テトラトリコペプチドリピート

利用可能なタンパク質構造:
パム	構造 / ECOD
ＰＤＢ	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBサム	構造の概要
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テトラトリコペプチドリピート
テトラトリコペプチドリピート
識別子
シンボル	翻訳
パム	PF00515
ファム一族	CL0020
エコド	109.4.1
インタープロ	著作権
SCOP2	1a17 / スコープ / SUPFAM
医療機器	cd00189
パム
利用可能なタンパク質構造:
パム	構造 / ECOD
ＰＤＢ	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBサム	構造の概要
ＰＤＢ	1w3b B:89-122 1fch A:522-555 2fbn B:228-261 1p5q B:276-295 1qz2 C:276-295 1ihg A:223-256 1iip A:223-256 1elw B:4-37 1wao 2:28-61 1a17 :28-61 1elr A:225-258 2c2l C:27-60 1uzs A:114-147 1e96 B:71-104 1hh8 A:71-104 1wm5 A:71-104 1kt0 A:351-384 1kt1 A:351-384

テトラトリコペプチドリピート（TPR）は構造モチーフです。これは、さまざまなタンパク質で確認されている、縮重した34アミノ酸タンデムリピートで構成されています。これは、3～16モチーフのタンデムアレイで見られ、^[1]タンパク質間相互作用や、多くの場合、多タンパク質複合体の組み立てを媒介する足場を形成します。これらのαヘリックスペアリピートは通常、一緒に折り畳まれて、 TPRドメインと呼ばれる単一の線形ソレノイドドメインを生成します。このようなドメインを持つタンパク質には、後期促進複合体(APC) サブユニットcdc16、cdc23、cdc27、NADPH オキシダーゼサブユニットp67-phox、hsp90 結合イムノフィリン、転写因子、タンパク質キナーゼ R (PKR)、ペルオキシソームマトリックスタンパク質輸入の主要受容体PEX5、タンパク質アルギニンメチルトランスフェラーゼ 9 (PRMT9)、ミトコンドリア輸入タンパク質などがあります。

構造

PP5タンパク質の構造は、最初に決定された構造でした。Dasと同僚によるX線結晶構造解析によって解明された構造は、TPR配列モチーフが一対の反平行αヘリックスで構成されていることを示しました。 ^[2] PP5構造には3つのタンデムTPRリピートが含まれており、連続したTPRリピートがαヘリックスソレノイド構造を形成していることを示していました。

典型的な TPR 構造は、最初のモチーフのヘリックス A と B と次の TPR のヘリックス A' との相互作用によって特徴付けられます。このような相互作用の性質はさまざまですが、TPR モチーフの最初の 2 つのヘリックスは、通常、1 つのモチーフ内で約 24 度のパッキング角度を持ちます。3 つ以上の TPR モチーフを繰り返すと、凹面と凸面の両方を特徴とする右巻きのスーパーヘリックスが生成され、その凹面は通常、リガンドの結合に関与します。^[1] ^[3]

配列に関して言えば、TPR は大小の疎水性残基の混合物を持っていますが、完全に不変な位置はありません。ただし、トリプトファン 4、ロイシン 7、グリシン 8、チロシン 11、アラニン 20、フェニルアラニン 24、アラニン 27、プロリン 32 など、通常保存される特定の残基があります。これら 8 つのうち、位置 8、20、27 のアラニンはより保存される傾向があります。他の位置では、特定の残基ではなく、小型、大型、または芳香族アミノ酸のいずれかが強く優先されます。ヘリックス間では、ヘリックス破壊残基が存在するため、残基の保存は構造的な役割を果たします。隣接する TPR 間では、残基は構造的および機能的な意味合いの両方で役割を果たします。^[1]

TPR含有ペプチド

ホップ

ホップアダプタータンパク質は、分子シャペロンHsp70とHsp90の結合を媒介します。ホップアダプタータンパク質には、それぞれ独自のペプチド結合特異性を持つ3つの3-TPRリピートが含まれています。ホップアダプタータンパク質のTPR1ドメインはHsp70のC末端を認識し、TPR2はHsp90のC末端に結合することが知られています。両方のC末端配列はEEVDモチーフで終わり、相互作用の性質は静電的かつ疎水性です。[ ^1]^[4]

ペックス5

PEX5タンパク質はPTS1（タンパク質をペルオキシソームに誘導するペルオキシソーム標的シグナルトリペプチド）の受容体である。TPRモチーフを介してシグナルと相互作用する。C末端トリペプチドPTS1との接触のほとんどは、 TPR1、2、3の凹面にある。^[5]

好中球細胞質因子2

好中球細胞質因子2は、微生物感染に反応してスーパーオキシドを生成するNADPHオキシダーゼ複合体に必須である。Rac GTPaseの結合は複合体の組み立ての重要なステップであり、フォックスユニットのTPRは結合足場として作用して多タンパク質複合体の組み立てを媒介する。^[6]

