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| エイリアス | MFSD6L、6つの類似体を含む主要促進因子スーパーファミリードメイン | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 外部ID | MGI : 2384904; HomoloGene : 17128; GeneCards : MFSD6L; OMA :MFSD6L - オルソログ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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主要促進因子スーパーファミリードメイン6類似体（MFSD6L）は、ヒトのMFSD6L遺伝子によってコードされるタンパク質です。[5] MFSD6Lタンパク質は、化学浸透圧勾配を利用して細胞膜を介した小さな溶質の輸送を促進する 主要促進因子スーパーファミリー（MFS）の一部である膜貫通タンパク質です。
遺伝子
ヒトゲノムでは、MFSD6L遺伝子は染色体17（17p13.1）に位置している。[5]ポリペプチドをコードするDNA配列は、8,797,110 bpから8,799,365 bpまでの2,256塩基を網羅している。[6]さらに、遺伝子配列はマイナス鎖上に存在している。[5] MFSD6L遺伝子には、FLJ35773と呼ばれる別名が1つある。[5]
エンコードされたDNA配列は、翻訳されたmRNA配列中に1つのエクソンのみを生成します。[6]
腫瘍抑制遺伝子 TP53もMFSD6L遺伝子近傍の17p13.1で発見された。[7]
mRNA転写
MFSD6L 遺伝子は、MFSD6L エンコード配列にエクソンが 1 つしか存在しないため、他のアイソフォームを持つことは確認されませんでした。
タンパク質
MFSD6Lタンパク質の前駆体分子量は約64 kDaで、586個のアミノ酸で構成されています。[5]グリコシル化などの翻訳後修飾後、成熟したMFSD6Lタンパク質の分子量は72 kDaに増加します。MFSD6Lタンパク質を構成するアミノ酸のうち、ロイシンは他のほとんどのヒトタンパク質と比較して増加していることがわかりました。このロイシンの増加は、ハツカネズミとチンパンジーのMFSD6Lタンパク質にも見られます。[8]このタンパク質の等電点は8.87 pIです。[9]
ペプチド配列には、細胞膜を横切る11の膜貫通領域が含まれています。さらに、28番目と368番目から始まる2つのMFS領域があり、アミノ酸をコードしています。[10]
MFSD6Lタンパク質の二次構造には、16個のαヘリックスと3個のβシートが予測されています。[11] MFSD6Lの構造内にαヘリックスが多数存在する理由は、αヘリックスが通常、細胞膜内に位置するタンパク質構造の一部であるため、このタンパク質が膜貫通型溶質トランスポーターであることに起因します。
三次構造では、29番目と311番目のアミノ酸の2つのシステインの間にジスルフィド結合が存在すると予測された。[12]
表現と規制
遺伝子レベル
Genomatix Gene2Promoterデータベースを使用してMFSD6Lのプロモーター領域は1,107bpに及ぶ1つのみ見つかりました。[13] MFSD6L遺伝子の5' UTRの開始に最も近いプロモーター領域の部分には、いくつかの転写因子結合部位が見つかりました。注目すべき転写因子結合部位は、p53腫瘍抑制タンパク質の部位でした。[13]
MFSD6L遺伝子は膵臓、唾液腺、甲状腺で高発現していることが判明した。[14]
MFSD6L 遺伝子の in situ ハイブリダイゼーション発現の検査により、この遺伝子はそれぞれの組織内の腺細胞内で特に発現していることが示されました。
MFSD6Lの発現はグルコース飢餓の結果として上昇することがわかった。[15]
トランスクリプトレベル
MFSD6L遺伝子内にはエクソンが1つしかなく、イントロンがないため、MFSD6L mRNAではスプライシングは行われません。[10] MFSD6Lタンパク質の翻訳は、MFSD6L mRNAの最初の245ヌクレオチドである5' UTRの末端で開始されます。哺乳類のオルソログ全体で保存されたステムループ領域があり、これがmiRNA結合部位の可能性を推測します。
