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セント・ジョンズ大学（SJU）は、上海にあったキリスト教系の大学である。1879年にアメリカ人宣教師によって設立された。
中華人民共和国建国後、共産党政府は1952年に同大学を閉鎖した。教職員、学生、図書館の蔵書のほとんどは華東師範大学に移管されるか、台湾に移され、そこで台北聖ヨハネ大学として再建された。戦後の理事会は、同大学の中国本土の資産を香港に移し、香港中文大学の一部である崇基学院を設立した。上海にあった旧キャンパスは現在、華東政法大学の都市型キャンパスとなっている。
大学は1879年にウィリアム・ジョーンズ・ブーンと上海司教のジョセフ・シェレシェフスキーによって、上海にあった2つの既存の英国国教会系大学を統合して「セント・ジョンズ・カレッジ」として設立されました。大学の当初の四角い建物群の設計者は、ニュージャージー州ニューアークの建築家ウィリアム・ハルゼー・ウッドでした。初代学長は顏永京（中国語: 顏永京、1838年 - 1898年）でした。[ 1 ]セント・ジョンズ・カレッジの初期の頃、プロテスタント聖公会中国宣教団（またはアメリカ教会宣教団）の宣教師リディア・メアリー・フェイ（1804年 - 1878年）は、後にセント・ジョンズ・カレッジの一部となる中等学校デュアン・ホールの設立に尽力しました。[ 2 ]
セント・ジョンズ大学は39人の学生で始まり、当初は主に中国語で授業が行われていた。1891年、英語を主要言語とする授業へと変更され、科学と自然哲学に重点を置いたカリキュラムが展開されるようになった。
1905年、セント・ジョンズ・カレッジはセント・ジョンズ大学となり、アメリカ合衆国ワシントンD.C.に登記されました。これにより、国内大学としての地位を獲得し、セント・ジョンズ大学の卒業生はアメリカ国内の大学院に直接進学できるようになりました。その結果、同大学は当時上海で最も優秀で裕福な学生たちを惹きつけました。また、1907年には中国で初めて学士号を授与する教育機関となりました。
その大学は上海の蘇州河の湾曲部に位置するジェスフィールド路188号（現在の万航渡路）にあり、中国と西洋の建築様式を融合させた設計となっていた。
1925年、セントジョンズ大学から一部の学者と学生が離脱し、光華大学を設立した。1951年、光華大学は華東師範大学に統合された。
同大学は第二次世界大戦と中国内戦を生き延びた。しかし、1952年に共産党政府は当時のソ連式の専門大学を創設する政策を採用した。この政策の下、セント・ジョンズ大学は解体された。その学部の大半は華東師範大学に統合された。医学部は上海第二医学院に統合され、2005年に上海交通大学医学部となった。キャンパスは華東政法大学の所在地となった。
中国本土の文化大革命後、セント・ジョンズ大学医学部の旧経営陣の生き残った職員たちは、転校を命じられ、その後上海第二医科大学を卒業した学生たちにセント・ジョンズ大学医学部の学位を授与することを決定した。卒業証書には、セント・ジョンズ大学の初代学長の署名が記されていた。
学校の伝統を守るため、SJUの卒業生（ヨハネアンと呼ばれる）は、同じ名前を冠した3つの教育機関を設立した。