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| ユーリアキオータ | |
|---|---|
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| Halobacterium sp. 株 NRC-1、各細胞の長さは約 5 µm。 | |
科学的分類 
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| ドメイン： | 古細菌 |
| 王国： | Euryaarchaeota Woese、カンドラー&ウィーリス、1990 [1] |
| 門[2] | |
| 同義語 | |
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ユーリアーキオータ（古代ギリシャ語の εὐρύς eurús、「広い、幅広い」に由来）は、古細菌の界である。[3]ユーリアーキオータは非常に多様で、腸内に多く見られるメタン生成菌、高濃度の塩分でも生存する好塩菌、一般に41～122℃の温度で生息する極めて好熱性の好気性菌および嫌気性菌などが含まれる。ユーリアーキオータは、主にrRNA配列と独自のDNAポリメラーゼに基づいて他の古細菌と区別される。 [4]
説明
ユーリアーキオータは、外見や代謝特性が多様です。この門には、桿菌と球菌の両方を含むさまざまな形状の生物が含まれます。ユーリアーキオータは、細胞壁に擬似ムレインが存在するかどうかによって、グラム陽性菌またはグラム陰性菌として現れます。 [5]また、ユーリアーキオータは、それぞれにメタン生成菌、好塩菌、硫酸還元菌、高度好熱菌など、多様な生活様式を示します。[5]他のものは、プランクトンや細菌とともに海中に浮遊しています。これらの海洋ユーリアーキオータは、実験室で培養して研究することが困難ですが、ゲノム配列から運動性従属栄養生物であることが示唆されています。[6]
これまで、ユーリアーキオータは極端な環境（温度、塩分、pHの点で）にのみ生息すると考えられていたが、2019年1月に発表されたKorzhenkovらの論文によると、低温酸性環境などの中程度の環境にも生息しているという。場合によっては、ユーリアーキオータの数が細菌の数を上回った。[7]ユーリアーキオータは、泉、湿地、土壌、根圏などの他の中程度の環境でも見つかっている。[8]ユーリアーキオータの中には適応力の高いものもあり、 Halobacterialesと呼ばれる目は通常、非常に塩分が高く硫黄を多く含む環境に生息するが、海水2.5％という低い塩分濃度でも生育できる。[8]根圏では、ユーリアーキオータの存在は菌根菌 の存在に依存しているようだ。真菌の個体数が多いほど、広古細菌の頻度と多様性が高くなる傾向があり、菌根菌の不在は広古細菌の不在と相関していた。[8]
命名論争
2022年に、提案されたメタノバクテリア界が、ユーリアーキオータの有効な名前として導入されましたが、国際原核生物命名規約[9]では、ユーリアーキオータの栽培種/属（界には系統的接尾辞-atiを使用）の最初の記述を優先するとされており、分類学的に無効であると主張されていました。この提案はLPSN [10]によって支持されており、ユーリアーキオータは有効に出版されていない門としてリストされています。[11]
ユーリアーキオータという名称も、配列データから特定された栽培されていない分類群の記述を受け入れる競合的SeqCodeによれば、現在では地位や有効性がないと考えられている。[12]
ユーリアーキオータは、2024年9月まで、メタノバクテリオタを異型同義語とみなし、門（ユーリアーキオータ Garrity and Holt 2002 ）の現在の名称として国立生物工学情報センター（NCBI）の分類ブラウザ[13]に掲載されていました。[14] 2024年10月からは、界名としてMethanobacteriati、含まれる門名としてHalobacteriota、Methanobacteriota、Thermoplasmatotaが掲載されています。 [ 15 ]
ユーリアーキオータという分類群は、バーギーの古細菌と細菌の分類マニュアルにも記載されています。[16]
ユーリアーキオータ/メタノバクテリアは、クレード (ユーリアーキオータ ss) として識別できる場合でも、レベル界を適用しないゲノム分類データベース (GTDB) に分類群として記載されていません。
系統発生
