である天台宗の寺院であり、そのため現存する数少ない神社仏閣の一つとみなすことができる。[ 2 ]
仏教が日本に伝来した際、既存の宗教制度や信仰から抵抗を受けた。既存の日本の宗教と中国仏教を調和させようとする最初の試みの一つ（後に神仏合合と呼ばれるようになるもの）は、奈良時代の8世紀に、神社と寺院からなる宗教施設であるいわゆる合宮寺の建立によって行われた。[注1 ] [ 3 ] [ 4 ]
史上初の神社兼寺院は、おそらく宇佐八幡宮で、779年に弥勒寺という寺院が完成したが、最も古い明確な記録は、749年に茨城県鹿島で神社の隣に寺院を建てた男の話である。[ 5 ] 神社の中に仏教の宗教的物品を納める背景には、神々は仏教の力によって解放される必要のある迷える存在であるという考えがあった。[ 4 ]当時、神々は人間と同じようにカルマと輪廻転生の対象となると考えられており、初期の仏教の物語では、苦しむ神々を助けるという任務は放浪の僧侶によって引き受けられたと語られている。[ 6 ]放浪中、ある地元の神が僧侶の夢に現れ、自分の問題を告げた。[ 6 ]僧侶は儀式や経典の読誦によって神々のカルマを改善するために、既存の神々の神社の隣に寺院を建てた。[ 6 ]神社に寺院を建てることで神社寺院複合体が生まれ、2つの宗教の融合の過程が加速した。[ 3 ]神社寺院の建設の結果、それまで伝統に従って単なる野外の場所であった多くの神社が、仏教様式の建物群となった。[ 7 ]このようにして、それまで地元の神々の信仰 に捧げられていた多くの場所が仏教に引き継がれた。
空海自身は、神宮寺のような混合施設に何の問題も感じていなかったことを明確にする著作を残している。そこでは、仏教僧侶が神に代わって経典を唱え、神を悟りへと導いていた。この施設は政府の承認を得ており、一方では仏教を地方に広めるための手段として、他方では政府の宗教代表者をそこに配置するための手段として意図されていた。[ 5 ]平安時代には、神社の隣に多数の寺院が建てられたが、神宮寺という名称自体は次第に消えていき、寺院が神社の支配権を握るようになったことを示唆している。仏教がどれほど普及していたかは、今日でも神道の神社の中で最も神聖な場所とされている伊勢神宮でさえ、1868年には300近くの仏教寺院を含み、仏教を実践していたという事実から推測できる。[ 8 ]これは、神社内部での仏教を禁じる厳格な規則があったにもかかわらずである。[注2 ]
現存する神宮寺はごくわずかで、いずれも完全な形で残っているものはないため、その構成は古い絵や絵画を通してのみ知られています。神社寺院の寺院部分は、本殿（本地堂）[注3 ] 、塔、門、別院（僧侶の住居）[ 9 ]など、いくつかの建物から構成されていたことが分かっています。住職は社僧と呼ばれ、神社の住職と仏教僧の両方の資格を持っていました。
8世紀末、融合の第二段階とされる時期に、八幡神は法の守護神とされ、少し後に菩薩とされました。[ 3 ]寺院に八幡神のための祠が建てられ始め（いわゆる寺社が誕生）、神と仏教の融合の過程において重要な一歩となりました。[ 3 ]奈良の東大寺に大仏が建立された際、伝説によれば八幡神自身の願いにより、寺院の境内に八幡神のための祠も建てられました。[ 6 ]八幡神は、大仏の金属となる金と銅の鉱山を寺院が見つけるのを手伝ったことへの当然の報酬として、この祠を建立しました。[ 6 ]その後、全国の寺院は鎮守神（鎮主）を採用し、鎮主社と呼ばれる特別に建てられた祠に祀った。[ 3 ]
神宮寺の変形として宮寺（みやでら）があった。宮寺は仏教僧によって建立され、僧侶によって運営される寺院であったが、その主な崇拝対象（本尊）は神であった。[ 5 ]神宮寺とは異なり、宮寺には別の神社で神事を行う僧侶の一族はいなかった。また、神宮寺とは異なり、宮寺の僧侶は結婚してその地位を子供に継承することができた。結婚の権利を否定された従属的な役割を担う仏教僧もいた。[ 5 ]宮寺の有名な例として、現在はただの神社である岩清水八幡宮がある。その本尊は応神天皇の魂である八幡神であった。
最初の宮寺は、大安寺の行教という僧侶が宇佐の八幡神を岩清水八幡宮に招いて 創建した。[ 1 ]祇園社、寛慶寺、北野天満宮などの他の宮寺も、その後まもなく創建された。宮寺は、熊野三山や白山神社群のような山岳宗教の神社群に特に多く存在した。
伝統的に「二十二神社システム」と呼ばれてきた不適切な名称の組織は、実際には仏教の管理下にある神社寺院のネットワークであった。[ 5 ] その 神宮寺は、宗教施設であると同時に、藤原氏のような宗教的事柄を支配したいと願う一族の権力の手段でもあった。二十二神社システムは、それらを組織化し、その支配を容易にすることを目的としていた。[ 5 ]
かつて神社を構成していた二つの施設は、現在ではそれぞれ独立した組織となっています。旧寺院部分へのリンクは、旧神社部分へのリンクに続いています。
1868年、政府は仏教と神道の完全分離を命じた。この措置にはいくつかの目的があったが、主な目的は徳川幕府と協力関係にあった仏教の弱体化であった。政府の「神仏分離法」は寺院の閉鎖、仏教財産の破壊、僧侶や尼僧の離賽を明示的に命じてはいなかったものの、しばしばそれらを暗に示唆するものと解釈された。その結果、 徳川幕府と協力関係にあった仏教への反発として自然発生的に生まれた「廃仏除」運動は、瞬く間に全国に広がり、甚大な影響を及ぼした。 1868年から1874年の間に、推定3万の仏教建築物が破壊された。[ 10 ]檀家制度によって経済的に搾取されていると感じていた人々の多くがこの運動に参加した。
神仏分離政策は、重要な文化財に深刻な損害を与える直接の原因でもありました。二つの宗教の混合が禁じられたため、神社仏閣は違法となった財産の一部を手放さざるを得なくなり、文化遺産の完全性が損なわれ、歴史的・経済的価値が低下しました。[ 11 ]社僧は在家者になることを強いられました。例えば、鎌倉にある現在の鶴岡八幡宮は、1868年までは鶴岡八幡宮という神宮でした。この神社は、仏教の七道伽藍全体を解体し、木材として売却することを強いられました。[ 11 ]寺院の入り口の両脇に通常置かれている二体の木製の守護神である巨大な仁王は、仏教の信仰の対象であったため、その場所では違法となり、寿福寺に売却され、現在もそこにあります。[ 12 ]
別頭寺は神宮寺の同義語としてよく使われる。[ 13 ]しかし、別頭寺は特に別頭、つまり寺院を管理する仏教僧がいる寺院を指す。神宮寺よりも管理的な概念である。