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| 開発者 | バイオクリプスプロジェクト |
|---|---|
| 初回リリース | 2005年11月17日[1] |
| 安定版リリース | 2.6.2 (2016年11月4日) [±] |
| プレビューリリース | 2.6.2 RC (2016年4月15日) [±] |
| タイプ | ケミインフォマティクス、バイオインフォマティクス |
| ライセンス | Eclipse パブリックライセンス |
| Webサイト | バイオクリプス |
Bioclipseプロジェクトは、 Eclipse Rich Client Platform (RCP)をベースにした、 Javaベースのオープンソースの化学・バイオインフォマティクス用ビジュアルプラットフォームです。[2] [3]
について
Biclipseは2009年にスクリプト機能を追加し、[4] 2021年にはコマンドラインバージョンも追加されました。 [5]
他の RCP アプリケーションと同様に、Bioclipse は、ヘルプ システム、ソフトウェア更新、設定、クロスプラットフォーム展開などの基本機能とビジュアル インターフェイスを Eclipse から継承するプラグイン アーキテクチャを使用します。プラグインを介して、Bioclipse は化学情報科学および生物情報科学の機能と、他の (場合によっては独自の)プラグインによって簡単に拡張して追加機能を提供できる拡張ポイントを提供します。
製品
Bioclipseの最初の安定版リリースには、化学情報バックエンドを提供するためのChemistry Development Kit (CDK) プラグイン、分子の3D視覚化のためのJmolプラグイン、および配列解析のためのBioJavaプラグインが含まれています。最近では、StatET [6]とOpenToxを使用したRプラットフォームが追加されました。[7]
Bioclipseは、スウェーデンのウプサラ大学薬学生物科学科のプロテオケモメトリックグループ、欧州バイオインフォマティクス研究所のクリストフ・スタインベックグループ、ライデン大学分析化学部の共同研究として開発されましたが、カロリンスカ研究所やマーストリヒト大学などの他の学術機関で開発された拡張機能も含まれています。[8]この開発は、国際Bioclipse協会によって支援されています。[9]
Bioclipse スクリプト言語
Bioclipse スクリプト言語 (BSL) は、現在JavaScriptとGroovy をベースにしたスクリプト環境です。前述のように、このスクリプト言語は、サードパーティ ライブラリの機能をラップするマネージャーによって拡張されます。これらのスクリプトは、Bioclipse での分析をMyExperiment .org などで共有できるようにする手段を提供します。Bioclipse は、マネージャーがサポートするコア データ タイプを多数定義し、これらのマネージャー間で情報を使用できるようにします。
参考文献
- ^ 「Bioclipse - SourceForge.net で /Bioclipse を参照」。
- ^ Ola Spjuth、Tobias Helmus、Egon L Willighagen、Stefan Kuhn、Martin Eklund、Johannes Wagener、P. Murray-Rust、Christoph Steinbeck、Jarl ES Wikberg、Bioclipse: An open source workbench for chemo-and bioinformatics、BMC Bioinformatics、2007、８．土井：10.1186/1471-2105-8-59
- ^ Hasan, Mehedi (2023-01-24). 「Linux システム向けの 20 のベスト バイオインフォマティクス ツール」. UbuntuPIT . 2023 年 9 月 14 日閲覧。
- ^ Ola Spjuth、Jonathan Alvarsson、Arvid Berg、Martin Eklund、Stefan Kuhn、Carl Mäsak、Gilleain Torrance、Johannes Wagener、Egon L Willighagen、Christoph Steinbeck、Jarl ES Wikberg、Bioclipse 2: 生命科学のためのスクリプト可能な統合プラットフォーム、BMCバイオインフォマティクス, 2009 , 10 ,土井：10.1186/1471-2105-10-397
- ^ Willighagen, Egon (2021年6月23日). 「Bacting: Bioclipseの次世代コマンドラインバージョン」. Journal of Open Source Software . 6 (62): 2558. Bibcode :2021JOSS....6.2558W. doi : 10.21105/joss.02558 .
- ^ Spjuth, O.; Georgiev, V.; Carlsson, L.; Alvarsson, J.; Berg, A.; Willighagen, E.; Wikberg, JES; Eklund, M. (2012). 「Bioclipse-R: 生命科学データの管理と視覚化を統計分析に統合」.バイオインフォマティクス. 29 (2): 286–289. doi :10.1093/bioinformatics/bts681. PMC 3546796. PMID 23178637 .
- ^ Willighagen, EL; Jeliazkova, N.; Hardy, B.; Grafström, RC; Spjuth, O. (2011). 「OpenTox アプリケーションプログラミングインターフェースと Bioclipse を使用した計算毒性学」BMC 研究ノート. 4 : 487. doi : 10.1186/1756-0500-4-487 . PMC 3264531 . PMID 22075173.
- ^ “Bioclipse Labs”. 2011年7月20日時点のオリジナルよりアーカイブ。2010年2月2日閲覧。
- ^ ウプサラ大学プレスメデランデン: IT/バイオテクニク システムに関する Dubbla utmärkelser 2007 年 8 月 8 日、ウェイバック マシンにアーカイブ
外部リンク
Scholia にはBioclipseのトピックプロファイルがあります。