2003年から2006年にかけてのイラク反乱の段階

イラクでの反乱の始まりには、いくつかの要因が影響した。侵攻してきた米国主導の部隊は、高度に中央集権化された国家権力の突然の崩壊によって生じた権力の空白をすぐに埋めることができず、数週間にわたる事実上の無政府状態を招いた。サダム・フセインが軍隊を恐怖に陥れていたこと、そして米国側が侵攻計画に時間的制約があったことから、侵攻開始後に権力の空白が生じた。これは、イラク兵が米軍が到着する前に地域を放棄したこと、そして米国がサダムが権力から排除された後に何をすべきかについての計画を立てていなかったことが原因である。^{[ 1 ]}米国主導の部隊が状況を制御できなかったことが、イラク人の憤りにつながった。さらに、サダム政権が予想外に急速に崩壊したため、侵攻部隊は大規模な戦闘で彼の軍隊と交戦して決定的に打ち負かすことはなく、イラク軍は武器を持ったまま、単に散り散りになって家に帰った。少なくともその理由の一つは、米国主導の部隊による侵攻後、米国大使ポール・ブレマーの決定によりイラク軍と治安機関が解散されたことであった。^{[ 2 ] [ 3 ]}もう一つの不満の原因は、侵攻で苦しむイラク人に対する即時の人道支援や復興努力の欠如、サダム政権の抑圧と管理の失敗の長期的な影響、そして国際制裁であった。^{[ 4 ]}多くの派閥は米国の長期的な意図に疑念を抱いており、一部の米兵の行動も緊張を高める一因となった。^{[ 5 ]}連合暫定当局によって設置された脱バアス化委員会、統治評議会の選出方法、その他の政策決定は、スンニ派アラブ人によって自分たちのコミュニティを差別する意図的な行動と解釈され、これが宗派間の緊張の始まりを促した。^{[ 6 ]}しかし、侵攻以前からイラクでは宗派間の緊張が既に存在しており、それはサダム政権下でこれらのコミュニティ間に内在する不平等によるものであった。^{[ 7 ]}

反乱グループのメンバーはさまざまな出自から集まった。^{[ 8 ]}バアス政権の治安機関の元メンバー、元軍将校、その他のバアス党員が反乱グループのメンバーとして挙げられており、実際、これらの要素が初期の反乱の主要な基盤を形成した。^{[ 9 ]}当初、バアス党の元メンバーと元イラク兵のほとんどは連合軍との妥協の意思を示した。しかし、ブレマーによるイラク軍の解散により、多くの人が職と年金を失った。これと、連合暫定当局が元バアス党員と交渉する意思がなかったことが、初期の反乱の原動力となった。^{[ 10 ]}将校の80%がスンニ派であったのに対し、正規軍の一般兵の80%はシーア派であった。^{[ 11 ]}サダムが失踪する前に刑務所から釈放した囚人は、反乱軍の新兵と組織犯罪派閥の両方の供給源となった。^{[ 12 ]}最後に、オハンランが言うように、イラクの国境が緩いことと、それに伴う外国の反乱軍もまた、反乱を助長した。^{[ 13 ]}

2003 年 4 月、イラク正規軍が敗北し解散した後、米軍は、いわゆる「スンニ派三角地帯」のさまざまな地域、特にバグダッドとファルージャおよびティクリート周辺地域で、米軍に対する攻撃が徐々に増加していることに気づいた。^{[ 14 ]}これらの攻撃は、アサルトライフルやロケット推進式手榴弾を発射するゲリラと思われる小グループによるもので、米軍のパトロールや輸送隊に対して、基本的な IED (即席爆発装置) を使用した。これらの攻撃は、計画が不十分で、射撃技術や訓練が不十分であることがしばしば明らかになった。多くの場合、反乱軍は反撃で殺された。米軍は、これらの攻撃はバアス党の残党とフェダイン・サダム民兵によるものだと非難した。これらの攻撃の多くは、不満を抱いたイラク軍の元メンバーによる「無差別攻撃」だったようだ。 米軍とファルージャの住民との間の緊張は特に激しく、群衆の暴動や小規模な衝突が頻繁に発生した。^{[ 15 ]}

発生した攻撃に対応して、6月9日、米軍は半島攻撃作戦を開始し、アイアンホース任務部隊の兵士2,000人がスンニ派三角地帯のティグリス川のトゥルイヤ半島を掃討し、イラク人397人を拘束した。^{[ 16 ]}拘束された者のほぼ全員が後に釈放され、この作戦は攻撃の流れを食い止めることができなかった。夏の間、スンニ派三角地帯では、サイドワインダー作戦、ソーダマウンテン作戦、アイビーサーペント作戦など、同様の作戦が次々と開始された。デザートスコーピオン作戦として知られる作戦の1つは、シリア国境の町ラワ近郊で、フェダイン・サダムと関連している可能性のある70人以上の地元戦闘員の野営地を破壊することに成功した。^{[ 17 ]}

