Loading article…
 | |
| タイプ | プライベート |
|---|---|
| 業界 | 遺伝学 |
| 設立 | 1996 |
| 本部 | レイキャビク、アイスランド |
主要人物 | カリ・ステファンソン、CEO |
| 収益 | 1億650万米ドル（2020年） |
従業員数 | 201-500 |
| 親 | アムジェン（2012年～現在） |
| Webサイト | www.decode.com |
deCODE genetics（アイスランド語：Íslensk erfðagreining）は、アイスランドのレイキャビクに拠点を置くバイオ医薬品会社で、 1996年にKári Stefánssonによって設立されました。[ 1 ]その目的は、集団レベルの遺伝学研究を使用して、一般的な疾患に関連するヒトゲノムの変異を特定し、これらの発見をそれらの疾患の治療と予防に応用することでした。[ 2 ]
2019年時点で、アイスランドの成人人口の3分の2以上が同社の研究活動に参加していました。[ 3 ]今日、同社の「集団アプローチ」は、世界中の大規模な精密医療や国家ゲノムプロジェクトのモデルとなっています。[ 4 ] deCODEは、主要な科学誌に掲載され、国際メディアで広く報道されたヒト遺伝学における発見で最もよく知られています。また、大規模な科学研究への一般市民の参加、個人および医療システム全体における遺伝性疾患リスク検査の開発、基礎科学および公衆衛生研究における民間セクターの参加とパートナーシップの新しいモデルを通じて、精密医療の広範な実現に先駆的な貢献をしてきました。[ 5 ]
2012年以来、アムジェンの独立子会社となっている。同社の能力と発見は、新薬の開発に直接貢献してきた。同社の事例は、他の製薬会社やバイオテクノロジー企業によるゲノミクスと精密治療への投資を促進するのに役立っている。[ 6 ]
1996年、ステファンソンはハーバード大学医学部の終身雇用職を辞し、アイスランドでゲノム関連企業を設立した。彼の考えのほぼ全ては未証明か議論の余地のあるものだった。当時、少数の家族を研究することで発見できる単一遺伝子の変異など、いくつかの希少疾患の原因が解明され始めていた。[ 7 ]しかし、心臓病や2型糖尿病のような、行動や環境リスク要因がよく知られている一般的な/複雑な疾患に、重要な遺伝的要素があるということが広く受け入れられていたわけではなく、たとえあったとしても、DNAを読み取るための初歩的な技術でそのような変異を見つけることができるかどうかも定かではなかった。[ 8 ]
ステファンソンは、これらの変異は存在し、特定できると確信していたが、それは産業規模で研究することによってのみ可能だと考えていた。この用語が一般的に使われるようになる10年前に、deCODEの前提は、これはビッグデータの問題であるというものだった。つまり、ライフスタイルやその他の要因との動的な相互作用においてリスクに影響を与える変異を見つけるには、家族レベルではなく、公衆衛生の規模での研究が必要になるということだ。未開拓の領域における発見事業として、戦略は可能な限り多くのデータを収集し、照会することだった。数万人から提供されたDNA、広範かつ詳細な医療および健康データ、そして何よりも重要なのは、これらすべての参加者を結びつける包括的な系図である。[ 9 ]要するに、これには、研究に参加する意思のある人々、最も一般的な疾患の症例数が意味のある数に達する現代的な医療システム、そして多くの系図データを持つ人口が必要だった。当時人口27万人のステファンソンの母国アイスランドは、他のどの国よりもこの条件に合致していた。[ 10 ]
1996年、1200万ドルのアメリカのベンチャーキャピタルの資金を得て、deCODEは研究所を設立し、事業を開始した。[ 11 ]設立後数年以内に、数万人の参加者を募集し、遺伝子型を解析した。全国的な系図データベースの構築に急速に取り組み、政府が監督するID暗号化による斬新なプライバシー保護システムを開発し、スイスの製薬会社ロシュと画期的なパートナーシップを締結し、いくつかの疾患における推定疾患遺伝子のマッピングを行った。[ 12 ]
同社は、自社の科学的根拠を証明し始めたのと同時に、国内の国民保健サービス全体の医療記録のコピーを含む研究データベース、アイスランド保健セクターデータベース（略称IHD）を作成するという提案で大きな論争を巻き起こした。[ 13 ] 1998年12月、deCODEのロビー活動により、アイスランド議会は保健セクターデータベース法を可決し、企業がこの保健データベースを作成し、商業研究や国民保健システムを支援するために使用する権利を公募することを許可した。[ 14 ]その後まもなく、deCODEが入札に成功したため、議会は同社にこのデータベースを作成する権利を与えた。[ 15 ]国民と議会から広く支持されたIHDの公然とした商業目的と、個人がオプトアウトしない限り医療記録データを含めるという提案は、アイスランドの活動家グループや多数の外国人生命倫理学者に率いられた激しい反対運動を地元および国際メディアで巻き起こした。[ 16 ] IHDは結局建設されなかったが、この議論は、特に発見の商業化を明確な目的とした科学的事業に社会全体を参加させることに伴う政治的な課題を浮き彫りにした。[ 17 ]また、deCODEとそのアプローチが、周辺的な好奇心から、ヒトゲノムを理解するための世界的な取り組みの中で最も注目される事業の1つになることを確実にした。[ 18 ]
