ヒトのタンパク質コード遺伝子
ARID1A 利用可能な構造 電子データ オルソログ検索: PDBe RCSB
識別子 エイリアス ARID1A 、B120、BAF250、BAF250a、BM029、C1orf4、ELD、MRD14、OSA1、P270、SMARCF1、hELD、hOSA1、CSS2、ATリッチ相互作用ドメイン1A 外部ID オミム ：603024; MGI : 1935147; ホモロジーン : 21216; ジーンカード ：ARID1A; OMA :ARID1A - オルソログ 遺伝子の位置（ マウス ） クロ。 染色体4（マウス） [2] バンド 4|4 D2.3 始める 133,679,008 bp [2] 終わり 133,756,769 bp [2]
RNA発現 パターン ブギー 人間 マウス （相同遺伝子） トップの表現 骨髄細胞 心室帯 胚 結腸上皮 回腸粘膜 神経節隆起 精巣上体頭 精巣上体 腓骨神経 海綿骨
トップの表現 受精卵 二次卵母細胞 原始的な線 リンパ節 胎児の尾 性器結節 臼歯 一次卵母細胞 人間の胎児 網膜の神経層
参照表現データの詳細
バイオGPS
遺伝子オントロジー 分子機能
DNA結合 転写活性化因子活性 タンパク質結合 核受容体結合 ヌクレオソーム結合 DNA結合転写因子活性、RNAポリメラーゼII特異的 細胞成分
nBAF複合体 SWI/SNF 複合体 核質 npBAF複合体 核 SWI/SNFスーパーファミリー型複合体 ブラフマーコンプレックス 生物学的プロセス
アンドロゲン受容体シグナル伝達経路 クロマチンリモデリング 転写の調節、DNAテンプレート RNAポリメラーゼIIによる転写の調節 心筋細胞の分化 カメラ型眼の発達に関わる眼杯形成 胎盤血管の発達 RNAポリメラーゼIIによる転写の負の制御 毒素輸送 クロマチン組織 転写、DNAテンプレート 神経系の発達 心室の発達 転写の正の制御、DNAテンプレート 神経管閉鎖 ヌクレオソーム分解 前脳の発達 細胞内エストロゲン受容体シグナル伝達経路 グルココルチコイド受容体シグナル伝達経路 一次胚葉の形成 胚葉形成 胚移植 幹細胞集団の維持 出典:Amigo / QuickGO
オルソログ 種 人間 ねずみ エントレズ アンサンブル ユニプロット RefSeq (mRNA) NM_139135 NM_006015 NM_018450
NM_001080819 NM_001363070
RefSeq (タンパク質) NP_001074288 NP_001349999 NP_001388200 NP_001388202 NP_001388204 NP_001388205
場所 (UCSC) 1 章: 26.69 – 26.78 Mb 4 章: 133.68 – 133.76 Mb PubMed 検索 [3] [4]
ウィキデータ
ATリッチ相互作用ドメイン含有タンパク質1Aは、 ヒトでは ARID1A 遺伝子によってコードされる タンパク質 である 。 [5] [6] [7]
関数 ARID1A はSWI/SNF ファミリーのメンバーであり 、このファミリーのメンバーはヘリカーゼおよび ATPase 活性を持ち、特定の遺伝子の周囲の クロマチン 構造を変更することでそれらの遺伝子の 転写 を制御すると考えられています。コードされているタンパク質は、通常はクロマチンによって抑制されている遺伝子の転写活性化に必要な、大きな ATP 依存性クロマチンリモデリング複合体 SWI/SNF の一部です。機能に重要である可能性のある保存されたドメインを少なくとも 2 つ持っています。まず、 ARID ドメイン があります。これは、 ベータグロビン 遺伝子座で SWI/SNF 複合体によって認識されることが知られている AT に富む DNA 配列に特異的に結合できる DNA 結合ドメイン です。次に、タンパク質の C 末端は、 グルココルチコイド受容体 依存性の転写活性化を刺激できます 。この遺伝子によってコードされているタンパク質は、SWI/SNF 複合体に特異性を付与し、タンパク質-DNA またはタンパク質-タンパク質相互作用を介して複合体をその標的にリクルートします。 [8]この遺伝子には異なる アイソフォーム をコードする2つの転写変異体 が見つかっている。 [7]
臨床的意義 ARID1Aをコードする遺伝子は、がんの中で最も頻繁に変異するSWI/SNFサブユニットです。 [9] この遺伝子は、 胃がん 、 [10] 結腸がん 、 [11] 卵巣明細胞がん 、 [12] 肝臓 がん、 [13] リンパ腫 [14] および 膵臓がん を含む、機能喪失につながるさまざまながんで変異していることがよく見られます。 [15] 乳がんの 遠隔 転移