しかし、これらの初期の対反乱作戦は反乱を鎮圧するには至らなかった。掃討作戦は攻撃の波を食い止めることができず、2003年の夏には1日に約12件の攻撃が発生し、平均して毎日1人の米兵が死亡、7人が負傷した。ゲリラは、IED（通常は道路脇に仕掛けられた隠蔽爆弾）の設置、迫撃砲の使用、より計画的な待ち伏せなど、新しくより複雑な戦術を採用し始めた。^{[ 18 ] [ 19 ]}人道支援活動の一部は「飴と鞭」戦略として意図されていたが、封鎖と捜索作戦はあまりにも大雑把で慎重に標的を絞っていないとして広く批判されている。襲撃中に多数の罪のないイラク人が拘束されたこと、ゲリラが待ち伏せの隠れ場所を奪うためにヤシの木やその他の植物が除去されたこと（これらは多くの農民の生計手段であった）、そして水や電気などの基本的なサービスが戦前の水準に戻らなかったことが、スンニ派の間で民族主義的な抵抗を強め、イラク国民の幻滅につながり始めた。さらに、夏が終わる頃には、イスラム過激派テロの脅威が高まっていることを示唆する一連の自爆テロが始まった。 8月19日の国連を標的としたカナルホテル爆破事件、そしてアヤトラ・モハメド・バキル・アル＝ハキム師を含む数十人が暗殺されたイマーム・アリー廟での大規模爆発事件。わずか10日後には、紛争の新たな局面が始まった。^{[ 20 ]}

連合軍は8月に作戦をより慎重に標的にするために人的情報収集を強化する取り組みを開始した。この取り組みは最終的に同国中北部地域（ティクリートからモスルとキルクークの南の境界までを含む）で限定的かつ一時的な成果を上げ始めた。情報提供者が次の6か月間、部隊を主にフェダイン・サダムと残存するバース党抵抗勢力に属する隠れ家や武器庫に案内したからである。^{[ 21 ]}しかし、不満を抱いた民族主義抵抗勢力が勢力を拡大し始めたため、スンニ派地域のほとんどで米国の軍事状況は徐々に悪化した。

2003年10月、反乱軍の攻撃の激しさとペースが増し始めた。そして10月末、イラク警察と国際赤十字に対する4件の同時自爆自動車爆弾攻撃が発生し、それに続いてゲリラ攻撃が急増したことで、イスラム教の聖月ラマダンの開始と重なったことから「ラマダン攻勢」と呼ばれる反乱軍の活動が始まった。1日に50件近くにまで増加した攻撃と一連のヘリコプター撃墜により、11月には米軍の死者は82人、負傷者は337人に達した。^{[ 22 ]}

これに対し、連合軍は11月第2週に「アイアンハンマー作戦」と呼ばれる反攻作戦を開始した。アイアンハンマー作戦では、サダム政権打倒のための最初の戦争終結以来初めて米軍の航空戦力が再び投入され、待ち伏せの疑いのある場所や迫撃砲の発射陣地が空爆と砲撃を受けた。主要道路の監視、パトロール、反乱分子と思われる人物への襲撃も強化された。さらに、サダムの生誕地であるアル・アウジャ村と小さな町アブ・ヒシュマを含む2つの村が有刺鉄線で囲まれ、厳重に監視された。アイアンハンマー作戦後、反乱分子の攻撃件数は1日平均18件に減少した。反乱に関与したバース党員に対する襲撃を後押しする情報活動の波の中で、サダム・フセイン自身も2003年12月12日、ティクリート近郊の農場で逮捕された。この明らかな成功により、多くの人々は米国が反乱との戦いで優勢になりつつあるという楽観的な見方を新たに抱くようになった。

2003 年 12 月から 2004 年 3 月までの期間は、ゲリラ攻撃が比較的小康状態であった。反乱勢力にいくらかの損害はあったものの、これは主に米国の新たな戦術が研究され、新たな攻勢が計画された再編成期間によるものと考えられている。ゲリラ攻撃は激しさを失っていたものの、アブ・ムサブ・アル・ザルカウィの信奉者と関係があると思われる「テロリスト」の攻勢は増加の一途をたどった。この期間、一連の大規模爆撃により、数百人のイラク市民と警察官（主にシーア派）が死亡した。これらの出来事は、当時アル・ザルカウィが率いるジャマート・アル・タウヒード・ワル・ジハードとして知られていた組織が、反乱勢力の中で主要な勢力として台頭したことを示すものであった。^{[ 23 ]}この組織は、外国人戦闘員とイラク人の両方で構成され、過激なスンニ派イスラム主義のアジェンダを持っていた。^{[ 24 ]}

