ホモサピエンス種のタンパク質コード遺伝子
PDK2 利用可能な構造 PDB オルソログ検索: PDBe RCSB PDB IDコードのリスト 2BTZ、2BU2、2BU5、2BU6、2BU7、2BU8、4MP2、4MP7、4MPC、4MPE、4MPN、4V25、4V26
識別子 エイリアス PDK2 、PDHK2、PDKII、ピルビン酸脱水素酵素キナーゼ2 外部ID オミム :602525; MGI : 1343087; ホモロジーン : 68265; ジーンカード :PDK2; OMA :PDK2 - オルソログ 遺伝子の位置( マウス ) クロ。 11番染色体(マウス) [2] バンド 11 D|11 59.01 cM 始める 94,917,084 bp [2] 終わり 94,932,180 bp [2]
RNA発現 パターン ブギー 人間 マウス (相同遺伝子) トップの表現 太ももの筋肉 小脳の右半球 心の頂点 腓腹筋 右耳介 左副腎皮質 左心室 右副腎皮質 胃粘膜 右前頭葉
トップの表現 心室中隔 太ももの筋肉 骨格筋組織 心室の心筋 二腹筋 上腕三頭筋 腓腹筋の内側頭 側頭筋 胸鎖乳突筋 外眼筋
参照表現データの詳細
バイオGPS 参照表現データの詳細
遺伝子オントロジー 分子機能
トランスフェラーゼ活性
ヌクレオチド結合
タンパク質キナーゼ活性
タンパク質ホモ二量体化活性
キナーゼ活性
ATP結合
ピルビン酸脱水素酵素(アセチル基転移)キナーゼ活性
細胞成分
核質
ミトコンドリアマトリックス
ミトコンドリア
ミトコンドリアピルビン酸脱水素酵素複合体
細胞質
生物学的プロセス
リン酸化
活性酸素に対する細胞反応
p53クラスメディエーターによる内因性アポトーシスシグナル伝達経路
グルコース代謝プロセス
ピルビン酸からのアセチルCoA生合成過程の調節
栄養素に対する細胞反応
インスリン受容体シグナル伝達経路
細胞ケトン代謝プロセスの調節
グルコース代謝プロセスの調節
グルコース恒常性
pHの調節
タンパク質リン酸化
糖新生の調節
炭水化物の代謝過程
カルシウムを介したシグナル伝達の調節
出典:Amigo / QuickGO
オルソログ 種 人間 ねずみ エントレズ アンサンブル ユニプロット RefSeq (mRNA) NM_002611 NM_001199898 NM_001199899 NM_001199900
RefSeq (タンパク質) NP_001186827 NP_001186828 NP_001186829 NP_002602
場所 (UCSC) 17章: 50.09 – 50.11 Mb 11 章: 94.92 – 94.93 Mb PubMed 検索 [3] [4]
ウィキデータ
ピルビン酸脱水素酵素キナーゼアイソフォーム2 (PDK2)は 、ピルビン酸脱水素酵素リポアミドキナーゼアイソザイム2 としても知られ、ミトコンドリアでは、ヒトでは PDK2 遺伝子 によってコードされる 酵素 です 。 [5] [6] PDK2は、 ピルビン酸脱水素酵素キナーゼ の アイソザイム です。
構造
PDK2 遺伝子によってコードされるタンパク質 には、この酵素の活性と調節を可能にする 活性部位 と アロステリック部位の2 つの部位があります。この酵素の調節に重要な構造モチーフは多数あります。Nov3r および AZ12 阻害剤は、R ドメインの一方の端にある リポアミド 結合部位に結合します。Pfz3 は、R ドメインのもう一方の端にある拡張部位に結合します。1 つの阻害剤である ジクロロ酢酸 (DCA) は、R ドメインの中央に結合します。 [7] 活性部位内には、R250、T302、および Y320 の 3 つのアミノ酸残基があり、キナーゼを阻害剤ジクロロ酢酸に耐性にし、活性部位をアロステリック部位から切り離します。これは、R250、T302、および Y320 が、ヌクレオチドがヌクレオチド結合空洞にアクセスすることを制御する組み込みの蓋の「開いた」および「閉じた」構造を安定化するという理論を裏付けています。これは、ATP lidの可動性がPDHK2活性のアロステリック制御の中心であり、キナーゼ分子内の活性部位とアロステリック部位間の通信に必要なコンフォメーションスイッチとして機能していることを強く示唆しています。 [8] また、DCA、ヌクレオチド、およびリポイルドメイン結合部位の通信を媒介する上で重要なDWモチーフもあります。このネットワークは、PDK2を閉じた、つまり不活性なコンフォメーションに固定する役割を果たしています。 [9]