タンパク質レベル
DeepLocツールにより、MFSD6Lタンパク質の細胞内局在は細胞膜内であると予測されている。[16] これは、MFSタンパク質と同様に溶質共輸送体であることによって裏付けられている。翻訳されたMFSD6Lタンパク質の最初の28アミノ酸にはシグナルペプチドが含まれている。[17]
さらに、タンパク質配列の110番目、129番目、224番目のアミノ酸にN-グリコシル化部位が予測されました。[16] 429番目のアミノ酸のセリンリン酸化部位も予測され、他の哺乳類のオルソログ内に存在することで検証されました。[18]
進化
パラログ
MFSD6タンパク質はヒトMFSD6Lタンパク質の唯一の相同遺伝子であることが判明した。[5]
オルソログ
BLAST配列解析により、MFSD6Lタンパク質は多くの哺乳類種、特に霊長類とオオコウモリに相同遺伝子を持つことが判明した。[19]爬虫類と両生類にも相同遺伝子がいくつか見つかったが、哺乳類ほど多くはない。魚類では、軟骨魚類よりも条鰭類に有意に多くの相同遺伝子が見つかった。さらに、顎のない魚類であるヤツメウナギも相同遺伝子であることが判明した。
棘皮動物や軟体動物などの無脊椎動物の中にも複数の相同遺伝子が見つかりました。
昆虫では MFSD6L タンパク質の重要な相同遺伝子は見つかりませんでしたが、細菌では相同遺伝子が見つかりました。具体的には、好熱性細菌を含むAnaerolinea属は、その MFS 領域がヒトタンパク質で見つかった MFS 領域と同一であるため、ヒトタンパク質との相同遺伝子を持つことがわかりました。次の表は、ヒト MFSD6L の相同遺伝子の例をいくつか示しています。
相同ゴマン
MFSD6L タンパク質内に存在する主な相同ドメインは MFS 領域です。MFS のスーパーファミリーには大量の溶質輸送タンパク質が含まれるため、同じ相同 MFS ドメインを持つ MFS タンパク質が多数存在します。
最も遠い相同遺伝子
BLAST配列解析により、最も遠い相同遺伝子は主にクラゲ、イソギンチャク、サンゴからなる刺胞動物 門の生物であった。 [19] MFSD6L遺伝子をBLASTでより古い分岐門である海綿動物門で検索したところ、相同なMFSD6Lタンパク質は発見されなかった。
予想出現日
MFSD6Lタンパク質は刺胞動物には存在し、海綿動物には存在しないため、MFSD6L遺伝子の推定出現日は、TimeTreeから発見された分岐日である6億8700万年前から7億7700万年前の間である。[20]修正された％分岐チャートとホモサピエンスMFSD6パラログの修正された％分岐の計算から、MFSD6Lタンパク質の推定出現日はおよそ7億3600万年前であることが判明した。
相互作用するタンパク質
MFSD6Lタンパク質には実験的に検証されたタンパク質間相互作用は見られなかった。[21]
関数
ポリペプチド配列には多くの膜貫通領域が含まれており、MFSD6Lタンパク質は細胞の細胞膜を越えて溶質を輸送する膜貫通タンパク質であることがわかります。三次構造予測ツールは、MFSD6Lタンパク質の構造が、プロトン勾配を利用して溶質を輸送するβ-ガラクトシド 共輸送体である1PV6Aに類似していることを示唆しています。 [22] [23] 結果として、MFSD6Lタンパク質の機能は糖共輸送体である可能性があります。これは、MFSD6Lの発現がグルコース飢餓により上方制御されたという事実によってさらに裏付けられています。
臨床的意義
疾患との関連
MFSD6L遺伝子に関連する疾患にファロー四徴症があり、これは4つの先天性心疾患の連続で、血液の酸素化低下を引き起こす可能性があります。[5]これは、心臓の左心室で酸素化された血液と酸素化されていない血液が混ざる心室中隔欠損症が原因です。
MFSD6L遺伝子は小児白内障という疾患に関与する候補遺伝子であることも判明した。[24]
突然変異
以下に示すように、MFSD6L タンパク質配列のエンコード配列内にさまざまな SNP が見つかりました。
参考文献
- ^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000185156 – Ensembl、2017 年 5 月
