EzTaxon データベース

バイオインフォマティクスにおいて、EzTaxonデータベースは、16SリボソームRNA遺伝子配列に基づいて原核生物を識別するためのWebベースのツールです。 ^[1] EzTaxonは、ChunLab, Inc.によって作成および管理されている オープンアクセスデータベースです。

EzTaxon データベースには、有効な名前が公表されている原核生物種のタイプ株の配列が含まれています。EzTaxon は主に原核生物分離株の日常的な識別に使用されますが、培養されていない分類群の配列は含まれていませんでした。そのため、2012 年に EzTaxon は培養されていない原核生物も含むように拡張され、データベースの名前が EzTaxon-e に変更されました。^[2]

EzTaxon-e に含まれる分類群名は、パブリック ドメインデータベースで見つかった未培養配列のグループを表します。EzTaxon-e に含まれる名前は正式な命名法ではありませんが、自然界の微生物群集と多様性の比較に役立つように作成されました。

• EzTaxon-e で見つかった新しい名前は、配列のGenbank配列アクセッション番号に特殊な接尾辞を追加することによって形成されます (例: AB177171_s -> 配列エントリ AB177171 がタイプとして機能する種、AB177171_g -> 属、AB177171_f -> 科、AB177171_o -> 目、AB177171_c -> 綱、AB177171_p -> 門)。
• よく知られている名前は歴史的な理由からそのまま残されています。有名な海洋生物であるSAR11 は、 SAR11 (目) と分類され、さらに 4 つの科 (SAR11-1_f から SAR11-4_f) に分けられます。
• 16S rRNA 配列系統学に基づき、明らかに誤分類された種の一部は、特別な接尾辞を使用して改名​​されています。たとえば、Bacteroides pectinophilus は、 Bacteroides属の正式なメンバーではありません。ただし、Lachnospiraceae 科の新しい属である可能性があります。そのため、EzTaxon-e データベースでは、Bacteroides pectinophilus は、暫定的に命名された新しい属 Bacteroides_g1 の下に配置されています。
• 「4P」で始まる配列および暫定分類群は、Roche 454 GS FLX Titanium システムの製品です。