ファム214A

ファム214A
識別子
エイリアス	FAM214A、KIAA1370、配列類似性214のメンバーAを持つファミリー
外部ID	MGI : 2387648; HomoloGene : 35065; GeneCards : FAM214A; OMA :FAM214A - オルソログ
遺伝子の位置（ヒト） クロ。 15番染色体（ヒト）[1] バンド 15q21.2-q21.3 始める 52,581,317 bp [1] 終わり 52,709,817 bp [1]
遺伝子の位置（マウス） クロ。 9番染色体（マウス）[2] バンド 9|9 D 始める 74,860,166 bp [2] 終わり 74,939,750 bp [2]
RNA発現パターン ブギー 人間 マウス（相同遺伝子） トップの表現 腕の皮膚 鼻上皮 膵臓の体 前脛骨筋 右心房の心筋組織 三角筋 胃粘膜 右子宮管 口腔 腓腹筋 トップの表現 耳石器官 卵形嚢 一次卵母細胞 二次卵母細胞 受精卵 心室中隔 上頸部神経節 肝臓の左葉 副腎 嗅結節 参照表現データの詳細 バイオGPS 該当なし
オルソログ 種 人間 ねずみ エントレズ 56204 235493 アンサンブル ENSG00000047346 ENSMUSG00000034858 ユニプロット Q32MH5 言語 RefSeq (mRNA) NM_001286495 NM_019600 NM_001113283 NM_153584 NM_001359816 RefSeq (タンパク質) NP_001273424 NP_062546 NP_001106754 NP_705812 NP_001346745 場所 (UCSC) 15 章: 52.58 – 52.71 Mb 9 章: 74.86 – 74.94 Mb PubMed検索 [3] [4]
ウィキデータ
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タンパク質 FAM214A は、配列類似性 214 を持つタンパク質ファミリー A (FAM214A)としても知られ、ヒトでは FAM214A遺伝子によってコードされるタンパク質です。FAM214A は、染色体 15 (ヒト)の q21.2-q21.3 遺伝子座に存在する機能不明の遺伝子です。^{[5]この遺伝子の}タンパク質産物には 2 つの保存されたドメインがあり、1 つは機能不明 (DUF4210) で、もう 1 つは Chromosome_Seg と呼ばれています。^[6] FAM214A タンパク質の機能は未解明ですが、DUF4210 と Chromosome_Seg はどちらも減数分裂中の染色体分離に関与すると予測されています。^[7]

FAM214A 遺伝子は、15番染色体のマイナスDNA鎖（センス（分子生物学）を参照）の位置52,873,514と53,002,014の間に位置し、そのため遺伝子の長さは97,303塩基対（bp）となる。^{[5] [8] [9]} FAM214Aは、以前にKIAA1370とFLJ10980として知られる2つの別名でラベル付けされていた。^[5] FAM214A遺伝子は、転写後に最終的な4231 bpのmRNA転写物を構成する12のエクソンを含むと予測されている。^[10]このmRNA産物がプロモーター配列と転写因子の助けを借りて最終的なFAM214Aタンパク質に翻訳される。FAM214A mRNA配列のプロモーターは、GenomatixのEl Doradoプログラムによって予測され、分析された。^[11]このプロモーターは601塩基対の長さで、5' UTRの一部にまたがっています。^[11]

BioGPSやExpression Atlasなどの多くの情報源によると、FAM214Aは低レベルで普遍的に（またはほぼそれに近い形で）発現していると考えられています。^{[12] [13] [14]}下のBioGPS画像に見られるように、免疫関連の細胞や組織では発現レベルが著しく高く、免疫の役割を示唆していますが、この主張を裏付ける具体的なin situ証拠はありません。発現データは、広範囲の遺伝子を対象に実施された多くの研究から収集されているため、一部のデータは本質的に矛盾しています。