例

このモチーフを含むタンパク質をコードするヒト遺伝子には以下のものがあります。

AAG2、ANAPC7
掲示板4
CABIN1、CDC16、CDC23、CDC27、CNOT10、CTR9
DNAJC3、DNAJC7、DYX1C1
FAM10A4、FAM10A5、FKBP4、FKBP5、FKBP8、FKBPL
GPSM1、GPSM2、GTF3C3
IFIT1、IFIT1L、IFIT2、IFIT3、IFIT5、IFT140、IFT88
KLC1 、KLC2、KLC3、KLC4、KNS2
ロンRF2
NARG1、NARG1L、NASP、NCF2、NFKBIL2、NOXA1、NPHP3
オージーティー
PEX5、PEX5L、PPID、PPP5C、PRPF6
RANBP2、RANBP2L2、RANBP2L6、RAPSN、RGPD5、RGPD7、RPAP3
SGTA、SGTB、SH3TC1、SH3TC2、SPAG1、SRP72、ST13、STIP1、STUB1、SUGT1
TMTC1、TMTC2、TMTC3、TMTC4、TOMM34、TOMM70A
TTC1、TTC3、TTC4、TTC5、TTC6、TTC7A、TTC7B、TTC8、TTC9C、TTC12、TTC13、TTC14、TTC15、TTC16、TTC17、TTC18、TTC21A、TTC21B、TTC22、TTC24、TTC25、TTC27、TTC28、TTC29、TTC30A、TTC30B、TTC31、TTC33、TTC37
UNC45A、UNC45B、UTX、UTY
WDTC1
言語

参考文献

^ abcd Blatch GL、Lässle M (1999年11月)。「テトラトリコペプチドリピート：タンパク質間相互作用を媒介する構造モチーフ」。BioEssays。21 ( 11 ): 932–9。doi : 10.1002 /(SICI)1521-1878(199911)21:11 < 932::AID-BIES5>3.0.CO;2-N。PMID 10517866 。
^ Das AK、Cohen PW 、 Barford D (1998 年 3 月)。「タンパク質ホスファターゼ 5 のテトラトリコペプチド反復の構造: TPR を介したタンパク質間相互作用への影響」。EMBO ジャーナル。17 ( 5 ) : 1192–9。doi :10.1093 / emboj/17.5.1192。PMC 1170467。PMID 9482716。
^ Wilson CG、Kajander T、Regan L (2005 年 1 月)。「NlpI の結晶構造。球状フォールドを持つ原核生物のテトラトリコペプチド反復タンパク質」。FEBS ジャーナル。272 ( 1 ): 166–79。doi : 10.1111/ j.1432-1033.2004.04397.x。PMID 15634341。
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さらに読む

Lima Mde F、Eloy NB、Pegoraro C、Sagit R、Rojas C、Bretz T、Vargas L、Elofsson A、de Oliveira AC、Hemerly AS、Ferreira PC (2010 年 11 月 18 日)。「陸上植物における後期促進複合体 (APC) のゲノム進化と複雑性」。BMC Plant Biology。10 : 254。doi : 10.1186 / 1471-2229-10-254。PMC 3095333。PMID 21087491。
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Cortajarena AL、 Regan L (2006年5 月)。「TPR ドメインによるリガンド結合」。タンパク質科学。15 (5): 1193–8。doi :10.1110/ ps.062092506。PMC 2242500。PMID 16641492。
D' Andrea LD、Regan L (2003年12 月)。「TPR タンパク質: 多用途ヘリックス」。生化学科学の動向。28 (12): 655–62。CiteSeerX 10.1.1.313.8712。doi :10.1016/ j.tibs.2003.10.007。PMID 14659697 。
Goebl M、Yanagida M (1991 年 5 月)。「TPR スナップヘリックス: 有糸分裂から転写までの新しいタンパク質反復モチーフ」。生化学科学の動向。16 (5): 173–7。doi : 10.1016 /0968-0004(91)90070-C。PMID 1882418 。

外部リンク

真核生物線形モチーフリソースモチーフクラス LIG_TPR
真核生物線形モチーフリソースモチーフクラス TRG_PTS1

[pmid10517866-1] Blatch GL、Lässle M (1999年11月)。「テトラトリコペプチドリピート：タンパク質間相互作用を媒介する構造モチーフ」。BioEssays。21 ( 11 ): 932–9。doi : 10.1002 /(SICI)1521-1878(199911)21:11 < 932::AID-BIES5>3.0.CO;2-N。PMID 10517866 。

[pmid9482716-2] ^ Das AK、Cohen PW 、 Barford D (1998 年 3 月)。「タンパク質ホスファターゼ 5 のテトラトリコペプチド反復の構造: TPR を介したタンパク質間相互作用への影響」。EMBO ジャーナル。17 ( 5 ) : 1192–9。doi :10.1093 / emboj/17.5.1192。PMC 1170467。PMID 9482716。

[pmid15634341-3] Wilson CG、Kajander T、Regan L (2005 年 1 月)。「NlpI の結晶構造。球状フォールドを持つ原核生物のテトラトリコペプチド反復タンパク質」。FEBS ジャーナル。272 ( 1 ): 166–79。doi : 10.1111/ j.1432-1033.2004.04397.x。PMID 15634341。

[pmid10786835-4] Scheufler C, Brinker A, Bourenkov G, Pegoraro S, Moroder L, Bartunik H, Hartl FU, Moarefi I (2000 年 4 月). 「TPR ドメインペプチド複合体の構造: Hsp70-Hsp90 マルチシャペロンマシンの組み立てにおける重要な要素」. Cell . 101 (2): 199–210. doi : 10.1016/S0092-8674(00)80830-2 . PMID 10786835. S2CID 18200460.

[pmid11101887-5] ^ Gatto GJ、Geisbrecht BV、Gould SJ、 Berg JM (2000 年 12 月)。「ヒト PEX5 の TPRドメインによるペルオキシソーム標的シグナル 1 の認識」。Nature Structural Biology。7 ( 12): 1091–5。doi :10.1038/81930。PMID 11101887。S2CID 35168630 。

[pmid11090627-6] Lapouge K, Smith SJ, Walker PA, Gamblin SJ, Smerdon SJ, Rittinger K (2000年10月). 「Rac.GTPと複合体を形成したp67phoxのTPRドメインの構造」. Molecular Cell . 6 (4): 899–907. doi : 10.1016/S1097-2765(05)00091-2 . PMID 11090627.