進化侵入解析[ 1 ]は、無性生殖および有性生殖集団における形質の長期的な進化を研究するために微分方程式を使用する一連の数学的モデリング手法です。これは、進化ダイナミクス[ 2 ]および適応ダイナミクス[ 3 ]と重なる数学的進化理論の一分野です。これら3つの分野はすべて微分方程式を使用し、時には同じ結果を生み出しますが、研究者によって好まれる用語が異なります。[ 4 ] [ 5 ] [ 6 ]
進化侵入解析により、モデルパラメータ上の条件を特定することで、変異体集団が絶滅する、在来集団に取って代わる、あるいは在来集団と共存する条件を明らかにすることができる。2つの表現型が長期的に共存する状態は、進化分岐と呼ばれる。分岐が起こると、変異体は環境における第二の在来種として定着する。
進化的侵入分析の中心となるのは、変異体の侵入適応度である。これは、少数の変異体が既存の個体群に導入されたときの、変異体亜集団の長期的な指数関数的成長率を表す数式である。侵入適応度が正(連続時間)であれば、変異体個体群は既存の表現型によって設定された環境で成長することができる。侵入適応度が負であれば、変異体個体群は急速に絶滅する。[ 7 ]
自然選択による進化の基本原理は、チャールズ・ダーウィンが1859年の著書『種の起源』で概説した。ダーウィンは口頭でその主張を述べたが、その後、より多くのことが解明されるにつれ、進化を数学的に理解しようとする試みが数多くなされてきた。
これらには、生態学的詳細を犠牲にして遺伝をモデル化する集団遺伝学[ 8 ]と、多くの遺伝子座の遺伝子によって影響を受ける量的形質を取り入れた量的遺伝学[ 9 ]が含まれる。
行動戦略が進化に与える影響を考察した結果、進化ゲーム理論[ 10 ]が生まれました。この理論は遺伝的な詳細は無視しますが、生態学的リアリズム を高度に取り入れており、特に、特定の戦略の成功は集団内でその戦略が実行される頻度に依存するという概念(頻度依存性として知られる)を取り入れています。進化ゲーム理論でさえ、通常は集団動態のモデル化を通じて理解できる生態学的相互作用の完全な理解を含んでいません。[ 11 ]
そうなると、表現型レベルでの小さな突然変異の長期的な影響をどのように理解するかという疑問が生じる。個体群動態と進化変化を結びつけ、進化ゲーム理論における頻度依存選択の基本概念を取り入れることで、進化動態、適応動態、および進化侵入分析の基礎が築かれた。
進化的侵入分析は、突然変異と個体群動態に関する次の4つの仮定に依存します。 [ 7 ]
これらの仮定に基づくと、変異体の運命は、生息環境において変異体が稀少な場合の初期増殖率から推測できる。この増殖率は、変異体の初期指数関数的増殖率として測定される場合は侵入指数、変異体個体が一生涯に産む子孫の総数として測定される場合は基本再生産数と呼ばれる。これは、変異体の侵入適応度と呼ばれることもある。
これらの考え方を活用するには、進化的に変化する形質を明示的に組み込んだ数理モデルが必要である。モデルは、環境と、その環境が与えられた場合の個体群動態の両方を記述する必要がある。たとえ環境の変動要素が現在の個体群のみで構成されている場合でも同様である。そうすることで、侵入指数(初期に希少な突然変異体の期待成長率)を決定することができる。
同じ形質を持つ個体からなる集団は単型(多型とは対照的)と呼ばれます。特に明記されていない限り、形質は実数であると想定され、そしてこれらはそれぞれ、単型性の在来集団の特性値と侵入してきた突然変異体の特性値である。
侵略指数は、常在菌によって設定された環境における、当初は稀な突然変異体の期待成長率として定義される(これは、人口構成や資源の利用可能性など、平衡環境の他のすべての側面を推測するのに十分な場合、各表現型(形質値)の頻度を意味します。侵入指数は、当初は希少な突然変異体が経験する適応度地形と考えることができる。進化ゲーム理論の場合と同様に、地形は侵入が成功するたびに変化するが、進化をより高い適応度を目指す最適化プロセスと捉える古典的な見方とは対照的である。
上記の初期仮定で述べたように、居住人口は常に均衡状態にあると仮定され、その結果、すべての人々のためにさもなければ、人口は際限なく増え続けるだろう。