ビル・クリントンとトニー・ブレアが2000年6月にヒトゲノム配列の最初のラフドラフトの完成を発表した頃には[ 19 ] 、 deCODE社は数十の疾患における遺伝子探索を精力的に拡大し、最初の発見を発表していた[ 20 ] 。同社は当時最も拡張性の高いDNA読み取り技術であるマイクロサテライトジェノタイピングを用いて、ゲノム上の数百箇所に高度に可変で情報量の多いマーカーを配置し、測定した。これを系図と併せて分析することで、特定の疾患を持つ人々が共通の祖先から受け継いでいる傾向のある特定の染色体の領域に焦点を絞ることが可能になった[ 21 ] 。これらの領域には、その後、より詳細な方法とツールを用いて発見できる疾患に関連する遺伝子または配列変異が存在すると考えられていた[ 22 ] 。
しかし、これらの初期の論文の主な意義は、分析に重点を置いたことと、そのアプローチが持つ示唆力にあった。当時、この分野と世間の注目は、公的資金によるヒトゲノムプロジェクト（HGP）と民間企業セララ社が、将来の研究の参照として用いるための全ゲノム配列を生成する競争に集中していた。これは、生データを生成し、組み立てるという技術的な課題であった。対照的に、deCODEは、ゲノムが情報を複製・伝達する手段であるという性質を活用し、遺伝学を通して数万のゲノムの変異を分析する戦略を進めていた。遺伝学の力は2002年までに十分に発揮され、deCODEは5000個のマイクロサテライトマーカーからなるゲノムの遺伝子地図を発表した。この地図は、系図によってすべての染色体にわたって正しく配列することが可能になった。この地図は、 2003年に公開されている参照ゲノム配列の修正と完成に不可欠であり、HGPアセンブリの精度を93%から99%に向上させた。[ 23 ]
このアプローチの鍵の一つは、大規模な参加です。deCODEの疾患研究への参加を求められた人の90%以上が、初期の頃から参加に同意しています。[ 24 ]参加は任意ですが、簡単なことではありません。データ収集センターに行って採血を受け、アンケートに回答し、特定の疾患に関連する臨床検査やテストを受ける必要があります。[ 25 ] 2003年までに、10万人以上がdeCODEの30以上の一般的な疾患研究プログラムのうち1つ以上に自主的に参加しました。[ 26 ]この数は2007年までに13万人に増加し、[ 27 ] 2018年までに16万人を超えました。これは成人市民全体の3分の2に相当します。これらの参加者のうち約6万人のゲノムは2019年までに直接シーケンスされ、さらに毎月数千人がシーケンスされています。[ 28 ]
deCODEの活動の2つ目の、そして独自の柱は系図です。遺伝学者のメアリー・クレア・キングは、1990年代初頭に家族ベースの研究を行い、乳がん遺伝子BRCA1とBRCA2の発見につながりましたが、deCODE設立後まもなく、「国全体の系図をたどる能力は、現代医学の宝の一つになる可能性がある」と予測しました。[ 29 ] 1997年、deCODEは地元のソフトウェア会社Fridrik Skulason ehfと提携し、包括的なコンピュータ化された全国系図データベースの作成を加速させました。これは、最も古い子牛の皮の記録や伝説から1703年の国勢調査や教区記録、そして現代の国家登録簿に至るまで、入手可能なすべての情報源を活用しました。[ 30 ]
2000年代初頭までに、彼らは今日でも国全体の最も包括的な系図を作成しました。これは、1703年（ユネスコによって世界初の名目上の国勢調査として認められている）までほぼ完全な記録を通じてすべての生存市民を結びつけ、9世紀の国の入植以前にまで遡ります。データベースの研究バージョンでは、個人の身元は、DNAや医療データに使用されるのと同じ匿名化システムによって暗号化されているため、データを相関させることができます。[ 31 ]そして2003年、deCODEは、 Íslendingabók 、つまりアイスランド人の本と呼ばれる、一般公開されたオンライン版のデータベースを公開しました。アイスランドの社会保障番号を持っている人は誰でもパスワードを要求し、家系図を調べて、国内の他の人との最も近い家族のつながりを見ることができます。オンラインになって最初の1か月以内に、人口の3分の1以上がパスワードを要求しました。[ 32 ] 2020年までに、登録ユーザー数は20万人を超え、リンクされたエントリ数は90万件を超え、これはこれまでアイスランドに住んだことのある人の大多数を網羅している。平均して1日に約6000人、つまり全国民の約2%がこのデータベースを参照している。[ 33 ]
本質的に巨大な大家族であり、家族構成員の血縁関係に強い関心を持つ国において、Islendingabokは国民生活に欠かせない存在となり、deCODEの活動と社会的な関わりを持つための日常的かつ直接的な手段となっている。しかし、科学的な観点から言えば、研究プロジェクトに参加するすべての人々の正確な系譜関係を理解できる能力は、deCODEに発見企業としての永続的な優位性をもたらし、そのゲノムおよび医療データセットが世界でも最大規模かつ最も強力なコレクションの一つであり続けることを保証している。[ 34 ]
