クロロフレクシア

クロロフレクシア
科学的分類
ドメイン：	細菌
門:	クロロフレクソタ
クラス：	クロロフレキシア ・コルリグ。グプタら。 2013年
注文
クロロフレクサレス ヘルペトシフォナレス カロテヌアレ 「サーモバキュラレス」
同義語
「クロロフレキシア」カステンホルツ 2001 「クロロバクテリア」キャバリエ・スミス2002 「クロロフレクシ」グプタ他 2013

クロロフレクシアはクロロフレクソタ門に属する細菌の一種である。クロロフレクシアは典型的には糸状で、細菌の滑走によって移動することができる。クロロフレクサ目の名にちなんで名付けられた。^[1]

「Chloroflexi」という名前は、最初に記載された属の名前である「Chloroflexus」のネオラチン語複数形です。この名詞は、ギリシャ語の 「緑がかった黄色」を意味するchloros (χλωρός) ^[2]とラテン語の「曲がった」を意味するflexus ( flectoの) ^[3]を組み合わせたもので、「緑色に曲がったもの」を意味します。^[4]この名前は塩素に由来するものではありません。塩素は 1810 年にハンフリー・デービー卿によって確認され、淡い緑色にちなんで名付けられました。

クロロフレクシア綱は、深く分岐した光合成細菌のグループ（ヘルペトシフォンおよびカロテヌエ種を除く）であり、現在はクロロフレクサレス、ヘルペトシフォンレス、カロテヌアレスという3つの目から構成されています。^{[1] [5] [6] [7] [8]ヘルペトシフォンレスとカロテヌアレスはそれぞれ、}ヘルペトシフォン科（ヘルペトシフォン）とカロテヌアセ科（カロテヌエ）という独自の科内の単一の属で構成されていますが、クロロフレクサレスは系統学的に多様です。^{[1] [5] [7]}

クロロフレクソタ門に属する細菌は単皮動物で、ほとんどがグラム陰性に染まる。一方、細菌種のほとんどは二皮動物で、グラム陰性に染まる。ただし、バシロタ門（低GCグラム陽性）、放線菌門（高GC、グラム陽性）、デイノコッコタ門（グラム陽性、厚いペプチドグリカンを持つ二皮動物）は例外である。^{[9] [10] [11]}

比較ゲノム解析により、クロロフレクシア綱の分類が最近改良され、クロロフレクサ目は、 Oscillachloridaceae科とChloroflexaceae科からなるChloroflexineae亜目と、Roseiflexaceae科を含むRoseiflexineae亜目に分けられました。^[1]この改訂された分類は、共通の祖先を示す信頼性の高い分子マーカーとして機能する、多数の保存されたシグネチャーインデル（CSI）の特定に基づいています。^{[12] [13] [14] [15]}

クロロフレクサ目が2つの亜目に分かれていることのさらなる根拠は、それぞれの亜目が、他の亜目には一貫して存在しない独特のカロテノイド、キノン、脂肪酸プロファイルを特徴とする生理学的特性の違いが観察されていることです。^{[1] [16] [17]}

CSIは分類上の階級を定めるだけでなく、系統群内のメンバーの固有の特徴にも役割を果たしている可能性がある。特に、光合成生物で重要な役割を果たすタンパク質であるピルビン酸フラボドキシン/フェレドキシン酸化還元酵素の4つのアミノ酸挿入は、Chloroflexus属のすべてのメンバーにのみ見られ、重要な機能的役割を果たしていると考えられている。^{[18] [19]}

CSI を用いて、クロロフレクシアの系統学的位置をシアノバクテリアなどの他の光合成グループと比較して区分する追加の研究が行われました。^{[20]クロロフレクシアは、クロロフィル合成タンパク質において}クロロビオタといくつかの CSI を共有しています。2 つの系統はそれ以外に密接に関連していないため、CSI は 2 つの系統間の水平遺伝子伝達イベントの結果であると解釈されています。クロロフレクシアは、別の HGT によって「クレード C」海洋シアノバクテリアからこれらのタンパク質を獲得しました。^[21]

現在認められている分類法は以下のとおりです: ^{[1] [5] [28]}

クロロフレクシア綱 Gupta et al. 2013

• 「デハロビウム」属Wu et al. 2002年^[29]
• 属「Candidatus Lithoflexus」Saghai et al. 2020年
• 属「Candidatus Sarcinithrix」Nierychlo et al. 2019年
• 目「Thermobaculales」
  • 科「サーモバキュラ科」
    • 属 " Thermobaculum " Botero et al. 2004年
• 注文 Kallotenuales Cole et al. 2013年
  • 科 カロテヌア科 Cole et al. 2013
    • カロテヌエ 属Cole et al. 2013年
• ヘルペトシフォ 目目Gupta et al. 2013年
  • ヘルペトシフォナ 科Gupta et al. 2013
    • 「 Candidatus Anthektikosiphon」属ウォード、フィッシャー & マクグリン 2020
    • ヘルペトシフォン 属Holt & Lewin 1968 [フラビリトリバクター García-López et al. 2020 ]
• クロロフレクサ 目Gupta et al. 2013
  • バラ亜目 Gupta et al. 2013年
    • Roseiflexaceae 科Gupta et al. 2013 ["Kouleotrichaceae" Mehrshad et al. 2018 ]
      • 属「Kouleothrix」Kohno et al. 2002
      • ヘリオトリクス 属Pierson et al. 1986年
      • ロセイフレクサス 属Hanada et al. 2002年
  • クロロフレキシン 亜目Gupta et al. 2013年
    • クロロフレックス科Gupta et al. 2013
      • Genus Candidatus Chloranaerofilum Thiel et al. 2016年
      • Genus Chloroflexus Pierson & Castenholz 1974 [「クロロクリニス」]
    • オシロクロリダ科Gupta et al. 2013
      • Candidatus属Chloroploca Gorlenko et al. 2014年
      • クロロネマ属♪ Dubinina & Gorlenko 1975
      • オシロクロリス 属ゴレンコ＆ピボバロワ 1989
      • Genus Candidatus Viridilinea Grouzdev et al. 2018年

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• 緑色硫黄細菌

• Garrity GM、Holt JG (2001)。「Phylum BVI. Chloroflexi phy. nov」。Boone, DR、Castenholz, RW (eds.) 著。古細菌と深く分岐する光合成細菌。Bergey's Manual of Systematic Bacteriology。第 1 巻 (第 2 版)。ニューヨーク: Springer Verlag。p. 169。ISBN 978-0-387-98771-2。

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