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| サッカリバクテリア | |
|---|---|
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| Ca. Nanosynbacter lyticus (別名 TM7x、緑) と細菌宿主 (赤)。 スケール バーは 5 μm です。 | |
| 科学的分類 | |
| ドメイン： | |
| (ランク外): | |
| 門: | サッカリバクテリア アルバートセン他 2013
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| クラス： | 「サッカリモナディア」 訂正。マクリーン他 2020
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| 注文： | 「サッカリモナダレス」 訂正。マクリーン他 2020
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| 家族 | |
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| 同義語 | |
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サッカリバクテリアは、以前はTM7として知られていました[1]。16S rRNAの配列決定 によって発見されました。[2]
ヒトの口腔から採取したTM7xを培養したところ、TM7xは極めて小さな球菌（200～300 nm）であり、これまでヒト関連微生物では観察されなかった独特の生活様式を持つことが明らかになった。[3]アクチノマイセス・オドントリチカス株（XH001）を含むさまざまな宿主の絶対付着菌であるが、寄生期も持ち、宿主を死滅させる。ゲノム全配列を解析した結果、ゲノムは大幅に縮小しており（705kB）[4]、アミノ酸生合成能力が完全に欠如していることが明らかになった。 2014年に口腔からのTM7の無菌培養が報告されたが、配列や培養は公開されていない。[5]
候補門TM6 [6]とともに、1994年にドイツの泥炭地の土壌サンプルの環境調査で得られた配列にちなんで命名されました。この調査では、PCR増幅された262の16S rDNA断片がプラスミドベクターにクローニングされ、 Torf, Mittlere Schicht（泥炭、中間層）にちなんでTMクローンと名付けられました。[7] それ以来、活性汚泥[8] [9] 水処理場の汚泥[10] 熱帯雨林の土壌[11]人間の唾液[ 12] [13]などのさまざまな環境で発見されており、海綿[14] ゴキブリ[ 15] 金鉱山[ 16] 酢酸塩で改良された帯水層堆積物[17]およびその他の環境（高温性を除く）に関連している最近、活性汚泥中にTM7 rDNAと全細胞が検出され、ヒト皮膚TM7との同一性が99.7%を超え、ヒト口腔TM7aとの同一性が98.6%であったことから[18]、環境中の代謝活性TM7分離株は、TM7種がヒトの健康に果たす役割を調査するためのモデル生物として役立つ可能性があることが示唆されている。
プロパティ
TM7特異的FISHプローブによりバイオリアクター汚泥から種が同定され、グラム陽性細胞エンベロープといくつかの形態型（鞘状フィラメント（豊富）、短い鎖で発生する桿菌、太いフィラメント、球菌）の存在が明らかになった。前者はEikelboomタイプ0041（活性汚泥の膨張問題）の原因である可能性がある。[10]細菌門 の大部分はグラム陰性の二 皮動物であるが、バシロタ門、放線菌門、クロロフレクソタ門のみが単皮動物である。[19]
ポリカーボネート膜を成長支持体として、土壌抽出物を基質として用いて、10日間培養すると、コロニーあたり50個未満の細胞を含む長さ15μmまでの長い糸状の桿体、または数百個の細胞を含む短い桿体からなるこの系統の微小コロニーが成長しました。[20]
単一細胞のゲノムの分離と増幅を可能にするマイクロ流体チップのおかげで、同一の16S rRNAを持つ3つの長いフィラメント形態の細胞のゲノムが配列決定され、ゲノムのドラフト配列が作成され、以前に確認されたいくつかの特性が確認され、代謝能力の一部が解明され、新しい遺伝子が明らかになり、潜在的な病原性能力が示唆されました。 [21]
50を超える異なる系統型が同定されており[19]、16S rDNA配列の分岐は17%と比較的控えめで、13%から33%の範囲です[10] 。 jsPhyloSVG [22]を使用して構築されたTM7のインタラクティブな系統樹[18]では、GenBank配列への迅速なアクセスと、樹木の枝間の距離行列計算が可能です。
安定同位体プローブ研究により、この門のいくつかの種はトルエンを分解できることが判明した。[23] [24]
分類
現在受け入れられている分類法は、原核生物の命名法リスト（LPSN）[34]と国立生物工学情報センター（NCBI）[1]に基づいています。
- クラス「Saccharimonadia」訂正。McLean et al. 2020 [「Nanoperiodontomorbia」訂正。McLean et al. 2020 ; 「Nanosyncoccia」訂正。McLean et al. 2020 ]