FAM214A タンパク質のヒトにおける機能はまだ不明です。しかし、遺伝子オントロジーには、このタンパク質の機能を説明する「生物学的プロセス」、「細胞成分」、および「分子機能」という3つの機能用語の関連付けがあり、生体内でのその主要な機能の意味を予測しています。^{[15] [16]} FAM214Aのタンパク質産物は1076個のアミノ酸（aa）で構成され、分子量は121,700ダルトンと予測されており、等電点はpH 7.7前後です。[ ^{6] [17] [18]このタンパク質は、}シグナルペプチド配列がないこととプログラムPSORTIIの予測に基づいて、転写後に核内に残ると予測されています。^[19]選択的スプライシングにより、他の2つのアイソフォーム（Q32MH5-2とQ32MH5-3）が観察されています。これらは主要な産物とわずかに異なります。^[20] アイソフォーム2は、塩基960-960から4つの異なるアミノ酸を持ち、配列の末尾が欠落しています。塩基964-1076から。^[20]アイソフォーム3は、メチオニンの後の配列の先頭に7つの余分なアミノ酸が追加されています。^[20]

FAM214Aタンパク質は、翻訳された後、PSORT IIの複数のタイプのサブプログラムによって核内に留まると予測されます。^[19]このタンパク質には、残基709から始まる2つの「古典的な」核局在シグナル（NLS）の1つであるpat4シグナルがあります。 ^[21] 2番目の「古典的な」NLSであるpat7も、「非古典的な」二分NLSもありませんが、NCNNスコアによって核に標的化されると予測されています。^{[21] [22]} このスコアは、アミノ酸配列に基づいて、タンパク質が核に標的化されるか細胞質に標的化されるかを予測します。^{[21] [22]} FAM214Aタンパク質の場合、NCNNスコアは94.1％の確実性で核局在を予測しました。^{[21] [22]} この情報に基づいて、PSORTはタンパク質の細胞内局在の全体的な予測を生成します。 FAM214Aの場合、予測値は核では69.6％、ミトコンドリアでは13.0％、細胞質では8.7％、分泌小胞と小胞体では4.3％であった。^[19]

このタンパク質は、ExPASyウェブサーバー上のNetNGlycとNetOGlycによって予測されたシグナルペプチド配列がないため、かなりの数の翻訳後修飾を受けない可能性が高い。^{[24] [25]これは、翻訳後修飾を行う細胞内機構の多くが、タンパク質が}小胞体やゴルジ体 などの細胞小器官を通過することを必要とするためである。シグナルペプチド配列がなければ、タンパク質は通常、核から出ることはなく、これは前述のPSORT IIによって予測された。^[19]

このタンパク質のSAPS分析をswp23s.qデータベースに対して実行したところ、このタンパク質には異常に多くのセリンアミノ酸と異常に少ないアラニンアミノ酸が存在することが示されました。^[17] Fayardらによるレビュー記事によると、ホスホイノシチド依存性キナーゼ2（PDK2）は、細胞周期の制御に重要なセリン/スレオニンキナーゼです。FAM214Aタンパク質は、正常と考えられるよりも多くのセリン基を持っているため、PDK2がこのタンパク質に重要な影響を与える可能性があります。^[26]過剰な数のセリンが実際にリン酸化されると予測されたかどうかを判断するために、タンパク質配列をExPASyウェブサーバーのプログラムNetPhosで実行しました。^[23]このプログラムは、69個のセリン、14個のスレオニン、および9個のチロシンのリン酸化を予測しました。^[23]上記のSAPS解析によれば、セリンは合計134個あり、そのうち約半分が生体内でリン酸化されると予測される。リン酸化予測の図を右に示す。

ExPASyのNetCoronaプログラムによって、FAM214Aタンパク質に対するもう一つのタイプの翻訳後修飾が予測されました。 [ ^27]このプログラムは、翻訳後のFAM214Aタンパク質配列の位置214と215の間に単一の切断部位があると予測しました。^[27]

FAM214Aプロモーター配列には、多数の転写因子 結合部位が予測されています。 ^[11] 最も高い予測信頼性を持つ部位のいくつかを下の表に示します。^[11]

