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エミール・アウグスト・ゴールディ（異名：ゴールディ、ポルトガル語異名：エミリオ・アウグスト・ゴールディ）（1859年8月28日- 1917年7月5日、ベルン没）は、スイス系ブラジル人の博物学者、動物学者。著名なブラジル人版画家、挿絵画家であるオズワルド・ゴールディの父。
ゴールディはドイツのイエナでエルンスト・ヘッケルに動物学を学び、 1884年にブラジル帝国国立博物館の有力な館長ラディスラウ・デ・ソウザ・メロ・ネットに招かれ、同博物館で働くことになった。ゴールディは1885年にリオデジャネイロに到着し、国立博物館（現在のリオデジャネイロ国立博物館）で働き始めた。1890年5月、共和国宣言と彼の主な後援者であるペドロ2世皇帝の亡命に関連する政治的状況により、彼は解雇された。
その後、彼はパラ州知事のラウロ・ソドレから、1866年にドミンゴス・ソアレス・フェレイラ・ペンナによって設立されたベレンのパラ自然史・民族誌博物館の再編成を依頼された。彼は1894年6月9日にベレンに到着した。先駆的な研究において、ゴールディはスイスの植物学者ジャック・フーバー（1867-1914）、動物学者エミリー・スネトラーゲ（1868-1929）、地質学者フリードリヒ・カッツァー（1861-1925）、アレクサンダー・カール・フォン・クラッツ＝コシュラウ（1867-1900）、昆虫学者、民族誌学者、植物学者のアドルフ・ダッケ（ 1876-1959）など、他の外国人研究者数名から協力を得た。
1902年、パラナ自然史民族誌博物館は彼の功績を称えて改名され、現在はエミリオ・ゴールディ・パラナ博物館と呼ばれている。1905年、エミール・ゴールディは健康上の理由で職を辞し、スイスに帰国。 1917年、58歳でベルンにて死去した。その後、フーバー、スネトラーゲ、ダッケがゴールディの後任としてベレンのゴールディ博物館の館長に就任した。
ゴールディは主に動物学者であり、ブラジルの多くの新種の鳥類や哺乳類を記載した。彼の名が冠されている種には以下のようなものがある。
エミール・ゴールディにちなんで名付けられた他のいくつかの種には、次のようなものがある。
ゴールディは、ブラジルの公衆衛生と疫学における初期の重要な人物としても認められています。彼は黄熱病の伝染メカニズムを研究し、オズワルド・クルスよりも数年も前に、病気の媒介者である蚊と戦うことの重要性を提唱しました。現在のアマパ州の地理、地質、植物相、動物相、考古学、民族誌、社会経済状況に関する彼の広範な科学的研究は、フランスとブラジルの間の領土紛争であるコンテスタドを終結させ、1900年12月1日にベルン国際裁判所の判決によってブラジルに領土が割譲される上で非常に重要でした。