他の系統解析では、 DPANN系統群の古細菌もユーリアーキオータに属する可能性があり、ユーリアーキオータ内で異なる系統的位置を占める多系統群である可能性もあると示唆されている。アルティアーキオータ門を DPANN に分類すべきかユーリアーキオータに分類すべきかについても議論がある。 [20]この提案を要約した系統図を以下にグラフ化する。[21] [22]引用符で囲まれたグループは DPANN に割り当てられた系統だが、系統学的には他のグループとは分離されている。
3番目の系統樹は、 GTDB 08-RS214に基づく53個のマーカータンパク質である。 [23] [24] [25]
参照
- リッチモンド鉱山の好酸性ナノ生物古細菌(ARMAN)
- 古細菌の属の一覧
- モネラ
参考文献
- ^ Woese CR、Kandler O、Wheelis ML (1990 年 6 月)。「生物の自然システムに向けて: 古細菌、細菌、真核生物の領域に関する提案」。米国科学アカデミー紀要。87 (12): 4576–9。Bibcode : 1990PNAS ...87.4576W。doi : 10.1073 / pnas.87.12.4576。PMC 54159。PMID 2112744。
- ^ Castelle CJ、Banfield JF ( 2018)。「主要な新しい微生物群が多様性を拡大し、生命の樹に対する理解を変える」。Cell。172 ( 6 ) : 1181–1197。doi : 10.1016 /j.cell.2018.02.016。PMID 29522741。
- ^ Hogan CM (2010). E. Monosson、C. Cleveland (編). 「古細菌」.地球百科事典. 国立科学環境評議会. 2017年8月18日閲覧。
- ^ Lincoln SA、Wai B、Eppley JM、Church MJ、Summons RE、DeLong EF (2014 年 7 月)。「プランクトン性ユーリアーキオータは海洋における古細菌テトラエーテル脂質の重要な供給源である」。米国科学アカデミー紀要。111 (27): 9858–63。Bibcode : 2014PNAS..111.9858L。doi : 10.1073 / pnas.1409439111。PMC 4103328。PMID 24946804。
- ^ ab Garrity GM、Holt JG (2015)。「Euryarchaeota phy. nov.」。Whitman WB (ed.) 著。Bergey 's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria。John Wiley & Sons。doi : 10.1002 / 9781118960608。ISBN 9781118960608。
- ^ Iverson V、Morris RM、Frazar CD、Berthiaume CT、Morales RL、Armbrust EV (2012 年 2 月)。「メタゲノムからゲノムを解き明かす: 培養されていない海洋 Euryarchaeota のクラスの解明」。Science。335 ( 6068 ) : 587–90。Bibcode : 2012Sci ...335..587I。doi : 10.1126/science.1212665。PMID 22301318。S2CID 31381073 。
- ^ Korzhenkov AA、Toshchakov SV、Bargiela R、Gibbard H、Ferrer M、Teplyuk AV、Jones DL、Kublanov IV、Golyshin PN、Golyshina OV（2019年1月）。「低温から中程度の温度と極端な酸性度の生態系では、古細菌が微生物群集を支配している」。Microbiome。7 （1 ） ：11。doi：10.1186 / s40168-019-0623-8。PMC 6350386。PMID 30691532。
- ^ abc Bomberg M, Timonen S (2007年10月). 「ヨーロッパアカマツ菌根圏と北方林腐植土におけるクレンアーキオータとユーリアキオータの分布」.微生物生態学. 54 (3): 406–16. Bibcode :2007MicEc..54..406B. doi :10.1007/s00248-007-9232-3. PMID 17334967. S2CID 19425171.
- ^ Göker, Markus; Oren, Aharon (2024-01-22). 「原核生物の2つのドメインと7つの界の名前の有効な公表」International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 74 (1). doi :10.1099/ijsem.0.006242. ISSN 1466-5026.
