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| ファム149A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| エイリアス | FAM149A、MSTP119、MST119、配列類似性149のメンバーAを持つファミリー | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 外部ID | MGI : 2387177; HomoloGene : 27540; GeneCards : FAM149A; OMA :FAM149A - オルソログ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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配列類似性149のファミリー、メンバーAは、ヒトではFAM149A遺伝子（ MSTP119、MST119、DKFZP564J102としても知られる）によってコードされるタンパク質である。 [5]これは霊長類、イヌ、ウシ、マウス、ラット、ニワトリ でよく保存されている。これには1つの相同遺伝子、FAM149Bが ある。
概要
FAM149A はホモサピエンスの正常な心臓組織に見られ、1999 年に分子医学心血管疾患センターに提出されました。したがって、これは正常な心臓調節に重要な役割を果たしているに違いないことを示しています。しかし、NCBIによると、この遺伝子の変異報告や臨床的に重要な情報は見つかっていません。BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) によると、FAM149A は胃組織に見られ、機能が不明な cDNA FLJ32604 (クエリ カバー率 98%) と類似しています。FAM149A は胎児腎臓組織に見られ、機能が不明な cDNA FLJ58677 (クエリ カバー率 86%) とも類似しています。
情報元:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
遺伝子
FAM149Aは2721塩基対と482アミノ酸から構成され、染色体4q35.1に位置している。染色体4のプラス鎖上を走行する。TLR3、CYP4V2、FLJ38576、ORAOV1P1、SORBS2などの他の遺伝子も同じ染色体上に近接して存在する。[6]
相同性/進化
パラログとオーソログ
FAM149A には 1 つの主要な相同遺伝子であるFAM149B があります。FAM149B については、FAM149 遺伝子ファミリー全体におけるメンバーシップ以外、現在あまりわかっていません。
FAM149A のオルソログには、BRTD とその 4 つのアイソフォーム、ECCHC11、ALMS1 が含まれます。これらの遺伝子はすべてヒトに存在し、FAM149A と保存された領域を持っています。
保存されたドメイン
FAM149A には、保存された未知の機能ドメイン (DUF) 3719 があります。DUF 3719 には、ほとんど情報がありません。これは真核生物にのみ存在し、70 個のアミノ酸で構成されています。DUF 3719 には、保存された HLR 配列モチーフがあります。以下は、FAM149A 上の DUF3719 を示す画像です。
サンガー研究所の以下の画像は、このファミリーが存在する種を示しています。紫色は、DUF3719 が真核生物にのみ存在することを示しています。緑などの色は、DUF3719 が細菌に存在することを示しています。この図をウェブサイトでインタラクティブに使用すると、真核生物の 23 種がこのドメインを持っていることがわかります。[7]
系統発生
FAM149Aは約4億年前に両生類から、3億年前に鳥類から、そして9400万年前に霊長類を除く哺乳類から分岐した。霊長類からの分岐は最後に約500万年前に起こった。[8]
タンパク質
一次配列
前述のとおり、FAM149A は 482 個のアミノ酸で構成されています。FAM149A 遺伝子から FAM149A タンパク質への翻訳に関与するアミノ酸と、対応する塩基対を以下に示します。タンパク質は bp 534 から bp 1982 の間にあります。
翻訳後修飾
FAM149Aの翻訳後修飾を決定するために使用されるプログラムがいくつかあります。[9] それぞれのテストと結果は以下に記載されています。
NetPhos : タンパク質内のセリン、チロシン、スレオニンで発生する予測リン酸化部位を提供します。予測部位の品質を示すスコアが提供されます。「良い」スコアは 1.0 に近く、低いスコアは 0 に近くなります。結果: 予測されたリン酸化部位: Ser: 20 Thr: 16 Tyr: 2 これらの予測部位はすべて 0.514 を超えるスコアで、ほとんどが 0.8 ～ 0.9 でした。生成された画像:
Sulfinator : これは、タンパク質が分泌経路を通過するときに形成されるチロシン硫酸化部位を予測するために使用されます。FAM149A の結果はありませんでした。したがって、チロシン硫酸化部位はありません。