選択勾配は、侵入指数の傾きとして定義される。、選択勾配の符号が正(負)の場合、わずかに高い(低い)形質値を持つ突然変異体が侵入に成功する可能性がある。これは線形近似から導かれる。
これは、。
侵入指数は、稀な突然変異体が経験する適応度ランドスケープを表します。大きな(無限に近い)集団では、形質値を持つ突然変異体のみがそのために変異株は侵入に成功することができる。侵入の一般的な結果は、変異株が在来種に取って代わり、希少な変異株が経験する適応度地形が変化することである。
結果として生じる一連の侵入の結果は、変異体形質のさまざまな値と在来形質のさまざまな値による変異体の侵入の成功または失敗を比較することによって記述することができます。これらの比較のプロットは、ペアワイズ侵入可能性プロット(PIP)として知られており、関係するペアは変異体と在来体です。慣例として、在来形質のすべての値は横軸に、変異体形質のすべての値は縦軸に示されます。[ 12 ]

各在来生物の特性値について、ペアワイズ侵入可能性プロットを示します。すべての突然変異形質値そのためには正です。対角線上の値はゼロですPIPsでは、希少変異体が経験する適応度ランドスケープは、常在形質値が垂直線に対応する。定数である。
上記の例では、灰色で示された領域は、在来個体群が突然変異体の侵入に対して抵抗力を持つ領域に対応し、白色の領域は、在来個体群が突然変異体の侵入に対して脆弱な領域を示しています。矢印の中には、突然変異体が選択勾配に沿って移動する可能性のある方向を示すものがあります。この図は特定のデータセットを参照せずに作成されたため、矢印の方向は任意ですが、対角線より上の侵入可能な領域ではすべて同じ方向になり、対角線より下の領域では反対方向になる必要があります。
前述のとおり、「希少な突然変異体が経験する適応度ランドスケープは、その個体の特性値が垂直線に対応する」は一定であるため、これらの矢印は平行であるはずです。ただし、この図は手書きで描かれており、特定のデータセットに基づいていないため、多少のずれが見られる場合があります。また、「対角線上の値はゼロですしたがって、矢印は対角線の上と下に描かれますが、対角線を横切ることはありません。
選択勾配進化の方向を決定します。正(負)であれば、わずかに高い(低い)形質値を持つ突然変異体が一般的に侵入し、在来種を置き換えます。しかし、消滅する?進化はこのような時点で停止するはずのように思える。これは起こりうる結果ではあるが、一般的な状況はもっと複雑だ。特性や戦略そのためにこれらは進化的に特異な戦略として知られています。このような点の近くでは、稀な突然変異体が経験する適応度地形は局所的に「平坦」になります。
これは、質的に異なる3つの方法で起こり得る。
選択勾配が分かれば、特異な戦略を特定し分類することができる。特異な戦略を特定するには、選択勾配がゼロになる点、つまり を見つけるだけで十分である。そのためこれらは、2階微分を計算することで分類できます。2階微分が負(正)の場合、その戦略は局所的な適応度の最大値(最小値)を表します。したがって、進化的に安定な戦略の場合、条件を満たす必要がある
これが成り立たない場合、その戦略は進化的に不安定であり、収束安定性(侵入してきた突然変異体がこの戦略にうまく到達すること)も満たしていれば、最終的には進化的な分岐が起こるだろう。
単一の戦略のために収束安定であるためには、わずかに低いまたはわずかに高い形質値を持つ単型集団は、より近い形質値を持つ突然変異体によって侵入されなければならない。これが起こるためには、選択勾配近隣の正でなければならないおよび陰性これは、関数として で負の値、または同等に
上述の収束安定性の基準は、侵入指数の2階微分を用いて表現することもでき、この分類はここで検討した単純なケースよりも多くのケースを網羅するように改良することができる。
この進化的な特異戦略の分類は、上記の初期仮定で述べた、変異体の表現型が既存の表現型とわずかにしか異ならないという仮定に基づいている。これは、変異体の侵入による進化的な表現型の変化が、形質空間における連続的な変化の妥当な近似値であることを意味する。
変異体の表現型が十分に異なっていれば、形質空間には明確な段階が存在する可能性があり、進化的に特異な戦略が存在するにもかかわらず、変異体の侵入によって形質空間においてそれらの戦略が飛び越えられる可能性がある。
