ナポレオン・シャニョン

2000年、パトリック・ティアニーは著書『エルドラドの闇』の中で、チャグノンと彼の同僚ジェームズ・V・ニールが、データの操作やヤノマミ族の間での麻疹の流行を悪化させるなど、非倫理的な行為を行ったと非難した。 ^{[ 17 ] [ 18 ]}

『エルドラドの闇』でなされた疑惑のほとんどは、2000年11月にミシガン大学の教務部長室によって公に否定された。 ^{[ 19 ]}例えば、この本の基となったインタビューはすべて、チャグノンが批判し怒らせたカトリック教会の修道会であるドン・ボスコのサレジオ会の会員からのものだった。^{[ 11 ]}

アメリカ人類学会は2001年2月に、ティアニーの著書で提起さ​​れたいくつかの疑惑を調査するために特別委員会を招集した。2002年5月にAAAから発表された報告書では、チャグノンはヤノマミ族を有害な形で描写しただけでなく、政府と研究対象グループの両方から適切な同意を得ることに失敗したケースもあったと結論付けた。しかし、特別委員会は、チャグノンとニールが麻疹の流行を引き起こしたという主張を裏付ける証拠はないと述べた。^{[ 18 ]}しかし、2005年6月、AAAは2対1で2002年の報告書の承認を取り消すことを決議した。^{[ 20 ]}

医学史と科学史のアリス・ドレガーは、1年間の研究の後、ティアニーの主張は虚偽であり、アメリカ人類学会はこれらの虚偽を広めるのを手助けし、「根拠のない扇情的な非難から学者たちを守らなかった」点で共犯であり無責任であると結論付けた。^{[ 21 ]}

この論争については、人類学者ロバート・ボロフスキーによる2005年の著書『ヤノマミ族：激しい論争とそこから学べること』で取り上げられている。^{[ 22 ]}

チャグノンのヤノマミ族に関する研究は、他の人類学者から広く批判された。^{[ 3 ] [ 23 ] [ 24 ]}人類学者は、彼の研究方法と理論的アプローチの両方の側面、そして彼がデータから導き出した解釈と結論を批判した。最も物議を醸したのは、ヤノマミ社会は特に暴力的であるという彼の主張と、彼らの文化のこの特徴は自然選択の結果である生物学的差異に基づいているという彼の主張であった。^{[ 3 ]}

人類学者のブライアン・ファーガソンは、ヤノマミ族の文化は特に暴力的ではなく、存在する暴力は主に植民地化の影響下での社会の社会政治的な再編成の結果であると主張した。^{[ 25 ] [ 26 ]}ブルース・アルバートは、暴力的なヤノマミ族の男性ほど子供が多いという彼の主張の統計的根拠を否定した。^{[ 27 ] [ 28 ]}他の人々は、民族集団を暴力的な野蛮人として描くことに内在する倫理に疑問を呈し、チャグノンによるヤノマミ族の描写は、異文化社会を同情的に描写しようとする人類学の伝統的な倫理に反していると指摘し、彼の描写によって、その地域の入植者や植民者によるヤノマミ族に対する敵意と人種差別が増大したと主張した。^{[ 29 ] [ 30 ] [ 3 ]}エミリー・イーキンは、アルバートが「チャグノンの著作と政府のインディアン政策との直接的な関連性を証明できない」と反論し、科学者が研究対象に関する都合の悪い情報を隠蔽すべきだという考えは問題であり、ヤノマミ族を保護するには非暴力が前提条件であるという考えを支持するものであると述べた。^{[ 3 ]}

人類学者のマーシャル・サーリンズ（チャグノンの大学院時代の教師の一人） ^{[ 31 ]}は、チャグノンが食料の共有義務に参加しないことで情報提供者にとって不快な行動をとったことを認めたことを指摘し、チャグノンの方法を批判した。^{[ 14 ] [ 24 ]}サーリンズは、チャグノンが鉄製の武器と引き換えに血液サンプルや系譜情報を受け取ったことは、経済的競争と暴力を助長する「参加者の扇動」に相当すると主張した。^{[ 24 ]}最後に、サーリンズは、暴力的なヤノマミ族の男性は生殖上の利点を与えられると主張するチャグノンの出版物は、殺人者を指定する際に誤った仮定をしており、生殖の成功を説明する他の変数を省略していると主張した。^{[ 24 ]} 2013年、サーリンズは、チャグノンが米国科学アカデミーに選出されたことへの抗議もあって、同アカデミーを辞任した。^{[ 14 ] [ 32 ] [ 33 ]}ブライアン・ファーガソンなどヤノマミ族の他の研究者は、チャグノン自身が、協力を得るために特定のグループにマチェット、斧、ショットガンを提供することで、ヤノマミ族間の暴力の激化に寄与したと主張した。 ^{[ 25 ] [ 26 ] [ 23 ] [ 34 ] [ 22 ] [ 3 ]チャグノンは、}ヤノマミ族に銃を供給していたのは地元のサレジオ会の司祭であり、ヤノマミ族はそれを使って互いに殺し合ったと述べた。^{[ 3 ]}

チャグノンは自伝の中で、自身の研究に対する批判のほとんどは、人類学の中で生まれたポストモダン的で反科学的なイデオロギーに基づいていると述べている。このイデオロギーでは、孤立した部族の綿密な研究が、多くの場合、ヤノマミ文化の戦争、家庭内暴力、幼児殺しといった好ましくない側面を否定する露骨な政治的主張に取って代わられた。チャグノンは、自身の研究の多くが、「高貴な野蛮人」という概念、つまり自然と調和して暮らし、現代文明に汚染されていない先住民のロマンチックなステレオタイプを覆したと述べている。^{[ 35 ]}チャグノンはまた、社会生物学と血縁選択に関する自身の考えが、人類学の中で文化に対する科学的および生物学的説明が拒否されたために、同様に誤解されたとも述べている。^{[ 35 ]}

論争とヤノマミ族に対する非倫理的な行為の疑いにより、^{[ 36 ]}チャグノンはヤノマミ族の研究とベネズエラへの再入国を正式に禁止された。^{[ 37 ] [ 38 ]}