1061年の教皇選挙は、ニコラウス2世の死去に伴い、1061年9月30日にローマのサン・ピエトロ・イン・ヴィンコリ(「鎖につながれた聖ペテロ」)で行われた。ニコラウス2世の勅令「イン・ノミネ・ドミニ」に従い、ローマ・カトリック教会の歴史上初めて、枢機卿司教が教皇の唯一の選挙人となった。[ 1 ]枢機卿ではないがパタリアの創設者の一人であるルッカのアンセルモ・デ・バッジョ司教[ 2 ]がアレクサンデル2世として選出され、選挙への反対によりサン・ピエトロ大聖堂での戴冠式が不可能になったため、1061年10月1日の日没時にサン・ピエトロ・イン・ヴィンコリ大聖堂で戴冠した。[ 3 ]

アンセルモは、友人のヒルデブラント枢機卿( 「イン・ノミネ・ドミニ」の公布の推進者であり、後の教皇グレゴリウス7世)、下ロレーヌ公ゴドフリー3世[ 3 ]、そしてニコラウス2世がアプリア公およびカラブリア公に任命された際に行った安全保障の約束を果たすために選挙に立ち会ったロベール・ギスカールのノルマン軍の支援を受けていた[ 2 ] [ 4 ]。アンセルモはドイツ宮廷内でよく知られ、尊敬されていたが、神聖ローマ皇帝の選挙への同意は求められなかった[ 3 ] 。
この新たな手続きに不満を抱いたローマ貴族とロンバルディアの司教たちは、イタリア王室宰相ギベールに率いられ、神聖ローマ皇帝ハインリヒ4世の摂政皇后アニェス・ド・ポワトゥーに、ニコラウス2世の後継者としてピエトロ・カダーロ司教を指名するよう懇願した。カダーロは、枢機卿が一人も出席しなかった1061年10月28日にバーゼルで招集された教会会議で、対立教皇ホノリウス2世に選出された。
対立教皇ホノリウス2世はローマに進軍し、1062年4月14日にアレクサンデル2世を破り、サン・ピエトロ大聖堂とその周辺を制圧した。ゴドフリー3世の介入により、ホノリウス2世とアレクサンデル2世はそれぞれパルマとルッカに退却し、ゴドフリー3世と皇帝宮廷との調停を待った。しかし、ケルン大司教アンノ2世は摂政皇后に対するクーデターを画策していた。摂政として、アンノはアウクスブルク公会議(1062年10月)を招集し、ハルバーシュタット司教ブルヒャルト2世をローマへの使節として派遣した。ブルヒャルトはアレクサンデル2世の聖職売買の容疑を晴らし、彼を新教皇として認めた。
アレクサンダー2世は1063年にホノリウス2世を破門したが、対抗教会会議の後、ホノリウス2世はカステル・サンタンジェロに拠点を築き、アレクサンダー2世に対してさらに1年間戦争を続け、その後再びパルマに逃亡した。マントヴァ教会会議(聖霊降臨祭、1064年5月31日)はカダロを破門し、アレクサンダー2世を正当な教皇と宣言した。[ 1 ]
1061年には6人の枢機卿司教がいた。[ 5 ]