同一形質を持つ集団(上記で説明した単型進化)に関する議論に続いて、このようなモデルを拡張して、複数の形質が存在する進化的侵入分析を検討することが可能になります。これが多型進化です。
侵入が成功した場合の通常の結果は、変異体が在来種に取って代わることである。しかし、他の結果も起こり得る。特に、在来種と変異体の両方が存続し、集団が二形性になる可能性がある。ある形質が、稀少時の期待成長率が正である場合に限り集団に存続すると仮定すると、2つの形質が共存するための条件は次のようになる。そしては
そして
どこそしてこれらはしばしば形態と呼ばれます。このようなペアは保護された二形性です。すべての保護された二形性の集合は共存領域として知られています。グラフィカルには、この領域は、ペアごとの侵入可能性プロットを対角線に関して鏡像反転したときの重なり合う部分で構成されます。
侵入指数は、単型集団から二型集団へと一般化することができ、期待される成長率2つの形態によって設定された環境における稀な突然変異体そして 変異体に近い局所適応度地形の傾きはまたはは、2つの選択勾配によって与えられる。
そして
実際には、二形性選択勾配と侵入指数を解析的に決定することはしばしば困難であり、数値計算に頼らざるを得ない場合が多い。
進化の過程で特異点付近に保護された二型性が出現することは珍しいことではないが、その意義は選択が安定化選択か破壊選択かによって異なる。後者の場合、2つの形態の形質は進化分岐と呼ばれる過程で分岐する。Geritzら(1998)[ 7 ]は、破壊選択は適応度の最小値付近でのみ起こるという説得力のある議論を展開している。これを直感的に理解するために、二型性を示す集団を考えてみよう。そして特異点の近傍。連続性により
そして、
二形性個体群の適応度地形は、単一戦略付近の単形性個体群の適応度地形の摂動でなければならない。
分岐後の進化は、形質進化図を用いて図示される。これらの図は、共存領域、進化変化の方向、そして選択勾配が消失する点が適応度の最大値か最小値かを示す。進化によって二形性集団が共存領域の外側に移動する可能性があり、その場合、一方の形態が絶滅し、集団は再び単形性となる。
進化的侵入分析、および適応ダイナミクスと進化ダイナミクスの重複領域は、進化ゲーム理論と個体群ダイナミクスを組み合わせたものです。したがって、これらは進化が個体群ダイナミクスにどのように影響するかを調査するのに役立ちます。このことから得られた興味深い発見の1つは、個体レベルの適応が、個体群/種全体の絶滅につながる場合があることであり、これは進化的自殺として知られる現象です。[ 14 ]
進化的分岐は進化的に単一の戦略における可能な結果の1つであるため、これが起こる場合は種分化をモデル化するために使用できます。[ 15 ]
変異体の侵入モデルを拡張して年齢構造を持つ集団を考慮することで、進化侵入分析を感染症に対する年齢特異的な抵抗性の理解に適用することが可能になります。 [ 16 ]進化侵入分析を構造化された集団に適用したもう1つの例は、WillamsとKamel(2021)によって示されています。[ 17 ]ここでは、集団構造は年齢に関連している可能性がありますが、段階、空間、またはその他の生態学的仮定に基づく構造化である可能性もあります。
年齢構造を考慮するかどうかにかかわらず、上記で検討した個体群モデルは、宿主と寄生生物の共進化という関連問題を研究するために修正することもできます。[ 18 ]
しかし、なぜ2つの個体群で止まるのでしょうか?食物網のダイナミクスは、生態学において長い間関心を集めてきました。Yacinne et al. (2021) は、上記で議論したモデルの基本原理を取り上げ、食物網の中で進化する多くの種の相互作用の理解に応用しました。[ 19 ]
別の応用分野では、多様な種が異なる生態的ニッチでどのように存続しているかを説明するのに役立つ。伊藤と佐々木(2023)は、種の密集に関する生態学的モデルと、上述の進化モデルの拡張版を組み合わせ、進化的侵入分析を示している。[ 20 ]彼らは、最も進化的に進んだ集団との比較によって、地理的および進化的分岐を示している。進化的に遅れているこれらの集団は、「生きた化石」と表現できる。[ 20 ]: E163