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1603年に徳川幕府が樹立されると、徳川家康は1608年に11番目の息子である徳川頼房を大名に任命した。頼房は任命により、徳川氏水戸家の創始者となった。水戸家は紀伊家、尾張家とともに、御三家と呼ばれる徳川家の3つの家系の一つであった。^{[ 4 ]}

水戸藩は他の2つの藩に比べて領地や財産は少なかったものの、江戸時代を通じてかなりの影響力を維持した。江戸の事実上の首都に近いこともその権力の一因であり、また多くの人々が水戸藩主を非公式に「副将軍」とみなしていたこともその要因であった。 ^{[ 5 ]}

小田原での父の犠牲が家康に認められた若い侍、中山信義は家康に小姓として迎え入れられた。関ヶ原の戦いの後、彼はその功績が認められて頼房の首席家臣に任命され、その後、大阪で頼房に仕えた際の勇猛さから、彼の子孫は水戸の属領である松岡藩の世襲領主となった。^{[ 6 ]}

徳川頼房の三男である徳川光邦は、1661年に水戸藩の二代目藩主となった。光邦は1657年に大日本史を後援することで、水戸藩の地位をさらに高めた。 ^{[ 7 ]} この事業は、水戸藩を知的思想の中心地として有名にするきっかけとなった。

水戸学は、鎖国主義、国粋主義、天皇への敬慕を主張した、影響力のある日本の思想学派でした。この新儒教運動の起源は、光国が1657年に正光館という歴史組織を設立することを決めたことに遡ります。光国は、日本の歴史と哲学を研究するために、教養のある学者を正光館に招集しました。^{[ 8 ]}光国は、天皇の系譜に焦点を当てた日本の歴史を編纂するために、学者たちに大日本史の編纂を依頼しました。 ^{[ 9 ]} 大日本史の「年代記」の各章は、特定の天皇の治世に焦点を当てています。^{[ 10 ]} このプロジェクトは完成までに250年以上かかり、1906年に正式に出版されました。^{[ 7 ]}

学者たちが『大日本史』を編纂していた頃、水戸藩は農業と経済の問題を抱えていた。1688年頃から水戸は財政破綻に見舞われ、藩内では不満が高まっていた。財政問題に加え、飢饉や自然災害も頻繁に発生していた。1709年には、不満を抱いた農民たちが藩史上最大の反乱を起こした。^{[ 11 ]}水戸では不満を抱く民が増え、天皇への敬愛と反外国思想を掲げる初期の水戸学者たちの著作に傾倒していった。これらの著作は17世紀を通じて、ナショナリズムと皇室への忠誠の波を引き起こした。

この混乱の時代に、水戸学は日本で名高い学派へと成長した。光邦の指導の下、1700年に光邦が亡くなるまでに、『大日本史』は「年代記」が73章、「伝記」が170章にまで大幅に拡大した。^{[ 12 ]} 1720年、水戸学者たちは「年代記」と「伝記」を完成させ、幕府に献上した。これらの出来事は、初期の水戸学派の終焉を告げるものであった。^{[ 12 ]}その後70年間、光邦の指導なしに、正光館は『大日本史』の編纂をほとんど進めることができなかった。1786年、立原水軒が正光館の指導を引き継ぎ、編纂作業を再開した。^{[ 13 ]}立原の後、藤田有国が正光館の館長となり、その時代の歴史に重点を置くよう主張した。 18世紀後半、正光館内部で二つの派閥が出現した。藤田と立原の反対派は、浅香丹白の「鑑定」の削除と、大日本市の名称を「日本」または「大和」に変更することを要求した。^{[ 13 ]}この二つの派閥間の争いは、最終的に1797年の藤田の自宅軟禁につながった。^{[ 14 ]} 1807年までに、藤田は再び権力を握り、立原は正光館を去った。

19世紀に水戸思想が発展するにつれ、学者たちは反西洋感情と日本社会における天皇の重要性を強調し始めた。特に水戸学者たちは「尊王攘夷」という政治スローガンを掲げた。この思想を日本で最初に提唱したのは相沢清志斎である。1825年に彼は『新提言』を著し、西洋の「野蛮人」から日本を守る必要性についての考えを提示した。彼は西洋の勢力、貿易、信仰体系に対する排他主義と反対を主張した。特にキリスト教に対しては激しく反対し、キリスト教は日本の価値観を損なうものだと考えていた。^{[ 15 ]} 清志斎は同様に、外国からの西洋の脅威に対抗する方法として天皇を支持することを提唱した。^{[ 16 ]} また、この著作の中で清志斎は儒教の道徳、神道の神話、その他の哲学を組み合わせた「国体」の思想も提唱した。清志斎によれば、日本の皇室は太陽の女神アマテラスの直系の子孫であるため、日本は他国が模範とすべき適切な基準を確立するはずだった。^{[ 15 ]}新提案は、明治維新（1869年）に至るまでの19世紀を通じて日本のナショナリストにインスピレーションを与えた。

