ロックマンゼロ

ロックマンXシリーズの終盤で姿を消してから数世紀後、ゼロは12歳の人間科学者シエルに発見され、目覚める。一時的な記憶喪失のため自分が誰なのか分からないゼロは、シエルと彼女のレプリロイドの仲間たちを、彼らを滅ぼそうと送り込まれたグループから守る。ゲームの出来事の中で、ゼロが残りのレプリロイドを滅ぼそうとする幾度もの試みを撃退する中で、彼の100年の不在の間に何が起こったのかが明らかになる。ロックマンXシリーズで起こったイレギュラー戦争（人間がイレギュラーと呼ばれる悪意あるレプリロイドによって粛清されていた戦争）がイレギュラーの完全な敗北で終結した後、人間とレプリロイドはネオ・アルカディアと呼ばれるユートピア国家で調和して暮らすことができた。しかし、エネルギー不足危機により、エネルギー消費を削減するために無数の罪のないレプリロイドが殺害されたため、この平和は長くは続かなかった。こうしてシエルはレプリロイドと手を組み、レジスタンスを結成した。また、ゼロのかつての仲間であり親友であるエックスのコピーがネオ・アルカディアの指導者であり、レプリロイド虐殺の黒幕であることが明らかになる。コピー・エックスの右腕である四天王を倒した後、ゼロはついにコピー・エックスと対峙し、戦闘で彼を打ち負かす。死に際にコピー・エックスは自爆し、ゼロはかろうじて脱出する。その後、彼はネオ・アルカディア軍に囲まれた果てしない砂漠にいることに気づく。ネオ・アルカディアが自分に注意を集中させることを知ったゼロは、シエルとレジスタンスが脱出するのに必要な時間を稼ぐため、砂漠に留まり、果てしなく戦い続けることを決意する。

前作から1年後を舞台とする本作では、ゼロが砂漠でネオ・アルカディア軍を追跡していたことが明らかになる。またしてもネオ・アルカディア軍を撃破した後、ゼロはついに疲労困憊で倒れてしまう。しかし、理由は不明だが、四天王の一人であり、現在はネオ・アルカディアのリーダーであるハルピュイアに救われる。敵同士であるにもかかわらず、ハルピュイアはゼロをレジスタンス基地近くの場所へ連れて行き、そこでゼロはレジスタンスのメンバーに発見され、セルヴォーによって修理される。

シエルが戦争終結のための新たなエネルギー源の開発に奔走する一方、レジスタンスの新リーダー、エルピゾはネオ・アルカディアへの正面侵攻の準備を進める。しかし、侵攻は完全に失敗に終わり、エルピゾだけが生き残る。無力感に苛まれた彼は、レジスタンスを離れ、エルフ戦争中に地球に前例のない破壊をもたらした、強力で邪悪なサイバーエルフ、ダークエルフを探し求める旅に出る。このエルフ戦争は、ゼロが100年間不在だった間に起こった出来事である。

エルピゾは、ダークエルフを封じ込めていた初代ロックマンXの肉体を発見し破壊することで、ダークエルフを復活させる。エルピゾはダークエルフを吸収して莫大な力を手に入れるが、ゼロに辛くも敗北する。ゲームは、ダークエルフが逃走し、サイバーエルフとなった初代Xがゼロに、ダークエルフはかつてマザーエルフと呼ばれ、ロックマンXシリーズでレプリロイドをイレギュラーに変えてしまうイレギュラーウイルスを治療し、イレギュラー戦争を終結させることが本来の目的だったと告げるところで終わる。