米国主導の連合軍に対する抵抗は、イラクのスンニ派地域にとどまることは長くはなかった。この間、シーア派、特に都市部の貧困層の間で、占領に対する不満が徐々に高まっていった。その理由は、スンニ派の場合と同様、連合軍が約束を果たしていないという認識と、外国による占領に対する民族主義的な不満であった。職も将来性もなく、米国の約束に失望した多くの若者が、シーア派の宗教的過激主義、特に聖職者ムクタダ・アル＝サドルが提唱する過激主義に惹かれ始めた。サドルの名門の家柄、そして彼の激しい反占領の演説とイスラム法の施行を求める呼びかけは、彼をイラクのシーア派社会における指導者へと押し上げた。 2003年6月、イラク統治評議会の委員の座を拒否された後、彼はマフディー軍として知られる民兵組織を創設し、その使命は秩序を維持し、イラクから「悪」を一掃することだと述べていた。その時点から、米国は彼を脅威とみなしていたが、弾圧を進めるかどうかについては意見が分かれていた。最終的に、サドルのレトリックが激化し、彼の民兵が米国への挑戦のように見える形でサドル・シティを行進したため、米国は彼の運動を締め付け始めることを決定した。3月29日、彼らはサドルの新聞「アル・ハウザ」を閉鎖し、彼の側近の1人を殺人容疑で逮捕した。これに加えて、米国が支援する暫定政府内での彼の政治的成功の見込みが着実に低下していたため、サドルは武装蜂起を決意した。^{[ 25 ]}

4月4日、マフディー軍は連合軍の標的への攻撃を開始し、米国が訓練したばかりのイラク治安部隊から支配権を奪取するよう指示された。当時3,000人から10,000人の兵力を擁していたマフディー軍は、急速にエスカレートする暴動を組織し、その後連携した攻撃を開始し、連合軍とイラク軍を奇襲して、ナジャフ、クーファ、アル・クート、バグダッドの一部、そしてナシリヤ、アマラ、バスラといった南部の都市を制圧した。イラク治安部隊は広範囲に崩壊し、ほとんどの兵士が戦うよりも脱走または反乱軍に寝返った。間もなく、米軍が支配権を維持し、反攻の準備を進める中、イラク南部と中部の多くの都市で戦闘が勃発した。

同時に、スンニ派の反乱は急速に激化していた。2004年3月31日、米軍のために働いていた民間軍事請負業者4人が、米軍駐留に対するスンニ派の抵抗の中心地として長年特に厄介な存在であったファルージャ市で、反乱軍と住民の群衆によって殺害され、その後遺体は損壊された。同日、市から数マイル離れた道路で、米兵5人が大型のIEDによって死亡した。これらの攻撃は、ファルージャが位置するアンバール県の責任を米陸軍から海兵隊が引き継いだ時期に発生した。海兵隊が計画していたパトロール、攻撃性の低い襲撃、人道支援、地元指導者との緊密な協力という戦略はすぐに中止され、米国は反乱軍を一掃するために大規模な攻撃を行う時が来たと判断した。4月4日、米軍とイラク軍は、明らかに完全に反乱軍の手に落ちていたファルージャ市を奪還するために、ビジラント・リゾルブ作戦を開始した。彼らはゲリラから非常に強固で組織的な抵抗を受けた。ファルージャを防衛する反乱軍は2,000人以上と推定され、小隊規模の部隊に分かれていた。ゲリラはイラク戦争ではこれまで見られなかった高度な戦術を用い、間接射撃支援、援護射撃、段階的撤退といった標準的な歩兵戦術を使用した。これはソ連式の「縦深防御」戦略に似ていると指摘され、アフガニスタンのムジャヒディンを彷彿とさせる戦術を用いる可能​​性が高い外国人ジハード主義者ではなく、イラク軍の元メンバーからの指導があったことを示唆している。米海兵隊との3日間の戦闘の後も、反乱軍は依然として市の4分の3を支配していた。

広範囲にわたる活動と計画性、そして全国的な反乱勢力の連携を示唆する事例がいくつか確認された。数百人の反乱勢力がファルージャと東のバグダッドを結ぶ道路を遮断し、ファルージャの西にあるラマディでは150人以上の反乱勢力が米海兵隊の陣地を攻撃した。その後、約150人の反乱勢力がシリア国境近くのアル・カイムにある米海兵隊に対して同様の攻撃を行った。これらの攻撃は撃退されたものの、両攻撃を合わせた米軍の死傷者は数十人に上った。

ファルージャの病院が民間人の死傷者数の多さを報告し続け、イラク国民とイスラム世界全体の怒りをさらに煽ったため、米国とイラク統治評議会に対する政治的圧力が高まり始めた。2週間の戦闘の後、米海兵隊はファルージャ市を占領寸前まで追い詰めたが、まだ市の中心部を掌握していなかった。国防総省の指導者たちは、市の占領を続けると連合軍の権威に対する大規模な反乱がさらに激化する恐れがあると考え、部隊を撤退させた。海兵隊は4月30日に待機命令を受け、市を封鎖し、その後6か月間、市の周囲に留まることになった。