では、 原発腫瘍では見られないARID1Aの不活性化変異が獲得され、ARID1A発現の低下は トラスツズマブ や mTOR阻害剤 などのさまざまな薬剤に対する耐性を付与します。これらの知見は、腫瘍がARID1A変異を蓄積する理由の理論的根拠を提供します。 [16] [17]
研究 この遺伝子/タンパク質の欠損は、ラットをある種の肝臓障害から保護するようです。 [18]
インタラクション ARID1AはSMARCB1 [19] [20] および SMARCA4 [20] [21] と 相互作用する
ことが示されている 。
参考文献
^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000117713 – Ensembl 、2017 年 5 月 ^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000007880 – Ensembl 、2017 年 5 月 ^ 「Human PubMed Reference:」。 国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館 。 ^ 「マウス PubMed リファレンス:」。 国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館 。 ^ Takeuchi T, Furihata M, Heng HH, Sonobe H, Ohtsuki Y (1998年6月). 「ヒトB120遺伝子の染色体マッピングと発現」. Gene . 213 (1–2): 189–193. doi :10.1016/S0378-1119(98)00194-2. PMID 9630625. ^ Takeuchi T, Chen BK, Qiu Y, Sonobe H, Ohtsuki Y (1997年12月). 「CAGリピートを含む新規ヒトcDNAの分子クローニングと発現」. Gene . 204 (1–2): 71–77. doi :10.1016/S0378-1119(97)00525-8. PMID 9434167. ^ ab "Entrez Gene: ARID1A AT リッチインタラクティブドメイン 1A (SWI 類似)"。 ^ Patil A, Strom AR, Paulo JA, Collings CK, Ruff KM, Shinn MK, et al. (2023年10月). 「無秩序な領域が凝縮とパートナーリクルートメントを介してcBAFの活性を制御する」. Cell . 186 (22): 4936–4955.e26. doi :10.1016/j.cell.2023.08.032. PMC 10792396. PMID 37788668 . ^ Gourisankar S、Krokhotin A、Wenderski W、Crabtree GR（2023年11月）。「発達と疾患におけるクロマチン リ モデラーのコンテキスト固有の機能」。Nature Reviews 。 遺伝学 。25 （5）：340–361。doi ：10.1038/s41576-023-00666-x。PMID 38001317 。 ^ Wang K、Kan J、Yuen ST、Shi ST、Chu KM、Law S、他。 （2011年10月）。 「エクソーム配列決定により、胃癌の分子サブタイプにおける ARID1A の頻繁な変異が特定されました。」 自然遺伝学 。 43 (12): 1219–1223。 土井 ：10.1038/ng.982。 PMID 22037554。S2CID 8884065 。 ^ Mathur R、Alver BH、San Roman AK、Wilson BG、Wang X、Agoston AT、他 (2017 年 2 月)。「ARID1A の欠損によりエンハンサーを介した遺伝子調節が阻害され、マウスの大腸がんが促進される」。Nature Genetics . 49 (2): 296–302. doi :10.1038/ng.3744. PMC 5285448 . PMID 27941798。 ^ Wiegand KC、Shah SP、Al - Agha OM、Zhao Y、Tse K、Zeng T、他 (2010 年 10 月)。「子宮内膜症関連卵巣癌における ARID1A 変異」。The New England Journal of Medicine。363 ( 16): 1532–1543。