- ^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000048329 – Ensembl、2017 年 5 月
- ^ 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
- ^ 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
- ^ abcdefg 「MFSD6L遺伝子」。www.genecards.org 。2021年10月1日に取得。
- ^ ab 「MFSD6L主要促進因子スーパーファミリードメイン6類似体[ホモサピエンス（ヒト）] - 遺伝子 - NCBI」。www.ncbi.nlm.nih.gov 。 2021年10月24日閲覧。
- ^ 「TP53遺伝子」www.genecards.org . 2021年12月15日閲覧。
- ^ 「SAPS < シーケンス統計 < EMBL-EBI」。www.ebi.ac.uk 。 2021年12月14日閲覧。
- ^ 「ExPASy - pI/Mw計算ツール」。web.expasy.org 。 2021年12月14日閲覧。
- ^ ab 「ホモサピエンス主要ファシリテータースーパーファミリードメイン6類似体（MFSD6L）、mRNA」。2021-06-27。
{{cite journal}}:ジャーナルを引用するには|journal=(ヘルプ)が必要です - ^ 「PredictProtein - タンパク質配列解析、構造的・機能的特徴の予測」。predictprotein.org 。2021年12月14日閲覧。
- ^ “DiANNA”. clavius.bc.edu . 2022年7月24日時点のオリジナルよりアーカイブ。2021年12月14日閲覧。
- ^ ab "Genomatix Software Suite". Genomatix . 2012年1月14日時点のオリジナルよりアーカイブ。2021年12月14日閲覧。
- ^ “GDS3113 / 224438”. www.ncbi.nlm.nih.gov . 2021年12月15日閲覧。
- ^ ウェルダイ、リディア (2018-04-16). 「タンパク質を含む主要促進因子スーパーファミリードメインはグルコース飢餓に応答するか?」Digitala Vetenskapliga Arkivet。
- ^ ab "サービス". www.healthtech.dtu.dk . 2021年12月16日閲覧。
- ^ 「Protter - インタラクティブなタンパク質機能の視覚化」wlab.ethz.ch . 2021年12月16日閲覧。
- ^ “PhosphoSitePlus”. www.phosphosite.org . 2021年12月16日閲覧。
- ^ ab 「BLAST: 基本的なローカルアライメント検索ツール」。blast.ncbi.nlm.nih.gov 。2021年12月17日閲覧。
- ^ 「TimeTree :: The Timescale of Life」www.timetree.org . 2021年12月17日閲覧。
- ^ 「MFSD6Lタンパク質（ヒト） - STRING相互作用ネットワーク」。string -db.org 。 2021年12月17日閲覧。
- ^ 「タンパク質の構造と機能予測のためのI-TASSERサーバー」zhanggroup.org . 2021年12月17日閲覧。
- ^ 「lacY - ラクトースパーミアーゼ - 大腸菌（K12株） - lacY遺伝子とタンパク質」。www.uniprot.org 。 2021年12月17日閲覧。
- ^ Aldahmesh, Mohammed A.; Khan, Arif O.; Mohamed, Jawahir Y.; Hijazi, Hadia; Al-Owain, Mohammed; Alswaid, Abdulrahman; Alkuraya, Fowzan S. (2012年12月). 「サウジアラビアの小児白内障のゲノム解析により、新たな候補疾患遺伝子が判明」. Genetics in Medicine . 14 (12): 955–962. doi : 10.1038/gim.2012.86 . ISSN 1530-0366. PMID 22935719. S2CID 45088616.