4月30日、イラク軍の元隊員、地元のボランティア、さらには反乱軍自身から構成される部隊「ファルージャ旅団」を創設することで、ファルージャ市内の治安を確保する妥協が成立した。この部隊の編成は停戦交渉の一環だった。この部隊は連合暫定当局の指揮下で活動し、イラク警察や国家警備隊と共にパトロールを行うが、自治権を維持することになっていた。ファルージャ旅団には、サダム政権時代の忠誠派が多くいた。様々な報告によると、旅団のメンバーは支配的な反乱組織に再統合した。^{[ 26 ]}市は反乱軍と反乱勢力の支配下に留まった。伝えられるところによると、アブ・ムサブ・アル・ザルカウィの組織は、この地域で一定の権限を行使していた複数の組織の一つだった。

春の蜂起が終わる頃には、ファルージャ、サマラ、バクーバ、ラマディの各都市はスンニ派ゲリラの支配下に置かれ、これらの都市における米軍のパトロールは停止していた。反乱は再び大きな転換期を迎え、反乱組織はファルージャなどの都市に安全な拠点を得て、互いに連携を深め、発展していった。アル・ザルカウィのグループとその同盟勢力は、民族主義やバアス党の理念を掲げる他の反乱グループと不安定な協力関係にあったが、スンニ派反乱勢力の支配地域内では、これらのグループ間の領土争いが激化していった。

米軍はサマラとバクーバに装甲部隊による突撃を散発的に行っただけであり、ラマディでは米海兵隊が6つほどの小さな砦を維持していたが、市周辺の地域は反乱軍が支配していた。米軍地上部隊はファルージャの外に留まったが、市内のアブ・ムサブ・アル・ザルカウィの信奉者の隠れ家とされる場所に対して定期的に空爆が行われた。ファルージャの戦いが終わると、スンニ派の反乱はこれらの都市の外に残る米軍に対して続き、ゲリラは米軍を間接的に攻撃するためにIEDや迫撃砲を使用する戦術を再開し、ほとんどの場合、直接戦闘を避けた。

一方、シーア派が支配する南部では戦闘が続いた。その後3か月で、1,500人以上のマフディー軍民兵、数百人の民間人、数十人の連合軍兵士が死亡し、米国は徐々に南部の都市を奪還した。6月6日、停戦が成立し、戦闘は一時的に終結した。サドル師は暫定政府と武器を置いて政治プロセスに参加する交渉に入ったが、米国はマフディー軍が軍事的に敗北したと宣言した。イラクのナジャフを担当する米軍最高司令官マーク・ハートリング准将は 、「ムクタダ民兵は軍事的に敗北した。ここ数週間で数十人を殺害したが、これはナジャフだけでのことだ。[...] 民兵は敗北したか、あるいは撤退した…」と述べた。しかし、サドル師はナジャフとサドル・シティの一部を支配下に置き、米国はそれらの地域以外の南部でパトロールを続けた。

2004年6月28日、連合軍は正式に占領を終結させ、イヤド・アッラーウィー首相率いる新イラク政府に権力を移譲した。南部情勢が落ち着き、権力移譲が行われたことで、多くの人々は進行中のスンニ派反乱の勢いが弱まることを期待した。多くのイラク人は新政府に楽観的だったが、武装勢力はそれをアメリカの傀儡政権としか見なさず、戦闘を衰えさせることなく続けた。7月18日、ゲリラはアッラーウィー首相の暗殺に28万5000ドルの懸賞金をかけた。

しかし、間もなく南部の平和は再び破られることになる。ナジャフ周辺地域を米陸軍から引き継いだ米海兵隊は、マフディー軍に対してより攻撃的な姿勢を取り始め、これまで立ち入り禁止区域とされていた地域をパトロールし始めた。間もなく、マフディー軍は停戦が破られたと宣言し、民兵が警察署を襲撃した。米軍はこれに対応し、8月の第1週には、イラクで最も神聖なシーア派イスラム教徒の聖地とされるイマーム・アリー廟の支配権をめぐって、ナジャフ（シーア派イスラム教徒にとって最も神聖な都市の1つ）で長期にわたる紛争が勃発した。聖廟周辺のナジャフ旧市街と、世界最大級の墓地の1つであるワディ・アル・サラム（平和の谷）墓地で激しい戦闘が繰り広げられた。地上に霊廟や洞窟が密集する墓地の地形は、サドル師の民兵組織による都市型ゲリラ戦に有利だった。米兵たちはそれを「ジャングルのないジャングル戦」と表現した。それでも米軍は着実に前進を続け、サドル師の部隊に大きな損害を与え、サドル師自身も軽傷を負った。

