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1578年のアルカセル・キビルの戦いで若きセバスティアン王が行方不明となり、同年、大叔父のエンリケ王が死去したことを受け、1580年にポルトガルで王位継承危機が発生した。セバスティアンとエンリケは子を残さずに亡くなったため、内部抗争とポルトガル王位を巡る外部勢力の争いを伴う王朝危機が展開した。最終的に、スペインのフェリペ2世がポルトガルとスペインの王位を統合し、イベリア連合を樹立した。この同君連合は60年間続いたが、その間、ポルトガル帝国は衰退と世界的な危機に直面し、特にオランダ・ポルトガル戦争が大きな打撃となった。
1578年のアルカセル・キビルの戦いの惨敗後、セバスチャンの叔父である枢機卿ヘンリーが王位を継承した。 [ 1 ] [ a ]ヘンリーは聖職を放棄し、アヴィス王朝の存続のために花嫁を迎えようとしたが、フィリップ2世と関係のあった教皇グレゴリウス13世は彼の誓いを解かなかった。[ 3 ] 1580年1月、後継者を決定するためにアルメイリムに議会が集まった時、枢機卿王は死去し、王国の摂政は5人からなる評議会によって引き継がれた。[ 4 ]
この頃にはポルトガル王位は複数の主張者によって争われていた。その中には以下が含まれる：[ 5 ]
ブラガンサ公爵夫人の子孫は1640年に王位を継承した（彼女の孫であるポルトガル王ジョアン4世が即位した）[ 6 ]が、1580年当時、彼女は数人の後継者候補の一人に過ぎなかった。長子相続では、彼女の甥であるラヌッチョ・ファルネーゼが後継者であった。彼はキャサリンの亡くなった姉マリアの息子であった[ 7 ]。次に彼の兄弟姉妹、そして公爵夫人自身とその子供たち、最後にフィリップ王が続いた。フィリップ2世は外国人（母親はポルトガル人であったが）であり、マヌエル1世の子孫であった[ 8 ]。一方、アントニオはマヌエル1世の孫であったが、非嫡出子であった[ 9 ] 。
長子相続による後継者である11歳のラヌッチョ・ファルネーゼは、パルマとピアチェンツァの世襲公であり、ポルトガルのドゥアルテ王子の孫であった。 [ 10 ]ドゥアルテ王子は、当時、マヌエル1世の唯一の息子で、嫡出の子孫が生き残っていた。しかし、彼の父であるパルマ公アレッサンドロ・ファルネーゼは、もう一人の候補者であるスペイン国王の同盟者であったため、当時ラヌッチョの権利は主張されなかった。[ 11 ]ラヌッチョは1592年にパルマ公となった。
その代わりに、ラヌッチョの母方の叔母であるブラガンサ公爵夫人キャサリンが、ドゥアルテ王子の娘として王位継承権を主張した。キャサリンはブラガンサ公ジョアン1世（ポルトガル王ジョアン1世の非嫡出子であるブラガンサ公アフォンソ1世の男系子孫）と結婚しており、ジョアン1世自身も故ブラガンサ公ハイメの孫であり、ハイメはポルトガルの正当な後継者でもあった。ハイメはマヌエル1世の妹で、ドゥアルテ1世の次男であるヴィゼウ公フェルディナンド王子の娘であるイザベラ王女の息子であった。公爵夫人には息子ドン・テオドシオ・デ・ブラガンサもおり、彼が王位継承者となるはずだった。キャサリンの比較的強い王位継承権は、彼女がポルトガルに居住していたことによってさらに強化された。彼女はヘンリーの最も有力な後継者であったが、[ 12 ]最終的には女性であること、フィリップ2世の強力な影響力、そして夫の不人気のために、王妃の座を勝ち取ることはできなかった。[ 7 ]
長子相続制によれば、ポルトガル王位の継承順位は以下のようになるはずだった。
ヘンリー1世の死後（1580年）に権利を主張した人々
フランス王妃カトリーヌ・ド・メディシスは、ポルトガル王アフォンソ3世とブローニュ伯爵夫人マティルダの最初の結婚による子孫であると主張し、ポルトガル王位継承権を主張した。[ 13 ]この主張は、フィリップにその撤回に対する補償を申し出るよう促すためだけに提示された可能性が高い。[ 14 ]彼女は後にアントニオを支援し、フランス艦隊を提供した。[ 15 ]
当時の教皇グレゴリウス13世は、エンリケ国王が枢機卿であり、すべての枢機卿の相続財産は教会に帰属するため、ポルトガル王位に対する権利も主張していた。 [ 16 ]教皇は、ポルトガル王国と国王に属していた財産を所有する権利があると主張した。
