彼女は1936年6月9日に起工され、同年12月1日に長崎の三菱重工業で進水した。1937年4月28日に商船三井に就役した。
1937年から1941年にかけて、彼女は神戸、基隆、門司へ旅行した。[ 2 ]
1941年11月12日、大日本帝国海軍に買収され、12月1日に呉海軍工廠で病院船に改装された。1942年4月8日、病院船として明確に指定されていたにもかかわらず、マニパ海峡でUSSポーポイズとUSSピッケレルに誤って軽微な損傷を受けた。1941年6月14日、巡洋艦長良に護衛されながら500人の患者を乗せて航行した。6月15日、宇垣纏少将が戦艦大和から氷川丸と高砂丸を訪問した。同年11月1日、ショートランド沖に停泊中に航空機の攻撃を受けたが、損傷はなかった。
高砂丸は、1943年9月5日にトラック諸島に到着した際、駆逐艦曙に護衛されていた。12月18日、高砂丸は春島で巡洋艦香取に医療物資を移送した。 1944年2月28日、高砂丸はシンガポールを出港し、サイゴンに向かった。 4月17日、補給艦間宮が高砂丸に物資を補給した。
1945年2月5日、USSパイロットフィッシュは高砂丸に遭遇したが、病院船であることが明白であったため、日本の船をそのまま行かせた。3月19日、呉攻撃の際に戦艦伊勢と榛名の近くに停泊し、無傷で港を脱出した。USSマレーは船内を捜索し、違反や禁制品がないか調べたが、問題がないことを確認し、 7月2日にウェーク島へ向かわせた。5日後の7月7日、 USSマクダーマットが捜索を行った際にも同様のことが起こった。7月25日、舞鶴にいた高砂丸に対し、空母USSヨークタウンの航空機が港を攻撃したが、高砂丸に命中弾はなかった。12月1日、高砂丸は呉の連合軍帰還支援部隊に配属された。
1947年から1956年にかけて、彼女はシベリアとナホトカに収容されていた日本人捕虜の避難のために航海を行った。1956年3月23日、彼女は解体のため大阪の名村造船株式会社に売却された。
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