Loading article…
これは高分子を視覚化するために使用される注目すべきソフトウェアシステムのリストです。[1]
鍵
以下の表は、各システムで視覚化できるデータの種類を示しています。
参照
- 生物学的データの可視化
- 核酸シミュレーションソフトウェアの比較
- 分子力学モデリング用ソフトウェアの比較
- 顕微鏡可視化システムの一覧
- オープンソースのバイオインフォマティクスソフトウェアのリスト
- 分子グラフィックス
- 分子エディタ
参考文献
- ^ O'Donoghue SI、Goodsell DS、Frangakis AS、Jossinet F、Laskowski RA、Nilges M、他 (2010 年 3 月)。「高分子構造の可視化」。Nature Methods . 7 (3 Suppl): S42-55. doi :10.1038/nmeth.1427. PMC 7097155 . PMID 20195256.
- ^ Amira 商用ライセンス
- ^ 「Amira for Life & Biomedical Sciences」2019年2月28日。 2019年2月28日閲覧。
- ^ 「アスカラフ」. 2009 年9 月 24 日に取得。
- ^ Avizo 商用ライセンス
- ^ 「Avizo、科学および産業データ向けの3D視覚化および分析ソフトウェア」。2018年9月26日。 2010年8月5日閲覧。
- ^ Hildebrandt, Andreas (2010 年 10 月 25 日). 「BALL - 生化学アルゴリズム ライブラリ 1.3」. BMC Bioinformatics . 11 :531. doi : 10.1186/1471-2105-11-531 . PMC 2984589. PMID 20973958 .
- ^ Wang Y、Geer LY、 Chappey C、Kans JA 、 Bryant SH (2000 年 6 月)。「Cn3D: Entrez の配列と構造の表示」。Trends in Biochemical Sciences。25 ( 6): 300– 2。doi :10.1016/S0968-0004(00)01561-9。PMID 10838572 。
- ^ 「Gabedit 計算化学パッケージのグラフィカルユーザーインターフェース」。
- ^ 「Jmol: 3D 化学構造を表示するオープンソースの Java ビューア」 。2009年9 月 24 日閲覧。
- ^ 「Chime Pro」. Symx . 2009年9月24日閲覧。
- ^ 「分子と電子構造の視覚化プログラムMolden」。
- ^ 「OVITO - オープン可視化ツールによる原子シミュレーションデータの可視化と分析」doi :10.1088/0965-0393/18/1/015012.
- ^ 「OVITOライセンス」。GitLab 。 2024年10月21日閲覧。
- ^ 「PyMOLライセンス」。GitHub。2010年1月8日。 2023年3月27日閲覧。
- ^ 「PyMOL Molecular Viewer」 。 2009年9月24日閲覧。
- ^ Sayle RA、Milner-White EJ (1995 年 9 月)。「RASMOL: すべての人のための生体分子グラフィックス」。生化学科学の動向。20 (9): 374– 376。doi : 10.1016 /S0968-0004(00)89080-5。PMID 7482707。
- ^ Bernstein HJ (2000年9月). 「RasMolの最近の変更、変異体の組み換え」.生化学科学の動向. 25 (9): 453– 5. doi :10.1016/S0968-0004(00)01606-6. PMID 10973060.
- ^ 「RasMol および OpenRasMol のホームページ」 。2009年9 月 24 日閲覧。
- ^ サムソンコネクト
- ^ Scigress商用ライセンス
- ^ 「Scigress」. fqs.pl . 2014年9月12日.
- ^ スパルタンのウェブページ
- ^ Spartan チュートリアル & ユーザーズガイドISBN 1-890661-38-4
- ^ 「UCSF Chimera コードリポジトリ」www.rbvi.ucsf.edu . 2023年3月27日閲覧。
- ^ UCSFキメラライセンス
- ^ Pettersen EF、Goddard TD、Huang CC、Couch GS、Greenblatt DM、Meng EC、Ferrin TE (2004 年 10 月)。「UCSF Chimera - 探索的研究および分析のための視覚化システム」。Journal of Computational Chemistry。25 ( 13 ) : 1605–12。CiteSeerX 10.1.1.456.9442。doi : 10.1002 /jcc.20084。PMID 15264254。S2CID 8747218。
- ^ 「UCSF Chimera」 。 2009年9月24日閲覧。
- ^ Meng EC、Pettersen EF、Couch GS、Huang CC、Ferrin TE (2006 年 7 月)。「UCSF Chimera による統合配列構造解析ツール 」。BMC Bioinformatics。7 : 339。doi : 10.1186 / 1471-2105-7-339。PMC 1570152。PMID 16836757。
- ^ ビジュアル分子動力学ライセンス
- ^ Humphrey W, Dalke A, Schulten K (1996年2月). 「VMD: 視覚分子動力学」. Journal of Molecular Graphics . 14 (1): 33– 8, 27– 8. doi :10.1016/0263-7855(96)00018-5. PMID 8744570.
- ^ 「VMD - Visual Molecular Dynamics」。2009年9月24日閲覧。
- ^ 「WHAT IF ホームページ」 。 2009年9月24日閲覧。
- ^ 「YASARA – もう一つの科学的人工現実アプリケーション」 。 2009年9月24日閲覧。
外部リンク
ウィキメディア・コモンズには、分子可視化ソフトウェアに関連するメディアがあります。
- Saric M.「無料の分子モデリング プログラム」約 20 個のツールに対する、かなり詳細で客観的かつ技術的な評価。
- 「分子グラフィックスツールのPDBリスト」。
- 「分子可視化リソースのインデックス」。
- 「Eric Martz による分子可視化リソース」。