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| ハロバクテリア | |
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| HaloarculaquadrataのSEM画像。 | |
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| 注文： | ハロバクテリア グラント＆ラーセン、1989
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塩性細菌は塩性細菌の一種で、[1]塩分が飽和またはほぼ飽和した水の中に生息する。好塩菌とも呼ばれるが、この名称は塩分濃度がやや低い他の生物にも用いられる。塩分、水分、有機物が大量に存在する環境のほとんどでよく見られる。大きなブルームはバクテリオロドプシンという色素によって赤みがかっている。この色素は光を吸収し、 ATP を生成するためのエネルギーを供給する。塩性細菌はハロロドプシンという2つ目の色素も持っており、これが光子に反応して塩化物イオンを送り込み、電圧勾配を作り出して光からのエネルギー生成を助ける。このプロセスは電子伝達を伴う他の形態の光合成とは無関係であるが、塩性細菌は二酸化炭素から炭素を固定することができない。
好気性細菌であるにもかかわらず、光合成によってエネルギーを生成する別の方法を持っているため、塩分の多い環境でも生存できます。好気性細菌の膜の一部は紫がかっています。これらの部分はクロロフィルではなく網膜色素と光合成反応を行います。これにより、細胞膜全体にプロトン勾配を作成し、それを使用してATPを生成することができます。この目の一部の種は、一部の微生物が高塩分環境でどのように生存できるかを研究し、細胞プロセスを理解し、生理学を研究するためのモデル生物として使用されています。[2]
エコロジー
生息地
通常、Halobacterialesは好気性で塩分濃度の高い環境で増殖します。[3] Halobacterialesは、塩湖、海水塩田、海水、天日塩、塩漬け食品で発見されています。[4]ほとんどの場合、Halobacteriales目の菌は、塩分濃度（NaCl）が25％を超える環境に生息します。[2]ただし、1〜3.5％の低塩分濃度の環境でも生存できます。[2]研究によると、Halobacterialesは、硫黄還元が行われる環境や、塩分濃度の高い塩田、海水黒煙炉、沿岸の塩性湿地、煙突構造物でも見られます。[3]この結果は、Halobacterialesは溶解を防ぐのに十分な量の塩しか必要とせず、したがって低塩分濃度の環境で増殖できることを示しています。[3]
現在の分類
ハロバクテリア目は、ハロバクテリアの全ての種を包含する、系統学的に多様な系統であった。[4]ハロアーキア綱の多様な生化学的特徴と異なる生態学的地位は、属レベル以上のハロバクテリアの進化的関係を明らかにする上で信頼性の低い手段であることが判明した。[4]
2015年、グプタらは、保存されたタンパク質と16S rRNA配列のいくつかの異なるデータセットから構築されたさまざまな系統樹の分岐パターンと、比較ゲノム解析に基づいて、ハロバクテリア綱をハロバクテリア目、ハロフェラ目、ナトリアル目の3つの目に分類することを提案しました。 [5]この分類により、ハロバクテリア目のメンバーシップは大幅に制限され、タイプ属であるハロバクテリウムに近縁の種のみが含まれるようになりました。
その後の研究で、 Halobacteriales目内の高等分類上の関係を調べた結果、この目はHalobacteriaceae、Haloarculaceae、Halococcaceaeの3つの科に分けられ、それぞれの科は保存されたシグネチャーインデルとして知られる複数の高度に特異的な分子シグネチャーの存在によって互いに、また他のすべての種と区別することができる。[6]
系統発生
現在受け入れられている分類法は、原核生物の命名法リスト（LPSN）[7]と国立生物工学情報センター（NCBI） [8]に基づいています。
注: * 側系統の塩性細菌科
参照
参考文献
- ^ NCBI のHalobacteriales に関するウェブページを参照してください。データは「NCBI 分類リソース」から抽出されました。国立生物工学情報センター。2007年 3 月 19 日閲覧。
- ^ abc Youssef NH、Ashlock-Savage KN、Elshahed MS (2012 年 3 月)。「複数の塩性堆積物生息地における極度好塩性古細菌 (Halobacteriales 目) のメンバーの系統学的多様性とコミュニティ構造」。応用環境微生物学。78 ( 5 ): 1332–44。doi : 10.1128 / AEM.07420-11。PMC 3294467。PMID 22179255。
- ^ abc Elshahed MS、Najar FZ、Roe BA、Oren A、Dewers TA、Krumholz LR（2004年4月）。「古細菌の多様性調査により、低塩分、硫化物、硫黄に富む泉に好塩性古細菌が豊富に存在することが判明」。応用環境 微生物学。70 （4）：2230～2239。doi ：10.1128/ AEM.70.4.2230-2239.2004。PMC 383155。PMID 15066817。
- ^ abc Oren A, Ventosa A, Kamekura M (2017-09-15). 「Halobacteriales」。Whitman WB、Rainey F、Kämpfer P、Trujillo M (編)。Bergey 's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria。英国チチェスター：John Wiley & Sons、Ltd. pp. 1–3。doi :10.1002/ 9781118960608.obm00048.pub2。ISBN 978-1-118-96060-8。
- ^ グプタ、ラディ S.;ナウシャド、ソハイル;ベイカー、シェリダン (2015-03-01)。 「ハロバクテリア綱とその2つの主要分岐群の系統ゲノム解析と分子サイン：ハロバクテリア綱を改正目ハロバクテリアレス目と、新規の科を含む2つの新しい目ハロフェラカレス目（11月）とナトリアルバレス目（11月）に分割する提案」ハロフェラ科 11 月とナトリアルバ科 11 月。系統的および進化的微生物学の国際ジャーナル。65 (Pt_3): 1050–1069。土井：10.1099/ijs.0.070136-0。ISSN 1466-5026。PMID 25428416。
