TADの位置は、Hi-Cデータにアルゴリズムを適用することによって定義されます。たとえば、TADは、いわゆる「方向性指数」に従って呼ばれることがよくあります。[ 5 ]
Juicebox [ 19 ] [ 20 ] [ 21 ] 、 22 ] [ 23 [ 24 ] [ 25 ] [ 18 ] の
コヒーシン環を介したDNAループの押し出し TAD形成に関与するタンパク質は数多く知られており、その中にはCTCF タンパク質（通常、TAD境界には複数のCTCF結合部位が存在する）[ 14 ] 複合体 [ 1 ] トランスファーRNA 遺伝子やハウスキーピング遺伝子 など）は、偶然に期待されるよりも頻繁にTAD境界付近に現れる。[ 4 ] [ 5 ]
コンピューターシミュレーションでは、コヒーシンモーターによって駆動されるクロマチンループ押し出しがTADを生成する可能性があることが示されています。[ 26 ] [ 27 ] [ 28 ]実際、in vitroでは、コヒーシンはATP依存的にDNAループを連続的に押し出し [ 29 ] [ 30 ] [ 31 ] [ 32 ] [ 33 ] [ 34 ] [ 35 ] [ 26 ] [ 36 ] [ 37 ] [ 38 ] [ 39 ]
TAD形成の他のメカニズムも提案されている。例えば、いくつかのシミュレーションでは、転写によって生成されたスーパーコイルがコヒーシンをTAD境界に再配置できること[ 40 ] [ 41 ] [ 42 ] [ 43 ]
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