NetAcet : N 末端のアセチル化部位を予測します。
結果は次のとおりです。
NetAcet によれば、FAM149A には N 末端アセチル化部位は存在しません。
SUMOplot/SUMOsp : 潜在的な SUMO 化部位を予測するために使用されます。これにより、SUMO タンパク質の付着により SDS ゲル上で予想よりも大きな分子量が生じる可能性があります。
結果は以下をご覧ください:
二次構造
FAM149Aタンパク質の二次構造は局所的な3次元構造に基づいています。解析された構造には、αヘリックス、βストランド、βターン、ランダムコイルが含まれます。結果は、Biology WorkBenchのGOR4とPELE [10]を使用して得られました。GOR4は簡易版であり、PELEは他のプログラムから予測された構造を比較します。
表現
プロモーター
以下はElDorado [11]が提供したFAM149A遺伝子のプロモーター と、その情報から抽出した配列です。
以下は、FAM149A プロモーターの FASTA 形式バージョンです。
種を超えた遺伝子構造の保存
NCBI ウェブサイトを通じて、FAM149A を含む染色体 4 の選択領域に 1000 塩基対が追加されました。開始位置と終了位置が確立されると、その位置は ECR ブラウザに転送され、他の種間でのアラインメントが作成されました。
結果によると、FAM149Aには14のエクソンがあり、サル、イヌ、マウス、オポッサムで保存されています。ニワトリ、カエル、魚ではほとんど保存が見られませんでした。転写開始前の最初の1000塩基対では、種間で顕著な保存は見られません。イヌだけが進化保存領域（ECR）と考えられている領域を含んでいます。[12]
表現
右のグラフによると、最も高いレベルの発現は三叉神経節、上頸神経節、房室結節（心臓）、腎臓で発生しています。しかし、少なくとも少量は人体のほぼすべての組織で発現しているようです。Bio GPSが提供する同じマイクロアレイ[13]を使用して、FAM149Aの発現は月経中の子宮内膜の剥離を通じて変化することがわかりました。これにより、遺伝子の機能の可能性のある探索への新しい道が開かれます。
FAM149A を用いてアレン脳アトラスで検索を行った。アトラスが示す発現レベルによると、FAM149A はマウスの脳内で顕著なレベルで発現していない。しかし、図を視覚的に観察すると、FAM149A は視床の腹側後部複合体に存在していた。これは、以下の画像の脳矢状面スライスの中央にある暗い縦線として見ることができる。比較として、タンパク質アクチンの発現を使用して、高発現レベルのマウス脳がどのように見えるかを示す。[14]
EST プロファイル
下の図のデータは、FAM149Aが脳、神経、膵臓、副腎、腎臓で高度に発現していることを示しています。心臓では発現していません。2番目の表の情報から、FAM149A発現に関連する一般的な合併症には、副腎腫瘍、膵臓腫瘍、大腸腫瘍、卵巣腫瘍が含まれます。[15]
転写変異体
FAM149A には、転写バリアント 1 と転写バリアント 2 の 2 つの転写バリアントがあります。どちらも同じ FAM149A タンパク質をコードします。違いは、5' 非翻訳領域と 3' 非翻訳領域に追加の塩基対があることです。タンパク質の実際の翻訳領域における 2 つの違いの 1 つは、バリアント 1 の bp 1590 とバリアント 2 の bp 1337 で A ではなく G になっていることです。もう 1 つの違いは、TV1 の bp 2214 と TV2 の bp 1961 で A ではなく C になっていることです。
構成
前述のように、FAM149Aは482個のアミノ酸で構成されています。最も一般的なアミノ酸は セリンで、遺伝子の9.8%を占めています。最も一般的でないアミノ酸はトリプトファンとシステインで、それぞれ遺伝子の1.2%を占めています。タンパク質中のアミノ酸の唯一の繰り返しの組み合わせは、アミノ酸234-237と324-327から発生するSLASです。さらに、FAM149Aの等電点は9.891999です[16]
相互作用するタンパク質
転写因子結合部位
以下は、FAM149A のプロモーター領域の分析です。遺伝子発現の調節に大きく貢献する可能性のある転写因子結合部位が多数示されています。下の画像は結合部位の位置を示しています。結合部位は、考えられる固有の機能を見つけるために分析されました。
結果は多数ありましたが、最も類似性が高く、最も豊富な結果が選ばれました。これは、実際の遺伝子に存在する可能性が最も高いためです。関心のあるマトリックスファミリーには、ハンチントン病遺伝子調節領域、神経成長因子、核呼吸因子、多形性腺腫遺伝子、ジンクフィンガー転写因子、E2F-myc活性化因子/細胞周期調節因子などがあります。それらの多くはジンクフィンガー複合体を中心に相互作用しており、これがFAM149Aにとって重要である可能性を示唆しています。[17]
タンパク質相互作用
