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ロバート・ダークス | |
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 2014年の家族写真の短剣 | |
| 生まれる | 1978年5月29日 バンコク、タイ |
| 死亡 | 2015年2月3日（36歳） ヴァルハラ、ニューヨーク、アメリカ |
| 国籍 | 中国系アメリカ人、 タイ系アメリカ人 |
| 教育 | ワバッシュ大学、アルバータ州、2000年 カリフォルニア工科大学、博士号、2005年 |
| 配偶者 | クリスティン・ウエダ |
| 子供たち | 2 |
| 科学者としてのキャリア | |
| フィールド | 計算化学、DNAナノテクノロジー |
| 機関 | カリフォルニア工科大学、DE ショーリサーチ |
| 論文 | 核酸デバイスの解析・設計・構築 （2005年） |
| 学術アドバイザー | ナイルズ・ピアース |
ロバート・ダークス（1978年5月29日 - 2015年2月3日）は、 DNAナノテクノロジーの理論的および実験的研究で知られるアメリカの化学者。タイでタイ系中国人の母親とアメリカ人の父親の間に生まれ、幼い頃にワシントン州スポケーンに移住。カリフォルニア工科大学のナイルズ・ピアース研究グループの最初の大学院生で、学位論文は核酸の熱力学を分析し構造を予測するためのアルゴリズムと計算ツールに関するものだった。また、核酸デバイスを自己組織化する生化学的連鎖反応を開発する実験的研究も行った。後にダークスはDE Shaw Researchで、新薬の設計に使用できる タンパク質フォールディングのアルゴリズムについて研究した。
2015年2月、ダークスはメトロノース鉄道史上最悪の死者を出した事故であるヴァルハラ列車事故で亡くなった。彼を称えて、分子プログラミング研究における初期の功績を称える賞が設立された。
若いころ
ダークスは1978年にタイのバンコクで生まれた。 [1]母親のスリーさんは当時銀行に勤めていたタイ系中国人女性で、父親のマイケル・ダークスはアメリカから採用されたバンコクのインターナショナルスクールの数学教師だった。 [2] [ 3 ]約1年後、家族は兄のウィリアムさんを含めてカナダのブリティッシュコロンビア州バンクーバーに戻り、父親はブリティッシュコロンビア大学で数学教育の博士課程を修了した。[4] [5] 4年後、家族はマイケルの故郷であるワシントン州スポケーンに定住し、マイケルはノースセントラル高校とスポケーンフォールズコミュニティカレッジで数学を教える仕事に就いた。[1] [6]
ロバートはルイス・アンド・クラーク高校に通い、そこでは学業で優秀な成績を収め、多くの数学コンテストに出場して優勝した。彼は最終学年の前の夏にワシントン大学で心臓血管の研究をするために選ばれた。その年、彼は受けたすべてのアドバンスト・プレースメント試験で最高得点の5を獲得し、1996年にはクラスの卒業生代表に選ばれた。[6]卒業後まもなく、ロバートと彼のクラスメート3人は、 ExploraVision全国科学コンテストで高校生3人の優勝者の1人となり、家族とともにワシントンDCへの旅行を獲得した。彼らのプロジェクトのテーマは、ナノテクノロジーの未来であった。[7] [8]
マサチューセッツ工科大学に合格していたが、インディアナ州クロフォーズビルのワバッシュ大学に進学することを選択した。[6]彼は2000年に化学と数学のダブルメジャーで、首席でファイ・ベータ・カッパの栄誉を得てワバッシュ大学 を卒業した。 [1 ]彼はまた、生物学と音楽の2つの副専攻を 取得し、ファゴット、クラリネット、ピアノを演奏した。[6]
その後、カリフォルニア州パサデナのカリフォルニア工科大学で化学の大学院研究を開始した。2005年に博士号を取得し、ポスドク研究員としてカリフォルニア工科大学に残った。在学中に、同じく博士課程の学生で後に妻となるクリスティン・ウエダと出会った。[1]
研究
ダークスはカリフォルニア工科大学のナイルズ・ピアース研究室の最初の大学院生だった。[6] 彼の博士論文のタイトルは「核酸デバイスの分析、設計、構築」だった。[10]
ダークスの計算化学における仕事は、核酸の熱力学の分析と核酸の構造予測のためのアルゴリズムと計算ツールの作成でした。[11]ダークスは、統計的分割関数の計算を通じて塩基対形成確率を生成する核酸設計および分析ツールのNUPACKスイートの最初のコードを書きました。[12 ]他の構造予測ツールとは異なり、NUPACKは1つまたは2つに限定されるのではなく、任意の数の相互作用する鎖を扱うことができます。 ダークスは、特定の種類の擬似結び目を効率的に処理できるアルゴリズムも開発しました。擬似結び目は、分析に多くの計算を必要とする構造のクラスですが、NUPACKは単一のRNA鎖に対してのみこの機能を実装しています。[13] [14] [15]