- 目「Saccharimonadales」McLean et al. 2020 [「Nanogingivalales」訂正。McLean et al. 2020 ; 「Nanoperiodontomorbales」訂正。McLean et al. 2020 ; 「Nanosynbacterales」McLean et al. 2020 ; 「Nanosyncoccales」McLean et al. 2020 ]
- 「Ca. Minimicrobia」Ibrahim et al. 2021年
- 「Ca.M.naudis」イブラヒムら。 2021年
- 「Ca.M.vallesae」Ibrahim et al. 2021年
- 「Ca. Mycolatisynbacter」訂正。Batinovic et al. 2021 [「Ca. Mycosynbacter」Batinovic et al. 2021 ] (JR1)
- 「Ca.M.amalyticus」corrig。バティノビッチら。 2021年
- 「Ca. Nanosynsaccharibacterium」訂正。McLean et al. 2020
- ファミリーAMD01
- 「Ca. Chaera」コリッグ。レモスら。 2019年
- 「Ca.C.renei」corrig。レモスら。 2019年
- 「Ca. Chaera」コリッグ。レモスら。 2019年
- 科「ナノジンジバリス科」McLean et al. 2020
- 「Ca. Nanogingivalis」McLean et al. 2020 (CMJM_G6_1_HOT_870; UMGS1907)
- 「Ca. N. gingivitcus」マクリーンら 2020
- 「Ca. Nanogingivalis」McLean et al. 2020 (CMJM_G6_1_HOT_870; UMGS1907)
- 科「ナノペリオドントモルバ科」訂正。マクリーン他 2020
- 「Ca. Nanoperiodontomorbus」訂正。McLean et al. 2020 (EAM_G5_1_HOT_356; UBA1103)
- 「Ca. N. periodonticus」訂正。McLean et al. 2020
- 「Ca. Nanoperiodontomorbus」訂正。McLean et al. 2020 (EAM_G5_1_HOT_356; UBA1103)
- 科「ナノシンバクテリア科」McLean et al. 2020
- 「Ca. ナノシンバクター」マクリーンら 2020 (TM7x)
- 「Ca. N. featherlites」マクリーンら 2020
- 「Ca. N. lyticus」マクリーンら 2020
- 「Ca. ナノシンバクター」マクリーンら 2020 (TM7x)
- 科「ナノシンコッカス科」McLean et al. 2020
- 「Ca. Nanosyncoccus」McLean et al. 2020 (G3_2_Rum_HOT_351B; UBA2866)
- 「Ca.N.alces」マクリーンら。 2020年
- 「Ca.N. nanoralicus」McLean et al. 2020年
- 「Ca. Nanosyncoccus」McLean et al. 2020 (G3_2_Rum_HOT_351B; UBA2866)
- 科「サッカリモナ科」McLean et al. 2020
- 「Ca.サッカリモナス」Albertsen et al. 2013年
- 「Ca.S. aalborgensis」Albertsen et al. 2013年
- 「Ca.サッカリモナス」Albertsen et al. 2013年
- ファミリー UBA1547
- 「Ca.Microsaccharimonas」corrig。レモスら。 2019 [「カンジダタス・サッカリバクター」Lemos et al. 2019 城島のん 他2004 ] (AMD02; UBA6175)
- 「Ca.M.ソセゴネンシス」corrig.レモスら。 2019年
- 「Ca.Microsaccharimonas」corrig。レモスら。 2019 [「カンジダタス・サッカリバクター」Lemos et al. 2019 城島のん 他2004 ] (AMD02; UBA6175)
- 「Ca. Minimicrobia」Ibrahim et al. 2021年
- 目「Saccharimonadales」McLean et al. 2020 [「Nanogingivalales」訂正。McLean et al. 2020 ; 「Nanoperiodontomorbales」訂正。McLean et al. 2020 ; 「Nanosynbacterales」McLean et al. 2020 ; 「Nanosyncoccales」McLean et al. 2020 ]
参照
参考文献
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外部リンク
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- Jeffrey S. McLean、Batbileg Bor、Thao T. To、Quanhui Liu、Kristopher A. Kerns、Lindsey Solden、Kelly Wrighton、Xuesong He、Wenyuan Shi: 糖類細菌門の非常に多様でありながら縮小したゲノム全体にわたる超小型細菌のヒト宿主への独立した獲得と適応の証拠; bioRxiv; 2018 年 2 月 2 日; doi:10.1101/258137 (プレプリント)