化学開発キット

*CDKニュース*
言語	英語
編集者	エゴン・ヴィリガーゲン、クリストフ・スタインベック
出版の詳細
歴史	2004-2007
標準略語;
ISO4 規格	CDKニュース
インデックス作成;
国際郵便	1614-7553;

化学開発キット
原作者	クリストフ・スタインベック、エゴン・ウィリハーゲン、ダン・ゲゼルター
開発者	CDKプロジェクト
初回リリース	2001年5月11日; 23年前
安定リリース	2.8 (2022年9月14日; 2年前) [±]
プレビューリリース	2.2 (2018年10月30日; 6年前) [±]
リポジトリ	github.com/cdk/cdk
書かれた	ジャワ
オペレーティング·システム	Windows、Linux、Unix、macOS
プラットフォーム	IA-32、x86-64
利用可能	英語
タイプ	ケモインフォマティクス、分子モデリング、バイオインフォマティクス
ライセンス	LGPL 2.0
Webサイト	github.io の最新バージョンをダウンロード

化学開発キット（CDK ）は、化学情報科学および生物情報科学のためのコンピュータソフトウェアであり、プログラミング言語Javaのライブラリです。[ 4 ] [ 5 ] Windows 、Linux、^Unix^、およびmacOSで利用できます。これは、 GNU Lesser General Public License （LGPL）2.0に基づいて配布される無料のオープンソースソフトウェアです。

歴史

CDKは、共通コードベースを提供するために、当時JmolとJChemPaintの開発者であったChristoph Steinbeck 、Egon Willighagen、Dan Gezelterによって、2000年9月27日から29日にノートルダム大学で作成されました。最初のソースコードリリースは2011年5月11日に行われました。^[6]それ以来、100人以上がプロジェクトに貢献し、^[7]以下に示すように、豊富な機能セットにつながっています。2004年から2007年の間、CDK Newsはプロジェクトのニュースレターであり、そのすべての記事はパブリックアーカイブから入手できました。^[8]貢献率が不安定だったため、ニュースレターは保留になりました。

その後、ユニットテスト、コード品質チェック、Javadoc検証が導入されました。Rajarshi Guha は Nightly という夜間ビルドシステムを開発し、現在もウプサラ大学で運用されています。^{[9] 2012 年に、このプロジェクトは継続的な開発を促進するために}InChI Trustのサポートを受けました。ライブラリは JNI-InChI ^{[10]を使用して}国際化学識別子(InChI)を生成します。[ ^11] 2013 年 4 月、John Mayfield (旧姓 May) が CDK のリリースマネージャーに加わり、開発ブランチを担当することになりました。^[12]

図書館

CDKはユーザープログラムではなくライブラリです。しかし、その機能を利用できるようにするために、さまざまな環境に統合されています。CDKは現在、プログラミング言語R、^[13]、 CDK-Taverna（Tavernaワークベンチプラグイン）、^[14]、 Bioclipse、PaDEL、^[15]、Cinfonyなど、いくつかのアプリケーションで使用されています。^{[16]また、Konstanz Information Miner（}KNIME）^[17]とExcel用のCDK拡張機能（LICSS（[1]））も存在します。^[18]

2008年に、GPLライセンスのコードがライブラリから削除されました。これらのコードはメインのCDKライブラリから独立しており、コピーレフトも行われていませんでしたが、ユーザー間の混乱を減らすために、ChemoJavaプロジェクトがインスタンス化されました。^[19]

主な特徴

ケモインフォマティクス

2D分子エディタとジェネレータ
3Dジオメトリ生成
リングファインディング^[20]^[21]
正確な構造とSmilesの任意のターゲット指定（SMARTS）のようなクエリ言語を使用した部分構造検索
QSAR記述子計算^[22]
ECFPおよびFCFP指紋を含む指紋計算^[23]
力場計算
簡易分子入力行エントリシステム（SMILES）、化学マークアップ言語（CML）、化学表ファイル（MDL）など、多くの入出力化学ファイル形式
構造ジェネレータ^[24]
JNI-InChI による国際化学識別子のサポート

バイオインフォマティクス

タンパク質活性部位の検出
同族リガンド検出^[25]
代謝産物の同定^[26]
パスウェイデータベース
2Dおよび3Dタンパク質記述子^[27]

一般的な

Pythonラッパー。Cinfony を参照
Rubyラッパー
アクティブなユーザーコミュニティ

参照

Scholia には、Chemistry Development Kitのトピックプロファイルがあります。

Bioclipse – Eclipse-RCP ベースの化学バイオインフォマティクスワークベンチ
ブルーオベリスク
JChemPaint – Java 2D分子エディタ、アプレット、アプリケーション
Jmol – Java 3D レンダラー、アプレット、アプリケーション
JOELib – Open Babel、OELibの Java バージョン
無料およびオープンソースのソフトウェアパッケージの一覧
分子力学モデリング用ソフトウェアの一覧

参考文献

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外部リンク

公式サイト
CDK Wiki – コミュニティウィキ
Planet CDK - ブログの惑星
CDK 描写
オープンサイエンス

[1] 「The Chemistry Development Kit - SourceForge.net で /OldFiles を参照」。

[2] "cdk/cdk: CDK 2.8".ゼノド。 2022年9月14日。土井：10.5281/zenodo.7079512。

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