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ハルツーム大司教区（ラテン語: Khartumen(sis)）は、スーダンのラテン教会に属するカトリックの管轄区域であり、司教座は首都ハルツームにある。同大司教区は、属司教区であるエル・オベイド司教区を含め、スーダン全土を管轄する教会管区の長を務めている。
1846年4月3日、教皇グレゴリウス16世により、エジプトのエジプト・アラビア使徒座代理区（現在はアレクサンドリア使徒座代理区に縮小）から分離された広大な地域に、中央アフリカ使徒座代理区として設立されました。当初はエジプトに本部を置いていましたが、その管轄は主にヌビア人が住むアスワン以南のエジプトの一部と、英領エジプトのスーダン、そしてフランスの植民地であったチャドとニジェールのみでした。また、チャド湖畔のアダマウアとソコトの一部、そしてウガンダ保護領のナイル州も含まれていました。1851年、オーストリア皇帝フランツ・ヨーゼフ1世（海外植民地権益を持たないカトリック君主）がこの宣教団を保護下に置きました。
20世紀初頭までには、スーダン使徒代理庁（ラテン語: Vicariatus Apostolicus Africae Centralis）、または完全にスーダンまたは中央アフリカの使徒代理庁としても知られていた。 1880年9月27日にタンガニーカ使徒代理店を設立するために領土を失い、1880年10月27日にはウガンダにニャンザ使徒代理店（現在のカンパラ大司教区）を設立するために再び領土を失った。
1883年から1898年にかけて、スーダン（当時はエジプトの州）はマフディー・ムハンマド・アフマドとその後継者アブダラヒ・イブン・ムハンマドの反乱によって封鎖され、宣教師たちはエジプトの管轄区域外で活動せざるを得なかった。1898年9月2日、 1896年に失われた州の奪還作戦を開始した英エジプト軍は、カリフの打倒を完了したが、カリフが殺害されたのは翌年の11月であった。この国は「ダルヴィーシュ」（マフディー派）の抑圧の影響を長く受け、その間、人口が大幅に減少し、広大な土地が耕作されなくなり、交易が放棄された。
1899年、スーダンで宣教活動が再開された。聖心会とニグリティアの敬虔な母会という2つの修道会が、この教区に宣教師と修道女を派遣し、イタリアのヴェローナで発行されていた『ラ・ニグリツィア』（アフリカらしさ）と、当時オーストリア帝国領だったブリクセンで発行されていた『シュテルン・デア・ネーガー』（アフリカ人の星）という2つの定期刊行物が、この宣教活動に関する記事を掲載した。人口は不明だが、おそらく800万人程度だろう。宣教活動は、アングロ・エジプト領スーダン（現在の南スーダンが中心）の南部のアニミズム信仰地域に限定され、シルキ・ディンカ族、ヌエル族、ジュル族、ゴロ族、ニャムニャム族、その他のナイル系部族が活動していた。北部のイスラム教徒の地域には、ヨーロッパや東洋のカトリック教徒の移民がいた。
20世紀初頭には、アスアン（現在はエジプト）、オムドゥルマン、ハルツーム（中央駅）、ルルとアティゴ（白ナイル）、ワウ、カヤンゴ、クリーブランド（バハレル・ガザル）、オマチとグル（ウガンダ）に駅があり、さらに25か所の地域がexcurrendoによって提供されました。
フランシス・ザビエル・ガイアー使徒代理の管轄下における会員数は、カトリック信者3000人、求道者1030人、司祭35人、修道士28人、修道女45人であった。
1913年5月30日、同教区は、その司教座である現在のスーダンの首都ハルツームにちなんで、ハルツーム使徒座代理区と改名された。これは、南部の領土が分離され、バハル・エル・ガザル使徒座管区（現在のワウ教区）が設立されたためであり、スーダンと南スーダンの分割にいくらか近いものであった。しかし、同教区はニジェール、チャドを管轄し続け、現在のナイジェリアとカメルーンにまで広がっていた。
1914年4月28日、アダマウア使徒座管区（現在のンコンサンバ教区）が設立され、ハルツーム使徒座代理区から領土を吸収した。
宣教管轄区を設立するために再び領土を失い、現在の教区となった 。
1974年12月12日、ハルツーム首都大司教区に昇格した。
1993年2月には、教皇ヨハネ・パウロ2世の訪問を受けた。
大司教の司教座聖堂は、ハルツームの聖マタイ大聖堂である。