DNA を読み取る技術が進歩するたびに、系図はそこから生成できるデータ量とデータから情報を抽出する力の両方を増幅させてきました。[ 35 ]マイクロサテライトの時代には、参加者が特定のマーカーやゲノムのセグメントを偶然ではなく子孫によって共有していることを確立することが可能でした。2000 年代半ばに、ゲノム全体にわたる数十万の単一文字変異 ( SNP ) を測定できるジェノタイピング チップが登場したことで、deCODE の統計学者はゲノムのセグメントを正確にフェージングし、セグメントの親の起源を理解し、その後、全人口の何人かの人から測定されたジェノタイプを推定することができました。[ 36 ]
これにより、あらゆる研究の規模とパワーが効果的に倍増します。Illuminaが全ゲノムを経済的にシーケンスできる機器の販売を開始したとき、deCODEは数千人のアイスランド人を直接シーケンスし、事実上全人口の全ゲノムシーケンス（WGS）データを補完することができました。これは世界最大のWGSデータコレクションの1つであり、その分析の最初の結果は2015年にNature Geneticsの特別号で発表されました。[ 37 ]それ以降、さらに数万人の直接シーケンスにより、前例のない規模でますます希少な変異を日常的に検索することが可能になりました。[ 38 ]
ゲノム研究全般、そしてdeCODEの発見組織としての世界的な評判は、2000年代半ばにSNPジェノタイピングチップが登場したことで飛躍的に高まりました。[ 39 ]これらのツールは、ゲノムワイド関連研究（ GWAS ）の世界的ブームを引き起こしました。GWASでは、ゲノム全体をスキャンして、特定の疾患を持つ人が特定のバージョンを持つ傾向があり、影響を受けていない人が別のバージョンを持つ傾向があるSNPを特定します。一般的な疾患では、薬物反応などの多くの形質や表現型と同様に、その違いは因果関係の確実性ではなく、集団平均と比較してリスクが増加または減少する統計的オッズです。したがって、大規模な研究を実施し、その結果得られたデータ（疾患を持つ数千人の患者と、理想的には影響を受けていない親族である何倍もの対照被験者からのデータ）を分析する能力は非常に貴重です。[ 40 ]
deCODEの膨大なDNA、医療、系図データのコレクションは、繰り返しクエリと補完を行うことで統合的にマイニングされ、さらに充実させることができたため、この種の研究にほぼ完璧に適していました。2003年以来、同社は、アルツハイマー病、統合失調症、その他の精神疾患の遺伝的リスクの理解に継続的に大きく貢献しているもの、12種類の一般的な癌、冠動脈疾患、脳卒中、心房細動、その他の最も一般的な心血管疾患、薬物反応から認知、髪や目の色までの形質や表現型を含む、数十の疾患や症状に対する感受性に関連する数百の変異を発見し、発表してきました。[ 41 ]同社は、査読付きジャーナルで発見を発表しており、2型糖尿病のTCF7L2変異など、多くは多遺伝子リスクモデリングや研究における標準的なリスクマーカーとして使用されています。[ 42 ]
2019年にNature Communicationsに掲載されたGWAS時代のレビューでは、deCODEのこの分野への多大な貢献が定量化されました。アイスランド人は、2007年から2017年の間に世界中で発表されたすべてのGWAS研究の参加者の12%を占め、この期間だけで一人当たり平均19件の発表された研究結果に参加しました。[ 43 ]ステファンソン、deCODEの研究責任者ウンヌル・ソルステインスドッティル、統計学者グドマー・ソルレイフソンは、それぞれ世界で最も影響力のあるGWAS著者の第1位、第2位、第6位にランクされました。[ 44 ]
遺伝子型データに全ゲノムシーケンス（WGS）を追加することで、deCODEの発見能力に新たな次元と力が加わりました。定義上、標準的な遺伝子型チップ上の一般的なSNPは信頼できるリスクマーカーをもたらしますが、複雑な疾患の生物学における決定的な足がかりにはなりません。しかし、同社の統計学者は、増え続ける直接シーケンスされた全ゲノムを遺伝子型データと系図を足場として実行することで、全集団に対して非常に高解像度のWGSを推定することができました。その結果、2000万から5000万のバリアントを使用してGWAS研究を実施し、一般的な表現型の極端なバージョンを引き起こすか、または非常に高いリスクをもたらす希少バリアントを体系的に検索し、それによって推定される薬剤標的を直接示すことができるようになりました。[ 45 ]
このアプローチの価値は、PCSK9のモデルで最もよく知られています。このモデルでは、極めて高いコレステロール値と早期発症の心疾患を持つ家族の研究により、この遺伝子の重要な役割が理解され、新しいクラスのコレステロール抑制薬が開発されました。deCODE は現在、多くの表現型にわたってこのような希少変異を日常的に検索しており、その結果は創薬および開発プログラムの基盤となっています。[ 46 ]例えば、2016 年以降、心血管疾患における deCODE の重要な貢献には、LDL 値だけでなく非 HDL コレステロールが心疾患のリスクを最も正確に反映していることを実証したこと、[ 47 ]冠動脈疾患から保護する ASGR1 遺伝子の変異を発見したこと、[ 48 ]リポタンパク質(a) が心臓発作の主要な危険因子であることを定義したことなどが含まれます。 [ 49 ]
