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 セマドメイン、免疫グロブリンドメイン（Ig）、短い基本ドメイン | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
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| シンボル | セマ | ||||||||
| パム | PF01403 | ||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||
| プロサイト | PDOC51004 | ||||||||
| SCOP2 | 1olz / スコープ / SUPFAM | ||||||||
| メンブラノーム | 71 | ||||||||
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セマドメインはセマフォリンの構造ドメインであり、セマフォリンは分泌型および膜貫通型のタンパク質の大きなファミリーであり、その一部は軸索誘導中に忌避シグナルとして機能する。セマドメインは、肝細胞増殖因子受容体（Uniprot：P08581）、プレキシンA3 [1]（Uniprot：P51805）、およびウイルスタンパク質にも存在する。
CD100 ( SEMA4Dとも呼ばれる) は、PTPase およびセリンキナーゼ活性と関連しています。CD100 は、PMA、CD3、CD2 誘導性の T 細胞増殖を増加させ、CD45 誘導性の T 細胞接着を増加させ、B 細胞同型接着を誘導し、 B 細胞におけるCD23の発現をダウンレギュレーションします。
Sema ドメインは、構造を安定化するために 4 つのジスルフィド結合を形成する、保存されたシステイン残基のセットを特徴とします。Sema ドメインの折り畳みは、中心軸の周りに放射状に配置された 7 つのブレードを持つベータ プロペラ トポロジーのバリエーションです。各ブレードには、4 つのストランド (ストランド A から D) の反平行ベータ シートが含まれます。各ブレード (A) の内側のストランドはプロペラの中心にあるチャネルの内側に並び、同じ繰り返しのストランド B と C は外側に放射状に広がり、次の繰り返しのストランド D はブレードの外縁を形成します。Sema ドメインのサイズが大きいのは、挿入された単一のドメインによるものではなく、ほとんどのブレードに挿入された追加の二次構造要素の存在によるものです。Sema ドメインは、「ループとフック」システムを使用して、最初のブレードと最後のブレードの間の円を閉じます。ブレードは、N末端のβ鎖が7番目のブレード（C末端）の最外鎖（D）を提供することで円を閉じるように順番に構築されます。βプロペラは、N末端の延長によってさらに安定化され、ブレード6の外縁に5番目のβ鎖が追加されます。[2] [3] [4]
このドメインを含むヒトタンパク質
MET ; MST1R ; PLXNA1 ; PLXNA2 ; PLXNA3 ; PLXNA4; PLXNB1 ; PLXNB2 ; PLXNB3 ; PLXND1 ; SEMA3A ; SEMA3B ; SEMA3C ; SEMA3D; SEMA3E; SEMA3F; SEMA3G ; SEMA4A ; SEMA4B ; SEMA4C ; SEMA4D ; SEMA4F ; SEMA4G ; SEMA5A ; SEMA5B; SEMA6A ; SEMA6B; SEMA6C ; SEMA6D; SEMA7A ;
参考文献
- ^ Winberg ML、Noordermeer JN、Tamagnone L、Comoglio PM、Spriggs MK、Tessier-Lavigne M、Goodman CS (1998年12月)。「プレキシンAは軸索誘導を制御する神経セマフォリン受容体である」。Cell。95 ( 7 ) : 903–16。doi : 10.1016 /S0092-8674(00) 81715-8。PMID 9875845。S2CID 14703056 。
- ^ Antipenko A、Himanen JP、van Leyen K、Nardi-Dei V、Lesniak J、Barton WA、Rajashankar KR、Lu M、Hoemme C、Püschel AW、Nikolov DB (2003 年 8 月)。 「セマフォリン-3A 受容体結合モジュールの構造」。ニューロン。39 (4): 589–98。土井：10.1016/S0896-6273(03)00502-6。PMID 12925274。S2CID 9782923 。
- ^ Love CA、Harlos K、Mavaddat N、Davis SJ、Stuart DI、Jones EY、Esnouf RM (2003 年 10 月)。「SEMA4D の高解像度結晶構造によって明らかになったセマフォリンのリガンド結合面」。Nature Structural Biology。10 ( 10 ) : 843–8。doi :10.1038/nsb977。PMID 12958590。S2CID 24468463。
- ^ Stamos J、Lazarus RA、Yao X、Kirchhofer D、Wiesmann C (2004 年 6 月)。「Met 受容体の Sema ドメインと複合体を形成した HGF ベータ鎖の結晶構造」。EMBOジャーナル。23 ( 12 ) : 2325–35。doi :10.1038/ sj.emboj.7600243。PMC 423285。PMID 15167892。