doi : 10.1056 /NEJMoa1008433。PMC 2976679。PMID 20942669 。 ^ Sun X、Wang SC、Wei Y、Luo X、Jia Y、Li L、et al. (2017年11月)。「Arid1aは肝臓がんにおいて状況依存的な発がん性および腫瘍抑制機能を持つ」。Cancer Cell。32 ( 5 ) : 574–589.e6。doi : 10.1016 /j.ccell.2017.10.007。PMC 5728182。PMID 29136504 。 ^ Barisic D, Chin CR, Meydan C, Teater M, Tsialta I, Mlynarczyk C, et al. (2024年3月). 「ARID1AはSWI/SNFを介した転写因子の連続結合を調整し、ARID1Aの喪失により前記憶B細胞の運命とリンパ腫形成を促進する」. Cancer Cell . 42 (4): 583–604.e11. doi :10.1016/j.ccell.2024.02.010. PMC 11407687. PMID 38458187. ^ Shain AH, Giacomini CP, Matsukuma K, Karikari CA, Bashyam MD, Hidalgo M, et al. (2012年1月). 「収束的構造変化がSWItch/Sucrose NonFermentable (SWI/SNF)クロマチンリモデラーを膵臓がんにおける中心的腫瘍抑制複合体として定義」 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 109 (5): E252–E259. Bibcode :2012PNAS..109E.252S. doi : 10.1073/pnas.1114817109 . PMC 3277150 . PMID 22233809. ^ Berns K、Sonnenblick A、Gennissen A 、Brohée S、Hijmans EM、Evers B、他 (2016 年 11 月)。「ARID1A の喪失により ANXA1 が活性化され、トラスツズマブ耐性の予測バイオマーカーとして機能します」。 臨床 がん研究 。22 (21): 5238–5248。doi : 10.1158 /1078-0432.CCR-15-2996。PMID 27172896 。 ^ Yates LR、Knappskog S、Wedge D、Farmery JH、Gonzalez S、Martincorena I、et al. (2017年8月) 。 「乳がんの転移と再発のゲノム進化」。Cancer Cell。32 ( 2 ): 169–184.e7。doi : 10.1016 / j.ccell.2017.07.005。PMC 5559645。PMID 28810143 。 ^ 「遺伝子抑制による組織再生の促進」。 遺伝子工学とバイオテクノロジーニュース 。2016年3月。 ^ Kato H, Tjernberg A, Zhang W, Krutchinsky AN, An W, Takeuchi T, et al. (2002年2月). 「SYTはヒトSNF/SWI複合体と関連し、その融合パートナーSSX1のC末端領域はヒストンを標的とする」 The Journal of Biological Chemistry . 277 (7): 5498–5505. doi : 10.1074/jbc.M108702200 . hdl : 2066/170683 . PMID 11734557. ^ ab Wang W、Côté J、Xue Y、Zhou S、Khavari PA、Biggar SR、他。 （1996年10月）。 「哺乳類のSWI-SNF複合体の精製と生化学的不均一性」。 EMBO ジャーナル 。 15 (19): 5370–5382。 土井 ：10.1002/j.1460-2075.1996.tb00921.x。 PMC 452280 。 PMID 8895581。 ^ Zhao K, Wang W, Rando OJ, Xue Y, Swiderek K, Kuo A, et al. (1998年11月). 「Tリンパ球受容体シグナル伝達後のSWI/SNF様BAF複合体のクロマチンへの迅速でホスホイノシトール依存的な結合」. Cell . 95 (5): 625–636. doi : 10.1016/S0092-8674(00)81633-5 . PMID 9845365. S2CID 3184211.