deCODE のデータはすべてサーバー上にあり、同時にクエリできるため、非常に高速にクエリを実行できます。2014 年、ブロード研究所のグループがフィンランドからの帰路に deCODE に立ち寄りました。フィンランドでは、大規模な研究活動を通じて、2 型糖尿病からキャリアを保護する変異を発見していました。コーヒーを飲みながら、deCODE チームは、フィンランドの変異はアイスランドには存在しないが、別の変異が存在することを確認しました。[ 50 ]ブロード研究所のグループは、その変異を発見を発表する論文に追加しました。[ 51 ]
deCODEは、独自の人口資源と、科学者が問いかけ、答えることができる質問のおかげで、最も注目すべき発見の多くは基礎科学の分野にあります。注目すべき焦点の1つは、ゲノム配列の変異がどのように生成されるかを解明することです。2002年にマイクロサテライトベースのゲノム遺伝子マップを作成した後、同社はさらに2つのマップを作成し、科学コミュニティに公開しました。1つは2010年に30万個のSNPに基づいて作成されたもので[ 52 ] 、もう1つは2019年にWGSデータに基づいて作成されたものです[ 53 ] 。組換え（卵子と精子の形成時に起こる染色体の再編成）は、多様性を生み出し、これらのマップを作成する主要なメカニズムです。15年以上にわたり、deCODEは、実際のヒト集団において、組換え率が性別、年齢、その他の特性によってどのように変化するか、そしてこれらの違いがゲノムの多様性と多くの種類の変異の生成にどのように影響するかを詳細に説明した一連の画期的な論文を発表してきました。明らかになった全体像は、ゲノムは多様性を生み出しているが、それは一定の範囲内であり、自然選択と進化のための動的だが概ね安定した基盤を提供しているということである。[ 54 ]
deCODEは、活動対象集団を理解し、同様の方法では他に類を見ないより広範な問題に取り組むため、創業当初から独自の遺伝人類学グループを擁してきました。同社は、初期の集団におけるノルウェー人とケルト人の混血を追跡するためにミトコンドリアとY染色体の変異に関する先駆的な研究を発表し、入植期の古代DNAをシーケンスし、遺伝的浮動、疫病、自然災害がどのようにして祖先や起源集団とは遺伝的に異なる現代の集団を生み出したかを調べるために、古代と現代のアイスランド人のゲノムを比較しました。[ 55 ]また、現代社会における正の自然選択の下にある変異を観察しました。[ 56 ]同社はまた、特定の遺伝子を欠損している人間のノックアウトをカタログ化し、数百人の存命の子孫の配列を分析することによって、アイスランドに住んだ最初のアフリカ系男性のゲノムを再構築しました。[ 57 ]これらの研究は、国内外のメディアから熱心に追われており、deCODEが研究対象とし活動する社会にもたらすもう一つの恩恵となっている。
deCODEは20年以上にわたる科学的リーダーシップにより、精密医療の多くの側面において、新しいタイプのパートナーシップ、製品、アプリケーションを繰り返し開拓してきました。1998年から2004年の間に、同社は製薬会社のロシュ、メルク、バイエル、ワイスなどと注目度の高い革新的なパートナーシップを締結しました。これらの提携により、deCODEの研究資金が提供され、一般的な疾患における遺伝的に検証された新しい薬剤標的の発見、疾患リスクを評価したり薬剤反応を予測したり、薬剤から最も恩恵を受ける可能性のある患者を特定できるDNAベースの診断法の開発、特定の遺伝子変異を持つ参加者を登録する「情報豊富な」臨床試験の設計、試験の規模を縮小し、より多くの情報を得て、成功の可能性を高めることを目指しました。[ 58 ]
2002年、deCODEはシカゴを拠点とする医薬品化学会社を買収し、同社の遺伝学研究に基づく化合物を発見し、新薬のパイプライン開発に着手した。[ 59 ]その後数年間、同社は心臓発作や末梢動脈疾患の潜在的な新規治療薬に関する初期段階の臨床試験をいくつか開始し完了させ、喘息やSMAに関する共同研究も行った。[ 60 ]これらは、今日「精密医療」プログラムと呼ばれるものの初期の例であり、標的発見に遺伝学を使用し、薬剤が標的とする経路と同じ経路を介した疾患感受性を検査することで治験参加者を選定するものである。[ 61 ]
2000年代半ば、deCODEは予防と健康増進に重点を置いた新しいタイプのリスク診断を開始しました。これらのDNAベースの診断テストは、deCODEや他の研究者によって特定された遺伝子変異を検出し、心臓発作[ 62 ]、心房細動と脳卒中、2型糖尿病、一般的な（BRCA以外の）乳がん、前立腺がん、緑内障[ 63 ]などの一般的な疾患の個人リスクの大幅な増加と相関していました。たとえば、2型糖尿病のテストは、約10%の人がdeCODEの最も影響の大きいリスク変異を2コピー持っており、肥満とは無関係に糖尿病を発症する平均リスクの2倍になっていることを示す発表済みの研究に基づいています。このテストの医学的目的は、「平均よりも高いリスクで本格的な糖尿病に進行する糖尿病予備軍を特定し、これらの人々が減量と特定の薬の使用によってこの追加リスクを効果的に打ち消すことができる」ことでした[ 64 ] 。
