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 IMG 2.9のゲノム解析ツール | |
| コンテンツ | |
|---|---|
| 説明 | 統合微生物ゲノムデータベースおよび比較解析システム |
| 接触 | |
| 著者 | ビクター・M・マーコウィッツ |
| 主な引用 | マーコウィッツら（2012）[1] |
| アクセス | |
| Webサイト | 出典: |
統合微生物ゲノム（IMG）システムは、米国エネルギー省（DOE） -合同ゲノム研究所によって開発されたゲノム閲覧および注釈付けプラットフォームです。[2] [3] IMGには、DOE-JGIによって配列決定されたすべてのドラフトおよび完全な微生物ゲノムが、公開されている他のゲノム（古細菌、細菌、真核生物、ウイルス、プラスミドを含む）と統合されています。 IMGは、遺伝子、ゲノム、機能の3つの次元に沿って微生物ゲノムを比較分析するためのツールセットをユーザーに提供します。ユーザーは、さまざまな基準に基づいて比較分析カートにそれらを選択し、転送できます。 IMGには、KEGG、Pfam、InterPro、Gene Ontologyなど、いくつかのツールからの情報を統合するゲノム注釈パイプラインも含まれています。ユーザーは独自の遺伝子注釈（MyIMG遺伝子注釈と呼ばれる）を入力またはアップロードすることもでき、IMGシステムでは、これらの注釈を含むGenbankまたはEMBL形式のファイルを生成できます。[要出典]
後続のリリースで、IMGはいくつかのドメイン固有のツールを含むように拡張されました。Integrated Microbial Genomes with Microbiome Samples (IMG/M) システムは、IMGシステムの拡張機能であり、アセンブルされたメタゲノムデータと公開されている分離株ゲノムの比較分析コンテキストを提供します。[4] [5] Integrated Microbial Genomes- Expert Review (IMG/ER) システムは、個々の科学者または科学者グループに、関心のある微生物ゲノムの機能的注釈とキュレーションのサポートを提供します。[2]ユーザーは、注釈付きゲノムをIMG-ERに送信し（またはIMG自動注釈パイプラインを最初に適用するように要求し）、安全な（パスワードで保護された）アクセスを介して、システム内で手動のキュレーションと比較分析を進めることができます。IMG -HMPは、 IMGで公開されているすべてのゲノムのコンテキストで、ヒトマイクロバイオームプロジェクト（HMP）に関連するゲノムの分析に重点を置いています。 [6] IMG -ABCシステムは、細菌の二次代謝解析と標的生合成遺伝子クラスターの発見のためのシステムです。[7] IMG -VRシステム（最近更新されたバージョンIMG/VR v.2.0）は、ウイルスゲノムとメタゲノムの最大の公開データベースです。[8] [9]
参照
参考文献
- ^ Markowitz, Victor M; Chen I-Min A; Palaniappan Krishna; Chu Ken; Szeto Ernest; Grechkin Yuri; Ratner Anna; Jacob Biju; Huang Jinghua; Williams Peter; Huntemann Marcel; Anderson Iain; Mavromatis Konstantinos; Ivanova Natalia N; Kyrpides Nikos C (2012 年 1 月)。「IMG: 統合微生物ゲノムデータベースおよび比較分析システム」。Nucleic Acids Res . 40 ( 1)。イギリス: D115-22。doi : 10.1093/nar/gkr1044。PMC 3245086。PMID 22194640 。
- ^ ab Markowitz, VM; Chen, IMA; Palaniappan, K.; Chu, K.; Szeto, E.; Grechkin, Y.; Ratner, A.; Anderson, I.; Lykidis, A.; Mavromatis, K.; Ivanova, NN; Kyrpides, NC (2009). 「統合微生物ゲノムシステム: 拡張比較分析リソース」. Nucleic Acids Research . 38 (データベース号): D382–D390. doi :10.1093/nar/gkp887. PMC 2808961. PMID 19864254 .