結局、3週間の戦闘の後、当初は少なくとも2,000人の民兵が市内と墓地に分散していたサドル師の部隊は、聖廟内部に残る数百人にまで減少した。戦闘の多くは米軍によって行われたが、聖廟に入るのはイラク軍のみと予想されていた。イラクの有力シーア派聖職者で聖廟を守るマフディー軍の指導者であるムクタダ・アル＝サドル師との交渉が試みられたが、膠着状態は解消されなかった。8月25日、73歳の大アヤトラ・アリ・アル＝シスターニ師がイラクに到着し、流血を止めるためにナジャフへ向かう旅を始めた。翌日には、シスターニ師が仲介した合意が発効したように見えた。合意の正確な内容は明らかではなかったが、マフディー民兵が武装解除してナジャフから撤退し、米軍が市から撤退し、これらの部隊は暫定政府治安部隊に置き換えられることになっていた。暫定政府の報道官は、アル・サドル師の支持者は政治プロセスに参加でき、アル・サドル師は自由の身でいられる可能性があると述べた。これらの条件は、6月に合意された停戦協定の条件とほぼ同じだった。合意によれば、アヤトラ・シスターニ師はイマーム・アリー廟の管理も引き継ぎ、戦闘員は廟から退去し、参拝者は立ち入りが許可される。さらに、イラク暫定政府は戦闘によって生じた建物の損傷を修復することに同意する。この合意は、ナジャフ出身の著名なシー​​ア派聖職者、サイード・モハメド・バキル・アル・ハキム師の暗殺から1年となる2日前に成立した。

マフディー軍と米軍は概ね停戦を遵守し、ナジャフから撤退してイラク政府に支配権を返還したが、ナジャフに残っていたサドル派民兵の多くは武器を保持したまま、再編成のために北部のサドル市へ移動した。サドル市の地元指導者と米軍の間で行われた、地元ゲリラとナジャフでの戦闘経験者の武装解除に関する交渉は、9月初旬までに決裂した。サドル氏の命令で行動していなかった可能性のあるマフディー軍は、米軍がサドル市をパトロールすることを認める合意や、武器の引き渡しを伴う合意を拒否した。その結果、9月6日、米軍とサドル市のシーア派民兵の間で激しい戦闘が再開した。戦闘開始から数日間で、少なくとも米兵2名と、民間人および戦闘員を含む数十名のイラク人が死亡した。ファルージャの北9マイル地点で発生した自動車爆弾テロにより米海兵隊員7名とイラク兵3名が死亡したこと、そしてバグダッドでスンニ派反乱軍によるIED（即席爆発装置）攻撃が増加したことが重なり、2004年9月7日、イラク戦争における米軍の死者総数は1000人を超えた。

イラクの大部分でサドル師の勢力による暴力的な脅威が排除されたことで、連合軍とイラク政府は春の蜂起で残った多数のスンニ派ゲリラの安全地帯を制圧することに注力し始めた。米国主導の連合軍とアッラーウィー政権の当局者は、2005年1月に予定されていたイラク議会選挙に先立ち、ゲリラの拠点奪還計画の策定を開始した。多くのオブザーバーや連合軍当局者は、広大な地域をゲリラの支配下に置いたままにしておくと（そしてその地域に住む住民が投票できないままにしておくと）、選挙の正当性が損なわれるのではないかと懸念していた。ゲリラの支配が最も弱い都市から先に制圧される予定で、反乱の中心地であるファルージャは米国大統領選挙後まで待たれることになった。

この時期にはスンニ派反乱勢力内部でも変化が起きていた。 10月17日にザルカウィがウサマ・ビン・ラディンへの忠誠を宣言する声明を発表した後、ジャマート・アル・タウヒード・ワル・ジハードはタンジム・カイダト・アル・ジハード・フィ・ビラード・アル・ラフィダイン（イラクのアルカイダ（AQI））に改名し、反乱勢力の指導権を積極的に求め、スンニ派の領土の広範囲（バグダッド市内のハイファ通りを含む）を支配下に置いた。

最初の攻勢は2004年9月1日に始まり、米軍とイラク軍はモスルの西に位置するトルクメン北部の都市タル・アファルを包囲した。米軍は、この町がイラクのアルカイダ系外国人ゲリラの侵入と近隣のシリアからの武器の輸送拠点として利用されていると述べた。12日間の包囲の後、9月12日に米軍とイラク軍はタル・アファルを奪還した。戦闘で少なくとも58人が死亡したと報じられている。