これらの検査のもう 1 つの斬新な特徴は、複数の十分に検証された遺伝的リスク因子の統合でした。これらの異なるリスク因子の全体的な影響は、ポリジェニックリスクスコアと呼ばれるものに統合され、他の健康またはライフスタイルのリスク因子とは独立して、またそれに加えて、一般集団のリスクに関して個人をリスクのスペクトル上に配置しました。[ 65 ]新しい発見があるたびに、deCODE は検査するリスク因子を拡大することができました。そのアイデアは、リスクの高い人に対してスクリーニングと予防戦略と治療をより特異で効果的なものにし、体重減少、禁煙など、よく理解されているライフスタイルの変更を個人が継続するための新しいインセンティブを提供することでした。[ 66 ]これが当時個別化医療と呼ばれていたものの本質でしたが、これらの検査は新しいものであったため、その医学的有用性はまだ証明されていませんでした。誰もが定義上一般的な病気のリスクにさらされており、医師は一般的に遺伝的リスクを希少疾患に関してのみ理解していたため、医療界はこれらの検査に懐疑的に接しました。[ 67 ] 2018年には、一般的な疾患のリスクが著しく高い人を特定するためにポリジェニックリスクスコアを使用すること、および全ゲノムデータと新しいアルゴリズムを使用して初期のdeCODEマーカーの多くを構築することが提唱され、復活し始めた。[ 68 ]
deCODEの発見に関するメディアの集中的な報道から判断すると、一般の人々はこれらの遺伝的リスク要因と、それが自分たちの健康にどのように関係するかについて非常に強い関心を持っていたことは間違いない。2007年後半、同社は、人々が一般的な病気のリスクをよりよく理解し、この情報を使用して健康を維持できるようにすることを目的とした消費者向け直接スキャン（DTC）であるdeCODEme [ 69 ]で、パーソナルゲノミクスの分野を事実上立ち上げた。deCODEmeは、現在広く知られているGoogleが出資する23andMe [ 70 ]の1日前に市場に登場した。deCODEmeのマーケティングは、その由緒、真剣さ、科学的厳密さを強調した。「病気の遺伝的リスク要因の発見における世界的なリーダーによって提供され、顧客は国際的に有名な研究を行っている科学者の知識と経験から直接恩恵を受けることができる」（競合他社は、deCODEが発表した変異を多くの結果の基礎として使用した）。スキャンは、それらを発見したのと同じ研究所で処理された。 2012年までに、deCODEmeの完全なスキャンでは100万個のSNPを測定し、47の一般的な疾患と形質のリスク、および母方と父方の祖先に関する基本情報を計算したが、この時期のほとんどの祖先スキャンはそれほど多くのデータに遡っていなかったことに留意した。[ 71 ]
deCODEmeは、その結果は情報提供のみを目的としており、「健康を改善するためのロードマップ」であると強調し、結果について質問があるユーザーには遺伝カウンセリングを提供していたにもかかわらず、米国の規制当局は、疾病リスク評価が消費者の手に直接渡されることに対してすぐに批判的な見解を示した。[ 72 ] 2010年6月、FDAはdeCODE [ 73 ]とその主な競合他社に書簡を送り、そのようなスキャンはFDAの承認が必要な医療機器であると考えていると伝えた。[ 74 ]規制上の逆風と企業再編に直面し、deCODEは2012年後半にdeCODEmeの販売を中止した。[ 75 ] 2017年、FDAは消費者向け検査における特定の疾病遺伝リスク評価の承認を開始した。[ 76 ]
2018年、deCODEは公衆衛生に直接介入し、この種のものとしては初の全国的な遺伝子スクリーニングプログラムで新たな地平を切り開いた。同社はウェブサイトを開設し、アイスランドの誰もが無料で全ゲノム配列データを検索して、アイスランドで乳がんや前立腺がんのリスクを高めるBRCA2遺伝子のSNPの保因者である可能性が高いかどうかを判断できるようにした。数か月以内に人口の10％がBRCA2の状態を要求し、国立病院は人々が予備的な結果を追跡し、その情報を使用して健康を守るのを支援するためのカウンセリングやその他のサービスを充実させた。[ 77 ]
画期的な科学研究にもかかわらず、あるいはその分野をはるかに先取りしていたためか、deCODEは独立企業として不安定な歴史をたどった。2000年7月、同社はナスダックで2億ドルの新規株式公開（IPO）を完了した。これは当時としては大規模であり、アイスランド企業が米国証券取引所に上場した最初の事例となった。初期の製薬会社との提携、特にロシュとの提携は、研究開始後最初の10年間で国内の成人の大半を登録するための資金提供、そして医薬品、診断薬、パーソナルゲノミクスにおける発見能力と製品開発努力の急速な拡大にさらに貢献した。[ 78 ]