- ^ ハジトーマス、ミカリス;チェン、I.-ミン・エイミー;チュー、ケン。ラトナー、アンナ。パラニアッパン、クリシュナ。ゼト、アーネスト。黄、景華。レディ、未定。シメルマンチッチ、ピーター (2015-07-14)。 「IMG-ABC: 生合成遺伝子クラスターと新規二次代謝産物の発見を促進する知識ベース」。mBio。6 (4): e00932。土井：10.1128/mBio.00932-15。ISSN 2150-7511。PMC 4502231。PMID 26173699。
- ^ Markowitz, VM; Chen, I. -MA; Chu, K.; Szeto, E.; Palaniappan, K.; Grechkin, Y.; Ratner, A.; Jacob, B.; Pati, A.; Huntemann, M.; Liolios, K.; Pagani, I.; Anderson, I.; Mavromatis, K.; Ivanova, NN; Kyrpides, NC (2011). 「IMG/M: 統合メタゲノムデータ管理および比較分析システム」. Nucleic Acids Research . 40 (データベース号): D123–D129. doi :10.1093/nar/gkr975. PMC 3245048 . PMID 22086953.
- ^ チェン、I.-ミン・A.;マーコウィッツ、ビクター M.チュー、ケン。パラニアッパン、クリシュナ。ゼト、アーネスト。ピレイ、マノージ。ラトナー、アンナ。黄、景華。アンデルセン、エヴァン (2017-01-04)。 「IMG/M：統合ゲノム・メタゲノム比較データ解析システム」。核酸研究。45 (D1): D507 ～ D516。土井：10.1093/nar/gkw929。ISSN 1362-4962。PMC 5210632。PMID 27738135。
- ^ Markowitz, Victor M.; Chen, I.-Min A.; Chu, Ken; Szeto, Ernest; Palaniappan, Krishna; Jacob, Biju; Ratner, Anna; Liolios, Konstantinos; Pagani, Ioanna (2012). 「IMG/M-HMP: ヒトマイクロバイオームプロジェクトのためのメタゲノム比較分析システム」. PLOS ONE . 7 (7): e40151. Bibcode :2012PLoSO...740151M. doi : 10.1371/journal.pone.0040151 . ISSN 1932-6203. PMC 3390314 . PMID 22792232.
- ^ Hadjithomas, Michalis; Chen, I.-Min A.; Chu, Ken; Huang, Jinghua; Ratner, Anna; Palaniappan, Krishna; Andersen, Evan; Markowitz, Victor; Kyrpides, Nikos C. (2017-01-04). 「IMG-ABC: 数千の微生物ゲノムにおける細菌二次代謝解析と標的生合成遺伝子クラスター発見のための新機能」Nucleic Acids Research . 45 (D1): D560–D565. doi :10.1093/nar/gkw1103. ISSN 1362-4962. PMC 5210574 . PMID 27903896.
- ^ パエス＝エスピノ、デヴィッド;チェン、I.-ミン A.パラニアッパン、クリシュナ。ラトナー、アンナ。チュー、ケン。ゼト、アーネスト。ピレイ、マノージ。黄、景華。マーコウィッツ、ビクター M. (2017-01-04)。 「IMG/VR: 培養および非培養 DNA ウイルスおよびレトロウイルスのデータベース」。核酸研究。45 (D1): D457 – D465。土井：10.1093/nar/gkw1030。ISSN 1362-4962。PMC 5210529。PMID 27799466。
- ^ Paez-Espino D, Roux S, Chen IA, Palaniappan K, Ratner A, Chu K, et al. (2019). 「IMG/VR v.2.0: 培養ウイルスゲノムと環境ウイルスゲノムの統合データ管理・分析システム」Nucleic Acids Res . 47 (D1): D678–D686. doi :10.1093/nar/gky1127. PMC 6323928 . PMID 30407573.
外部リンク
- 公式サイト
- IMG/Mホームページ
- マイクロブスオンライン
- NCBI 微生物ゲノム
- TIGR 総合微生物リソース
- シード