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| C12orf60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| エイリアス | C12orf60、染色体12のオープンリーディングフレーム60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 外部ID | MGI : 3605234; HomoloGene : 52193; GeneCards : C12orf60; OMA :C12orf60 - オルソログ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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未解析タンパク質C12orf60は、ヒト（ホモサピエンス）ではC12orf60遺伝子によってコードされるタンパク質である。この遺伝子はLOC144608またはMGC47869としても知られている。このタンパク質は膜貫通ドメインとヘリックスを欠いているが、 αヘリックスが豊富である。核内に局在すると予測されている。[5]
C12orf60成熟mRNA転写産物は1139ヌクレオチド長[6]で、245アミノ酸を含むタンパク質をコードしている。[7]このタンパク質には膜貫通ドメインとヘリックスがないが、 αヘリックスが豊富に含まれており、核内に局在すると予測されているが、その機能は科学界ではまだ十分に理解されていない。この遺伝子は、アレルゲン免疫療法の有効性を検出するための潜在的なバイオマーカーとして挙げられている。[8]
この遺伝子は精巣と結腸で多く発現しているが、腎臓、乳癌、脳、様々な内分泌腺でも発現している。[9]
遺伝子
位置と大きさ
C12rf60は、14,803,572 bpから始まり、14,823,858 bpで終わる、20,287塩基対に及ぶ染色体12に位置している[10] 。これは、12p12.3と12p13.1の細胞遺伝学的バンドの間のフォワード/プラス鎖に位置している。[11]この遺伝子から100キロベース以内にある他の遺伝子には以下が含まれる: [12]
- 正/順方向鎖
- H2A ヒストンファミリーメンバー J ( H2AFJ )
- ネガティブ/逆ストランド
一般的な別名
C12orf60は LOC144608 および MGC47869 としても知られています。
mRNA
遺伝子内には合計 22 個のエクソンが存在します。5 これらのエクソンから 13 個の転写バリアントが存在します。これらの転写バリアントのうち 12 個は予測されており、そのうち 7 個のみがタンパク質をコードすると予測されています。さらに、それらは同じタンパク質をコードすると予測されています。
mRNA 配列の注目すべき特徴としては、3' 非翻訳領域 ( UTR ) の 2 つのポリアデニル化シグナルが含まれ、5' UTR の RBP-MBNL1 を含むいくつかの RNA 結合タンパク質 ( RBP )の標的となっています。一次転写産物には単一のイントロンスプライス部位が存在し、上流のインフレーム終止コドンも同様です。
タンパク質
構成
C12orf60 の予測等電点は 8.19、分子量は 27.6キロダルトンです。グリシンとチロシン残基はヒトプロテオーム内の他のタンパク質と比較して比較的少なく、メチオニンはより多く含まれています。
トポロジー
このタンパク質産物は、複数のαヘリックス、コイルドコイル、および1つのβシートを持つことが予測されています。このタンパク質には膜貫通領域やヘリックスが含まれていないことが示唆されており、これはタンパク質が細胞膜やゴルジ体のような細胞内膜に固定されていないことを意味します。[14]
保存されたドメイン
予測されるタンパク質産物では、C12orf60 には 225 個のアミノ酸からなる保存されたタンパク質ドメインが含まれています。このドメイン (DUF4533) は、pfam15047 タンパク質ファミリーに属します。このファミリーには、他に 1 つの遺伝子のみが記載されています。それはC12orf69で、SMOC3 (コイルドコイルドメイン 3 を持つ単回膜貫通タンパク質) としても知られています。[15]
ヒトC12orf60とその相同遺伝子 9 個を解析した結果、ヒトタンパク質配列の 10 番目の残基から始まる高度に保存された ERLモチーフが明らかになりました。このモチーフが他のタンパク質にも存在するかどうかは不明です。