科学的な観点から言えば、ブロード研究所のデビッド・アルトシュラーが2004年にMIT Tech Reviewに語ったように、「これは臨界質量が重要なビジネスであり、彼らは臨界質量を達成した」[ 79 ] 。しかし、このビジネスは金銭面でも重要だった。新しい市場を開拓する革新的な企業として、同社は最初の10年間で5億ドル以上を研究開発に費やしたが、一度も黒字になったことはなかった。2006年までに、同社はさらに借入を増やし、[ 80 ]まったく新しい前提に基づく医薬品開発プログラムに資金を提供し、支持者でさえ「まだ黎明期」と呼ぶ市場で診断検査を前倒しし、シリコンバレーの華やかさと23andMeの資金力に影を潜めていたパーソナルゲノミクスを市場に投入した。[ 81 ]
2008年末までに、同社はステファンソン自身の言葉を借りれば「進退窮まる状況」に陥っていた。[ 82 ]株価の低迷によりナスダックから上場廃止される恐れがあった同社は、世界市場が危機に陥るまさにその時に、さらなる資金を必要としていた。[ 83 ]同社の科学者たちは驚異的なペースで画期的な研究成果を発表し続けていたが、2009年末、同社の米国上場持株会社であるdeCODE genetics, Inc.は連邦倒産法第11章に基づく破産を申請した。[ 84 ]その主要資産（その中核はアイスランドの遺伝子研究事業）は、同社の当初の主要なベンチャーキャピタルであるARCH Venture PartnersとPolaris Ventures 、そして遺伝子型判定チップとシーケンシング機器の大手メーカーであるIllumina, Inc.からなるコンソーシアムによって買収され、運営が続けられた。[ 85 ]同社は医薬品開発プログラムの開発を断念した。[ 86 ]
ビジネスとして、deCODEはある意味で未来に逆戻りしたと言える。創業13年で世界的な評判を持つ企業であり、Newsweek誌が「世界で最も成功した失敗」と評した創業時のベンチャーキャピタルから再び支援を受けていた。[ 87 ]その後、ステファンソンは、deCODEは6年から10年ほど早く設立されたのではないかと公に考えを巡らせた。[ 88 ]十分な詳細さでDNAを正確に読み取る技術は2000年代半ばまで登場しなかったため、deCODEは長年の研究開発に負債を抱え、しかもその研究結果は、商業的に魅力的な診断法や開発中の医薬品を迅速に作成するのに十分な病気の生物学に関する詳細な洞察を提供していなかった。[ 89 ]その洞察を提供できる可能性があるのは、集団規模のWGSデータである。2010年までに、ステファンソンは数千人の個人の配列を決定し、再び系図によって強化されたインピュテーションを使用して、deCODEが世界で初めてそのようなものを手に入れる方法の概要を説明していた。[ 90 ]
厳しい状況にもかかわらず、イルミナが所有者の1つであったため、同社は最新のシーケンシング装置と試薬を入手することができた。2011年、deCODEとイルミナは共同で論文を発表し、WGSインピュテーションの威力を早期に示唆し、500の配列を40,000の全ゲノムデータに変換した。これは、他のいくつかの集団での複製によって検証された希少変異の発見を開始するのに十分であった。[ 91 ]一般的な変異とは異なり、希少疾患を引き起こす変異は、タンパク質をコードする遺伝子の領域にある傾向があり、疾患生物学への直接的な窓を提供すると同時に、創薬標的としてのより直接的な有用性も提供する。2012年12月、アメリカの製薬会社アムジェンは、deCODEを4億1500万ドルで買収した。[ 92 ]
買収の主な根拠の一つは、deCODEがWGSデータを用いて希少なコーディングバリアントを発見し、より一般的な疾患の極端なバージョンを引き起こす独自の能力を持っていたことである。当時アムジェンの研究開発責任者であったショーン・ハーパーはフォーブス誌に、「PCSK9（心疾患）のような標的に取り組んでいたことで、deCODEが世界的に専門とするヒト遺伝子解析によって発見または検証された標的を持つことの計り知れない価値を痛感した」と語った。[ 93 ]より広範には、これらの能力は既存のプログラムの評価にも適用でき、買収から1か月以内にdeCODEはアムジェンのパイプライン全体をレビューした。2018年、ハーパーは「パイプラインの半分に強力な遺伝学的裏付けがあるだけで、研究開発投資の収益率を約50%向上させることができる」と推定した。[ 94 ] 2020年までに、アムジェンはdeCODEの発見に直接基づいた2つの新しい心血管薬を臨床試験に導入し、その研究成果は主要な科学誌に掲載され続けている。[ 95 ]
2017年の米国人類遺伝学会年次総会でステファンソン氏を組織に紹介したブロード研究所のマーク・デイリー氏は、会議とこの分野は「全人口の参加を得て募集されたバイオバンク、過去の医療登録データ、大規模な遺伝子データ収集と統計的手法への投資、学術界と産業界の境界を越えた共同フォローアップを含む普及したパラダイム…[そして] deCODEはこの発見エンジンのテンプレートを提供した」と述べた。[ 4 ]
deCODEの初期の頃からの例は、サルデーニャ、ケベック、ニューファンドランド、スウェーデン北部、フィンランドなどの孤立したコミュニティや小規模な集団で疾患遺伝子を探す他の人々に新たな刺激を与えた。しかし、deCODEは、希少症候群を引き起こす変異を見つけるためにアイスランド人の「相対的な均質性」を宣伝していたのではなく、創始者変異の存在が一般的な疾患に影響を与える変異の発見を促進するのに役立つと考えていた。[ 96 ]世界的な医療課題との関連性という点では、アイスランドは希少症候群の有病率が高い近親交配集団ではなく、全体として研究できるミニチュアのヨーロッパ社会であり、最大の小規模集団というよりは、最小の大規模集団であった。