彼の実験的研究は、分子入力を条件とする核酸構造の自己組織化の最初の実証であるハイブリダイゼーション 連鎖反応法の先駆けとなった。 [11]この方法は、DNAヘアピンをDNAマシンの「燃料」として使用する試みから生まれたが、ダークスとピアスは、ヘアピンを信号増幅に使用できること、またアプタマーと組み合わせて使用するとバイオセンサーとして使用できることに気付いた。[16]酵素を使わない等温法として、後に免疫測定法の基礎として、[17]遺伝子発現のin situハイブリダイゼーションイメージング、[18]およびDNAナノ構造の触媒等温自己組織化の基礎として応用された。[19]
ダークスはその後、2006年からマンハッタンのDE Shaw Researchで新薬の設計のための計算タンパク質構造予測法[20]の開発に取り組みました。 [1]
その後の人生と死
ダークスと上田は2007年に結婚した。上田も当初はDE Shaw Researchで働いていたが、2010年に2人の子供のうち最初の子供を育てるために退職した。夫婦はニューヨーク州ウエストチェスター郡郊外のチャパクアに定住した。上田はメトロノース鉄道のハーレム線で通勤するため早起きし、帰宅は遅くなったが、夕方や週末はできるだけ多くの時間を子供たちと過ごした。[6]
2015年2月3日、ダークスはヴァルハラ列車衝突事故で死亡した。ダークスは列車の先頭車両に乗って帰宅中だったが、弟によると静かな雰囲気を楽しもうとした可能性が高いとのこと[3] 、列車はチャパクア駅から南に5マイル(8.0 km)のヴァルハラ北の踏切でSUVに衝突した。列車は停止する際にSUVを引きずり、先頭車両に積み重なっていた第三軌条の断片を緩めた。ダークス、SUVの運転手、その他4人の乗客が死亡し、メトロノース鉄道史上最悪の事故となった[21] 。
彼の死に対する反応はさまざまな方面から寄せられ、その多くは彼の科学的な才能を称賛した。彼の父親は「彼はいつもすべてを一発で理解し、常に優秀だった」と回想している。ルイス・クラーク大学でダークスを数学で指導したグレッグ・サンプソンは、彼の生徒が三角法の上級クラスをたった2週間で修了したことを回想し、「彼は本当に素晴らしい生徒だった」と語った。これは彼の生徒の誰も成し遂げたことのないことだ。ナイルズ・ピアースは、ダークスが若い教授と働くことに賭ける気があったことを回想している。彼の元ポスドクは「カリフォルニア工科大学にとっても珍しい生徒だった...彼は驚くべきことをした」と彼は語った。[6]彼の雇用主であるDEショー・リサーチは彼を「私たちの研究とより広い科学コミュニティに多大な貢献をした素晴らしい科学者」と呼んだ。[1]
2015年4月、 DNAナノテクノロジーとDNAコンピューティングの主要な科学団体である国際ナノスケール科学・計算・工学協会（ISNCSE）は、分子プログラミング研究の若手科学者を表彰するロバート・ダークス分子プログラミング賞を設立しました。[22] 最初の賞は2016年に授与されました。2016年6月現在、10万ドルの基金を設立するための資金調達が進行中です。[23]
主な作品
- Dirks, RM; Pierce, NA (2003). 「擬似結び目を含む核酸二次構造のパーティション関数アルゴリズム」(PDF) . Journal of Computational Chemistry . 24 (13): 1664–1677. doi :10.1002/jcc.10296. PMID 12926009. S2CID 323817.
- Dirks, RM ; Pierce, NA (2004) . 「ハイブリダイゼーション連鎖反応によるトリガー増幅」。 米国科学アカデミー紀要。101 (43): 15275–15278。Bibcode :2004PNAS..10115275D。doi : 10.1073 / pnas.0407024101。PMC 524468。PMID 15492210。
- Dirks, RM; Bois, JS; Schaeffer, JM; Winfree, E.; Pierce, NA (2007). 「相互作用する核酸鎖の熱力学的解析」SIAM Review . 49 (1): 65–88. Bibcode :2007SIAMR..49...65D. CiteSeerX 10.1.1.523.4764 . doi :10.1137/060651100.
- Piana, S.; Lindorff-Larsen, K.; Dirks, RM; Salmon, JK; Dror, RO; Shaw, DE (2012). 「タンパク質フォールディングシミュレーションにおけるカットオフと長距離静電気処理の影響の評価」. PLOS ONE . 7 (6): e39918. Bibcode :2012PLoSO...739918P. doi : 10.1371/journal.pone.0039918 . PMC 3386949. PMID 22768169 .
