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| ファイル名拡張子 |
.cml |
|---|---|
| インターネットメディアの種類 | 化学/x-cml |
| フォーマットの種類 | 化学ファイル形式 |
化学マークアップ言語（ChemMLまたはCML ）は、 XMLやJavaなどのツールを使用して分子情報を管理するアプローチです。[1]これは、厳密にXMLに基づいた最初のドメイン固有の実装であり、最初はDTD [2]に基づき、後にXMLスキーマ[3]に基づきました。これは、多くの分野で正確な情報管理のための最も堅牢で広く使用されているシステムです。これは、Murray-Rust、Rzepaらによって10年以上にわたって開発され、多くの分野とさまざまなマシンでテストされてきました。
化学情報は、従来、さまざまなファイル形式で保存されており、ドキュメントの再利用が妨げられています。CML は XML の移植性を利用して、CML 開発者と化学者が相互運用可能なドキュメントを設計できるようにします。CML ドキュメントを生成、処理、表示できるツールは多数あります。出版社は、CML を使用して、たとえばRSSドキュメントで XML ドキュメント内の化学情報を配布できます。[4]
CML は、以下を含む幅広い化学概念をサポートできます。
- 分子
- 反応[5]
- スペクトルと分析データ[6]
- 計算化学
- 化学結晶学と材料
CML の詳細と現在議論中のポイントは、CML ブログに掲載されています。
バージョン管理
スキーマのバージョンはSourceForgeで入手できます。2012 年 4 月現在、最新の固定スキーマは CML v2.4 です。CML v1 の一部の構成要素は現在非推奨となっています。
ツール
JUMBOはJava Universal Molecular Browser for Objectsとして誕生しましたが、現在ではCMLの検証、読み取り、書き込み、およびいくつかのレガシーフォーマットからCMLへの変換、たとえばCMLの反応からその反応のアニメーションSVG表現への変換をサポートするJavaライブラリとなっています。 [7] JUMBOは、スキーマ内のすべての要素をサポートする拡張JavaライブラリCMLDOM [8]に進化しました。 [9] JUMBOはかつてブラウザでしたが、推奨されるアプローチはオープンソースツールのJmolとJChemPaintを使用することです。これらのツールの一部は代替CMLライブラリを使用しています。[10] Blue Obeliskを参照してください。
ソフトウェアサポート
有効な CML 形式をインポートおよびエクスポートするソフトウェア
参照
- ドキュメントマークアップ言語のリスト
- ドキュメントマークアップ言語の比較
- JCAMP-DX (特に分光データ用のもう一つのよく知られた標準)
- オープンソース化学ソフトウェアのBlue Obeliskコミュニティ
- 数学ML
参考文献
- ^ Murray-Rust, Peter; Rzepa, Henry S (2011). 「CML: 進化と設計」. Journal of Cheminformatics . 3 (1): 44. doi : 10.1186 /1758-2946-3-44 . PMC 3205047. PMID 21999549.
- ^ Murray-Rust, P.; Rzepa, HS (1999)、「化学マークアップ、XML、およびワールドワイドウェブ。1. 基本原則」、J. Chem. Inf. Comput. Sci.、39 (6): 928–942、CiteSeerX 10.1.1.40.8275、doi :10.1021/ci990052b
- ^ Murray-Rust, P.; Rzepa, HS (2003)、「化学マークアップ、XML、およびワールドワイドウェブ。4. CMLスキーマ」、J. Chem. Inf. Comput. Sci.、43 (3): 757–772、doi :10.1021/ci0256541、PMID 12767134
- ^ Gkoutos, GV; Murray-Rust, P.; Rzepa, S.; Wright, M. (2001)、「化学マークアップ、XML、およびワールドワイドウェブ。3. 署名付きセマンティック化学ウェブの信頼性に向けて」、J. Chem. Inf. Comput. Sci.、41 (5): 1124–1130、doi :10.1021/ci000406v、PMID 11604013
- ^ Holliday, GL; Murray-Rust, P.; Rzepa, HS (2006)、「化学マークアップ、XML、およびワールド ワイド ウェブ。パート 6. CMLReact; 化学反応のための XML 語彙」、J. Chem. Inf. Model.、46 (1): 145–157、doi :10.1021/ci0502698、PMID 16426051
- ^ Kuhn, S.; Helmus, T.; Lancashire, RJ; Murray-Rust, P.; Rzepa, HS; Steinbeck, C.; Willighagen, EL (2007)、「化学マークアップ、XML、およびワールド ワイド ウェブ。7. CMLSpect、スペクトル データ用の XML 語彙」、J. Chem. Inf. Model.、47 (6): 2015–2034、doi :10.1021/ci600531a、PMID 17887743
- ^ ジャンボ
- ^ Murray-Rust, P.; Rzepa, HS (2001)、「化学マークアップ、XML、およびワールドワイドウェブ。2. 情報オブジェクトと CMLDOM」、J. Chem. Inf. Comput. Sci.、41 (5): 1113–1123、doi :10.1021/ci000404a、PMID 11604012
- ^ Sourceforge の CML ホーム
- ^ Willighagen, EL (2001). 「Java での CML 規則の処理」。Internet Journal of Chemistry 4。2001-04-11 時点のオリジナルからのアーカイブ。
さらに読む
- Rzepa, HS; Murray-Rust, P.; Whitaker, BJ (1997)、「化学情報ツールとしてのインターネット」、Chem. Soc. Rev.、26 (1): 1–10、doi :10.1039/CS9972600001
- Murray-Rust, P.; Rzepa, HS; Wright, M. (2001)、「複雑な化学コンテンツを処理するシステムとしての化学マークアップ言語 (CML) の開発」、New J. Chem.、25 (4): 618–634、doi :10.1039/b008780g
外部リンク
- 化学マークアップ言語 (CML) これには、CML スキーマ、ツールへのリンク、ドキュメント、ソースコードが含まれます。
- ディスカッションリスト
- CML ブログ
- 元の（古い）サイト