deCODE の例に倣った最初の大国は英国でした。[ 97 ]アイスランドの経験は、NHS の広大な範囲とリソースを世界で最も多様な人口の 1 つに適用することの科学的および医学的価値を背景に、[ 98 ] 2003 年の UK バイオバンクの認可[ 99 ]と、 2013 年のGenomics England の認可に影響を与えました。主要な医療システムと関連付けられたその他の初期の大規模なバイオバンクおよびゲノミクスの取り組みには、2009 年に開始された米国のMillion Veterans Program 、 [ 100 ] 2007 年に開始されたカリフォルニア州のKaiser Permanenteの遺伝子、環境、健康に関する研究プログラム、および2000年代半ばに開始された中国本土と香港のChina Kadoorie Biobank が含まれます。 [ 101 ]
2014年にイルミナが新しいX-Tenシステムでゲノム全体を1,000ドルで大規模にシーケンスできると発表した後、米国（All of Us、MVPと並行）や（CKBと並行）オーストラリア、カナダ、ドバイ、エストニア（元々は2000年に開始）、フランス、香港、日本、オランダ、カタール、サウジアラビア、シンガポール、韓国、スウェーデン、トルコなど、さまざまな国で国家ゲノムプロジェクトが急増しました。 [102] これらのプログラムは焦点やアプローチは異なりますが、少なくとも暗黙のうちにdeCODEの例に触発されています。[ 103 ]
製薬会社が主導する他の大規模プロジェクトは、deCODEのモデルとAmgenとの取り組みに非常に近いものとなっている。これには、Regeneronと米国のGeisinger医療システムとの取り組み[ 104 ]、AstraZenecaと英国のWellcome Trustとの官民学連携、カリフォルニアのCraig VenterのHuman Longevity、ヘルシンキのFinngen [ 105 ]などがある。後者は、Broad Instituteのリーダーとフィンランドの大学、保健省、バイオバンクによって創薬を推進するために設立されたもので[ 106 ] 、アイスランドのdeCODEの当初のビジョンに非常に近いが、学術機関と政府機関が事業の株式パートナーとなっている。この官民連携モデルは、2019年にフィンランドで、匿名化された医療記録、社会福祉データ、バイオバンクサンプルを生物医学研究にほぼ全面的に利用することを認める法律が可決された理由を説明できるかもしれない。この法律は、20年前にアイスランドで大きな論争を巻き起こした1998年のIHD法の野心をはるかに超えている。[ 107 ]
deCODE の直接的な関与と系譜は、この分野全体にも明らかです。deCODE は、北欧人類遺伝学および精密医療学会の創設メンバーでありリーダーです。この学会は、スカンジナビア諸国、アイスランド、エストニアのリソースを結集し、地域全体で遺伝子発見と精密医療の応用を推進しています。2013 年、deCODE の卒業生グループが、スピンオフ企業 NextCODE Health (現在のGenuity Science ) を設立し、アイスランドで開発された情報学およびシーケンスデータ管理ツールをライセンス供与し、さらに開発を進め、他の国での臨床診断と集団ゲノミクスを支援しました。[ 108 ]そのシステムとツールは、イングランド、[ 109 ]カタール、[ 110 ]シンガポールの国家ゲノムプロジェクト、 [ 111 ]英国、米国[ 112 ]および中国の小児希少疾患プログラム、[ 113 ]および子会社の Genomics Medicine Ireland で使用されています。 2019年、deCODEと米国の地域医療システムであるインターマウンテンは提携し、50万人を対象としたWGSベースの研究および精密医療研究を実施しました[ 114 ]。また、deCODEはUKバイオバンクの22万5000人の参加者のシーケンスも開始しました[ 115 ] 。
2020年3月、SARS-CoV-2ウイルスがアイスランドで広く蔓延し始めたため、deCODEは一時的に臨床研究、検査スタッフ、業務をCOVID-19の大規模検査に振り向けました。この取り組みは、同社がこれまでで最も深く直接的に公衆衛生に関与したことを示しており、世界的なパンデミックの初期段階における、どの国よりも集中的かつ成功した封じ込め戦略の重要な構成要素となっています。[ 116 ]
アイスランドの保健当局のパンデミックへの対応は、最善の「検査、追跡、隔離」疫学的制御の早期かつ透明性のある効果的な例として注目に値する。2020年1月下旬、国立保健局は、高リスク地域からアイスランドに到着した人や感染の可能性のある症状を示している人の検査を開始し、市民保護・緊急事態管理局と連携して、ウイルスと診断された人を隔離し、接触者全員を追跡して隔離するシステムを稼働させた。[ 117 ]アイスランドで最初の症例が診断されたのは、対象を絞った検査が開始されてから1か月後の2月28日で、数日のうちに毎日数十人が陽性反応を示した。それからわずか2か月余りで、アイスランドは事実上活動性感染がなくなった。[ 118 ]
