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| 乾燥 | |||||||||
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 ヒト mrf-2 ドメイン、NMR、11 構造 | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
| シンボル | 乾燥 | ||||||||
| パム | PF01388 | ||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||
| SCOP2 | 1ig6 / スコープ / SUPFAM | ||||||||
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分子生物学において、ARIDドメイン（ATに富む相互作用ドメイン、BRIGHT（B細胞Ig H eavy chain T転写調節因子）ドメイン[ 1 ]としても知られる）[2]は、 DNAに結合するタンパク質ドメインである。ARIDドメインを含むタンパク質は、真菌、植物[3]、無脊椎動物および脊椎動物の後生動物に見られる。ARIDをコードする遺伝子は、胚発生、細胞系譜遺伝子調節、細胞周期制御など、さまざまな生物学的プロセスに関与している。このドメインおよびARID含有タンパク質の転写調節における具体的な役割はまだ解明されていないが、それらには正および負の転写調節が含まれており、クロマチン構造の修正に関与している可能性がある。[4] ARIDドメインの基本構造は、ベータストランド、ループ、またはターンで区切られた6つのアルファヘリックスの連続であるように見えますが、構造化領域は、基本的な6つのいずれかの端または両端にある追加のヘリックスまで拡張される場合があります。一次配列の相同性に基づいて、それらは3つの構造クラスに分割できます。6つのアルファヘリックスで形成されたコアドメインで構成される最小ARIDタンパク質、コアドメインにN末端アルファヘリックスを補足するARIDタンパク質、およびコアドメインと、 N末端およびC末端に 追加のアルファヘリックスを含む拡張ARIDタンパク質です。
ヒトのSWI-SNF複合タンパク質ARID1Aは、非配列特異的DNA結合活性を有するARIDファミリーのメンバーである。ARIDコンセンサスおよびその他の構造的特徴はARID1Aと酵母SWI1の両方に共通しており、ARID1AはSWI1のヒト対応物であることを示唆している。[5]約100残基のARID配列は、細胞の成長、発達、および組織特異的遺伝子発現の調節に深く関与する一連のタンパク質に存在している。データベース検索から約12のARIDタンパク質を特定できるが、現在までにDNA結合特性に関して直接分析されているのは、Bright（B細胞特異的遺伝子発現の調節因子）、dead ringer（正常な発達に必要なショウジョウバエの遺伝子産物）、およびMRF-2（サイトメガロウイルスエンハンサーの発現を抑制する）のみである。それぞれはATに富む部位に優先的に結合します。対照的に、ARID1AはDNA結合活性において配列の優先性を示さないことから、ATに富んだ結合はARIDドメインの本質的な特性ではなく、ARIDファミリータンパク質はより広範囲のDNA相互作用に関与している可能性があることが実証されている。[5]
参考文献
- ^ Webb CF、Smith EA、Medina KL、Buchanan KL、Smithson G、Dou S（1998年5月15日）。「Bリンパ球発達の2つの異なる段階でのBrightの発現」。免疫学ジャーナル。160 （10）：4747–4754。PMID 9590220。2020年7月15日閲覧。
- ^ Herrscher RF、Kaplan MH、Lelsz DL、Das C、Scheuermann R、Tucker PW (1995)。「免疫グロブリン重鎖マトリックス関連領域はBrightによって結合される：新しいDNA結合タンパク質ファミリーを説明するB細胞特異的トランス活性化因子」。Genes Dev . 9 ( 24 ): 3067–82。doi : 10.1101/gad.9.24.3067。PMID 8543152。
- ^ Zheng B, He H, Zheng Y, Wu W, McCormick S (2014) 核体内の ARID ドメイン含有タンパク質はシロイヌナズナの精細胞形成に必要である。PLoS Genet 10(7): e1004421. doi: 10.1371/journal.pgen.1004421
- ^ Kortschak RD、Tucker PW、Saint R (2000 年 6 月)。「ARID タンパク質は砂漠からやって来る」。Trends Biochem. Sci . 25 (6): 294–9. doi :10.1016/S0968-0004(00)01597-8. PMID 10838570。
- ^ ab Dallas PB、Pacchione S、Wilsker D、Bowrin V、Kobayashi R、Moran E (2000 年 5 月)。「ヒト SWI-SNF 複合タンパク質 p270 は、非配列特異的 DNA 結合活性を持つ ARID ファミリーのメンバーです」。Mol . Cell. Biol . 20 (9): 3137–46. doi :10.1128/MCB.20.9.3137-3146.2000. PMC 85608. PMID 10757798 。