どちらの主張も真剣に検討されなかった。[ 16 ]
アントニオ・プリオール・オブ・クラト（1531年 - 1595年）は、1580年の危機の間、ポルトガル王位を主張し、一部の歴史家によると[ 17 ]、ポルトガル王（1580年にポルトガル本土で短期間、その後1583年までアゾレス諸島で）であった。アントニオはインファンテ・ルイス（1506年 - 1555年）の非嫡出子であり、したがってマヌエル1世の孫であった[ 8 ]。まさにその非嫡出子であることのために、彼の王位継承権は弱く、無効とみなされた[ 18 ] 。
スペインのフェリペ2世は、王国の貴族を味方につけることに成功した。[ 19 ]貴族にとって、スペインとの同君連合は、国家財政が苦境に陥っていた時期にポルトガルにとって非常に有益であることが証明された。[ 20 ]アントニオは、現在の状況を1385年の危機と比較し、民衆を自分の大義に引き込もうとした。[ 21 ]当時、1580年と同様に、カスティーリャ王はポルトガル王位継承のために血統を主張し、ペドロ1世の非嫡出子であるアヴィスの領主（ジョン1世）は、アルジュバロータの戦いで王位継承権を主張した。この戦いはジョンの軍の勝利に終わり、 1385年のコインブラ議会でも王位継承権が主張された。
1580年6月、アントニオはサンタレンでポルトガル王を自称し、国内各地で喝采を浴びた。[22][ 20 ]彼の国内統治は1580年8月25日まで続き、アルカンタラの戦いでアルバ公率いるハプスブルク軍に敗れた。[ 23 ]リスボン陥落後、彼はアゾレス諸島のテルセイラ島から国を統治すると称し、 1583年まで亡命政府を樹立した。[ 24 ]一部の著者は、アントニオを（枢機卿王エンリケではなく）アヴィス家の最後の君主であり、ポルトガル第18代国王とみなしている。テルセイラ島における彼の統治はアゾレス諸島でのみ認められ、大陸とマデイラ諸島では、1580年にポルトガルのフィリップ1世として国王に擁立され、1581年にトマールのコルテスによって正式な国王として認められたフィリップ2世が権力を行使した。 [ 25 ]新国王の選出は、王国とその海外領土がスペインから分離し、独自の法律とコルテスを維持するという条件で行われた。[ 26 ]
アゾレス諸島での敗北後、アントニオはハプスブルク家の宿敵であるフランスに亡命し、イングランドの支援を求めた。[ 27 ] 1589年にはフランシス・ドレーク卿率いるいわゆるイギリス無敵艦隊による侵攻が試みられたが、失敗に終わった。[ 28 ]アントニオは生涯の終わりまで王位継承権のために戦い続けた。[ 29 ]
ポルトガルが実際にスペインに侵略されたかどうかは議論の的となっている。フェリペ2世は王位継承権を正当に主張していたが、当時の他の多くの王朝争いと同様に、論争に包まれていた。いずれにせよ、ハプスブルク家の国王はポルトガルの地位を維持し、スペイン宮廷でポルトガル貴族に優れた地位を与え、ポルトガルは独立した法律、通貨、政府を維持した。[ 30 ]しかし、ポルトガルは富と文化的独自性が徐々に失われていくのを目の当たりにした。[ 31 ]ポルトガルの植民地は、特にオランダとイギリスの敵から絶え間ない攻撃を受けた。[ 32 ]
これらの出来事から60年後、ブラガンサ公ジョアン2世（1603年 - 1656年）は、ハプスブルク家の支配下で不満を募らせていたポルトガル貴族から王位を申し出られ、ポルトガル王ジョアン4世となった。[ 33 ]彼は、1580年にポルトガル王位を主張したブラガンサ公爵夫人カタリナの孫であり、ブラガンサ公テオドシオ2世（ 1630年に精神錯乱で死去）の息子であった。ジョアンは、スペイン王フェリペ4世に対するポルトガル王政復古戦争中にポルトガル王位に就き（当時、彼は正当な後継者とみなされていた）、王位に就いた。[ 34 ]
1584年、1585年、1595年、1598年など、さまざまな時期にセバスチャン王を名乗る偽者が多数現れた。 [ 35 ]若い王が霧の日にポルトガルに戻ってくるという伝説である「セバスチャン主義」は何年も続き、1800年代に入ってもなお根強く残っていた。[ 36 ]