さらに読む
Martens JA、Winston F (2003年4 月)。 「 Swi/Snf 複合体によるクロマチンリモデリングの理解における最近の進歩」。Current Opinion in Genetics & Development。13 (2): 136–142。doi : 10.1016 /S0959-437X(03)00022-4。PMID 12672490。 Maruyama K, Sugano S (1994年1月). 「オリゴキャッピング: 真核生物mRNAのキャップ構造をオリゴリボヌクレオチドで置き換える簡単な方法」. Gene . 138 (1–2): 171–174. doi :10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298. Wang W、Xue Y、Zhou S、Kuo A、Cairns BR、Crabtree GR (1996 年 9 月)。「哺乳類の SWI/SNF 複合体の多様性と特殊化」。 遺伝子 と 発達 。10 ( 17): 2117–2130。doi : 10.1101/gad.10.17.2117。PMID 8804307 。 Wang W、Côté J、Xue Y、Zhou S、Khavari PA、Biggar SR 他（1996年10月）。 「哺乳類のSWI-SNF複合体の精製と生化学的不均一性」。 EMBO ジャーナル 。 15 (19): 5370–5382。 土井 ：10.1002/j.1460-2075.1996.tb00921.x。 PMC 452280 。 PMID 8895581。 Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (1997年10月). 「全長濃縮cDNAライブラリーおよび5'末端濃縮cDNAライブラリーの構築と特性評価」. Gene . 200 (1–2): 149–156. doi :10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149. Dallas PB、Cheney IW、Liao DW、Bowrin V、Byam W、Pacchione S、他 (1998 年 6 月)。「p300/CREB 結合タンパク質関連タンパク質 p270 は、哺乳類の SWI/SNF 複合体の構成要素である」。 分子 細胞 生物 学 。18 ( 6): 3596–3603。doi :10.1128/MCB.18.6.3596。PMC 108941。PMID 9584200 。 Dallas PB、Pacchione S、Wilsker D、Bowrin V、Kobayashi R、Moran E (2000 年 5 月)。「ヒト SWI-SNF 複合タンパク質 p270 は、非配列特異的 DNA 結合活性を持つ ARID ファミリーのメンバーです」。 分子 細胞 生物 学 。20 (9): 3137–3146。doi : 10.1128 /MCB.20.9.3137-3146.2000。PMC 85608。PMID 10757798 。 Nie Z、Xue Y、Yang D、Zhou S、Deroo BJ、Archer TK、他 (2000 年 12 月)。「ヒト SWI/SNF ファミリー関連クロマチンリモデリング複合体の特異性と標的サブユニット」。 分子 細胞 生物 学 。20 (23): 8879–8888。doi : 10.1128 /MCB.20.23.8879-8888.2000。PMC 86543。PMID 11073988 。 Takeuchi T, Nicole S, Misaki A, Furihata M, Iwata J, Sonobe H, et al. (2001 年 2 月). 「神経芽腫における SWI1 の短縮型である SMARCF1 の発現」. The American Journal of Pathology . 158 (2): 663–672. doi :10.1016/S0002-9440(10)64008-4. PMC 1850330. PMID 11159203 . Kozmik Z、Machon O、Králová J、Kreslová J、Paces J、Vlcek C (2001 年 4 月)。「Drosophila osa 遺伝子の哺乳類オーソログの特性: cDNA クローニング、発現、染色体局在、および Brahma クロマチンリモデリング複合体との直接的な物理的相互作用」。Genomics . 73 ( 2): 140–148. doi :10.1006/geno.2001.6477. PMID 11318604。 Kato H, Tjernberg A, Zhang W, Krutchinsky AN, An W, Takeuchi T, et al. (2002 年 2 月). 「SYT はヒト SNF/SWI 複合体と関連し、その融合パートナー SSX1 の C 末端領域はヒストンを標的とする」. The Journal of Biological Chemistry . 277 (7): 5498–5505. doi : 10.1074/jbc.M108702200 . hdl : 2066/170683 . PMID 11734557. Lemon B、Inouye C、King DS、Tjian R (2002)。「リガンド活性化転写に対するクロマチンリモデリング補因子の選択性」。Nature . 414 ( 6866): 924–928. doi :10.1038/414924a. PMID 11780067. S2CID 4391100. Hurlstone AF、Olave IA、Barker N、van Noort M、Clevers H (2002 年 5 月)。「新規 BRG1 相互作用タンパク質 hELD/OSA1 のクローニングと特性評価」。The Biochemical Journal。364 ( Pt 1 ) : 255–264。doi :10.1042/bj3640255。PMC 1222568。PMID 11988099 。 Inoue H, Furukawa T, Giannakopoulos S, Zhou S, King DS, Tanese N (2002 年 11 月)。「ヒト SWI/SNF クロマチンリモデリング複合体の最大サブユニットはステロイドホルモン受容体による転写活性化を促進する」。The Journal of Biological Chemistry . 277 (44): 41674–41685. doi : 10.1074/jbc.M205961200 . PMID 12200431。 Nie Z、Yan Z、Chen EH、Sechi S、Ling C、Zhou S、他 (2003 年 4 月)。「新規 SWI/SNF クロマチンリモデリング複合体には、混合系統白血病染色体転座パートナーが含まれる」。 分子 細胞 生物 学 。23 (8): 2942–2952。doi :10.1128/ MCB.23.8.2942-2952.2003。PMC 152562。PMID 12665591 。
外部リンク
この記事には、 パブリックドメイン である 米国国立医学図書館 のテキストが組み込まれています。
