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アレクサンドリアの教皇ヨハネ2世（3世）は、アレクサンドリアの第30代教皇であり、聖マルコ座の総主教であった。
東方正教会ではヨハネ3世とされ、ヨハネ・タライアをヨハネ1世と認めているが、コプト教会ではタライアを否定し、ヨハネ2世としている。出生地であるニキウスにちなんで、ヨハネ・ニキオタと呼ばれることもある。
彼は修道士であり、505年5月29日にアレクサンドリアの教皇および総主教に叙任されるまで、砂漠で孤独な生活を送っていた。
彼は多くの聖人伝や説教を著したことで有名だった。
彼は、非カルケドン派教会を支持したローマ皇帝アナスタシウス1世や、シリアにおける単性論の擁護者であったアンティオキアのセウェルスと同時代人であった。後者はキリストの本質についてヨハネに宛てた手紙の中で次のように述べている。
ヨハネは、神の本質の結合と、神の三位一体を証するメッセージで応えた。彼はまた、永遠の神の子の受肉によって、神性と人性は分離も混ざり合いも混同もなく、もはや二つの性質ではなく一つになったと宣言した。彼は、二つの性質を分離する者、それらを混同する者、十字架につけられた苦しみを受けたキリストは単なる人間であったと言う者、そしてキリストの神性もまた苦しみ死んだと言う者を破門した。彼は、正統信仰とは、言葉である神が、彼と一体となった肉体によって苦しんだことを告白することであると述べた。