攻勢の次の段階は9月30日に始まり、米陸軍第1歩兵師団の兵士3,000人とイラク軍兵士2,000人がゲリラ支配下のサマラに奇襲攻撃を仕掛けた。反乱軍のサマラ支配は脆弱であることが判明し、反乱軍は米軍の装甲車両と航空戦力によってすぐに撃退された。ゲリラのほとんどは戦うことなく、市から逃走するか、住民の中に紛れ込んだ。米国は反乱軍兵士130人と米兵1人が死亡したと推定したが、住民は死者の中に多くの民間人が含まれていたと報告した。米軍は10月4日に作戦の成功を宣言した。米軍はまた、バグダッドの北にあるバクーバでも移動の自由を獲得したと報告したが、どちらの都市も完全に「平定」されたわけではなかった。

次の段階は10月5日に始まった。3,000人の連合軍とイラク軍が、バグダッドのすぐ南にあるバビル州北部でスンニ派反乱軍に対する掃討作戦を開始した。この地域は、人質事件やゲリラによる暴力が多発していることから「死の三角地帯」とも呼ばれている。連合軍は前線基地からユーフラテス川を渡って西へ移動し、重要な橋を確保し、家々を捜索した。今回も反乱軍は、驚くべきことに多くの民間人も、戦闘を避けて近隣地域に避難し、攻撃開始前に姿を消した。小規模な反乱軍の嫌がらせは報告されたが、大規模な戦闘はなかった。その結果、この作戦は反乱軍戦闘員の捕獲にはほとんど成功しなかった。

同時に、イラク暫定政府、部族指導者、マフディー軍関係者による交渉が成功裏に行われ、サドル市での戦闘は終結した。武器の引き渡しが発表され、シーア派反乱軍からイラク警察へ武器が少しずつ供給された。マフディー軍は武器備蓄の一部を保持していたものの、もはやイラクの暴力的な反乱に公式に積極的に参加することはなくなった。サドル師は、占領に強く反対する姿勢を崩すことなく、選挙への参加を繰り返し表明した。

これにより、スンニ派反乱の中心地であるファルージャは攻撃に備えざるを得なくなった。多数の米陸軍と海兵隊が市を取り囲む基地に集結し始め、ほとんどの民間人が避難した。この増強を支援するため、英国軍は850名からなるブラックウォッチ連隊をバスラからバグダッド南部の「死の三角地帯」に派遣し、ファルージャに向かう米軍と交代させた。この決定は英国で物議を醸し、特にブラックウォッチ連隊が自爆テロや路肩爆弾による執拗な攻撃で犠牲者を出した後は、その批判はさらに強まった。

ファルージャ周辺での米軍とイラク軍の増強は続き、11月初旬、米大統領選挙の頃には、5,000人以上の米軍と1,000人のイラク軍がファルージャを包囲していた。イラク軍は、米軍の訓練を受けたイラク治安部隊の中でも最も有能とみなされた部隊から選抜され、主にイラクのシーア派地域から集められた。11月8日、ファントム・フューリー作戦でファルージャへの攻撃が開始された。多くのゲリラは逃亡する民間人に紛れて逃げ出したようで、推定1万人にまで膨れ上がった反乱軍のうち、5,000人が市内に残っていた。この時点で民間人の大多数は避難していたが、数千人が残っていた（移動手段がなかったり、財産を守っていたりするため）。

集中的な空爆と砲撃（白リン弾やナパーム弾の使用を含む）が市街地を襲い始めた。同時に、米軍とイラク軍は主に北部から進軍を開始し、反乱軍が4月に多数の民間人の死亡を報告していた市内の主要病院を速やかに確保した。ゲリラの抵抗は当初予想よりも少なかったと報告されたが、これは陽動戦術による部分と、ファルージャの反乱軍の大部分が逃亡していたことが一因であった。

市内各地で破壊された家々は、圧倒的な武力による戦略を物語っている。少なくとも1人の非武装で負傷した男性がアメリカ兵に殺害される様子を映した動画が公開され、アメリカ軍の占領の効率性に対する疑念と憤りが再び高まった。^{[ 27 ]}海兵隊員は後に無罪となった。敵は海兵隊員を死に誘い込む戦術として、死を偽装したり、死体にブービートラップを仕掛けたりすることがあると海兵隊員に警告していたためである。11月は連合軍にとって占領期間中最も死者数の多い月となり、4月を上回った。

11月9日までに、米軍部隊は市の中心部まで進軍した。この時点で、彼らはゲリラの小集団から激しい抵抗を受けており、ゲリラはヒット・アンド・ラン戦術や狙撃兵を用いていた。米軍が侵入した家屋を破壊するために仕掛けられたブービートラップにも遭遇し、中には死体に取り付けられたものもあった。1週間以内に、この攻勢で米兵38人以上が死亡、275人以上が負傷した。同時期の反乱軍の損害ははるかに大きく、数百人に上るとみられている。

