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| C2orf16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 識別子 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| エイリアス | C2orf16、染色体2オープンリーディングフレーム16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 外部ID | HomoloGene : 82476; GeneCards : C2orf16; OMA :C2orf16 - オルソログ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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C2orf16は、ヒトではC2orf16遺伝子によってコードされるタンパク質である。このタンパク質のアイソフォーム2（NCBI ID：CAH18189.1 [4]以降C2orf16と略す）は1,984アミノ酸長である。[5]この遺伝子は1つのエクソンを含み、2p23.3に位置する。[6] C2orf16の別名には、染色体2のオープンリーディングフレーム16やPSERSHHSリピート含有配列などがある。[7]
この遺伝子にはマウスやヒツジを含む68の相同遺伝子が知られているが、相同遺伝子は発見されていない。[8]
遺伝子
C2orf16アイソフォーム2は、遺伝子座2p23.3にある6.2 kbの1エクソン遺伝子で、遺伝子のC末端側のアミノ酸1,559から1,903にPSERSHHSリピートが含まれています。これらのリピートは転移因子から発生したものと思われます。霊長類は他の哺乳類の相同遺伝子よりも多くのPSERSHHSリピートを示します。[6]
表現
C2orf16は精巣[9]およびレチノイン酸とミトゲン処理したヒト胚性幹細胞株[10]で高発現していることがわかっていますが、年齢や疾患表現型で異なる発現を示すことは知られていません。[11] C2orf16は、 4細胞胚から胚盤胞期までの着床前胚でも高発現し ていることがわかっています。[12]
C2orf16はラパマイシン感受性発現を示さないことが確認されている。 [13] C2orf16はc-MYCノックダウン乳がん細胞において発現を著しく増加させることも確認されている。 [14]
mRNA
アイソフォーム
C2orf16には2つのアイソフォームが存在する。アイソフォーム1は5,388アミノ酸長で、16,401塩基対を超える5つのエクソンにコードされている。アイソフォーム2は転写の代替開始部位を使用し、1,984アミノ酸長で、6,200塩基対を超える1つのエクソンにコードされており、かなり短い。[8]
表現規制
1つのmiRNAはC2orf16（アクセッション番号MI0005564）の3'UTRに結合すると予測されている。[15] [16]
タンパク質
C2orf16の予測分子量は224kD、予測等電点は10.08であり[17] 、これらの値は相同遺伝子間で比較的一定している。このタンパク質には、セリン、ヒスチジン、アルギニンの組成が平均より高く、アラニンの組成が平均より低い。[18]
構成上の特徴
正電荷クラスターはアミノ酸残基1,274から1,302に見られる。[18]
アルギニンに富む領域はアミノ酸1,545から1,933まで、セリンに富む領域はアミノ酸1,568から1,934まで、ヒスチジンに富む領域はアミノ酸1,630から1,853まで見つかっている。[18]
ドットマトリックス解析[19]では、残基1,500から1,984付近に繰り返しの多い領域が見られ、これがPSERSHHS繰り返し配列であることが明らかになった。アミノ酸1,200付近の小さなドットの帯は、PSERSHHS配列の半分の繰り返し配列を示している。
C2orf16アイソフォーム2には膜貫通ドメインがなく[20]、残基1,233と1,281に予測される2つの核局在配列により、翻訳後に核に局在すると予測されています。 [21]核輸出配列は相同遺伝子間で保存されておらず[22] 、 C2orf16は輸入後に核から出ることは意図されていないことを示唆しています。N末端またはC末端の修飾は予測されていません。[23] [24] [25] [26]
細胞内局在
C2orf16は転写後に核に局在すると予測される。[8]
構造
C2orf16 の 3D 構造は、3 つの主要なドメインを持つと予測されています。ドメイン 1 はアミノ酸 1 から 662、ドメイン 2 はアミノ酸 674 から 1,487、ドメイン 3 はアミノ酸 1,488 から 1,984 です。[27]ドメイン 1 と 2 は、ドメイン 1 と 2 間の柔軟性を可能にする二次構造に編成されていない 12 個のアミノ酸の連続を介して接続されていると予測されています。ドメイン 2 には、転写因子のタンパク質相互作用ドメインがあると予測されています。[27]ドメイン 3 は、「糸の上のボール」構造に従うと予測されており[27]、リン酸化の可能性のある多くの部位があります。[28]
タンパク質相互作用
C2orf16はタンデムアフィニティー精製によりプロトオンコジーン Mycと物理的相互作用を持つことが示されている。[29]
オーソログ系統学
C2orf16には68の相同遺伝子が知られている。[8]このタンパク質は、哺乳類が爬虫類から分岐した頃の3億2000万年前の哺乳類の進化の歴史の中で出現したようだ。この歴史は、両生類、爬虫類、鳥類、その他のより遠縁の種に相同遺伝子が存在しない理由を説明するだろう。[30]
他の哺乳類よりも人間から遠い種の相同遺伝子は機能的に関連がない可能性が高いが、PSERSHHSリピートは硬骨魚類、甲殻類、ジャガイモ疫病菌を含むストラメノパイル類、植物界、原核生物に存在している。[30]
トランスポゾンリピートはウイルスベクターによって哺乳類に再導入された可能性がある。
シーケンスの繰り返し
PSERSHHS反復配列はC2orf16の相同遺伝子で保存されており、卵菌 粘菌[31]やアシュビーワトルの葉緑体を含む植物など遠縁の生物でも保存されている。[32]反復配列のSPSER部分は、これらの相同遺伝子とのアラインメントやロゴの作成からもわかるように、保存にとって最も重要であると考えられている。[33]
反復配列の保存解析では、最初のSPSはリン酸化(S)と構造(P)に関して高度に保存されていることが示され、Rはほぼ完全に保存されており、いくつかの相同遺伝子ではリジンに変異しており、[32]反復配列の目的には正電荷が必要であることを示唆している。
繰り返し配列の3D形状は不明ですが、ボールオンストリング[34]または反平行ベータシート[6]構造のいずれかであると予測されています。
関数
C2orf16アイソフォーム2は、核局在[8] 、 [21]転写因子結合部位の予測、 [27] Mycとの物理的関連、[29] c-MYCノックダウン乳がん細胞における発現増加を通じて、有糸分裂制御に機能する可能性があると予測されています。 [14]
臨床的意義
C2orf16には4件の特許が登録されており、それぞれ癌性PPP2RIAおよびARID1A変異、[35] 、 アルツハイマー病素因、[36]、 ウイルスワクチンの多様性、[37]、および分類不能型免疫不全症とのコピー数変異の関係に関するものである。[38] C2orf16は、一部の乳癌細胞株で発現が増加していることも示されており[ 14]、一般的な癌遺伝子であるMyc [29]に関与していることから、C2orf16は癌治療の標的となる可能性のある癌遺伝子となっている。
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