エルピゾの敗北から2ヶ月が経過したが、ダークエルフの所在は依然として不明だった。その間、シエルは事実上無制限のエネルギー生成を可能にする新たなエネルギー供給源の研究を完了し、それを「シエルシステム」と名付けた。レプリロイドへの虐殺を続ける理由がなくなることで和平が実現することを期待して、シエルシステムを提案するためにネオ・アルカディアへ向かう途中、ダークエルフのエネルギー反応を積んだ大型宇宙船が地球に墜落する。ゼロは調査のために派遣され、エネルギー反応の詳細を突き止めようとするが、そこで残された3人の四天王がオメガという名の巨大レプリロイドと戦っているのを発見し、同行していた科学者のワイル博士と出会う。彼らはマザーエルフをダークエルフに堕落させ、エルフ戦争を引き起こした罪で、宇宙に終身追放されていたのだ。その後、ワイル博士はコピーXを復活させたことを明かし、コピーXはネオ・アルカディアでの支配を再開し、四守護者をワイル博士の意のままに操り、降格させる。コピーXがワイル博士の影響を強く受けていると疑った四守護者は、ネオ・アルカディア軍を去る。間もなく、ダークエルフがネオ・アルカディアの人間の居住区に再び現れる。ダークエルフを捕獲しようと、ワイル博士とコピーXは、ダークエルフを無力化するために居住区にミサイルを発射する命令を出す。ダークエルフの捕獲には成功したが、ミサイル攻撃により数千人の罪のない人々が犠牲となる。この悪名高い事件の後、シエルはシエルシステムを提案する申し出を撤回し、ワイル博士とコピーXはレジスタンスをイレギュラーとみなし、レジスタンスに対する全面侵攻を開始する。レジスタンスは、ゼロがコピーXに到達して再び彼を殺害するまで侵攻を遅らせ、侵攻の勢いを失わせることに成功する。しかし、ドクター・ワイルはコピーXの後を継いでネオ・アルカディアの新たな支配者となり、ダークエルフを捕獲した真の目的を明かす。それは、ダークエルフをオメガと融合させ、巨大な周波数送信機で接続することで、オメガが地球上のすべてのレプリロイドの精神を制御できるようにするためだった。ドクター・ワイルは、宇宙での追放に対する人類とレプリロイドへの復讐としてこれを正当化する。ゼロは最終的に2つの異なる形態でオメガと対峙し、オメガを倒すが、オメガはゼロと瓜二つの真の姿を現す。ワイルが背景に現れ、ゼロが冬眠中に電源が切れていた間に、ゼロの意識と記憶がコピーの体に転送されていたことを明かす。ゼロの元の体は、その比類なき戦闘能力のためにオメガに利用されるべく、ワイルによって盗まれていたのだ。この事実が明らかになったにもかかわらず、ゼロは四天王の助けを借りて元の体を破壊し、オメガを完全に倒す。オメガの死は大きな爆発を引き起こし、それによってダークエルフはオメガから解放され、ワイルの腐敗からも解放される。エックスはゼロとその肉体についての真実をレジスタンスに告げた後、永遠に姿を消す。ダークエルフ（現在は再びマザーエルフとして知られる）は、ゼロをレジスタンス基地に連れ戻すが、基地自体も消滅し、ゲームは終了する。

オメガが破壊されたにもかかわらず、ワイルは人間とレプリロイドの両方に対する復讐を続け、ネオ・アルカディアを独裁的に支配し、市民の権利の多くを剥奪した。そのため、多くの人間が逃亡し、独自の居住地を築き始めた。これに対し、ワイルは逃亡者たちを「イレギュラー」と呼び、レプリロイドと同様に粛清を開始した。

ゲームは、ゼロ、シエル、そしてレジスタンスのメンバーが、ワイルの軍勢から逃げる人間の一団に遭遇するところから始まる。ゼロは人間たちを守り、人間たちはレジスタンスに対し、100年以上前に『ロックマンX5』の出来事の際にユーラシアコロニーが墜落した場所である、自然豊かな広大な集落、エリアゼロを目指していることを明かす。

エリアゼロのような集落の人口の多さに目をつけたワイルは、ラグナロクと呼ばれる隕石サイズの宇宙砲を使って自然を全て消滅させ、ネオアルカディアを地球上で唯一居住可能な場所にするという計画を明かす。そうすることで、人々はワイルの専制的な支配下に置かれることになる。ゼロは最終的にラグナロクへと向かい、ワイルを倒すが、ワイルは地球に甚大な破壊をもたらすため、ラグナロクをエリアゼロに衝突させるようプログラムしていた。

地球を救う唯一の道は一つしかないと悟ったゼロは、ラグナロクからレジスタンス基地へ戻るよう懇願するシエルの願いを拒絶し、ラグナロクが地球に墜落する前に自らの命を犠牲にしてコアを破壊する。ラグナロクの破片が地球に降り注ぐのを見守るシエルは、レプリロイドと人間が再び平和な世界を築く、より良い地球を創造すると誓う。物語は、ラグナロクの残骸と共に地面に散らばるゼロの砕け散ったヘルメットの映像で幕を閉じる。