米軍とイラク軍は徐々に反乱軍の主力部隊を市の南西部に押し込み、家々を慎重に捜索し、市街地をブロックごとに制圧していった。米軍は「ハンマーと金床」戦略を採用し、反乱軍を市の南西隅、そして遮蔽物も隠れ場所もない砂漠地帯へと組織的に押し込み、米軍の火力で最終的に撃退することを狙った。機敏なゲリラ部隊との戦いには大きな困難に直面したものの、11月下旬までに市内の反乱軍の大部分は殺害または捕虜となった。しかし、1月までゲリラによる相当な抵抗が続いた（その多くは、事前に準備された隠しトンネルから活動する反乱軍によるものだった）。

戦闘の大部分が終結するまでに、50人以上の米海兵隊員が死亡し、数百人が負傷した。米軍の推計によると、反乱軍の死者は3,000人から4,000人に上る可能性がある。市内に残っていた民間人にも大きな犠牲者が出たとの報告もあった。戦闘終結までに、市の大部分は甚大な被害を受けた。その後数ヶ月の間、市から避難した人々のうち、完全に帰還できたのはごく一部に過ぎなかった。

ファルージャへの攻撃は、イラクの他の多くの地域に予期せぬ結果をもたらした。ファルージャから逃げ出した反乱軍は、北部のバビル州、北部のモスル、そしてバグダッド自体に流れ込んだ。その結果、攻撃開始と同時に暴力が急増し、迫撃砲やIEDによる攻撃の頻度と激しさが増した。主にイラクの民間人を標的とした自爆テロや自動車爆弾テロは、かつてないほど激化した。最も激しい暴力はモスルで発生した。反乱軍は大規模な攻勢を開始し、市の西側（アラブ人側）半分を占領し、米国がファルージャへの攻撃を開始したのとほぼ同時期に警察部隊を事実上壊滅させた。11月16日、3,000人以上の米軍とほぼ同数のイラク軍が反攻を開始し、戦略拠点から反乱軍を排除したが、市の大部分に対する反乱軍の支配を打破することはできなかった。

1年前まではイラクの他の地域に比べて比較的平穏だったモスルは、その後しばらくの間、最も激しい戦闘が続く場所の一つとなった。12月、モスルのテント式食堂で爆発が発生し、アメリカ兵14人が死亡、100人以上が負傷した。この食堂は、前年にブッシュ大統領が感謝祭の七面鳥を披露した場所だった。これは、イラク戦争における米軍に対する最も犠牲の大きい攻撃の一つであり、爆発は自爆テロ犯によるものと考えられている。

年末に、米軍は2004年中に少なくとも1万5000人のゲリラを殺害または捕虜にしたと発表し、同時期の戦闘の激しさを新たな視点から示した。2004年には米兵848人が死亡、9034人が負傷した。正確な数字はないものの、テロ攻撃や米軍の空爆、偶発的な銃撃により、イラク治安部隊員やイラク市民数千人も死亡した。

2005年1月31日、恒久憲法草案を作成する政府を選出するための選挙が行われた。一部で暴力行為が発生し、スンニ派の参加が少なかったため、選挙はやや混乱を招いたものの、投票資格のあるクルド人とシーア派住民のほとんどが参加した。

主要都市はもはや反乱軍の支配下にはないものの、米軍とイラク軍に対するゲリラの暴力行為は1月に入っても激化が続いた。注目は1月31日に予定されている選挙に集まっていた。多くの反乱軍は選挙を妨害しようと躍起になり、選挙に関わるイラク人に対する暗殺や自爆テロを激しく展開した。選挙前の1ヶ月間には、米兵107人も死亡した。この頃には、米国によって訓練されたイラク警察と治安部隊がイラクの多くの町や都市でより重要な役割を担い始め、暴力の矢面に立たされるようになっていた。選挙前の1ヶ月間には、少なくともイラク軍兵士と警察官109人が死亡した。

反乱勢力の活動が再び活発化したにもかかわらず、1月31日の選挙は予定通り実施された。指導者たちの激励を受け、シーア派とクルド人の住民は大勢で投票所に足を運んだ。当日は厳重な警備体制が敷かれていたため、ゲリラは大規模な攻撃を成功させることができず、選挙は概ね成功とみなされた。しかし、スンニ派の住民は、聖職者によるボイコットの呼びかけに応じ、反乱勢力に脅迫されたため、ほとんど投票に行かなかった。その結果、シスターニ師が支持するシーア派中心の候補者とクルド人政党が最大の票を獲得し、スンニ派少数派は投票権を奪われることになった。

選挙後、反乱軍の攻撃は再び減少し、新政権の構成を決定するための交渉が進むにつれて、米軍の死傷者数も減少した。3月は、米軍にとって戦争中最も死傷者数の少ない月のひとつとなり、米兵の死者はわずか38人にとどまった。しかし、イラク治安部隊の存在感が増したことで攻撃が集中し、少なくとも200人が死亡した。