その他の保存残基は、Asp25、Ser28、Phe37、Met41、Glu69、Leu85、Lys88、Leu143、Pro147、Ile148、Leu151、Gln164、Lys189、Leu191、Ala207、および Glu212、Leu225、Lys227 です。さらに、これらの残基は DUF4533 内にあるため、これらの保存アミノ酸はドメインの機能にとって重要であると考えられます。また、100 から 150 残基の間の領域は保存されていません。したがって、この領域はタンパク質の機能にとって重要ではないと考えられます。
翻訳後修飾
タンパク質産物は細胞内にあると予測されるため、C12orf60 では細胞外修飾は発生しないと予測されます。アセチル化、リン酸化、ピコルナウイルスプロテアーゼ切断、SUMO 化、O-β-GlcNAc 化などの他の修飾は、C12orf60 およびその相同タンパク質のいくつかで発生すると予測されます。リン酸化と O-β-GlcNAc 化の両方の部位として機能するアミノ酸が 2 つあり、これがタンパク質の活性化または不活性化の部位を示している可能性があります。
細胞内局在
C12orf60は核、細胞質、または細胞外に局在すると予測されている。[16] [17] [ 18] [19] [20] [21]しかし、現在の文献では核内に局在することが支持されている。
表現
組織発現
C12orf60の発現は調節されている。この遺伝子は精巣と結腸で高度に発現しているが、腎臓、乳癌、様々な内分泌腺、脳のいくつかの領域でも発現している。[23] [24] [25]また、発達中の胚体と胎児でも発現している。[23]
転写制御
プロモーターGXP_71811はC12orf60の発現を制御します。プロモーターは1373塩基対の長さで、プラス鎖上に位置します。このプロモーターに結合する可能性のある転写因子は400以上あり、その中にはSOX/ SRY性別/精巣決定因子、ヒトおよびマウスETS、ホメオドメイン転写因子などがあります。[10]
タンパク質相互作用
Rollandらは、 C12orf60がBMP4（骨形成タンパク質4）と相互作用することを発見した。[26] BMP4は骨と軟骨の形成を誘導する。また、中胚葉誘導や骨折修復にも作用する。
C12orf60と相互作用する可能性のあるタンパク質は他にもいくつかあり[27]、そのいくつかはC12orf60と共発現すると予測されている[28] 。相互作用する可能性のあるタンパク質としては、L3MBTL4、C3orf67、FAM78A、PXDC1などがある。L3MBTL4を過剰発現したラットでは、血圧と心拍数が上昇した[29] 。
C12orf60と共発現していると考えられるタンパク質には、ELMOD2、TTC30B、BCDIN3Dなどがある。ELMOD2は抗ウイルス反応に関与し、家族性特発性肺線維症を引き起こすと考えられている。[30] TTC30Bは細胞小器官の生合成と維持経路、および鞭毛内輸送に関与している。BCDIN3Dはメチルトランスフェラーゼであり、miRNA処理の負の調節因子として働く。[31]タンパク質間相互作用についてはさまざまな情報源から合意が得られていないため、これらの相互作用が実際に起こるかどうかを判断することは困難である。
パラログ
ヒトゲノム内にはこの遺伝子の既知のパラログはなく、C12orf60 タンパク質オルソログを持つ選択された種内に C12orf60のパラログは見つかりませんでした。
オルソログ
多くのオルソログは哺乳類といくつかの鳥類に見られます。
臨床的意義
文献における言及
この遺伝子は、肥満、身長、体重に関連するSNPから1Mb以内にある。[32]
この遺伝子は、アレルゲン免疫療法の有効性を検出するための潜在的なバイオマーカーとして、他の2つの遺伝子とともに特許に記載されていました。[8]具体的には、C12orf60のコピーが3つ検出された場合、免疫療法は無効であることが示されました。
ある研究では、この遺伝子は、再発性急性リンパ性白血病の患者1名で転座が確認されたいくつかの遺伝子のうちの1つでした。[33]この転座はアポトーシスと腫瘍形成に関連していました。
別の研究では、構成的心筋細胞増強因子2（ MEF2CA）を発現する細胞では、この遺伝子が少なくとも1.5倍アップレギュレーションされていることがわかりました。 [34] MEF2CAは脳内で自然に発現しています。
ある研究では、この遺伝子には「プロモーター領域に完全な潜在的抗酸化タンパク質1（ ATOX1 ）DNA相互作用部位」が含まれていると述べられています。 [35]
参考文献
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