参照
参考文献
- ^ abcdef Miller, Stephen (2015年2月5日). 「DE Shaw Researchの科学者Robert Dirks氏が36歳で死去」. Bloomberg News . 2015年4月5日閲覧。
- ^ Dirks, Mike (2008-11-29). 「ガイトナーの数学への興味は10代の頃から始まった」The Spokesman-Review . 2016年6月13日閲覧。
- ^ abc Armaghan, Sarah (2015年2月5日). 「メトロノースの事故で死亡した5人の乗客の1人、ロバート・マイケル・ダークスは、優れた科学者であり献身的な父親だった」。Newsday 。 2015年4月6日閲覧。
- ^ Janos, Adam; Morris, Keiko (2015-02-06). 「メトロノース鉄道の事故で3人の犠牲者：全員男性、それぞれが最善を尽くす」ウォール・ストリート・ジャーナル 。ISSN 0099-9660 。2016年6月13日閲覧。
- ^ 「バンコクで始まった人生はニューヨークでの激しい列車事故で終わる」バンコクポスト。2015年2月6日。 2015年4月5日閲覧。
- ^ abcdefgh カルバー、ニーナ（2015年2月5日）。「列車事故で亡くなったLC卒業生のロバート・ダークスは、『類まれな才能』を持った家族思いの男だった」。スポークスマン・レビュー。ワシントン州スポケーン。 2015年4月5日閲覧。
- ^ Fernandez, Maisy (1996-06-16). 「Francoise Kuester が Gu の年間最優秀教師に選出」 The Spokesman-Review. 2015-07-13 時点のオリジナルよりアーカイブ。2015-07-13閲覧。
- ^ Johnson, Carla K. (1996-03-23). 「十代の若者たちは原子力に夢中 ルイス・クラーク大学の学生、ナノテクノロジーが未来を形作るビジョンを称賛」Spokesman.com 。 2016年6月13日閲覧。
- ^ 「Robert Dirks」。DE Shaw Research。2015年6月30日時点のオリジナルよりアーカイブ。2015年4月6日閲覧。
- ^ Dirks, Robert (2005). 核酸デバイスの分析、設計、構築（博士号）. カリフォルニア工科大学. doi :10.7907/VZ43-FM66 . 2015年2月27日閲覧。
- ^ ab “The Pierce Lab”. カリフォルニア工科大学. 2015年2月11日時点のオリジナルよりアーカイブ。2015年2月26日閲覧。
- ^ 「NUPACK: Nucleic Acid Package」カリフォルニア工科大学。2015年2月23日時点のオリジナルよりアーカイブ。2015年2月26日閲覧。
- ^ ab Andersen, Ebbe Sloth (2010). 「DNAとRNAの構造の予測と設計」. New Biotechnology . 27 (3): 184–193. doi :10.1016/j.nbt.2010.02.012. PMID 20193785.
- ^ Bindewald, Eckart; Afonin, Kirill; Jaeger, Luc; Shapiro, Bruce A. (2011). 「擬似結び目を含む多重鎖RNA二次構造予測およびナノ構造設計」. ACS Nano . 5 (12): 9542–9551. doi :10.1021/nn202666w. PMC 3263976. PMID 22067111 .
- ^ Schroeder, Susan J. (2009). 「配列からのRNA構造予測の進歩：ウイルスRNAの構造と機能の関係についての仮説を生成するための新しいツール」。Journal of Virology。83 ( 13 ) : 6326–6334。doi :10.1128/ JVI.00251-09。PMC 2698544。PMID 19369331。
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- ^ Choi, HMT; Beck, VA; Pierce, NA (2014). 「次世代 in situ ハイブリダイゼーション連鎖反応: より高いゲイン、より低コスト、より優れた耐久性」. ACS Nano . 8 (5): 4284–4294. doi :10.1021/nn405717p. PMC 4046802. PMID 24712299 .
- ^ Yin, P.; Choi, HMT; Calvert, CR; Pierce, NA (2008). 「生体分子の自己組織化経路のプログラミング」（PDF） . Nature . 451 (7176): 318–322. Bibcode :2008Natur.451..318Y. doi :10.1038/nature06451. PMID 18202654. S2CID 4354536.
- ^ Yee, Vivian (2015年2月5日). 「メトロノースの日常を共有していた3人の事故犠牲者の人生」.ニューヨークタイムズ. 2015年2月27日閲覧。
- ^ サントラ、マーク、フレゲンハイマー、マット（2015年2月4日）。「メトロノース鉄道事故の捜査が進行中」ニューヨーク・タイムズ。 2015年4月7日閲覧。
- ^ 「ロバート・ダークス '00 記念賞発表」。ワバッシュ大学。2015 年 5 月 1 日。2015 年5 月 5 日閲覧。
- ^ 「The Dirks Prize Fund」カリフォルニア工科大学。 2016年6月13日閲覧。