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アレクサンドリア総主教(アレクサンドリア司教、アレクサンドリア教皇とも呼ばれる)は、エジプトで最も地位の高い司教である。総主教の系譜は福音記者マルコにまで遡る。
451年のカルケドン公会議の後、エジプトでは公会議の決定を受け入れた者と拒否した者の間で分裂が生じた。前者はカルケドン派、後者は単性論派として知られている。その後数十年間、この二つの派閥はアレクサンドリア総主教座を巡って争い、しばしば同じ総主教を承認していた。しかし536年以降、両者は恒久的に別々の総主教座を設立し、それぞれ異なる総主教の系譜を維持してきた。単性論派はコプト教会(東方正教会の一部)となり、カルケドン派はアレクサンドリア・ギリシャ正教会(より広範な東方正教会の一部)となった。
したがって、このリストには536年までに在位した総主教のみが掲載されています。それ以降の教皇や総主教については、このページ下部のリンクをご覧ください。
ゼノンによって復元され、ヘノティコンに署名されたが、単性論的無頭派によって拒否された。
536年以降、カルケドン派と非カルケドン派(単性論派)は、それぞれ異なる総主教を認めるようになった。
後世のミヤフィシス派(コプト正教会)総主教とギリシャ正教会(カルケドン派)総主教については、以下を参照のこと。