結晶構造情報ファイル

結晶構造情報ファイル
ファイル名拡張子	.cif
インターネットメディアの種類	化学薬品/x-cif
開発者	国際結晶学連合(IUCr)
フォーマットの種類	化学ファイル形式
延長	自己定義テキストアーカイブと検索
延長	ミリCIF
Webサイト	詳しくはこちら

結晶学情報ファイル( CIF )は、国際結晶学連合(IUCr)が制定した、結晶学情報を表現するための標準テキストファイル形式です。CIF は、IUCr 結晶学データ委員会および IUCr ジャーナル委員会の支援を受けて、IUCr 結晶学情報作業部会によって開発されました。このファイル形式は、当初 Hall、Allen、および Brown ^[1]によって公開され、その後改訂され、最新のバージョンは 1.1 および 2.0 です。^{[2]この形式の完全な仕様は、IUCr の Web サイトで入手できます。分子表示用の多くのコンピュータプログラムは、}Jmol を含め、この形式と互換性があります。

ミリCIF

これに密接に関連するのがmmCIF（高分子CIF）であり^{[3] 、これは}タンパク質データバンク（PDB）形式の後継として意図されている。現在、タンパク質データバンクではこれがデフォルトの形式として使用されている。^[4]^[5]

また、密接に関連しているものとして、 Crystallographic Information Frameworkがあります。これは、 Crystallographic Information File やXML など、さまざまな機械可読形式で表現できるデータ辞書とリレーショナルルールに基づく、より広範な交換プロトコルのシステムです。

参考文献

^ Hall SR、Allen FH、Brown ID (1991)。「結晶学情報ファイル（CIF）：結晶学のための新しい標準アーカイブファイル」。Acta Crystallographica Section A。47（6）：655–685。Bibcode ：1991AcCrA..47..655H。doi ： 10.1107 / S010876739101067X。
^ Brown ID, McMahon B (2002). 「CIF: 結晶学のコンピュータ言語」Acta Crystallographica Section B: 構造科学58 ( Pt 3 Pt 1): 317–24. doi :10.1107/s0108768102003464. PMID 12037350.
^ Bourne, PE; Berman, HM; McMahon, B; Watenpaugh, KD; Westbrook, JD; Fitzgerald, PM (1997). 「マクロ分子結晶学情報ファイル」。マクロ分子結晶学パート B。Methods in Enzymology。Vol. 277。pp. 571–90。doi :10.1016/s0076-6879(97) 77032-0。ISBN 978-0-12-182178-4. PMID 18488325。
^ アダムス、PD;アフォニン、PV。バスカラン、K;バーマン、HM。ベリスフォード、J;ブリコーニュ、G;ブラウン、DG;サウスカロライナ州バーリー;チェン、M;フェン、Z;フレンスブルク、C;グットマナス、A;ホッホ、JC。池川裕也健学、Y;クリシネル、E;栗栖、G;梁、Y;リープシュナー、D;マック、L;マークリー、JL。北西部モリアーティ。ムルシュドフ、GN;ノーブル、M。ピーザッハ、E;ペルシコワ、私。プーン、BK;ソボレフ、OV。エルリッヒ州ウルリッヒ。ヴェランカー、S;フォンライン、C;ウェストブルック、J;ウォジディル、M;横地正史ヤング、JY（2019年4月1日）。「タンパク質データバンク（PDB）への結晶構造登録のためのPDBx/mmCIF形式ファイルの提出義務の発表」Acta Crystallographica Section D . 75 (Pt 4): 451–454. doi :10.1107/S2059798319004522. PMC 6465986 . PMID 30988261.
^ — Bichler、Martin (1997)、「Grundlegende WWW-Techniken」、Aufbau unternehmensweiter WWW-Informationssysteme、ヴィースバーデン: Vieweg+Teubner Verlag、pp. 8–32、doi :10.1007/978-3-322-86597-7_2、ISBN 978-3-322-86598-4、 2021年9月17日取得

外部リンク

国際結晶学連合

[Hall1991-1] Hall SR、Allen FH、Brown ID (1991)。「結晶学情報ファイル（CIF）：結晶学のための新しい標準アーカイブファイル」。Acta Crystallographica Section A。47（6）：655–685。Bibcode ：1991AcCrA..47..655H。doi ： 10.1107 / S010876739101067X。

[Brown2002-2] Brown ID, McMahon B (2002). 「CIF: 結晶学のコンピュータ言語」Acta Crystallographica Section B: 構造科学58 ( Pt 3 Pt 1): 317–24. doi :10.1107/s0108768102003464. PMID 12037350.

[3] Bourne, PE; Berman, HM; McMahon, B; Watenpaugh, KD; Westbrook, JD; Fitzgerald, PM (1997). 「マクロ分子結晶学情報ファイル」。マクロ分子結晶学パート B。Methods in Enzymology。Vol. 277。pp. 571–90。doi :10.1016/s0076-6879(97) 77032-0。ISBN 978-0-12-182178-4. PMID 18488325。

[4] アダムス、PD;アフォニン、PV。バスカラン、K;バーマン、HM。ベリスフォード、J;ブリコーニュ、G;ブラウン、DG;サウスカロライナ州バーリー;チェン、M;フェン、Z;フレンスブルク、C;グットマナス、A;ホッホ、JC。池川裕也健学、Y;クリシネル、E;栗栖、G;梁、Y;リープシュナー、D;マック、L;マークリー、JL。北西部モリアーティ。ムルシュドフ、GN;ノーブル、M。ピーザッハ、E;ペルシコワ、私。プーン、BK;ソボレフ、OV。エルリッヒ州ウルリッヒ。ヴェランカー、S;フォンライン、C;ウェストブルック、J;ウォジディル、M;横地正史ヤング、JY（2019年4月1日）。「タンパク質データバンク（PDB）への結晶構造登録のためのPDBx/mmCIF形式ファイルの提出義務の発表」Acta Crystallographica Section D . 75 (Pt 4): 451–454. doi :10.1107/S2059798319004522. PMC 6465986 . PMID 30988261.

[5] — Bichler、Martin (1997)、「Grundlegende WWW-Techniken」、Aufbau unternehmensweiter WWW-Informationssysteme、ヴィースバーデン: Vieweg+Teubner Verlag、pp. 8–32、doi :10.1007/978-3-322-86597-7_2、ISBN 978-3-322-86598-4、 2021年9月17日取得