FAM214Aプロモーター配列に結合すると予測される転写因子

STRINGに従ってFAM214Aタンパク質と相互作用すると予測される唯一のタンパク質は、MFSD6Lと呼ばれる。このタンパク質は主要促進因子スーパーファミリーに属し、膜貫通タンパク質であると予測されている。FAM214Aと同様に、このタンパク質の機能は実験や研究を通じてまだ特徴付けられていない。^{[28] [29]}このMFSD6Lタンパク質は、確実に予測される唯一のFAM214Aタンパク質相互作用であるため、その配列はPSORT IIプログラムで実行された。NLSサブプログラムのデータから、単一のpat4と2つのpat7 NLS配列の存在が予測され、核局在の可能性が示唆された。^{[19] [21]} 一方、NCNNスコアは細胞質局在を94.1%の確実性で予測したため、PSORT II全体のスコアは、細胞膜39.1%、小胞体39.1%、液胞4.3%、分泌系の小胞4.3%、ゴルジ体4.3%、ミトコンドリア4.3%、核4.3%となった。^{[21] [22]}核局在シグナルは全部で3つあるため矛盾しているが、これはMFSD6Lタンパク質の膜貫通性がこれらの予測に問題を引き起こしている可能性があるためである可能性がある。^[21]

FAM214Aタンパク質の二次構造は、バイオロジーワークベンチとタンパク質相同性/類似体認識エンジン（PHYRE）によって予測されたように、多数のαヘリックスとβシートで構成されています。[ 30 ] [ ^{31 ]} PHYREプログラムは、FAM214A二次構造の66％が無秩序であり、したがって分析して三次構造予測に変換することができないと予測しています。^[30] ただし、タンパク質の構造の約10％を95％の有意性で予測することができました。^[30] この図を左に示します。^[30]

ホモサピエンスの9番染色体上には、単一のパラログ遺伝子が発見されており、 FAM214B（配列類似性を持つファミリー、B）と名付けられている。^{[32] FAM214Bは}パラログ と考えられているが、FAM214Aとは大幅に異なるタンパク質配列を持っている。NCBIのBLASTで両者を比較したところ、唯一の有意な類似性は最後の200アミノ酸（DUF4210ドメインとChromosome_Segドメインが位置する場所）内に見られた。^[33] FAM214AとBの類似性は低いが、これら2つのタンパク質は同じタンパク質ファミリーに属し、同じ2つの保存されたドメインを含んでいる。^{[7] [34]}

FAM214Aタンパク質には、哺乳綱、鳥類、爬虫類、両生類、条鰭綱、ウニ上科、昆虫綱、吸虫類、甲殻類、三枚貝綱、花虫綱、およびユーロチオミセス綱を含む多数の分類群にわたって相当数の相同遺伝子が存在します。^[35] これは、FAM214Aタンパク質が真核生物内ではよく保存されていますが、細菌や古細菌では保存されていないことを示しています。すべての相同遺伝子において、最も保存されている領域は、保存ドメインがあるタンパク質の末端近くでした（下記参照）。ヒトのFAM214Aタンパク質の相同遺伝子は、 Tuber melanosporum、Talaromyces stipitatus、およびAspergillus nidulansにまで遡って発見されており、これらはすべて約12億1500万年前に分岐しました。

FAM214Aタンパク質のオルソログ

FAM214Aとそのオルソログ間の進化的関係を示すために、Biology WorkbenchのCLUSTALWプログラムによって20のオルソログの非根付系統樹が生成されました。 ^[31]

FAM214Aタンパク質内には、3つのよく保存された領域があります。これらには、タンパク質のn末端近くのよく保存された領域と、 c末端近くの未知機能ドメイン4210（DUF4210）とChromosome_Segドメインを含む2つの保存されたドメインが含まれます。^[7]これら3つの領域の模式図を以下に示します。タンパク質のn末端近くのよく保存された領域には、既知のドメインやモチーフは含まれていないと予測されていますが、上記のNetCoronaによって予測された切断部位はこの領域内に位置し、FAM214Aと相同なタンパク質の大部分でよく保存されています。^[27]このタンパク質の端にある2つの保存されたドメインは、進化の歴史に基づくとペプチドの最も重要な部分です。上記のオーソログ表にあるカモノハシ（Chromosome_Segドメインが欠落している）を除くすべての生物は、タンパク質配列内にこれらの保存されたドメインの両方を含んでいます。^[7]