FAM149Aは、ZNF385D、C10orf10、PNMAL1、CPN2、C10orf72、VPS13D、およびRBMS3と相互作用する可能性があります。[18] 結合部位に関する以前の研究に基づくと、多くはジンクフィンガータンパク質と頻繁に関与しています。STRINGの結果によると、2番目に強く関連するタンパク質はジンクフィンガータンパク質385Dです。ただし、FAM149Aの相互作用に関する研究はほとんどないため、これらが唯一の相互作用タンパク質であると結論付けることはできません。分子相互作用データベース（MINT）は、タンパク質相互作用の追加ソースとして使用されました。ただし、FAM149Aはデータベースにありませんでした。STRINGによる機能パートナーのリストに基づくと、上位5つもMINTデータベースにありません。別の相互作用データベースであるI2Dタンパク質間相互作用[19]は、タンパク質PRKAG1との相互作用の可能性を示しましたが、相互作用は弱かったです。
以下は、FAM149A と相互作用する可能性のあるタンパク質のリストです。
臨床的意義
疾患との関連
決定的な関連性はないものの、FAM149Aは癌や異形成病変の発症に寄与する15の候補遺伝子の1つであることが判明している。[20]同じ論文では、口腔癌におけるこの遺伝子のダウンレギュレーションにも言及しており、研究の可能性のある経路を示している。
参考文献
- ^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000109794 – Ensembl、2017 年 5 月
- ^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000070044 – Ensembl、2017 年 5 月
- ^ 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
- ^ 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
- ^ Xu X、Tsumagari K、Sowden J、Tawil R、Boyle AP、Song L、Furey TS、Crawford GE、Ehrlich M (2009 年 12 月)。「遺伝子が乏しく、FSH ジストロフィーに関連する 4q35.2 での DNaseI 過敏症」。Nucleic Acids Res . 37 (22): 7381–93. doi :10.1093/nar/gkp833. PMC 2794184 . PMID 19820107。
- ^ 「FAM149A、配列類似性149のファミリー、メンバーA [ホモサピエンス（ヒト）]」。遺伝子 - NCBI。
- ^ 「DUF3719」。サンガー研究所の種の分布。2011年5月6日時点のオリジナルよりアーカイブ。
- ^ 「Clustal W」。サンディエゴスーパーコンピュータセンター。 2013年3月5日閲覧。[永久リンク切れ ]
- ^ 「ExPASy: SIB バイオインフォマティクス リソース ポータル - カテゴリ」。SIB スイス バイオインフォマティクス研究所。
- ^ 「FAM149A 二次構造」。GOR4 と PELE - Biology WorkBench。[永久リンク切れ ]
- ^ “ElDorado”. Genomatix. 2021年12月2日時点のオリジナルよりアーカイブ。2013年4月30日閲覧。
- ^ Ovcharenko I、Nobrega MA、Loots GG、Stubbs L (2004 年 7 月)。「ECR ブラウザ: 複数の脊椎動物ゲノムの比較から得たデータを視覚化してアクセスするためのツール」。Nucleic Acids Res . 32 ( Web サーバー版): W280–6。doi : 10.1093/nar/gkh355。PMC 441493。PMID 15215395。
- ^ 「BioGPS」 . 2013年5月14日閲覧。
- ^ 「FAM149A 発現」。アレン脳アトラス。
- ^ “FAM149A EST プロフィール”. UniGene の NCBI 経由の EST プロファイル。
- ^ "PI".生物学ワークベンチ. サンディエゴスーパーコンピュータセンター.[永久リンク切れ ]
- ^ 「GEMS Launcher: MatInspector: Genomatix Software による転写因子結合部位の検索」。Genomatix Software。2021年12月2日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2013年5月15日閲覧。
- ^ 「FAM149Aタンパク質（ホモサピエンス）– STRINGネットワークビュー」。
- ^ 「I2Dタンパク質相互作用」 。 2013年4月30日閲覧。
- ^ 角野J、鵜沢N、岡田N、宮口K、茂串K、高橋K、佐藤H、道川C、中田Y、田中H、天笠T（2013年2月）。 「レーザー顕微解剖およびオリゴヌクレオチドマイクロアレイ解析により明らかになった口腔扁平上皮癌の発症と進行における遺伝子発現の変化」。内部。 J. がん。132 (3): 540-8.土井：10.1002/ijc.27702。PMID 22740306。S2CID 8895382 。