マーク・パレン

マーク・J・パレンは、クアドラム研究所の研究リーダーであり、イースト・アングリア大学の微生物ゲノム学教授です。近年、彼は次世代シーケンシングを微生物学や古代DNA研究の問題に適用する取り組みの最前線に立っています。

パレンはウォリントン高等学校で教育を受けた。^[1]ケンブリッジ大学フィッツウィリアム・カレッジで医学の学士号を取得し、ロンドン病院医科大学で医師資格を取得した。^{[2] [3]} 1990年代初頭、セント・バーソロミュー病院医科大学で働きながら医学博士号を取得した。^{[4] 1990年代半ば、}インペリアル・カレッジでゴードン・ダガンの指導の下、博士号取得のために働いた。 ^[5 ]この間、テレビのクイズ番組「ユニバーシティ・チャレンジ」でインペリアル・カレッジの優勝チームのキャプテンを務め、^{[6]一方で、}ブリティッシュ・メディカル・ジャーナルに医療専門家をインターネットに紹介する連載記事を執筆した。 ^[7]

2011年、パレン氏は、BGIによってIon Torrentプラットフォームでゲノム配列が解読された2011年ドイツ大腸菌O104:H4アウトブレイクのアウトブレイク株のゲノムのクラウドソーシング分析を主導しました。^[8]同じ頃、彼はまた、2011年ドイツ大腸菌O104:H4アウトブレイクからの分離株を3つの新しいベンチトップシーケンスプラットフォームでゲノム配列決定し、これらの新しいプラットフォームをベンチマークするプロジェクトを主導しました。^{[9]彼はまた、}全ゲノムシーケンスを使用して耐性菌 の拡散を追跡し、 ^[10]抗菌薬耐性の出現を研究できることを示しました 。^[11]

パレンは、2011年にドイツで発生した大腸菌O104:H4の流行時の糞便サンプルとガンビアの痰サンプルの分析を通じて、メタゲノミクスが細菌感染の診断における培養に依存しないアプローチとして使用できることを示しました。^{[12] [13]}彼は、メタゲノミクスの使用を先駆的に進め、古代DNA研究に新たな道を開き、人骨から200年前の結核菌ゲノムを復元し、中世のブルセラ菌ゲノム配列を復元しました。^{[14] [15]ヴィンス・ギャフニーとロビン・アラビーとともに、彼はショットガンメタゲノミクスを}堆積性の古代DNAサンプルに適用し、予想よりも2000年も早くイギリス諸島に小麦が存在したことを示しました。^[16]パレン氏はまた、メタゲノミクスを用いて鶏の腸内細菌叢、集中治療室の患者の腸内細菌叢、ダニに生息する微生物を調査した。^{[17] [18] [19]}

2014年から2020年まで、パレン氏はMRCが800万ポンドを出資したクラウドコンピューティングプロジェクト「微生物バイオインフォマティクスのためのクラウドインフラストラクチャ（CLIMB）」の主任研究員を務め、現在は後継プロジェクトであるCLIMB-BIG-DATAのディレクターを務めている。^{[20] [21] [22] [23]} 2020年、CLIMBプロジェクトは、COVID-19パンデミック中のコロナウイルスゲノム配列の分析と公開を支援したことで、HPCWire読者の最優秀高性能コンピューティングコラボレーション賞を受賞した。^[24]

パレンは鶏の腸内微生物叢に関する研究から、この環境で見つかった細菌分類群に800以上の新しい名前を提案した。^{[17]その後、パレンは細菌の}分類名 の作成を自動化するシステムを開発し、その結果、微生物学研究コミュニティが新しい細菌属に名前を付けるために使用できる100万以上の新しい名前が公開された。^{[25] [26]その後、} New Microbes and New Infections 誌の意見記事^[27]とBergeyの国際微生物系統学会 での招待講演^[28]で、パレンは細菌の命名法をよりアクセスしやすいものにするためのアイデアを概説した。 2022年、パレンはゲノム分類データベースで、これまで名前が付けられていなかった細菌と古細菌の分類群の65,000を超える名前を公開した。Pythonスクリプトを使用して、ラテン語の音韻規則と文法に準拠した使いやすい任意の名前を作成した。^[29]

パレン氏はまた、レビウイルス科の細菌性プラスセンス一本鎖ウイルスに400以上の種小名を作ったことをはじめ、ウイルスの命名にも積極的に取り組んでいる。 ^[30] 2021年3月、パレン氏はニューサイエンティスト誌の意見記事で、 SARS-CoV-2の変異体に地名を使用する代わりに、古典世界から選択肢を探して代替案を見つけるべきだと提案した。^[31] 2021年初頭、パレン氏はWHOのワーキンググループに参加し、SARS-CoV-2の変異体にギリシャ語のアルファベットの文字にちなんで命名するスキームの採用を促進した。^[32]

微生物の名前作成の自動化におけるパレンの努力が認められ、2022年に、以前はプレボテラ属に属していた新しい細菌属にパレニエラという名前が付けられました。 ^{[33] [34] [35]}

パレンは、科学普及書『進化へのラフガイド』の著者である。^[36] 2005年のキッツミラー対ドーバー地区学区裁判の後、彼はニック・マツケと共著で、細菌の鞭毛は設計されたものではなく進化した存在であるという証拠を概説した。^[37]彼はババ・ブリンクマンの『進化へのラップガイド』を委託して査読し、アリス・ロバーツをバーミンガム大学の科学における公共の関与の教授に採用した。2011年6月、パレンはメルビン・ブラッグのラジオ番組『 In our Time 』のエピソードに出演した。^[38]

2018年、パレンは1978年にイギリスで発生した天然痘の流行に関する本『天然痘の最後の日々：バーミンガムの悲劇』を出版した。[ 39 ^]この本には、流行とその後の裁判の歴史的物語と一般向け科学が織り交ぜられている。パレンはアリス・ロバーツとともにバース大学のミルナー進化センターの諮問委員会に所属している^[40]。