この対応の基盤と、それを導くデータは検査でした。しかし、公式の検査活動は迅速かつ精力的に行われましたが、症状のある人、または感染者と接触した可能性が高いためリスクが高い人に焦点が当てられていました。3月初旬、deCODEのCEOであるKari Stefanssonは、一般の人々も検査しなければ、ウイルスの蔓延や致死率を理解する方法がなく、これは流行に包括的に対処するために重要な情報であると懸念しました。[ 119 ]この「総力戦」の時期に、同社の遺伝子研究室をPCR診断検査施設に迅速に転換するためのノウハウ、人材、設備を備えていたため、[ 120 ]彼は保健局の監督下で一般の人々を検査するために同社の能力を活用することを申し出ました。[ 121 ] deCODEのスタッフは、サンプルの採取から検査の実施、プライバシー保護された報告まで、あらゆるワークフローを迅速に構築し、綿棒と試薬を準備して大規模検査を開始した。2020年3月12日木曜日、同社は検査の予約を受け付けるウェブサイトを開設し、数時間以内に12,000人が登録した。検査は翌朝から無料で開始された。[ 122 ]
deCODEの取り組みは、1日あたり1000サンプルを超える能力に急速に拡大した。人口スクリーニングの開始以来、参加者の1%未満が感染していることが判明し、保健当局の封じ込め戦略が機能していることを示している。[ 123 ] 2020年3月中旬から5月末まで、同社は1日平均600の検査を実施し、国立大学病院での保健当局の1日250の検査を補完した。deCODEのスクリーニングで陽性となった人は同様に隔離され、接触者は追跡され、自主隔離を求められた。合計で、6月初めまでにアイスランドでは6万を超える検査が実施され、これは人口の18%に相当する。この検査戦略と追跡および隔離のフォローアップを組み合わせたことにより、アイスランドの感染者数は4月の第1週にピークに達し、月末までに急激に減少した。 5月中旬までに、国内の感染者はごく少数にまで減少したが、deCODEと保健当局はその後も新たな感染拡大を検出するために1日あたり最大200件の検査を実施し続けた。[ 124 ]
deCODEはスクリーニング作業と並行して、遺伝子解析能力を用いて数百人の感染者からウイルスの配列を決定し、国内のウイルスのさまざまな系統の系図を作成した。これにより、パンデミックの初期数週間で、さまざまな国で感染した人々とともにウイルスが国内に入り、その後アイスランド国内で広がったことが明らかになった。[ 125 ] 2020年4月、同社は保健局と国立病院の同僚とともに、ニューイングランド・ジャーナル・オブ・メディシン誌に、COVID-19が人口全体にどのように広がっているか、そして検査、追跡、隔離の強力な政策がそれを効果的に封じ込めることができるかを詳述した論文を発表した。5月、同社は国民に対する抗体検査の開発と実施に着手し、初期の結果では、感染と診断されていない一般人口の約1％がウイルスに対する抗体を持っていることが示された。これは一方ではウイルスが迅速かつ適切に封じ込められたことを意味するが、同時に2月末以降に公式に診断された感染者数のほぼ3倍の感染者が出ており、人口の98%以上が依然として免疫を持っていないことも意味していた。[ 126 ]これは、アイスランドが自国民やアイスランドに来る人々との旅行のために国境を再開するにつれて、その後のアウトブレイクを検出するために大規模な検査を継続する必要があることを示していた。[ 127 ] 6月、同社はブリティッシュコロンビア州にあるアムジェンの部門と協力して、アイスランドのCOVID回復患者の白血球を使用して、予防または治療に使用できるウイルスに対する抗体の製造を開始したと発表した。[ 128 ]
deCODEの活動は、2000年に発表されたアルナルドゥル・インドリダソンの小説『ジャー・シティ』で批判されており、この小説は2006年に同名の映画化もされている。[ 129 ]
deCODEとカーリ・ステファンソンは、スライン・ベルテルソン著『Dauðans óvissi tími』でバイキングDNAとラールス・ヨハンソン教授として風刺されている（レイキャビク：JPVウトガフ、2004年）。
deCODE、特にカーリ・ステファンソンは、 Óttar M. Norðfjörð の2007 年の風刺作品Jón Ásgeir & afmælisveislan (レイキャビク: ソーグル、2007)の中で、怪物的な遺伝的雑種の創造者として紹介されており、DeCODE の歴史は直接的にも寓意的な形でも (架空の物語の下で) 登場します。同じ著者の小説『Lygarinn: Sönn saga』 (レイキャビク: ソーグール、2011 年) に登場する名前、OriGenes)。 deCODE は、 SjónによるCoDex 1962にある CoDex 社のモデルです。[ 130 ] [ 131 ]
{{cite journal}}: CS1 maint: 数値名: 著者リスト (リンク)北緯64度08分08秒、西経21度56分45秒/北緯64.13556度、西経21.94583度/北緯64.13556度、西経21.94583度