関数
ピルビン酸脱水素酵素(PDH)複合体は、一般的な代謝において中心的な役割を果たしているため、厳密に制御されている必要があります。複合体内のE1成分には、リン酸化部位となる3つのセリン残基があり、このリン酸化により複合体は不活性化されます。ヒトでは、 これら3つの部位をリン酸化することが示されているピルビン酸脱水素酵素キナーゼの4つの アイソザイム、 PDK1 、PDK2、 PDK3 、および PDK4 があります 。 [10] PDK2は、ヒト組織で最も豊富な アイソフォームとして特定されています。多くの研究を通じて、この酵素の活性は、安静時であっても、 解糖 / 炭水化物の酸化 を制御し、 酸化的リン酸化 と 電子伝達系 のための代謝物を生成するために不可欠であることが明らかになっています。これらの研究は、PDKアイソフォーム集団、特にPDK2の動態が、PDK活性の測定よりもPDH活性の決定に重要であることを示しています。 [11]
規制
ピルビン酸脱水素酵素ファミリーは、中枢代謝経路の重要なステップの主たる調節因子として、無数の因子によって厳密に調節されている。PDK2 活性は低レベルの過酸化水素によって調節される。これは、化合物が酵素上のシステイン残基 45 と 392 を一時的に酸化し、PDK2 を不活性にし、PDH 活性を高めるために起こる。これらの条件は、 好気呼吸 の次のステップである TCA サイクルも不活性化する。これは、 ミトコンドリア内で高レベルの O 2 産生 がある場合 (これは栄養素過剰によって起こる可能性がある)、産物の増加が ミトコンドリア代謝を制御する 負のフィードバックとして機能するという事実を暗示している。 [12]
PDK2 は、PDK3 および PDK4 とともに、 ペルオキシソーム増殖因子活性化受容体デルタ またはベータの主な標的であり、PDK2 にはこれらの受容体に応答する 2 つの要素がある。 [13]
臨床的意義
ピルビン酸脱水素酵素アイソザイムはすべて、糖尿病 を含むさまざまな代謝障害と関連している 。これは、 遊離脂肪酸 レベルが一貫して上昇すると、肝臓のPDK酵素、特にPDK2とPDK4が刺激されるというメカニズムによるものである。この活性を刺激すると、PDH活性が低下し、したがってグルコースの取り込みも低下する。 [14]
癌
PDK酵素は中枢代謝と成長に関係しているため、がんの進行のさまざまなメカニズムと関係していることがよくあります。PDK2活性の増強は、 ワールブルク効果 として知られる 解糖 と 乳酸産生の増加につながります。いくつかの研究では、腫瘍タンパク質 p53 の野生型はPDK2活性を調節することで 腫瘍形成 の発現を予防します 。 [15]
さらに、PDK2の阻害は、その後、 プロリルヒドロキシラーゼ(PHD)依存性メカニズムとPHD非依存性メカニズムの両方によってがん細胞内の HIF1Aを阻害します。したがって、ミトコンドリアを標的とする代謝調節因子は ピルビン酸脱水素酵素 活性を高め、 血管新生も抑制し、 固形腫瘍 における常酸素性HIF1A活性化につながる疑似低酸素シグナルを正常化します 。 [16]
参考文献
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さらに読む
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