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Jmolは、 3次元の化学構造の分子モデリングを行うためのコンピュータソフトウェアです。[ 2 ] これは、3Dの化学構造を表示するオープンソースのJavaビューアです。[ 3 ]その名前は、Javaプログラミング言語、分子、およびmolファイル形式に由来しています。
JSmolは、Jmolの機能をJavaScriptで実装したものです。[ 4 ]そのため、ウェブブラウザ以外のソフトウェアを必要とせずに、分子やその他の構造のインタラクティブな3Dモデルを表示するためにウェブページに埋め込むことができます。
JmolとJSmolはどちらも、分子やその他の構造のインタラクティブな3D表現をレンダリングし、教育ツール[ 5 ] や、化学、生化学、材料科学、結晶学[ 6 ] 、対称性、ナノテクノロジーなどのいくつかの分野の研究に使用できます。
JmolはJavaプログラミング言語で記述されているため、 Javaがインストールされていれば、 Windows、macOS、Linux、Unixなど、さまざまなオペレーティングシステムで動作します。GNU Lesser General Public License （LGPL）バージョン2.0の下でリリースされた、無料のオープンソースソフトウェアです。インターフェースは20以上の言語に翻訳されています。
導入されている製品はいくつかあります。
Jmol.jar）は、インストール不要で使用できる単一ファイルで構成されており、コンピュータにJavaがインストールされていることのみが必要です。分子は、ボールアンドスティックモデル、空間充填モデル、リボン図、分子表面など、さまざまなレンダリングスタイルで表示できます。[ 7 ] Jmol は、タンパク質データバンク(pdb)、結晶情報ファイル(cif および mmcif)、MDL Molfile (mol および sdf)、化学マークアップ言語(CML)など、 幅広い化学ファイル形式をサポートしています。また、3D データを持つ構造の他のタイプのファイルも表示できます。
JSmolは、以前はChimeプラグインの代替として開発されたJmol Javaアプレットに取って代わりました[ 5 ]。どちらもWebブラウザでサポートされなくなりました。Jmolは、 Chimeに存在する機能（ Sculptモード を除く）を再現するために開発が開始され[ 8 ]、分子構造の単純な表示を超えて、機能が継続的に拡張されてきました。特に注目すべきは、変数、配列、数学演算子とブール演算子、 SQLライクなクエリ、関数、ループ、条件分岐、try-catch、switchなど、プログラミング言語の多くの特徴を備えた、豊富なコマンドセットと包括的なスクリプト言語（ JmolScript）[ 9 ]を備えていることです。