2月4日、ポール・ウォルフォウィッツは、選挙の安全確保のために任務期間が延長されていた米軍兵士1万5000人を、翌月までにイラクから撤退させると発表した。 多くの人々はこれを機に米軍の段階的な撤退が始まると期待したが、後にそれは誤りであることが証明された。2月、3月、4月は11月と1月の惨状に比べれば比較的平穏な月となり、反乱軍の攻撃件数は1日平均70件から30件に減少した。選挙への信頼が回復したことから、多くの人々はこれを機に反乱終結の兆しと期待したが、これもまた誤りであることが証明された。

5月に入り、イラクにおける反乱の早期終結と米軍撤退への期待は打ち砕かれた。5月は、2003年3月と4月の米軍侵攻以来、イラクで最も血なまぐさい月となった。過激派イスラム主義スンニ派の反乱分子とみられる自爆テロ犯がイラク全土を襲撃した。標的となったのは、シーア派の集会や、主にシーア派住民が集まる民間人の居住地であった。その結果、5月には700人以上のイラク市民と80人の米兵が命を落とした。

新政権樹立に向けた協議は数ヶ月にわたり長引き、アッラーウィーが権力移譲を待つ間、バグダッドでは権力の空白が生じ始めた。政治的進展が鈍化するにつれ、4月にはゲリラによる攻撃も徐々に増加し始めた。反乱軍は、勢力が弱体化しているという見方を払拭し、新政権樹立の信用を失墜させるために、新たな攻勢を開始した。攻撃は徐々に激化し、4月28日、シスターニ派政党のイブラヒム・ジャファリ首相率いる新政権が発表された。

新政権の発足が発表されると、イラクの反乱勢力はその後数ヶ月にわたり、イラク全土の民間人を標的とした大規模な攻撃を開始し、数千人の民間人を殺害した。アナリストたちはこれをイラク政府の権威に対する直接的な挑戦とみなし、米軍とイラク軍はバグダッド、タル・アファル、その他の地域で大規模な戸別攻撃作戦を用いて暴力行為を鎮圧しようと試みたものの、反乱勢力が再編成して新たな攻撃を計画する間、爆撃は一時的に停止したに過ぎなかった。

スンニ派の反乱勢力は、民間人や連合軍（主に米軍）を標的とした爆弾攻撃、自爆攻撃、迫撃砲攻撃を続けた。イラク軍は反乱勢力との戦闘でより多くの犠牲者を出し始め、イラク軍兵士や警察官が激しい戦闘に巻き込まれ、直接攻撃を受けるケースが増えた。反乱勢力の大半がスンニ派アラブ人であり、イラク治安部隊の兵士の大多数がイラク南部のシーア派地域出身であったことから、紛争には宗派対立の色がますます顕著になっていった。

イラク最西端で最大の州であるアンバール州（ファルージャとラマディの両都市を含む）では、依然として最も激しい戦闘が続いており、米兵は反乱軍に対する軍事作戦で日常的に死傷者を出していた。同時に、アンバール州内の反乱は、イスラム過激派組織「イラクのアルカイダ」によってますます支配されるようになっていった。同組織の戦闘員は、州内の主要都市や町を支配下に置きつつあった。かつて米軍と戦った部族指導者や元バアス党員は、2005年秋に短期間抵抗したが、失敗に終わった。イラクの他の地域、特にクルド人が多く住む北部とシーア派が多く住む南部では、暴力はそれほど激しくなかった。

9月10日、連合軍の支援を受けた数千人のイラク兵が、スンニ派アラブ反乱分子の疑いのある人物を捜索するため、タル・アファルを攻撃した。米軍とイラク政府は、同市がスンニ派反乱分子、特にイラクのアルカイダにとって重要な中継地点となっていると主張した。タル・アファルは、シリアから密輸された装備や地元戦闘員の輸送ルートとして報告されていた。イブラヒム・ジャファリ首相は、 反乱分子をすべて排除するための作戦をイラク軍に開始するよう命じた。作戦は後に、同市をスンニ派反乱分子の支配から解放することに成功したと宣言された。

2005年秋、イラクのアルカイダ系組織とみられる反乱軍が、シーア派住民に対する新たな大規模自爆テロを仕掛け、シーア派多数派への全面戦争を宣言した。これらの攻撃のうち数件で、数百人のシーア派労働者、兵士、民間人が犠牲となった。シーア派の怒りは、大アヤトラ・アリ・アル＝シスターニ師によって鎮められた。同師は報復攻撃を禁じ、シーア派住民を統制し、政府への支持を維持させた。

2005年12月15日に議会選挙が行われた際、反乱勢力は選挙を妨害しないと誓約し、選挙当日は平穏に過ぎた。2006年の新年を迎えるまで、米兵やイラクの民間人・軍人に対する大規模な攻撃はほとんど発生しなかった。反乱勢力は静穏を保ち、小規模な爆弾攻撃を繰り返したが、秋に発生した数百人の死者を出した自爆攻撃に比べれば、比較的小規模なものだった。