水戸の思想は徳川時代の日本における道徳の役割に関する他の考え方を強調した。著名な学者である藤田は、日本の文明は外部の脅威ではなく内部の問題の結果として終焉を迎えるだろうと主張した。藤田東光や清志斎といった後期水戸学派の他の著述家も、道徳的指導力の欠如が日本を内部から弱体化させ、西洋人の侵略に国をさらすことになるという点で同意した。水戸の学者の多くは経済崩壊を懸念しており、特に藤田は水戸の多くの財政難が日本全体に広がっていることを認識していた。藤田は、新儒教に基づいて、天皇は将軍に国内外の危険に対処する権限を与えていると論じた。藤田と他の水戸の学者は、幕府は日本の防衛や経済的繁栄を維持する義務を果たしていないと判断した。^{[ 17 ]} 藤田は、幕府は改革を推進し、大名が改革を実行すべきだと提言した。藤田の思想は幕府体制に対する根本的な挑戦であった。なぜなら、彼は幕府が重要な問題に対処できていないと主張していたからである。^{[ 18 ]} 藤田は幕府が藩の経済的・軍事的弱体化を招いたと結論づけた。^{[ 18 ]}

徳川斉明は1829年に水戸の大名となり、1850年代から1860年代にかけて日本の民族主義運動において重要な人物となった。斉明は、日本の鎖国政策を最も急進的に擁護した人物の一人であった。^{[ 19 ]} 1830年から斉明は尊王攘夷を擁護し、幕府が天皇の義務を果たすことで天皇を敬うよう要求することで、水戸派の思想を声高に支持した。伝統的に「将軍」という言葉は「蛮族を滅ぼす領主」を意味する（この言葉は平安時代、あるいはそれ以前にまで遡る）。西洋人は16世紀に日本にやって来て以来、日本人によって「蛮族」と呼ばれてきた。初代徳川将軍徳川家康は、日本からすべての外国勢力を追放し、日本を世界の他の国々から鎖国させた。オランダには長崎に1つの貿易港が認められたが、それは厳格な規制下にあった。この小さなオランダの貿易港を除いて、日本は1854年に幕府が「異民族」が貿易目的で日本に入国することを許可する条約に署名するまで鎖国状態が続いた。もちろん、天皇に代わって「異民族」を国外追放するのは将軍の義務であった。成明は、日本が国内外の問題に対処できないのは幕府のずさんな管理と利己主義によるものだと考えていた。彼の考えでは、幕府は国を守ることに失敗し、代わりに幕府の利益に焦点を当てていた。彼は、強く繁栄した日本を建設するために、将軍は日本の防衛を強化し、必要な改革に着手すべきだと述べた。最終的に、成明の決意と幕府への批判は、彼を一部の人々の間で人気者にした。^{[ 20 ]}成明は幕府を非常に批判していたが、それでも天皇が将軍に権力を委譲したことを認めていた。成明は幕府の政策変更を望んでいただけで、幕府の転覆を公然と支持したわけではない。^{[ 21 ]}彼は尊王攘夷の政治哲学が日本、幕府、天皇、そして民衆に利益をもたらすと信じていた。

水戸の多くの学者と同様に、成明は水戸の財政問題にますます懸念を抱くようになった。成明の見解では、武士や農民が経済状況に苦しむ中、日本は財政危機に陥っていた。儒教の思想に基づき、成明は弱体化に対抗するためには日本は道徳の復興が必要だと考えた。飢饉や西洋の帝国主義が国を脅かせば、国は混乱に陥るかもしれないと彼は恐れた。^{[ 21 ]}これに対し、彼は幕府に日本の軍事と経済の再建（富国強平につながる）と将軍の指導を求めた。^{[ 21 ]} しかし、幕府の政策は引き続き藩の改革の障壁となった。数年後の1836年、全国的な飢饉が発生し、成明の予言通り日本中に反乱が広がった。^{[ 22 ]} 1840年に中国とイギリスの間でアヘン戦争が勃発し、西欧の干渉に関する成明の予言も正当な懸念事項であるように思われた。^{[ 22 ]}

