分子力学モデリング用ソフトウェアの比較

これは、主に分子力学計算に使用されるコンピュータプログラムの一覧です。

GPU – GPUアクセラレーション
I – インターフェースがあります
Imp – 暗黙の水
MC –モンテカルロ
MD –分子動力学
最小化 –最適化
QM –量子力学
REM –レプリカ交換法

注釈と参考文献

↑ 「Amberの引用文献」 . ambermd.org . 2021年6月15日取得。
↑ Harrison ET、Weidner T、Castner DG、Interlandi G (2017)。「モンテカルロシミュレーションを用いた疎水性表面上でのタンパク質 G B1 の配向予測」。Biointerphases。12 ( 2 ) : 02D401。doi : 10.1116 / 1.4971381。PMC 5148762。PMID 27923271。
↑暗黙の溶媒 – Gromacs 2014年7月29日、Wayback Machineにアーカイブ済み
↑ IA Solov'yov; AV Yakubovich; PV Nikolaev; I. Volkovets; AV Solov'yov (2012). "MesoBioNano Explorer - 複雑な分子構造とダイナミクスのマルチスケールコンピュータシミュレーションのための汎用プログラム". J. Comput. Chem . 33 (30): 2412–2439 . doi : 10.1002/jcc.23086 . PMID 22965786. S2CID 22553279 .
↑ M. Harger; D. Li; Z. Wang; K. Dalby; L. Lagardère; J.-P. Piquemal; J. Ponder; P. Ren (2017). "Tinker-OpenMM: GPU 上で AMOEBA を使用した絶対および相対的な錬金術的自由エネルギー" . Journal of Computational Chemistry . 38 (23): 2047– 2055. doi : 10.1002/jcc.24853 . PMC 5539969 . PMID 28600826 .
↑ L. Lagardère; L.-H. Jolly; F. Lipparini; F. Aviat; B. Stamm; ZF Jing; M. Harger; H. Torabifard; GA Cisneros; MJ Schnieders; N. Gresh; Y. Maday; PY Ren; JW Ponder; J.-P. Piquemal (2018). "Tinker-HP: 高度な点双極子分極力場を備えた大規模複雑系のマルチスケールシミュレーションのための大規模並列分子動力学パッケージ" . Chemical Science . 9 (4): 956– 972. doi : 10.1039/C7SC04531J . PMC 5909332 . PMID 29732110 .

外部リンク

シンクリス
Linux4Chemistry
共同計算プロジェクト
分子可視化リソースの世界索引
分子モデリング関連リソースのショートリスト
オープンサイエンス
生物学的磁気共鳴データバンク
材料モデリングおよびコンピュータシミュレーションコード
分子動力学に関するいくつかのヒント
atomistic.software - 原子論的シミュレーションエンジンとその引用動向

[1] 「Amberの引用文献」 . ambermd.org . 2021年6月15日取得。

[2] Harrison ET、Weidner T、Castner DG、Interlandi G (2017)。「モンテカルロシミュレーションを用いた疎水性表面上でのタンパク質 G B1 の配向予測」。Biointerphases。12 ( 2 ) : 02D401。doi : 10.1116 / 1.4971381。PMC 5148762。PMID 27923271。

[3] 暗黙の溶媒 – Gromacs 2014年7月29日、Wayback Machineにアーカイブ済み

[4] IA Solov'yov; AV Yakubovich; PV Nikolaev; I. Volkovets; AV Solov'yov (2012). "MesoBioNano Explorer - 複雑な分子構造とダイナミクスのマルチスケールコンピュータシミュレーションのための汎用プログラム". J. Comput. Chem . 33 (30): 2412–2439 . doi : 10.1002/jcc.23086 . PMID 22965786. S2CID 22553279 .

[5] M. Harger; D. Li; Z. Wang; K. Dalby; L. Lagardère; J.-P. Piquemal; J. Ponder; P. Ren (2017). "Tinker-OpenMM: GPU 上で AMOEBA を使用した絶対および相対的な錬金術的自由エネルギー" . Journal of Computational Chemistry . 38 (23): 2047– 2055. doi : 10.1002/jcc.24853 . PMC 5539969 . PMID 28600826 .

[6] L. Lagardère; L.-H. Jolly; F. Lipparini; F. Aviat; B. Stamm; ZF Jing; M. Harger; H. Torabifard; GA Cisneros; MJ Schnieders; N. Gresh; Y. Maday; PY Ren; JW Ponder; J.-P. Piquemal (2018). "Tinker-HP: 高度な点双極子分極力場を備えた大規模複雑系のマルチスケールシミュレーションのための大規模並列分子動力学パッケージ" . Chemical Science . 9 (4): 956– 972. doi : 10.1039/C7SC04531J . PMC 5909332 . PMID 29732110 .

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