- ^ LPSN: メタノバクテリア王国。2024年9月25日閲覧。
- ^ LPSN: 門「ユーリアーキオータ」。2024年9月25日閲覧。
- ^ SeqCodeレジストリ：「Euryarchaeota」。2024年9月25日閲覧。
- ^ Sayers; et al. 「Euryarchaeota (tree)」。分類ブラウザ。国立生物工学情報センター(NCBI) 分類データベース。 2024年9月25日閲覧。2024-09-25にWayback Machineにアーカイブされました
- ^ Sayers; et al. 「Euryarchaeota」。分類ブラウザ。国立生物工学情報センター(NCBI) 分類データベース。 2024年9月25日閲覧。2024-09-25にWayback Machineにアーカイブされました
- ^ Sayers; et al. "Methanobacteriati". Taxonomy Browser .国立生物工学情報センター(NCBI) 分類データベース. 2024年10月10日閲覧。
- ^ Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria: AZ Listing. 最終更新日: 2017年3月27日。Wiley Online Library、John Wiley & Sons、Inc.。2024年9月25日閲覧。
- ^ 「The LTP」 。 2021年2月23日閲覧。
- ^ 「LTP_all tree in newick format」。2021年2月23日閲覧。
- ^ 「LTP_12_2021 リリースノート」(PDF) 。 2021年2月23日閲覧。
- ^ ab Nina Dombrowski、Jun-Hoe Lee、Tom A Williams、Pierre Offre、Anja Spang (2019)。DPANN古細菌のゲノム多様性、ライフスタイル、進化の起源。Nature。
- ^ ab Jordan T. Bird、Brett J. Baker、Alexander J. Probst、Mircea Podar、Karen G. Lloyd (2017)。培養に依存しないゲノム比較により、アルティアーカエラル目の環境適応が明らかに。Frontiers。
- ^ ab Cavalier-Smith, Thomas; Chao, Ema E-Yung (2020). 「マルチドメインリボソームタンパク質ツリーとネオムラ（真核生物、古細菌）のプランクトンバクテリア起源」。プロト プラズマ。257（3）：621–753。doi ： 10.1007 / s00709-019-01442-7。PMC 7203096。PMID 31900730。
- ^ 「GTDBリリース08-RS214」。ゲノム分類データベース。 2021年12月6日閲覧。
- ^ "ar53_r214.sp_label".ゲノム分類データベース. 2023年5月10日閲覧。
- ^ 「分類の歴史」。ゲノム分類データベース。 2021年12月6日閲覧。
- ^ Anja Spang、Eva F. Caceres、Thijs JG Ettema: 生命の古細菌領域の多様性、生態学、進化に関するゲノム探査。掲載: Science Volume 357 Issue 6351、eaaf3883、2017 年 8 月 11 日、doi:10.1126/science.aaf3883
- ^ Theinoarchaea と誤って表記されているもの: Catherine Badel、Gaël Erauso、Annika L. Gomez、Ryan Catchpole、Mathieu Gonnet、Jacques Oberto、Patrick Forterre、Violette Da Cunha: pT26‐2 古細菌プラスミドファミリーの世界的分布と進化史。環境微生物学。sfam 2019 年 9 月 10 日。doi:10.1111/1462-2920.14800
- ^ NCBI: カンディダトゥス ポセイドニア (クラス)
さらに読む
- Cavalier-Smith T (2002 年 1 月)。「古細菌のネオミュラン起源、普遍的な樹形のネオギバクテリアの根源、および細菌のメガ分類」。International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology。52 ( Pt 1): 7–76。doi : 10.1099 /00207713-52-1-7。PMID 11837318。
- Woese CR, Gupta R, Hahn CM, Zillig W, Tu J (1984). 「3種の硫黄依存性古細菌の系統関係」.系統的応用微生物学. 5 (1): 97–105. Bibcode :1984SyApM...5...97W. doi :10.1016/S0723-2020(84)80054-5. PMID 11541975.
- Garrity GM、Holt JG (2001)。「門 AII。Euryarchaeota phy. nov.」。DR Boone、RW Castenholz (編)。Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 1: The Archaea and the deep branching and phototrophic Bacteria (第 2 版)。ニューヨーク: Springer Verlag。pp . 169。ISBN 978-0-387-98771-2。
外部リンク
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