1830年代の出来事の後、幕府は成昭の改革の呼びかけに同意した。しかし、この合意にもかかわらず、幕府は成昭を早期に引退させた。この行動は、水戸の成昭支持者や成昭の信念に賛同する他の大名を怒らせた。 ^{[ 23 ]} 後に、 阿部良寿は成昭の経験と見解を尊重し、彼を引退から呼び戻して外交政策の顧問とした。さらに、成昭が西洋の日本への介入について警告したことも、阿部が成昭がこの問題に精通していると結論付けるに至った理由の一つであった。1840年代を通じて、西洋諸国は日本に西洋製品への市場開放を求める圧力を強めていった。西洋の日本への圧力は1853年にマシュー・ペリー提督と黒船の到来で頂点に達し、日本の鎖国政策に大きな挑戦をもたらした。ペリーは米国との貿易のために日本の港を開放するよう要求した。安倍晋三は、西洋問題の解決策について大名たちの合意を求めた。しかし、大名たちはアメリカと戦うか、貿易に同意するかで合意に至らず、安倍晋三は神奈川条約でアメリカの要求を受け入れる以外に選択肢がなかった。幕府が西洋の侵略から日本を守れなかったことは、国民の幕府に対する信頼をたちまち失墜させた。その結果、安倍晋三はこの事件後に辞任し、堀田正義が後を継いだ。

1858年、堀田は孝明天皇に謁見し、西洋人が日本で貿易を行い、治外法権を認めるハリス条約を提出した。天皇はこの条約への支持を拒否し、水戸をはじめとする諸侯国の排外主義運動は、この出来事を天皇のもとに結束する好機と捉えた。堀田が天皇の支持を得られなかったことは、水戸の忠臣たちの、天皇を敬い「野蛮な」西洋に立ち向かわなければならないという信念をさらに強固なものにした。

1858年に徳川家定将軍が死去すると、将軍の座を巡る権力闘争が勃発した。同時に、外交政策を巡って様々な派閥が議論を交わし、徳川幕府の安定が危ぶまれた。将軍候補は2人おり、そのうちの1人は斉昭の息子である一橋慶喜であった。この問題を解決するため、府代大名らは井伊直助を幕府の大大臣に任命した。^{[ 24 ]} 井伊は幕府の権力を回復するため、斉昭支持者を処罰することを決意した。井伊は一時的に秩序を維持することに成功したが、藩や朝廷における斉昭支持者の粛清、安政粛清は、1860年に水戸の若い急進派による井伊暗殺（桜田門事件）を引き起こした。^{[ 25 ]} 暗殺事件を受けて、幕府は文久の改宗で幕府の政策を変更し、一橋慶喜を将軍の守護者に任命することで過激派を鎮圧した。^{[ 25 ]}

明治維新までの数十年間、水戸大名と水戸学者たちは改革の呼びかけと直接行動によって幕府を弱体化させた。徳川成昭は幕府の道徳的退廃と、日本を財政破綻や外国の侵略から守る能力の欠如を繰り返し批判した。水戸学派の思想は同様に、多くの主要な反幕府革命家に影響を与えた国家主義的で親皇制的なイデオロギーを提供した。^{[ 26 ]} 水戸学者たちは実際に幕府の打倒を呼びかけることはなかったが、日本に対する内外の脅威を強調したことは革命家の政治観に影響を与えた。^{[ 27 ]}水戸学派の思想は多くの人々に深い影響を与えた。なぜなら、水戸藩には学者たちの反外国的な見解に正当性を与える知的伝統があったからである。^{[ 17 ]} 1840年代には、成昭がこれらの見解を支持したことで、一世代全体がこれらの考えを持って成長した。 革命の指導者であった泉真紀は、水戸学の思想に強く影響を受けたことを認めている。^{[ 8 ]} 水戸学は、日本の反幕府勢力が団結して明治維新を主導する上で大きな役割を果たした。

水戸の過激派もまた、幕府転覆につながる多くの暴力行為を引き起こした。井伊直助の暗殺を皮切りに、日本中に民族主義テロが広がった。^{[ 28 ]} 水戸では、藤田東光の息子を含む反外国人派が反乱を起こした。幕府と藩の軍が協力して反乱を鎮圧し、忠臣運動は一時的に勢いを失った。

1864年、水戸の武装反乱軍が幕府と戦った「天狗の乱」が起こった。藤田幸四郎率いる天狗軍は、水戸から数千の兵を擁し、他のいくつかの藩の軍を打ち破った。^{[ 29 ]} その後、保守派の慈悲の約束により、反乱軍の千人が降伏するという大規模な戦闘が起こった。 ^{[ 30 ]}皮肉なことに、反対派を率いていたのは一橋慶喜であった。しかし、保守派は嘘をつき、反乱の指導者たちを処刑した。天狗の乱は、明治維新直前の数年間に幕府に対する不満が高まっていたことを象徴する重要な出来事であった。水戸の軍勢は、明治維新が成功する前の初期の多くの反乱に関与していた。水戸は薩摩や長州のように戦闘において大きな役割を果たしたわけではないが、水戸の思想は薩摩や長州の革命家たちが天皇のために戦うよう影響を与えた。

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