- ^ グプタ、ラディ S.;ナウシャド、ソハイル;ファブロス、リーナ。アデオル、モボラジ（2016 年 4 月）。 「ハロバクテリア綱内の科レベルの区分の系統ゲノム学的再評価：ハロバクテリウム目をハロバクテリア科、ハロアーキュラ科科、ハロコッカス科に分け、ハロフェラ目科をハロフェラ科科、ハロブラ科科に分ける提案」 11月」。アントニー・ファン・レーウェンフック。109 (4): 565–587。土井：10.1007/s10482-016-0660-2。ISSN 0003-6072。PMID 26837779。S2CID 254231068 。
- ^ JP Euzéby. 「Halobacteria」。命名法で定められた原核生物名のリスト（LPSN） 。 2021年11月17日閲覧。
- ^ Sayers; et al. 「Halobacteria」。国立生物工学情報センター(NCBI) 分類データベース。2022年6月5日閲覧。
- ^ 「The LTP」 。 2023年5月10日閲覧。
- ^ 「LTP_all tree in newick format」。2023年5月10日閲覧。
- ^ 「LTP_06_2022 リリースノート」(PDF) 。 2023年5月10日閲覧。
- ^ 「GTDBリリース08-RS214」。ゲノム分類データベース。 2023年5月10日閲覧。
- ^ "ar53_r214.sp_label".ゲノム分類データベース. 2023年5月10日閲覧。
- ^ 「分類の歴史」。ゲノム分類データベース。 2023年5月10日閲覧。
さらに読む
ジャーナル
- Wright AG (2006年6 月)。「16S rRNA 遺伝子配列から推定した Halobacteriales 目内の系統関係」。International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology。56 ( Pt 6): 1223–1227。doi : 10.1099 /ijs.0.63776-0。PMID 16738095。
- 原核生物の分類学に関する国際委員会の司法委員会 (2005 年 1 月)。「Acholeplasmatales、Halanaerobiales、Halobacteriales、Methanobacteriales、Methanococcales、Methanomicrobiales、Planctomycetales、Prochlorales、Sulfolobales、Thermococcales、Thermoproteales、および Verrucomicrobiales の命名上の型は、それぞれ Acholeplasma、Halanaerobias、Halobacterium、Methanobacterium、Methanococcus、Methanomicrobium、Planctomyces、Prochloron、Sulfolobus、Thermococcus、Thermoproteus、および Verrucomicrobium 属である。意見 79」。International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology。55 ( Pt 1): 517–518。土井: 10.1099/ijs.0.63548-0。PMID 15653928。
- Cavalier-Smith T (2002 年 1 月)。「古細菌のネオミュラン起源、普遍的な樹形のネオギバクテリアの根源、および細菌のメガ分類」。International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology。52 ( Pt 1): 7–76。doi : 10.1099 /00207713-52-1-7。PMID 11837318。
- Euzéby JP、Tindall BJ (2001 年 3 月)。「目分類の命名法: 細菌学規約 (1990 年改訂) の規則 15 および 21a に従って必要な修正、およびクラスとサブクラスの適切な命名法の指定。意見の要請」。International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology。51 ( Pt 2 ): 725–727。doi : 10.1099 /00207713-51-2-725。PMID 11321122。
- Cavalier-Smith T (1986). 「生物界」. Nature . 324 (6096): 416–7. Bibcode :1986Natur.324..416C. doi :10.1038/324416a0. PMID 2431320. S2CID 5242667.
- グプタ RS、ナウシャッド S、ベイカー S (2015 年 3 月)。 「ハロバクテリア綱とその2つの主要分岐群の系統ゲノム解析と分子サイン：ハロバクテリア綱を改正された目ハロバクテリアレス目と、新規の科を含む2つの新しい目ハロフェラカレス目（11月）とナトリアルバレス（11月）に分割する提案」ハロフェラ科 11 月とナトリアルバ科 11 月。系統的および進化的微生物学の国際ジャーナル。65 (Pt 3): 1050–1069。土井：10.1099/ijs.0.070136-0。PMID 25428416。
書籍
- Grant WD、Kamekura M、McGenity TJ、Ventosa A (2001)。「クラス III. Halobacteria クラス。新版。」 DR Boone、RW Castenholz (編)。Bergeyの系統的細菌学マニュアル第 1 巻: 古細菌と深く分岐した光合成細菌(第 2 版)。ニューヨーク: Springer Verlag。p . 169。ISBN 978-0-387-98771-2。
- Grant WD、Larsen H (1989)。「グループ III。高度好塩性古細菌。Halobacteriales 目新族目。」JT Staley、MP Bryant、N Pfennig、JG Holt (編)。Bergey 's Manual of Systematic Bacteriology、第 3 巻(第 1 版)。ボルチモア: The Williams & Wilkins Co.、p. 169。